BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307B20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 75,639,162 - 75,706,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLtbp1
Upstream geneMemo1, 2810410M20Rik, LOC668773, LOC668775, Spast, Slc30a6, Nlrc4, LOC100043883, LOC624159, Yipf4, Birc6, Ttc27, LOC100043672, EG621988
Downstream geneRasgrp3, 2810405J04Rik, LOC668787, LOC100043885, LOC100043886
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307B20.bB6Ng01-307B20.g
ACCGA099972GA099973
length1,1751,104
definitionB6Ng01-307B20.b B6Ng01-307B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,705,613 - 75,706,783)(75,639,162 - 75,640,267)
sequence
gaattccatgtgtgcacaggaagaagccactggcactgcccacggaattc
accgttgctttcaaaaataaccccaattacagcacacagatctgagtttc
taacaacagaaagcagcacttccaggccgcctcattccccaccctttctt
tgcttgtgggaaccgacttttgtaaacaccgagagcaaacaacttgaaag
aggatgccaagagttggagccagagtaaatagtggaaaagaacgagccta
gacacgggcacgtaaattccagacagcagcgagagaatgtcgtgtctagt
atctggtttggtttcaaaaatgttaacaagttcagaaatgtatggactct
ctgtttaattactcatgccccagaaaaagtgatttacagagccatagaat
gcaacagcgatgtctattcctaaggccatattttatttaaattgcagaca
ctgtggattgccatgcatgggatacttacaatgttgcctttttttttttt
ttgaaagctaccaccatgattaatgatgaaatagaatgctgtgtaatagc
tagagtagtttttaattgtctattctttacttattagagaaaaaattgca
tggaaccagccatttcttgtagacataccagttagagtcaatcaggtccg
tggccttcatggagattaagctctagagggaataacgtgcaacagagaat
tccccaagggatttctacaaagaggggaggtagatagagagcagcaggac
ataaacgcttaactgaaacgcgcagaacaaagcaaactccataatgtatc
tcgaagccaggattcttctccagcccatagatccctacatccagctagtc
agcctactgaacactgccctactctctcataggtaccttacagtcttcac
agacaaaactgactgcatctcgccctttcctttatggcaaggacaagcat
ggtgtgggtcttgatgccacagaagggttaaggcaacatacttcttattt
ctaaccctttaggatagtcctccccaccacatacacaggagcaagaatag
gattctggcatccaccattctcccctacaagggaatactcattttacagg
aaggtaatcatgtcttggcttcaatagacttcgaagttcatgtaccatat
agccctatggttccataacagaact
gaattccccgttaggacaacagtccttgtagaatcaaatctgttgttctc
cttgcattaatgacaatgttaaaaaattggaacatttgacattggctcat
aaaagtaaatatagttaacattttagagctcttggtgaggctttacagtt
tgatttagagcctaagttgagccattttgcctggaaggtggacaggagtt
gccttgctgaactggagtgttttctaccattaggagagattggtaatgtt
cctagcagcaaagacccgggaaagggtttagatgaacccagtctctcacg
gataaccagtgcttttcaaaaaaaggactttattcttgcttttatggaaa
gatgtggaggattttttatgaagtacaactcatattcttcaacatcacaa
taacgagggtagtgctttggcttggtaaaaatcctcaaggttttgtgtca
gcaacttttgaatagcatgattttgaatgtgagtagacatgagcatgtca
cagagggctattaaagagtgatgtagctatgtgatctgggtgagtaaacc
ctcccgtggctctgcatacatgctccatgcatgcaaaatctgcatctcta
tgaaggttatggatacctctgagaagttgcctattgataataaaatgatt
attgtgactatcctttataattagaaagaaccatgtaagaatcataccta
atttttcaggtaggtagagacacttttattgtacgtacaagttggcaaga
gagggctggaatgatattctggtcatcactgatgaagtgggtctgactca
ttctttgagaataagtaggaacagtccagagccatgggctggctccagat
agtcaggcttataggtgggagacagtgaaggaatgctgatctttataggg
aaactgggatggagttgaacgttctcgttattgcccagcccacctcactc
ctgctctcggagtgcttcgtaatcacttaatttaagaacactgattgtat
aatcgatcggtttgtctttgcagtttgtagtgaagagactgacatgccag
agagttattcaattagtgttcttccgttgagttgcgcagatggagacaac
tcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_75705613_75706783
seq2: B6Ng01-307B20.b_44_1217 (reverse)

seq1  GTTCTG-TATG--ACCATA-GGCTATA-GTAACATGAACTCTGAAGTCTA  45
      |||||| ||||  |||||| ||||||| |  |||||||||  ||||||||
seq2  GTTCTGTTATGGAACCATAGGGCTATATGGTACATGAACTTCGAAGTCTA  50

seq1  ATATGGGAAACCAAGACATGATTACCTCCTTGTAAAAATGAGGTAAT-CC  94
       |    ||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||| | ||
seq2  TT----GAAGCCAAGACATGATTACCTTCCTGT-AAAATGA-GTATTCCC  94

seq1  TGGTAGGGGAAGATGGTGGATTGGCAGAAT-CTA-TCTTGCTTCCTGTGG  142
      | ||||||||  |||||||| || |||||| ||| |||||| |||||| |
seq2  TTGTAGGGGAGAATGGTGGA-TGCCAGAATCCTATTCTTGC-TCCTGT-G  141

seq1  TATGTTGGTGGGA-GACTATCCT-AAGGGTTAGAAATAAGAAGTATGTTG  190
      ||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTGGGGAGGACTATCCTAAAGGGTTAGAAATAAGAAGTATGTTG  191

seq1  CCTTAA-CCTTCTGTTGGCATCAAGACCCACA-CATGCTTGTCCTTGCCA  238
      |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCTTAACCCTTCTG-TGGCATCAAGACCCACACCATGCTTGTCCTTGCCA  240

seq1  TAAAGGAAA-GGCGAGATGCAGTCAGTTTTGTCTGTGAAGACTGTAAGGT  287
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAAAGGGCGAGATGCAGTCAGTTTTGTCTGTGAAGACTGTAAGGT  290

seq1  ACCTATGAGAGAGTAGGGCAGTGTTCAGTAGGCTGACTAGCTGGATGTAG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGAGAGAGTAGGGCAGTGTTCAGTAGGCTGACTAGCTGGATGTAG  340

seq1  GGATCTATGGGCTGGAGAAGAATCCTGGCTTCGAGATACATTATGGAGTT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTATGGGCTGGAGAAGAATCCTGGCTTCGAGATACATTATGGAGTT  390

seq1  TGCTTTGTTCTGCGCGTTTCAGTTAAGCGTTTATGTCCTGCTGCTCTCTA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTTCTGCGCGTTTCAGTTAAGCGTTTATGTCCTGCTGCTCTCTA  440

seq1  TCTACCTCCCCTCTTTGTAGAAATCCCTTGGGGAATTCTCTGTTGCACGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTCCCCTCTTTGTAGAAATCCCTTGGGGAATTCTCTGTTGCACGT  490

seq1  TATTCCCTCTAGAGCTTAATCTCCATGAAGGCCACGGACCTGATTGACTC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCTCTAGAGCTTAATCTCCATGAAGGCCACGGACCTGATTGACTC  540

seq1  TAACTGGTATGTCTACAAGAAATGGCTGGTTCCATGCAATTTTTTCTCTA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGTATGTCTACAAGAAATGGCTGGTTCCATGCAATTTTTTCTCTA  590

seq1  ATAAGTAAAGAATAGACAATTAAAAACTACTCTAGCTATTACACAGCATT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAAAGAATAGACAATTAAAAACTACTCTAGCTATTACACAGCATT  640

seq1  CTATTTCATCATTAATCATGGTGGTAGCTTTCAAAAAAAAAAAAAAGGCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCATCATTAATCATGGTGGTAGCTTTCAAAAAAAAAAAAAAGGCA  690

seq1  ACATTGTAAGTATCCCATGCATGGCAATCCACAGTGTCTGCAATTTAAAT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTAAGTATCCCATGCATGGCAATCCACAGTGTCTGCAATTTAAAT  740

seq1  AAAATATGGCCTTAGGAATAGACATCGCTGTTGCATTCTATGGCTCTGTA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGGCCTTAGGAATAGACATCGCTGTTGCATTCTATGGCTCTGTA  790

seq1  AATCACTTTTTCTGGGGCATGAGTAATTAAACAGAGAGTCCATACATTTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTTTTTCTGGGGCATGAGTAATTAAACAGAGAGTCCATACATTTC  840

seq1  TGAACTTGTTAACATTTTTGAAACCAAACCAGATACTAGACACGACATTC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGTTAACATTTTTGAAACCAAACCAGATACTAGACACGACATTC  890

seq1  TCTCGCTGCTGTCTGGAATTTACGTGCCCGTGTCTAGGCTCGTTCTTTTC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGCTGCTGTCTGGAATTTACGTGCCCGTGTCTAGGCTCGTTCTTTTC  940

seq1  CACTATTTACTCTGGCTCCAACTCTTGGCATCCTCTTTCAAGTTGTTTGC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTTACTCTGGCTCCAACTCTTGGCATCCTCTTTCAAGTTGTTTGC  990

seq1  TCTCGGTGTTTACAAAAGTCGGTTCCCACAAGCAAAGAAAGGGTGGGGAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGGTGTTTACAAAAGTCGGTTCCCACAAGCAAAGAAAGGGTGGGGAA  1040

seq1  TGAGGCGGCCTGGAAGTGCTGCTTTCTGTTGTTAGAAACTCAGATCTGTG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCGGCCTGGAAGTGCTGCTTTCTGTTGTTAGAAACTCAGATCTGTG  1090

seq1  TGCTGTAATTGGGGTTATTTTTGAAAGCAACGGTGAATTCCGTGGGCAGT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAATTGGGGTTATTTTTGAAAGCAACGGTGAATTCCGTGGGCAGT  1140

seq1  GCCAGTGGCTTCTTCCTGTGCACACATGGAATTC  1171
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGGCTTCTTCCTGTGCACACATGGAATTC  1174

seq1: chr17_75639162_75640267
seq2: B6Ng01-307B20.g_66_1169

seq1  GAATTCCCCGTTAGGACAACAGTCCTTGTAGAATCAAATCTGTTGTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCGTTAGGACAACAGTCCTTGTAGAATCAAATCTGTTGTTCTC  50

seq1  CTTGCATTAATGACAATGTTAAAAAATTGGAACATTTGACATTGGCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCATTAATGACAATGTTAAAAAATTGGAACATTTGACATTGGCTCAT  100

seq1  AAAAGTAAATATAGTTAACATTTTAGAGCTCTTGGTGAGGCTTTACAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAAATATAGTTAACATTTTAGAGCTCTTGGTGAGGCTTTACAGTT  150

seq1  TGATTTAGAGCCTAAGTTGAGCCATTTTGCCTGGAAGGTGGACAGGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAGAGCCTAAGTTGAGCCATTTTGCCTGGAAGGTGGACAGGAGTT  200

seq1  GCCTTGCTGAACTGGAGTGTTTTCTACCATTAGGAGAGATTGGTAATGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCTGAACTGGAGTGTTTTCTACCATTAGGAGAGATTGGTAATGTT  250

seq1  CCTAGCAGCAAAGACCCGGGAAAGGGTTTAGATGAACCCAGTCTCTCACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAGCAAAGACCCGGGAAAGGGTTTAGATGAACCCAGTCTCTCACG  300

seq1  GATAACCAGTGCTTTTCAAAAAAAGGACTTTATTCTTGCTTTTATGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCAGTGCTTTTCAAAAAAAGGACTTTATTCTTGCTTTTATGGAAA  350

seq1  GATGTGGAGGATTTTTTATGAAGTACAACTCATATTCTTCAACATCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGAGGATTTTTTATGAAGTACAACTCATATTCTTCAACATCACAA  400

seq1  TAACGAGGGTAGTGCTTTGGCTTGGTAAAAATCCTCAAGGTTTTGTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGAGGGTAGTGCTTTGGCTTGGTAAAAATCCTCAAGGTTTTGTGTCA  450

seq1  GCAACTTTTGAATAGCATGATTTTGAATGTGAGTAGACATGAGCATGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTTGAATAGCATGATTTTGAATGTGAGTAGACATGAGCATGTCA  500

seq1  CAGAGGGCTATTAAAGAGTGATGTAGCTATGTGATCTGGGTGAGTAAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGCTATTAAAGAGTGATGTAGCTATGTGATCTGGGTGAGTAAACC  550

seq1  CTCCCGTGGCTCTGCATACATGCTCCATGCATGCAAAATCTGCATCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGTGGCTCTGCATACATGCTCCATGCATGCAAAATCTGCATCTCTA  600

seq1  TGAAGGTTATGGATACCTCTGAGAAGTTGCCTATTGATAATAAAATGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTTATGGATACCTCTGAGAAGTTGCCTATTGATAATAAAATGATT  650

seq1  ATTGTGACTATCCTTTATAATTAGAAAGAACCATGTAAGAATCATACCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACTATCCTTTATAATTAGAAAGAACCATGTAAGAATCATACCTA  700

seq1  ATTTTTCAGGTAGGTAGAGACACTTTTATTGTACGTACAAGTTGGCAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCAGGTAGGTAGAGACACTTTTATTGTACGTACAAGTTGGCAAGA  750

seq1  GAGGGCTGGAATGATATTCTGGTCATCACTGATGAAGTGGGTCTGACTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTGGAATGATATTCTGGTCATCACTGATGAAGTGGGTCTGACTCA  800

seq1  TTCTTTGAGAATAAGTAGGAACAGTCCAGAGCCATGGGCTGGCTCCAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGAGAATAAGTAGGAACAGTCCAGAGCCATGGGCTGGCTCCAGAT  850

seq1  AGTCAGGCTTATAGGTGGGAGACAGTGAAGGAATGCTGATCTTTATAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGCTTATAGGTGGGAGACAGTGAAGGAATGCTGATCTTTATAGGG  900

seq1  AAACTGGGATGGAGTTGAACGTTCTCGTTATTGCCCAG-CCACCTCACTC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAACTGGGATGGAGTTGAACGTTCTCGTTATTGCCCAGCCCACCTCACTC  950

seq1  CTGCTCTCGGGAGTGCTTCGTAAATCACTAAATTTAAGAACACTGATTGT  999
      |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTC-GGAGTGCTTCGT-AATCACTTAATTTAAGAACACTGATTGT  998

seq1  AT-ATCGATCGGTTTGTCTTTGCAGTTTTGTTAGTGAAGAGACTGACATG  1048
      || |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  ATAATCGATCGGTTTGTCTTTGCAGTTT--GTAGTGAAGAGACTGACATG  1046

seq1  -CAGAGAGTTAATTCATTTAGTG-TCTCCCGTTGAGTTGTGGCAGATGGA  1096
       ||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||  |||||||||
seq2  CCAGAGAGTT-ATTCAATTAGTGTTCTTCCGTTGAGTTG-CGCAGATGGA  1094

seq1  GACAACTCCA  1106
      ||||||||||
seq2  GACAACTCCA  1104