BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285I22
Chromosome17 (Build37)
Map Location 10,581,139 - 10,785,754
singlet/doubletdoublet
Overlap genePacrg
Upstream geneEG667170, 4932702K14Rik, Qk, LOC675815
Downstream genePark2, LOC100041113
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285I22.bB6Ng01-285I22.g
ACCGA083976GA083977
length1,0431,181
definitionB6Ng01-285I22.b B6Ng01-285I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,581,139 - 10,582,172)(10,784,584 - 10,785,754)
sequence
ggaattctttgtttagctctgtaccccattttttaatggcgttctttgaa
tttctggagttcagcttcttgagcccttaggagatcttcaggacgtccta
gagaaagacgttagggttagggaagtggttctcgacctatgggctgtgac
cccactagggtcacacatcaggaatcctgctatgagatatttacatcatc
attcataacagtagctaaattacaattatgaagtagcaatgaagtaattt
tatggttgaggggtcaccacaatatgaggaactgtattaaagggtcacag
gttgagagccactgatgtaggggatctgaaaatcccttgaaattgtacaa
tgtgtgtgccttgttgcctaccagcaggggtatcattctatggtgtcttt
catcctgatgacagctgccctccagggagtacattaacatggagggcttt
ttgctttgtagtgcttatcgccaggcagaaaagccaaagggaagcttatc
aggaccctgtgggaatgagtattctcattaaagaaggtgacctgtgggag
agagggcttgacttctcttctttgtcagacaccacccttacactgatgcc
cagtgtggtcaaagcccttgcagagcacacagagggtagaccaagaagca
ggaaggcacccagacctttctcttcatggatcaccagggttaccggccag
tgaccattcactttaacctatgggatacagatgtctgattccttaagcac
tgcagtgttcttgaggcgggcaccagagagttatctctacacgactctca
ctccaaagattacagatgtctgtgggtgttgttagatgttggtcgattga
tggatggacacacaaagaatccatgcacaaggacctctaggtcaagggtt
ccaggctgagaaaggcttgccagggcttctggtggggcgttgccgaaatt
gggtatgtgtgtgctcacctgctcacctctgccaggaataggaaggaggc
atggaatgccctagtacatgggccctggggatggttatattaa

gaattcagcaggaaagagcttcacaacacagtgacaaagtgataattttg
tggtggttcaaaatccaggaaagttggggtctaagctttccaagtcaaca
aataaggcaaagaaggagccccctaaaaaagcacataataaagatgatga
acatgaaatcagctacatcagctgggaaaattaactttccaatctgctca
caaaggacaaaatacaatctgaacataaactctccggaacaaaatattgc
ctaaacatgaagaaaagacatttttaaaggcactagtgcttagcttattt
tatttttagaaaagtaaattttggagctggagagatggcttgttggataa
aatgcttaccaggaacatgtgaggacctaagttaagctctacaacctcta
taaaggctcacacagtggtgcatgtctgtgctctccgtgctcctgcgctg
gggtgagaggtggcagggagaatccctggaagctcgagagccatggcaga
cagcagaacagcaacatgaagaggcactgacacaaggtagaagacacggg
caggacacctaaggttgccctgtgaccttcaaatgcactgtatggaatac
acacacccatgttcatatacatgtacacacaagcacacatcatacacaaa
atttttaaaagtaaaatttaatactaaaaagttccaaggctataaagaat
attgatttatgttgatgagcatagtctcaataaaaatttgattttcacga
ctctctgtgcactgaaaactgaagagtaaccatctgcttaacctgatgcc
ttctgtctctggaagaagagtagatcatagacccctttcccagaagaggt
aagatgcttgttgatcatccaatatctcatctttggctttcaatctggac
tctctatcaagcaatagagacagggaaacccttggacagtgtagacatag
agggaaacaaagatgccacaattctttcaagctgccaggctgcagcaatg
ccagccatggcagaaagggagcttatgtgaccagacttctgctgttgaag
ccttggttataggacccacaggtgcatggtgatggtggcaagtaatgaag
ggcctaagtcttctccattctatctatgggggtggaagagatccacttat
tcataggtgagatgatatgtcgcagaaatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_10581139_10582172
seq2: B6Ng01-285I22.b_47_1087

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAATGGCGTTCTTTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAATGGCGTTCTTTGAAT  50

seq1  TTCTGGAGTTCAGCTTCTTGAGCCCTTAGGAGATCTTCAGGACGTCCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTTCAGCTTCTTGAGCCCTTAGGAGATCTTCAGGACGTCCTAG  100

seq1  AGAAAGACGTTAGGGTTAGGGAAGTGGTTCTCGACCTATGGGCTGTGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACGTTAGGGTTAGGGAAGTGGTTCTCGACCTATGGGCTGTGACC  150

seq1  CCACTAGGGTCACACATCAGGAATCCTGCTATGAGATATTTACATCATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGGGTCACACATCAGGAATCCTGCTATGAGATATTTACATCATCA  200

seq1  TTCATAACAGTAGCTAAATTACAATTATGAAGTAGCAATGAAGTAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAACAGTAGCTAAATTACAATTATGAAGTAGCAATGAAGTAATTTT  250

seq1  ATGGTTGAGGGGTCACCACAATATGAGGAACTGTATTAAAGGGTCACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGAGGGGTCACCACAATATGAGGAACTGTATTAAAGGGTCACAGG  300

seq1  TTGAGAGCCACTGATGTAGGGGATCTGAAAATCCCTTGAAATTGTACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGCCACTGATGTAGGGGATCTGAAAATCCCTTGAAATTGTACAAT  350

seq1  GTGTGTGCCTTGTTGCCTACCAGCAGGGGTATCATTCTATGGTGTCTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCCTTGTTGCCTACCAGCAGGGGTATCATTCTATGGTGTCTTTC  400

seq1  ATCCTGATGACAGCTGCCCTCCAGGGAGTACATTAACATGGAGGGCTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATGACAGCTGCCCTCCAGGGAGTACATTAACATGGAGGGCTTTT  450

seq1  TGCTTTGTAGTGCTTATCGCCAGGCAGAAAAGCCAAAGGGAAGCTTATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTAGTGCTTATCGCCAGGCAGAAAAGCCAAAGGGAAGCTTATCA  500

seq1  GGACCCTGTGGGAATGAGTATTCTCATTAAAGAAGGTGACCTGTGGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTGTGGGAATGAGTATTCTCATTAAAGAAGGTGACCTGTGGGAGA  550

seq1  GAGGGCTTGACTTCTCTTCTTTGTCAGACACCACCCTTACACTGATGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTGACTTCTCTTCTTTGTCAGACACCACCCTTACACTGATGCCC  600

seq1  AGTGTGGTCAAAGCCCTTGCAGAGCACACAGAGGGTAGACCAAGAAGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTCAAAGCCCTTGCAGAGCACACAGAGGGTAGACCAAGAAGCAG  650

seq1  GAAGGCACCCAGACCTTTCTCTTCATGGATCACCAGGGTTACCGGCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCACCCAGACCTTTCTCTTCATGGATCACCAGGGTTACCGGCCAGT  700

seq1  GACCATTCACTTTAACCTATGGGATACAGATGTCTGATTCCTTAAGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTCACTTTAACCTATGGGATACAGATGTCTGATTCCTTAAGCACT  750

seq1  GCAGTGTTCTTGAGGCGGGCACCAGAGAGTTATCTCTACACGACTCTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTTCTTGAGGCGGGCACCAGAGAGTTATCTCTACACGACTCTCAC  800

seq1  TCCAAAGATTACAGATGTCTGTGGGTGTTGTTAGATGTTGGTCGATTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGATTACAGATGTCTGTGGGTGTTGTTAGATGTTGGTCGATTGAT  850

seq1  GGATGGACACACAAAGAATCCATGCACAA-GACCTCTAGGTCAAGGG-TC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GGATGGACACACAAAGAATCCATGCACAAGGACCTCTAGGTCAAGGGTTC  900

seq1  CAGGCTGAG-AAGGCCTGCCA-GGCCTCTGGT-GGGCGTTGCCGAATTGG  945
      ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||| | |
seq2  CAGGCTGAGAAAGGCTTGCCAGGGCTTCTGGTGGGGCGTTGCCGAAATTG  950

seq1  GTTATGTGTTGTGCTCA-CTGCTCAGCCTCTGCCAGGAATAGGAAGGAGG  994
      | |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTG-TGTGCTCACCTGCTCA-CCTCTGCCAGGAATAGGAAGGAGG  998

seq1  CATGG-ATGCCCGAGTACATGGG-CCTTGGGAT-GTTATATTA  1034
      ||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||
seq2  CATGGAATGCCCTAGTACATGGGCCCTGGGGATGGTTATATTA  1041


seq1: chr17_10784584_10785754
seq2: B6Ng01-285I22.g_67_1247 (reverse)

seq1  GTATTTCTGC----AATCATC-CACATAATGGATAAAGTGGAATCTC-TC  44
      ||||||||||     |||||| ||| | ||| || |||||| ||||| ||
seq2  GTATTTCTGCGACATATCATCTCACCT-ATGAAT-AAGTGG-ATCTCTTC  47

seq1  CA-CCCCATAAGTAGAATGGAG-AGACTTAG--CCTTCATTTACTTCCCA  90
      || |||||||  |||||||||| ||||||||  |||||| |||||| |||
seq2  CACCCCCATAGATAGAATGGAGAAGACTTAGGCCCTTCA-TTACTTGCCA  96

seq1  CAATTCACTCTGCACCTGT-GGTCCTATA--CCAGGCTTTCACAGCAG-A  136
      | | ||||  ||||||||| |||||||||  | ||||||  ||||||| |
seq2  CCA-TCACCATGCACCTGTGGGTCCTATAACCAAGGCTTCAACAGCAGAA  145

seq1  GTCTGGTCACATAAGCTCCCTTTCTGCCATGGCTGGCATTGCTGCAGCCT  186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTCACATAAGCTCCCTTTCTGCCATGGCTGGCATTGCTGCAGCCT  195

seq1  GGCAGCTTGAAAGAATTGTGGCATCTTTG-TTCCCTCTATGTCTACACTG  235
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTTGAAAGAATTGTGGCATCTTTGTTTCCCTCTATGTCTACACTG  245

seq1  TCCAA-GGTTTCCCTGTCTCTATTGCTTGATAGAGAGTCCAGATTTGAAA  284
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCAAGGGTTTCCCTGTCTCTATTGCTTGATAGAGAGTCCAGA-TTGAAA  294

seq1  GCCAAAGATGAGATATTGGATGATCAACAAGCATCTTACCTCTTCTGGGA  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGATGAGATATTGGATGATCAACAAGCATCTTACCTCTTCTGGGA  344

seq1  AAGGGGTCTATGATCTACTCTTCTTCCAGAGACAGAAGGCATCAGGTTAA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTCTATGATCTACTCTTCTTCCAGAGACAGAAGGCATCAGGTTAA  394

seq1  GCAGATGGTTACTCTTCAGTTTTCAGTGCACAGAGAGTCGTGAAAATCAA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGTTACTCTTCAGTTTTCAGTGCACAGAGAGTCGTGAAAATCAA  444

seq1  ATTTTTATTGAGACTATGCTCATCAACATAAATCAATATTCTTTATAGCC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTGAGACTATGCTCATCAACATAAATCAATATTCTTTATAGCC  494

seq1  TTGGAACTTTTTAGTATTAAATTTTACTTTTAAAAATTTTGTGTATGATG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTTTTTAGTATTAAATTTTACTTTTAAAAATTTTGTGTATGATG  544

seq1  TGTGCTTGTGTGTACATGTATATGAACATGGGTGTGTGTATTCCATACAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGTGTGTACATGTATATGAACATGGGTGTGTGTATTCCATACAG  594

seq1  TGCATTTGAAGGTCACAGGGCAACCTTAGGTGTCCTGCCCGTGTCTTCTA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTGAAGGTCACAGGGCAACCTTAGGTGTCCTGCCCGTGTCTTCTA  644

seq1  CCTTGTGTCAGTGCCTCTTCATGTTGCTGTTCTGCTGTCTGCCATGGCTC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTCAGTGCCTCTTCATGTTGCTGTTCTGCTGTCTGCCATGGCTC  694

seq1  TCGAGCTTCCAGGGATTCTCCCTGCCACCTCTCACCCCAGCGCAGGAGCA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCTTCCAGGGATTCTCCCTGCCACCTCTCACCCCAGCGCAGGAGCA  744

seq1  CGGAGAGCACAGACATGCACCACTGTGTGAGCCTTTATAGAGGTTGTAGA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGAGCACAGACATGCACCACTGTGTGAGCCTTTATAGAGGTTGTAGA  794

seq1  GCTTAACTTAGGTCCTCACATGTTCCTGGTAAGCATTTTATCCAACAAGC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACTTAGGTCCTCACATGTTCCTGGTAAGCATTTTATCCAACAAGC  844

seq1  CATCTCTCCAGCTCCAAAATTTACTTTTCTAAAAATAAAATAAGCTAAGC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCCAGCTCCAAAATTTACTTTTCTAAAAATAAAATAAGCTAAGC  894

seq1  ACTAGTGCCTTTAAAAATGTCTTTTCTTCATGTTTAGGCAATATTTTGTT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGCCTTTAAAAATGTCTTTTCTTCATGTTTAGGCAATATTTTGTT  944

seq1  CCGGAGAGTTTATGTTCAGATTGTATTTTGTCCTTTGTGAGCAGATTGGA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGAGTTTATGTTCAGATTGTATTTTGTCCTTTGTGAGCAGATTGGA  994

seq1  AAGTTAATTTTCCCAGCTGATGTAGCTGATTTCATGTTCATCATCTTTAT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATTTTCCCAGCTGATGTAGCTGATTTCATGTTCATCATCTTTAT  1044

seq1  TATGTGCTTTTTTAGGGGGCTCCTTCTTTGCCTTATTTGTTGACTTGGAA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTTTTTTAGGGGGCTCCTTCTTTGCCTTATTTGTTGACTTGGAA  1094

seq1  AGCTTAGACCCCAACTTTCCTGGATTTTGAACCACCACAAAATTATCACT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGACCCCAACTTTCCTGGATTTTGAACCACCACAAAATTATCACT  1144

seq1  TTGTCACTGTGTTGTGAAGCTCTTTCCTGCTGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTGTGTTGTGAAGCTCTTTCCTGCTGAATTC  1181


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |