BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305J20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 49,599,806 - 49,737,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDaam2
Upstream geneUnc5cl, Lrfn2, 1700008K24Rik, LOC672972, Mocs1
Downstream geneKif6, EG668470, Rftn1, EG668475, EG628747, LOC100043818, Dazl, Plcl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305J20.bB6Ng01-305J20.g
ACCGA098862GA098863
length1,1711,072
definitionB6Ng01-305J20.b B6Ng01-305J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,599,806 - 49,600,973)(49,736,132 - 49,737,208)
sequence
gaattctctagggtctgaggctctgggtttgtctgtgtccacagtaggac
caggtgaagatgccagctctagaaagggatgtattgaggagcagtgcggt
cagagtgggcactgggccatctttaccttgtccctggcctcattcagctg
gtcctccagctctgagaagctgaagctagacactgtgatgaagtcactca
tgacagggacgaacttgtcattggggtctcgtgcctggtgtctctgatat
tccaactcctgcgaagggagaacaaagcacgttttagacagatggggctc
aggggctacagcgtgcctcttggcactcacaggatgtcacacaagccttc
ggggaaagctgacaccacgcctggggttttaattataaaggtaaccagga
cttggagaattgtcggtctatacagccatttgcacctttcccttgcctat
caccaccactgtgttgtgggcagcaatctacattccaaatagcactttcc
aggactgtcaaaatggaagcaaccacccatggcagacacagaaggcccat
gggaattctccagttctccagtgtgagggacagggacatgttggggatgt
cctagagagcatatcagctatgaagacaggaaaacagcaatggctgccac
agggccagagcctgctgccaggatccagcctttgtgccctctcactagtc
ctcaactgagatcctaaggtgaaacaaggatgtgggatcttgcaggtgga
tgcacacttgtgacattatgagataatgttgtcatctacaaagtgcacac
ttggaagtgcacaaccaagtgtaggaaaatatcatcgtaaaaaattctca
tgtcttaagtaagtttgtggttttgtgtcagccctatgcatagctctcct
gggttacatatggcctacaggtaatgggttggaaactcctgtcaagtgac
taggttataaggcttttgtgaatgggttaagttgcccttatacagagtcc
caggagaagtctgtccctttgtagaagtgaggacacagtgcaaggtgcta
cctatgagaatcaaggcccctcacttgacatggttcttgcaggacttcga
atcttcgaatgaaccaccctgcatattataagaagtaaaatcctttttgt
tccaatcaggctattcgttga

gaattccagaatgtttctggctgcgatgggttgtgttcagggttagttga
agaattcgcagcacatggtggaatacaagaatgagcatgggcatgtcatc
tgattgctgttgtttggcacgcgttgcttttctgttgatgtgataaatgc
cacaactgaaagaaatctaagggagaagggatttatttgtgcgtatggtt
ccagagggatagaggcagggaagggtatgacaatatggtggaggcacaaa
gttgactcattgcactctgtctacacacagaaagtagagagaaagcaaga
atggaaagtggagccaggctatatagattctcatggccctcctacagtaa
cgttctccctccagcaaggcttcacctcctaaagactccataacttcccc
caacacagcattactatttgaggaccaagtgttcaaacacataagcctat
ggggaacatttctcattcaaaccactacattcacctcctcactcatcgat
cctgaataagccccactgtctccccaagggcagagacctgaaaggttcca
ccagacagcttgcaccataactcagatattccatcttgaccttggaagtc
tctgggggaactactaatttgtaatgtccaagggctttctgtgtcttgat
cttttattacctcatttccttccatagtttagagatgatataataatcct
gtgatcacgctaggaaacagatgcacatagattgcaggggcaggagagat
ggcttagctgttacgagcactggctgatcctccataagaccatgattcaa
ttcctagcacccacatggtatctcatgcctgtatgtaactccagcttcca
ggggatataatccactcttttgggcctcccctggcaatgcatacacatga
tatacattcacattcatatgcttaggtaaaacatccacacacatgcacta
agattaaaaataaatggttttttatttttaatttattttatttattttat
tttatttaagaatatagttctcagttcacaagccacttttttgctggaca
ttggttcaggttcatgagatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_49599806_49600973
seq2: B6Ng01-305J20.b_48_1218

seq1  GAATTCTCTAGGGTCTGAGGCTCTGGGTTTGTCTGTGTCCACAGTAGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGGGTCTGAGGCTCTGGGTTTGTCTGTGTCCACAGTAGGAC  50

seq1  CAGGTGAAGATGCCAGCTCTAGAAAGGGATGTATTGAGGAGCAGTGCGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAAGATGCCAGCTCTAGAAAGGGATGTATTGAGGAGCAGTGCGGT  100

seq1  CAGAGTGGGCACTGGGCCATCTTTACCTTGTCCCTGGCCTCATTCAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGGCACTGGGCCATCTTTACCTTGTCCCTGGCCTCATTCAGCTG  150

seq1  GTCCTCCAGCTCTGAGAAGCTGAAGCTAGACACTGTGATGAAGTCACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCAGCTCTGAGAAGCTGAAGCTAGACACTGTGATGAAGTCACTCA  200

seq1  TGACAGGGACGAACTTGTCATTGGGGTCTCGTGCCTGGTGTCTCTGATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGGACGAACTTGTCATTGGGGTCTCGTGCCTGGTGTCTCTGATAT  250

seq1  TCCAACTCCTGCGAAGGGAGAACAAAGCACGTTTTAGACAGATGGGGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTCCTGCGAAGGGAGAACAAAGCACGTTTTAGACAGATGGGGCTC  300

seq1  AGGGGCTACAGCGTGCCTCTTGGCACTCACAGGATGTCACACAAGCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTACAGCGTGCCTCTTGGCACTCACAGGATGTCACACAAGCCTTC  350

seq1  GGGGAAAGCTGACACCACGCCTGGGGTTTTAATTATAAAGGTAACCAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAGCTGACACCACGCCTGGGGTTTTAATTATAAAGGTAACCAGGA  400

seq1  CTTGGAGAATTGTCGGTCTATACAGCCATTTGCACCTTTCCCTTGCCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGAATTGTCGGTCTATACAGCCATTTGCACCTTTCCCTTGCCTAT  450

seq1  CACCACCACTGTGTTGTGGGCAGCAATCTACATTCCAAATAGCACTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCACTGTGTTGTGGGCAGCAATCTACATTCCAAATAGCACTTTCC  500

seq1  AGGACTGTCAAAATGGAAGCAACCACCCATGGCAGACACAGAAGGCCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGTCAAAATGGAAGCAACCACCCATGGCAGACACAGAAGGCCCAT  550

seq1  GGGAATTCTCCAGTTCTCCAGTGTGAGGGACAGGGACATGTTGGGGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTCTCCAGTTCTCCAGTGTGAGGGACAGGGACATGTTGGGGATGT  600

seq1  CCTAGAGAGCATATCAGCTATGAAGACAGGAAAACAGCAATGGCTGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGAGCATATCAGCTATGAAGACAGGAAAACAGCAATGGCTGCCAC  650

seq1  AGGGCCAGAGCCTGCTGCCAGGATCCAGCCTTTGTGCCCTCTCACTAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCAGAGCCTGCTGCCAGGATCCAGCCTTTGTGCCCTCTCACTAGTC  700

seq1  CTCAACTGAGATCCTAAGGTGAAACAAGGATGTGGGATCTTGCAGGTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGAGATCCTAAGGTGAAACAAGGATGTGGGATCTTGCAGGTGGA  750

seq1  TGCACACTTGTGACATTATGAGATAATGTTGTCATCTACAAAGTGCACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTTGTGACATTATGAGATAATGTTGTCATCTACAAAGTGCACAC  800

seq1  TTGGAAGTGCACAACCAAGTGTAGGAAAATATCATCGTAAAAAATTCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGTGCACAACCAAGTGTAGGAAAATATCATCGTAAAAAATTCTCA  850

seq1  TGTCTTAAGTAAGTTTGTGGTTTTGTGTCAGCCCTATGCATAGCTCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAAGTAAGTTTGTGGTTTTGTGTCAGCCCTATGCATAGCTCTCCT  900

seq1  GGGTTACATATGGCCTACAGGTAATGGGTTGGACACTCCTGTCAAGTGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGTTACATATGGCCTACAGGTAATGGGTTGGAAACTCCTGTCAAGTGAC  950

seq1  TAGGTTATAAGGCTTTTGTGAATGGGTTTAGTGGCCC-TATACAAGAGTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||
seq2  TAGGTTATAAGGCTTTTGTGAATGGGTTAAGTTGCCCTTATAC-AGAGTC  999

seq1  CCA-GAGAAGTCTGT-CCTTTGTAGAAGGTGAGGACACAGTGGCAAGGTG  1047
      ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CCAGGAGAAGTCTGTCCCTTTGTAGAA-GTGAGGACACAGT-GCAAGGTG  1047

seq1  CTACCTATGAGAACCA--GGCCCTCACTGGACATTGGTCCTGCCAGGACT  1095
      ||||||||||||| ||  | |||||||| |||| |||| ||  |||||||
seq2  CTACCTATGAGAATCAAGGCCCCTCACTTGACA-TGGTTCTTGCAGGACT  1096

seq1  TCG-ATC-TCGAATGACCCACCCTGCAATATTATAAGAGGTAAATATC--  1141
      ||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||  
seq2  TCGAATCTTCGAATGAACCACCCTGC-ATATTATAAGAAGTAAA-ATCCT  1144

seq1  TTTTGTT-CATACGAGCTATTCCGTTGA  1168
      ||||||| ||  |  |||||| ||||||
seq2  TTTTGTTCCAATCAGGCTATT-CGTTGA  1171


seq1: chr17_49736132_49737208
seq2: B6Ng01-305J20.g_70_1141 (reverse)

seq1  TCATCTCAATGACACTGGAACCAATGTCCAGGAAAAAAAGTTGGGTTTGT  50
      ||||||| |||| ||  ||||||||||||| | ||||||||  || ||| 
seq2  TCATCTC-ATGA-ACCTGAACCAATGTCCA-GCAAAAAAGT--GGCTTG-  44

seq1  TGAACTGAGACCTATA-TCTAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT  99
      |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TGAACTGAGAACTATATTCTTAAATAAAATAAAAT-AAATAAAATAAATT  93

seq1  AAAAATAAAAAACCATTTTATTTTTAATCTTAGTGCATGTGTGTGGATGT  149
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAAAACCA-TTTATTTTTAATCTTAGTGCATGTGTGTGGATGT  142

seq1  TTTACCTAAGCATATGAATGTGAATGTATATCATGTGTATGCATTGCCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTAAGCATATGAATGTGAATGTATATCATGTGTATGCATTGCCAG  192

seq1  GGGAGG-CCAAAAGAGTGGATTATATCCCCTGG-AGCTGGAGTTACATAC  247
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCCCAAAAGAGTGGATTATATCCCCTGGAAGCTGGAGTTACATAC  242

seq1  AGGCATGAGATACCATGTGGGTGCTAGGAATTGAATCATGGTCTTATGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGAGATACCATGTGGGTGCTAGGAATTGAATCATGGTCTTATGGA  292

seq1  GGATCAGCCAGTGCTCGTAACAGCTAAGCCATCTCTCCTGCCCCTGCAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGCCAGTGCTCGTAACAGCTAAGCCATCTCTCCTGCCCCTGCAAT  342

seq1  CTATGTGCATCTGTTTCCTAGCGTGATCACAGGATTATTATATCATCTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGCATCTGTTTCCTAGCGTGATCACAGGATTATTATATCATCTCT  392

seq1  AAACTATGGAAGGAAATGAGGTAATAAAAGATCAAGACACAGAAAGCCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATGGAAGGAAATGAGGTAATAAAAGATCAAGACACAGAAAGCCCT  442

seq1  TGGACATTACAAATTAGTAGTTCCCCCAGAGACTTCCAAGGTCAAGATGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATTACAAATTAGTAGTTCCCCCAGAGACTTCCAAGGTCAAGATGG  492

seq1  AATATCTGAGTTATGGTGCAAGCTGTCTGGTGGAACCTTTCAGGTCTCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTGAGTTATGGTGCAAGCTGTCTGGTGGAACCTTTCAGGTCTCTG  542

seq1  CCCTTGGGGAGACAGTGGGGCTTATTCAGGATCGATGAGTGAGGAGGTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGGGAGACAGTGGGGCTTATTCAGGATCGATGAGTGAGGAGGTGA  592

seq1  ATGTAGTGGTTTGAATGAGAAATGTTCCCCATAGGCTTATGTGTTTGAAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTGGTTTGAATGAGAAATGTTCCCCATAGGCTTATGTGTTTGAAC  642

seq1  ACTTGGTCCTCAAATAGTAATGCTGTGTTGGGGGAAGTTATGGAGTCTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGTCCTCAAATAGTAATGCTGTGTTGGGGGAAGTTATGGAGTCTTT  692

seq1  AGGAGGTGAAGCCTTGCTGGAGGGAGAACGTTACTGTAGGAGGGCCATGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTGAAGCCTTGCTGGAGGGAGAACGTTACTGTAGGAGGGCCATGA  742

seq1  GAATCTATATAGCCTGGCTCCACTTTCCATTCTTGCTTTCTCTCTACTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTATATAGCCTGGCTCCACTTTCCATTCTTGCTTTCTCTCTACTTT  792

seq1  CTGTGTGTAGACAGAGTGCAATGAGTCAACTTTGTGCCTCCACCATATTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTAGACAGAGTGCAATGAGTCAACTTTGTGCCTCCACCATATTG  842

seq1  TCATACCCTTCCCTGCCTCTATCCCTCTGGAACCATACGCACAAATAAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCCTTCCCTGCCTCTATCCCTCTGGAACCATACGCACAAATAAAT  892

seq1  CCCTTCTCCCTTAGATTTCTTTCAGTTGTGGCATTTATCACATCAACAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCCCTTAGATTTCTTTCAGTTGTGGCATTTATCACATCAACAGA  942

seq1  AAAGCAACGCGTGCCAAACAACAGCAATCAGATGACATGCCCATGCTCAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACGCGTGCCAAACAACAGCAATCAGATGACATGCCCATGCTCAT  992

seq1  TCTTGTATTCCACCATGTGCTGCGAATTCTTCAACTAACCCTGAACACAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATTCCACCATGTGCTGCGAATTCTTCAACTAACCCTGAACACAA  1042

seq1  CCCATCGCAGCCAGAAACATTCTGGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCGCAGCCAGAAACATTCTGGAATTC  1072


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |