BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281I01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 65,092,591 - 65,296,834
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMan2a1, 4930583I09Rik, LOC100043871
Upstream geneLOC668677, A930002H24Rik, Fert2, LOC669778, Pja2, LOC100043582
Downstream geneE130009J12Rik, LOC668655, LOC674701, Vapa, Txndc2, Rab31, Ppp4r1, Ralbp1, LOC100043873, LOC100043592, Twsg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281I01.bB6Ng01-281I01.g
ACCGA080964GA080965
length7971,111
definitionB6Ng01-281I01.b B6Ng01-281I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,296,044 - 65,296,834)(65,092,591 - 65,093,667)
sequence
gaattccttaagtatgtcattcagaatggcttttctaagagttacatatt
ctaaaatcaggtcttacacataagaattgtccaaggaagtttgaaagctc
tgcttagcaaaacagtgggagtctctataaatcacaggctttctagatct
tcccaaaccaactttgtaataatagacatgatttttcttttgccatatag
gcctcagttccagtgggaaggtggttggttatccccatgacagacatgcc
agtattgcatctgtggatgcatttgccagtccagttggttgagttgtatg
ttggattcacataagctagctgatgaccgtgctgctccagcagagcacat
agcatgttcccgaatatgagagacattcagcatgcaggaagctccagcac
aggtctagcttcatctacctatgctcttttactcaagtacatggtatagt
caggaataaactcaggtgctgctggttaaccagccacaatatcctgtact
gtttggaacctttggtggcctccctggctaccttgttaggtagtattcta
cctgaatttgataacgtctaccctaatcccttagctaaatttgatgatat
gtaattttctgtctctagcctctggtccatgaaacccccattcccataat
attcatcctcaaaactcaagtgccccccccttttcccatcaagcctgtca
cattcaaataaatgcacagattattggtaaggaagaatctgtacagggcc
actggatggtatcagatgtacatgaaatgcaaattttgcataaatca
gaattcctctcagacctagccataaaccaactgttaacaacagctcctca
ctctggggtttccctgtagatgacactgggctgtatgaagttgacagtta
aggccagttggcaccacccatgtgaaagtcccattccctaccagactagt
tgatgcccttgtgcatttgggctctatccaggctacagacactctactgg
ctgcagccacctgccttctcgtggaccttgagactgctgacttagcttag
tctgtgtcagacatacctgccccaaggatgttatgaaaagcaaaatgatg
tttggaaaggctctgaaagacagggacacccagtaaagcagcagttgatc
ctaatgatgcttacaatatgcgactgtgaggagaaggacagatttggggc
agagggaatagagagaaagcatacatccagagaacaggtaccgaaatgtc
tctggcatggaaccagaaccgaaggcacgaggctgtttctgtgtgatcgg
atctgttggccaggtcctgtgttagctttggactctgagcatgtgttcag
agttgagagcacaggagattgactggtccattgacacctataaaaagttg
ctctttgtcccttaacctttacgaaaggaaagatcattgtttggtgaagc
tgcctaaaaatgtagccatttgtaactccacaagatgccaaagaattgac
tgcagagctagagaggggattgaccggtgaatcatagcctccatttcagg
atttctgagtttggcttcctggctccacgtgcttggcagcattcagtata
tgacagtgtgaattcgtctgggattcttggtaactccttcctcacagagc
ccctgttgatgtagattatccgtgtctgagagatacccaagttcgcactg
cagttgtgtcactttaacattttcccaagtacgtctgacagaaggcacct
ttgatcctttccctggctgctagctgcaggttagtggcgtttattggggg
caccttttcttgcccagacccattccatgggccacctcaggtttcttaaa
tttcagcctgattcttgctgtaacagggtgaataaaagaaatttatgggt
tccatagagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_65296044_65296834
seq2: B6Ng01-281I01.b_47_843 (reverse)

seq1  TGTTTTATGCAAAATTTGC-CTTCATGTACATCTGATACCATCCAGTGGC  49
      || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTATGCAAAATTTGCATTTCATGTACATCTGATACCATCCAGTGGC  50

seq1  CCTGTACAGATTCTTCCTTACCAATAATCTGTGCATTTATTTGAATGTGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACAGATTCTTCCTTACCAATAATCTGTGCATTTATTTGAATGTGA  100

seq1  CAGGCTTGATGGG-AAAGGGGGGGGCACTTGAG-TTTGAGGATGAATATT  147
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGATGGGAAAAGGGGGGGGCACTTGAGTTTTGAGGATGAATATT  150

seq1  ATGGGAATGGGG--TTCATGGACCAGAGGCTAGAGACAGAAAATTACATA  195
      ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATGGGGGTTTCATGGACCAGAGGCTAGAGACAGAAAATTACATA  200

seq1  TCATC-AATTTAGCTAAGGGATTAGGGTAGACGTTATCAAATTCAGGTAG  244
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAATTTAGCTAAGGGATTAGGGTAGACGTTATCAAATTCAGGTAG  250

seq1  AATACTACCTAACAAGGTAGCCAGGGAGGCCACCAAAGGTTCCAAACAGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTACCTAACAAGGTAGCCAGGGAGGCCACCAAAGGTTCCAAACAGT  300

seq1  ACAGGATATTGTGGCTGGTTAACCAGCAGCACCTGAGTTTATTCCTGACT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATATTGTGGCTGGTTAACCAGCAGCACCTGAGTTTATTCCTGACT  350

seq1  ATACCATGTACTTGAGTAAAAGAGCATAGGTAGATGAAGCTAGACCTGTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGTACTTGAGTAAAAGAGCATAGGTAGATGAAGCTAGACCTGTG  400

seq1  CTGGAGCTTCCTGCATGCTGAATGTCTCTCATATTCGGGAACATGCTATG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCTTCCTGCATGCTGAATGTCTCTCATATTCGGGAACATGCTATG  450

seq1  TGCTCTGCTGGAGCAGCACGGTCATCAGCTAGCTTATGTGAATCCAACAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGCTGGAGCAGCACGGTCATCAGCTAGCTTATGTGAATCCAACAT  500

seq1  ACAACTCAACCAACTGGACTGGCAAATGCATCCACAGATGCAATACTGGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTCAACCAACTGGACTGGCAAATGCATCCACAGATGCAATACTGGC  550

seq1  ATGTCTGTCATGGGGATAACCAACCACCTTCCCACTGGAACTGAGGCCTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTCATGGGGATAACCAACCACCTTCCCACTGGAACTGAGGCCTA  600

seq1  TATGGCAAAAGAAAAATCATGTCTATTATTACAAAGTTGGTTTGGGAAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAAAAGAAAAATCATGTCTATTATTACAAAGTTGGTTTGGGAAGA  650

seq1  TCTAGAAAGCCTGTGATTTATAGAGACTCCCACTGTTTTGCTAAGCAGAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAAGCCTGTGATTTATAGAGACTCCCACTGTTTTGCTAAGCAGAG  700

seq1  CTTTCAAACTTCCTTGGACAATTCTTATGTGTAAGACCTGATTTTAGAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAACTTCCTTGGACAATTCTTATGTGTAAGACCTGATTTTAGAAT  750

seq1  ATGTAACTCTTAGAAAAGCCATTCTGAATGACATACTTAAGGAATTC  791
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTCTTAGAAAAGCCATTCTGAATGACATACTTAAGGAATTC  797

seq1: chr17_65092591_65093667
seq2: B6Ng01-281I01.g_68_1178

seq1  GAATTCCTCTCAGACCTAGCCATAAACCAACTGTTAACAACAGCTCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTCAGACCTAGCCATAAACCAACTGTTAACAACAGCTCCTCA  50

seq1  CTCTGGGGTTTCCCTGTAGATGACACTGGGCTGTATGAAGTTGACAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGGTTTCCCTGTAGATGACACTGGGCTGTATGAAGTTGACAGTTA  100

seq1  AGGCCAGTTGGCACCACCCATGTGAAAGTCCCATTCCCTACCAGACTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGTTGGCACCACCCATGTGAAAGTCCCATTCCCTACCAGACTAGT  150

seq1  TGATGCCCTTGTGCATTTGGGCTCTATCCAGGCTACAGACACTCTACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCTTGTGCATTTGGGCTCTATCCAGGCTACAGACACTCTACTGG  200

seq1  CTGCAGCCACCTGCCTTCTCGTGGACCTTGAGACTGCTGACTTAGCTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCACCTGCCTTCTCGTGGACCTTGAGACTGCTGACTTAGCTTAG  250

seq1  TCTGTGTCAGACATACCTGCCCCAAGGATGTTATGAAAAGCAAAATGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCAGACATACCTGCCCCAAGGATGTTATGAAAAGCAAAATGATG  300

seq1  TTTGGAAAGGCTCTGAAAGACAGGGACACCCAGTAAAGCAGCAGTTGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAAGGCTCTGAAAGACAGGGACACCCAGTAAAGCAGCAGTTGATC  350

seq1  CTAATGATGCTTACAATATGCGACTGTGAGGAGAAGGACAGATTTGGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATGCTTACAATATGCGACTGTGAGGAGAAGGACAGATTTGGGGC  400

seq1  AGAGGGAATAGAGAGAAAGCATACATCCAGAGAACAGGTACCGAAATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAATAGAGAGAAAGCATACATCCAGAGAACAGGTACCGAAATGTC  450

seq1  TCTGGCATGGAACCAGAACCGAAGGCACGAGGCTGTTTCTGTGTGATCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCATGGAACCAGAACCGAAGGCACGAGGCTGTTTCTGTGTGATCGG  500

seq1  ATCTGTTGGCCAGGTCCTGTGTTAGCTTTGGACTCTGAGCATGTGTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTGGCCAGGTCCTGTGTTAGCTTTGGACTCTGAGCATGTGTTCAG  550

seq1  AGTTGAGAGCACAGGAGATTGACTGGTCCATTGACACCTATAAAAAGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGAGCACAGGAGATTGACTGGTCCATTGACACCTATAAAAAGTTG  600

seq1  CTCTTTGTCCCTTAACCTTTACGAAAGGAAAGATCATTGTTTGGTGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTCCCTTAACCTTTACGAAAGGAAAGATCATTGTTTGGTGAAGC  650

seq1  TGCCTAAAAATGTAGCCA-TTGTAACTCCACAAGATGCCAAAGAATTGAC  699
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAAAAATGTAGCCATTTGTAACTCCACAAGATGCCAAAGAATTGAC  700

seq1  TGCAGAGCTAGAGA-GGGATTGACCGGTGAATCATAGCCTCCATTTCAGG  748
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGCTAGAGAGGGGATTGACCGGTGAATCATAGCCTCCATTTCAGG  750

seq1  A-TTCTGAG-TTGGCTTCCTGGCTCCACGTGC-TGGCAGCATTCAGTATA  795
      | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAGTTTGGCTTCCTGGCTCCACGTGCTTGGCAGCATTCAGTATA  800

seq1  TGACAGTGTGAA-TCGTCT-GGATTCTT-GTAACTCCTTCCTCACAGAG-  841
      |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TGACAGTGTGAATTCGTCTGGGATTCTTGGTAACTCCTTCCTCACAGAGC  850

seq1  CCCTGTTGATGTAGA-TATCCGTGTCTGAGAGATACCCAAGTTCGCACTG  890
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTGATGTAGATTATCCGTGTCTGAGAGATACCCAAGTTCGCACTG  900

seq1  CCAGTGTGTCAC-TTAACATTTTCCC-AGTACGTCTGACAG-AGGCAC--  935
      |   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  
seq2  CAGTTGTGTCACTTTAACATTTTCCCAAGTACGTCTGACAGAAGGCACCT  950

seq1  TTGATCCTT--CCTGCCTGCTAGCTGCAGG-TAGTGGCG-TTAT--GGGG  979
      |||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||
seq2  TTGATCCTTTCCCTGGCTGCTAGCTGCAGGTTAGTGGCGTTTATTGGGGG  1000

seq1  CACCTTTTC-TGCCCAGACCCCATCCAT-GGCCA-CTCAG--TTC-TAAA  1023
      ||||||||| |||||||||||  ||||| ||||| |||||  ||| ||||
seq2  CACCTTTTCTTGCCCAGACCCATTCCATGGGCCACCTCAGGTTTCTTAAA  1050

seq1  TTTCAGCCTGGTTCTTGCTG--ACA--GTGGATAAAAGAA--TTATGGGT  1067
      |||||||||| |||||||||  |||  ||| |||||||||  ||||||||
seq2  TTTCAGCCTGATTCTTGCTGTAACAGGGTGAATAAAAGAAATTTATGGGT  1100

seq1  T-CAGAGAGCA  1077
      | || ||||||
seq2  TCCATAGAGCA  1111