BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297K23
Chromosome17 (Build37)
Map Location 59,957,638 - 60,119,620
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene2610034M16Rik, Nudt12, 4930505H01Rik, LOC100043537, LOC100043542
Downstream geneLOC100043549
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297K23.bB6Ng01-297K23.g
ACCGA092984GA092985
length1,209698
definitionB6Ng01-297K23.b B6Ng01-297K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,118,402 - 60,119,620)(59,957,638 - 59,958,330)
sequence
gaattcccctttaacacggaattttataagtaaatttaataaatgtatag
tcacccactaaaacagatgaatgagataaaatttgtattgtttaaatata
aacattttatgaaggaagaatatctcataaaatcacacccaattcactct
caattgctatccagttgatctacacattttgtctcaatgaacccatggaa
tcagcaaaccacttattgtatggtctaaaccatttggaccttcacaaaac
tgtattaacaatactatttttgccttcatttttaatacttgtgtaactct
cacttatatccaggcactgattttgcatgatgaagaagcttcctagtcat
tgttatttacattttctattttcaatgtctccatatcctataacagaaat
agtgaggcattgtgtgacttcactgtatcccttctctttgctggggaaca
ttttaagtaacattctctacagccattctgcagcaggaaacttaatagag
atgctgtttccataacaacaaataggatttgagcacaaacacaatgctca
gtggttactgttcttcacagcaggtgaaagcagttattcaaaattacaag
cagcatgacattgaaaaaaaataaattaaagcaaggagtgctaagagctc
tgttccatatttagtaaatgtttaactcataaatgctcaagggggcagct
gtagtatcccactgtaagcagcattttccttcaaatcatgacctatcaat
gaagactagacatgggcattcacttcacagacattaagaatcttgtgagg
cagggaaacactgatggtgatgtattacaatatttgctaccttagctggc
ccattatattagttatttacataaaattcctacttctcgctgataagact
aaccatgtttaagttgtgttttattcaatgctcttccttcaaattatttg
acaataaatatatttctatgaattaaaagtgtctcctcagtaagtgtcac
accttctcaggcagtagtgtcacagctaaaggcaagaacttgtaagctga
cttgagacaccagagctttcacagactaaaaaagaagctttcctacctca
tggctcagtggcttctttgtttagaagttatactctttaagcaatagtcc
gacctctgaatttggacaaaggatgaggatgcgcgattatcttacaatca
acggacctg

gaattcaactattacaaataactgtatttctctttatgtactgttctctg
actcacaaaatcactagacttttttagatagcttgaatactctaacttcc
cacttcaggactatatttatgaaagtagtactacaatattcaggaaataa
tatacttttgtgtatacaaattaatgataactatgtgtttgtgtgtggca
agtgagttagtgtatttacatgtttatgtgcatgtgcttgtgagtagaga
tcaggggttgatgaggattcctgttagaccccccccaactgggttattaa
caccaccttttttccaatttttaattaaatttatttattaaaattaattt
attaattaataagcactaactttttattaataaaattattaatttagcaa
aactattcattatctattgacagaagagtcttttttaattaggtattttc
ttcatttacatttcaaatgctatcccaaaagtcccccaggccctcccccc
tcccactgccctccccctccactcccacttcttggccctggcgttcctct
gtactgaggcatataaaagtttgcacgaccaaatgggcctctcttcccaa
tgatagccgactaggccatctttctgatacatatgcagctagagacatga
gcttcctgggatactggttagttcatattgttttttttacctataggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_60118402_60119620
seq2: B6Ng01-297K23.b_43_1251 (reverse)

seq1  CAGGTCTGGTTTGATATGTAAGATAAATACCGCAATCCCTCATCCTCTTG  50
      |||||| |  ||||| |||||||| |||  ||||   ||||||||| |||
seq2  CAGGTCCG--TTGAT-TGTAAGAT-AATCGCGCA--TCCTCATCCT-TTG  43

seq1  TCCAAAATCAGA-GTC-GACTATTGCTAAAAGAGTATACACTTCTAAACA  98
      |||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TCCAAATTCAGAGGTCGGACTATTGCTTAAAGAGTATA-ACTTCTAAACA  92

seq1  AAGAAGCCCACTGAGCCATGAGTTAAGGAAAGCTTCTTTTGTAGTCTGTG  148
      |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGAAG-CCACTGAGCCATGAGGT-AGGAAAGCTTCTTTTTTAGTCTGTG  140

seq1  AAAGCTCTGGTGTCCTTCAAGTCAGCTTAC-AGTTCTTGCCTTTAGCTGT  197
      ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCTGGTGTC--TCAAGTCAGCTTACAAGTTCTTGCCTTTAGCTGT  188

seq1  GACACCTACTGCCTGAGAAGGTGTGACACTTACTGAGGAGACACTTTTAA  247
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACA-CTACTGCCTGAGAAGGTGTGACACTTACTGAGGAGACACTTTTAA  237

seq1  TTCATAGAAATATATTTATTGTCAAATAATTTGAAGGAAGAGCATTGAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGAAATATATTTATTGTCAAATAATTTGAAGGAAGAGCATTGAAT  287

seq1  AAAACACAACTTAAACATGGTTAGTCTTATCAGCGAGAAGTAGGAATTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAACTTAAACATGGTTAGTCTTATCAGCGAGAAGTAGGAATTTT  337

seq1  ATGTAAATAACTAATATAATGGGCCAGCTAAGGTAGCAAATATTGTAATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATAACTAATATAATGGGCCAGCTAAGGTAGCAAATATTGTAATA  387

seq1  CATCACCATCAGTGTTTCCCTGCCTCACAAGATTCTTAATGTCTGTGAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCATCAGTGTTTCCCTGCCTCACAAGATTCTTAATGTCTGTGAAG  437

seq1  TGAATGCCCATGTCTAGTCTTCATTGATAGGTCATGATTTGAAGGAAAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCCATGTCTAGTCTTCATTGATAGGTCATGATTTGAAGGAAAAT  487

seq1  GCTGCTTACAGTGGGATACTACAGCTGCCCCCTTGAGCATTTATGAGTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTACAGTGGGATACTACAGCTGCCCCCTTGAGCATTTATGAGTTA  537

seq1  AACATTTACTAAATATGGAACAGAGCTCTTAGCACTCCTTGCTTTAATTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTACTAAATATGGAACAGAGCTCTTAGCACTCCTTGCTTTAATTT  587

seq1  ATTTTTTTTCAATGTCATGCTGCTTGTAATTTTGAATAACTGCTTTCACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTCAATGTCATGCTGCTTGTAATTTTGAATAACTGCTTTCACC  637

seq1  TGCTGTGAAGAACAGTAACCACTGAGCATTGTGTTTGTGCTCAAATCCTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGAAGAACAGTAACCACTGAGCATTGTGTTTGTGCTCAAATCCTA  687

seq1  TTTGTTGTTATGGAAACAGCATCTCTATTAAGTTTCCTGCTGCAGAATGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTATGGAAACAGCATCTCTATTAAGTTTCCTGCTGCAGAATGG  737

seq1  CTGTAGAGAATGTTACTTAAAATGTTCCCCAGCAAAGAGAAGGGATACAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAGAATGTTACTTAAAATGTTCCCCAGCAAAGAGAAGGGATACAG  787

seq1  TGAAGTCACACAATGCCTCACTATTTCTGTTATAGGATATGGAGACATTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCACACAATGCCTCACTATTTCTGTTATAGGATATGGAGACATTG  837

seq1  AAAATAGAAAATGTAAATAACAATGACTAGGAAGCTTCTTCATCATGCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGAAAATGTAAATAACAATGACTAGGAAGCTTCTTCATCATGCAA  887

seq1  AATCAGTGCCTGGATATAAGTGAGAGTTACACAAGTATTAAAAATGAAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTGCCTGGATATAAGTGAGAGTTACACAAGTATTAAAAATGAAGG  937

seq1  CAAAAATAGTATTGTTAATACAGTTTTGTGAAGGTCCAAATGGTTTAGAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAGTATTGTTAATACAGTTTTGTGAAGGTCCAAATGGTTTAGAC  987

seq1  CATACAATAAGTGGTTTGCTGATTCCATGGGTTCATTGAGACAAAATGTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAATAAGTGGTTTGCTGATTCCATGGGTTCATTGAGACAAAATGTG  1037

seq1  TAGATCAACTGGATAGCAATTGAGAGTGAATTGGGTGTGATTTTATGAGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAACTGGATAGCAATTGAGAGTGAATTGGGTGTGATTTTATGAGA  1087

seq1  TATTCTTCCTTCATAAAATGTTTATATTTAAACAATACAAATTTTATCTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCCTTCATAAAATGTTTATATTTAAACAATACAAATTTTATCTC  1137

seq1  ATTCATCTGTTTTAGTGGGTGACTATACATTTATTAAATTTACTTATAAA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTGTTTTAGTGGGTGACTATACATTTATTAAATTTACTTATAAA  1187

seq1  ATTCCGTGTTAAAGGGGAATTC  1219
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGTGTTAAAGGGGAATTC  1209


seq1: chr17_59957638_59958330
seq2: B6Ng01-297K23.g_68_765

seq1  GAATTCAACTATTACAAATAACTGTATTTCTCTTTATGTACTGTTCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTATTACAAATAACTGTATTTCTCTTTATGTACTGTTCTCTG  50

seq1  ACTCACAAAATCACTAGACTTTTTTAGATAGCTTGAATACTCTAACTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAAAATCACTAGACTTTTTTAGATAGCTTGAATACTCTAACTTCC  100

seq1  CACTTCAGGACTATATTTATGAAAGTAGTACTACAATATTCAGGAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGGACTATATTTATGAAAGTAGTACTACAATATTCAGGAAATAA  150

seq1  TATACTTTTGTGTATACAAATTAATGATAACTATGTGTTTGTGTGTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTTGTGTATACAAATTAATGATAACTATGTGTTTGTGTGTGGCA  200

seq1  AGTGAGTTAGTGTATTTACATGTTTATGTGCATGTGCTTGTGAGTAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTAGTGTATTTACATGTTTATGTGCATGTGCTTGTGAGTAGAGA  250

seq1  TCAGGGGTTGATGAGGATTCCTGTTAGACCCCCCCCAACTGGGTTATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGTTGATGAGGATTCCTGTTAGACCCCCCCCAACTGGGTTATTAA  300

seq1  CACCACCTTTTTTCCAATTTTTAATTAAATTTATTTATTAAAATTAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCTTTTTTCCAATTTTTAATTAAATTTATTTATTAAAATTAATTT  350

seq1  ATTAATTAATAAGCACTAACTTTTTATTAATAAAATTATTAATTTAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTAATAAGCACTAACTTTTTATTAATAAAATTATTAATTTAGCAA  400

seq1  AACTATTCATTATCTATTGACAGAAGAGTCTTTTTTAATTAGGTATTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTCATTATCTATTGACAGAAGAGTCTTTTTTAATTAGGTATTTTC  450

seq1  TTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCAGGCCCTCCCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCAGGCCCTCCCCCC  500

seq1  TCCCACTGCCCTCCCCCTCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCGTTCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGCCCTCCCCCTCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCGTTCCTCT  550

seq1  GTACTGAGGCATAT-AAAGTTTGCACGACC-AATGGGCCTCTCTTCCCAA  598
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTACTGAGGCATATAAAAGTTTGCACGACCAAATGGGCCTCTCTTCCCAA  600

seq1  TGATAGCCGACTAGGCCATC-TTCTGATACATATGCAGCTAGAGACATGA  647
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCCGACTAGGCCATCTTTCTGATACATATGCAGCTAGAGACATGA  650

seq1  GC-TCCGGGGATACTGGTTAGTTCATATTG-TTGTTTCACCTATAGGG  693
      || ||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||
seq2  GCTTCCTGGGATACTGGTTAGTTCATATTGTTTTTTTTACCTATAGGG  698


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |