BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309B16
Chromosome17 (Build37)
Map Location 90,550,556 - 90,683,659
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneFshr, LOC100043904, LOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309B16.bB6Ng01-309B16.g
ACCGA101428GA101429
length1,1861,133
definitionB6Ng01-309B16.b B6Ng01-309B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,682,476 - 90,683,659)(90,550,556 - 90,551,348)
sequence
gaattcataaagagttgacttccctgcgatgaaggtttcaaagccagcat
gtgtttggtggaacacccaagactagaacaagacctcctaaagcagtagt
tgttgctttcaatagtcctcacagctgaagcatagactgctacaggtctg
tgaaatgaccaaagcatctaggctaccatagggacattccagcttgttga
taagaagaaagaattgatagtttcctattccaagtggctatgcataatgg
gagggtgtaacaactgtcaataaaagaatcgacttacccatccccaatat
catagactctttgaaaacaaactgaacaaaaaaaatgtgatttccataaa
tacctaccactaatattaacattcacaatagtgtttgacaggtataattc
ctctttgactattctgaagaaacatgaggctgtctcagcatggaaagaac
gggttgctataaaagaagggtaattttaatcacatggtatgagagtagcc
ctaagtacaaactaaaattgtaattgcatctctaacacatatgtaatgag
ggcttctctattattttacaatatctgaaagctttctatgcttcagaacc
atttaaaggtgtacaaaatgtcacttaaagcagcagttctcaacctagga
atctcaacccctttgagggtcaaacgagccttttacaggggttgactaag
accactgggaaacactgatatttacattacatttcataacagtagcaaaa
tgacagttatgaagaagcagtgaaaataatgttatggttgggggtcacca
caatatgtgcaactgtgttaaagagtcgcagcattgggaagcctgagaaa
catggccttaaaggccttctaggatacattttcttcaaataggtgtattt
agcagtgatatcattgcctttgcaagaaaacattgaaactgccagattat
agaattattaatgagtgagtgctttacacaaaaataatcagctttgttta
atgtatagaatgaaaagaattaaatatttaagatataatttttttatcac
ttttatccatgacttcagtgtccttattgtcatccaatgtagacaaggta
agcaagtctggtgtatgttatcttattaagattccagtgttcgtggcaag
tctgatagggcttttgactaggaaatataattaata
gaattctaaactgaggattatcaaatcgttgagaagcacctaaagaaatg
ttcaacatgcttagtcatcagagaaatgcaaattaaaacaacactgagat
tccaccccatactagtcacaatggctaggattaaaactcaggtgacagca
gatgctggcaaggatgttgggaaagcgtaacactcctccactgctggtgg
gattgcaagttggtacaatcactctggaaatcagtttggtggttcctcag
aaaattggacatattactatctgaggacccagctattcccctcctgggga
tatacccagaagatgctccaacatgttataaggacacatgctctacaatg
ttcatagcagccacatttgtaatagccagaagctggaaacaacccagatg
tccctcaagagaggactggacacagaaaatgtggtacatttgcacaatgg
aatgctacttagctattaaaaaaatatgacttcatgaaattctcaggcaa
atggatggaactagtaataccatcctgagttaggtaacccagtcacaaaa
gaaaacacactctatgcagtcactgataagtggatgttagtccaaaagtt
cagaatacccaagatccaattcacagaccatatgaagctcaagaagaaag
aacaccaaagtatagatgcttcagtgcttcttagaagggggaacaaaata
ctcacagtaggaaatatggaaatgaagagtggagcagagactgaaggaaa
ggccatcctgaaaaggccccacctggggatccatcccatacacagttttc
aaacccatatactattgcagaagctggaagtgcttgcggaagtttaatgc
ctcataagaactagtaaattatctaacactcgtcctattgaggttacagc
ctaaaaattcacacaaacacacacacactcacatgcatgcacttacaaag
tttcccagtggtatcaaaattatagaaaatctaatacatgctctaaaaaa
aagtgagaatatatcacagaaatttctatggtaaatctgacattatttat
gaacaaagcgtaattgcttaacatgttataaatatgaagcattagcacat
tattacagaacctccttatcatttatgatgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_90682476_90683659
seq2: B6Ng01-309B16.b_47_1232 (reverse)

seq1  TATTAAT--TAATTCCTATTTAAAAGCCTTAACAGCACTTGCAACGAACA  48
      |||||||  || |||||| | ||||||| || ||| |||||| |||||||
seq2  TATTAATTATATTTCCTAGTCAAAAGCCCTATCAG-ACTTGCCACGAACA  49

seq1  CTGGAATC-TATAAAGATAAACATTACCACAGACTTGCTT-CCCTGTCTA  96
      |||||||| ||  ||||| |||| |||  ||||||||||| || ||||||
seq2  CTGGAATCTTAATAAGAT-AACA-TACACCAGACTTGCTTACCTTGTCTA  97

seq1  CATTTTGATGAC-ATAAGAACAACTGAAGGTCATGGATAAAAGTGAT-AA  144
      || || |||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  CA-TTGGATGACAATAAGGAC-ACTGAA-GTCATGGATAAAAGTGATAAA  144

seq1  AAAATTATATCTTAAATATTTAATTCTTTTCATTCTATACATTAAACAAA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATATCTTAAATATTTAATTCTTTTCATTCTATACATTAAACAAA  194

seq1  GCTGATTA-TTTTGTGTAAAGCACTCACTCATTAATAATTCTATAATCTG  243
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTATTTTTGTGTAAAGCACTCACTCATTAATAATTCTATAATCTG  244

seq1  GCAGTTTCAATGTTTTCTTGCAAAGGCAATGATATCACTGCTAAATACAC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTCAATGTTTTCTTGCAAAGGCAATGATATCACTGCTAAATACAC  294

seq1  CTATTTGAAGAAAATGTATCCTAGAAGGCC-TTAAGGCCATGTTTCTCAG  342
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGAAGAAAATGTATCCTAGAAGGCCTTTAAGGCCATGTTTCTCAG  344

seq1  GCTTCCCAATGCTGCGACTCTTTAACACAGTTGCACATATTGTGGTGACC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCAATGCTGCGACTCTTTAACACAGTTGCACATATTGTGGTGACC  394

seq1  CCCAACCATAACATTATTTTCACTGCTTCTTCATAACTGTCATTTTGCTA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCATAACATTATTTTCACTGCTTCTTCATAACTGTCATTTTGCTA  444

seq1  CTGTTATGAAATGTAATGTAAATATCAGTGTTTCCCAGTGGTCTTAGTCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGAAATGTAATGTAAATATCAGTGTTTCCCAGTGGTCTTAGTCA  494

seq1  ACCCCTGTAAAAGGCTCGTTTGACCCTCAAAGGGGTTGAGATTCCTAGGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGTAAAAGGCTCGTTTGACCCTCAAAGGGGTTGAGATTCCTAGGT  544

seq1  TGAGAACTGCTGCTTTAAGTGACATTTTGTACACCTTTAAATGGTTCTGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTGCTGCTTTAAGTGACATTTTGTACACCTTTAAATGGTTCTGA  594

seq1  AGCATAGAAAGCTTTCAGATATTGTAAAATAATAGAGAAGCCCTCATTAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGAAAGCTTTCAGATATTGTAAAATAATAGAGAAGCCCTCATTAC  644

seq1  ATATGTGTTAGAGATGCAATTACAATTTTAGTTTGTACTTAGGGCTACTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTTAGAGATGCAATTACAATTTTAGTTTGTACTTAGGGCTACTC  694

seq1  TCATACCATGTGATTAAAATTACCCTTCTTTTATAGCAACCCGTTCTTTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCATGTGATTAAAATTACCCTTCTTTTATAGCAACCCGTTCTTTC  744

seq1  CATGCTGAGACAGCCTCATGTTTCTTCAGAATAGTCAAAGAGGAATTATA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGAGACAGCCTCATGTTTCTTCAGAATAGTCAAAGAGGAATTATA  794

seq1  CCTGTCAAACACTATTGTGAATGTTAATATTAGTGGTAGGTATTTATGGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAAACACTATTGTGAATGTTAATATTAGTGGTAGGTATTTATGGA  844

seq1  AATCACATTTTTTTTGTTCAGTTTGTTTTCAAAGAGTCTATGATATTGGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATTTTTTTTGTTCAGTTTGTTTTCAAAGAGTCTATGATATTGGG  894

seq1  GATGGGTAAGTCGATTCTTTTATTGACAGTTGTTACACCCTCCCATTATG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTAAGTCGATTCTTTTATTGACAGTTGTTACACCCTCCCATTATG  944

seq1  CATAGCCACTTGGAATAGGAAACTATCAATTCTTTCTTCTTATCAACAAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCACTTGGAATAGGAAACTATCAATTCTTTCTTCTTATCAACAAG  994

seq1  CTGGAATGTCCCTATGGTAGCCTAGATGCTTTGGTCATTTCACAGACCTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATGTCCCTATGGTAGCCTAGATGCTTTGGTCATTTCACAGACCTG  1044

seq1  TAGCAGTCTATGCTTCAGCTGTGAGGACTATTGAAAGCAACAACTACTGC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTCTATGCTTCAGCTGTGAGGACTATTGAAAGCAACAACTACTGC  1094

seq1  TTTAGGAGGTCTTGTTCTAGTCTTGGGTGTTCCACCAAACACATGCTGGC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGGTCTTGTTCTAGTCTTGGGTGTTCCACCAAACACATGCTGGC  1144

seq1  TTTGAAACCTTCATCGCAGGGAAGTCAACTCTTTATGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACCTTCATCGCAGGGAAGTCAACTCTTTATGAATTC  1186

seq1: chr17_90550556_90551348
seq2: B6Ng01-309B16.g_404_1195

seq1  TCTACAATGTTCATAGCAGCCACATTTGTAATAGCCAGAAGCTGGAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAATGTTCATAGCAGCCACATTTGTAATAGCCAGAAGCTGGAAACA  50

seq1  ACCCAGATGTCCCTCAAGAGAGGACTGGACACAGAAAATGTGGTACATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGATGTCCCTCAAGAGAGGACTGGACACAGAAAATGTGGTACATTT  100

seq1  GCACAATGGAATGCTACTTAGCTATTAAAAAAATATGACTTCATGAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATGGAATGCTACTTAGCTATTAAAAAAATATGACTTCATGAAATT  150

seq1  CTCAGGCAAATGGATGGAACTAGTAATACCATCCTGAGTTAGGTAACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCAAATGGATGGAACTAGTAATACCATCCTGAGTTAGGTAACCCA  200

seq1  GTCACAAAAGAAAACACACTCTATGCAGTCACTGATAAGTGGATGTTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAAAGAAAACACACTCTATGCAGTCACTGATAAGTGGATGTTAGT  250

seq1  CCAAAAGTTCAGAATACCCAAGATCCAATTCACAGACCATATGAAGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGTTCAGAATACCCAAGATCCAATTCACAGACCATATGAAGCTCA  300

seq1  AGAAGAAAGAACACCAAAGTATAGATGCTTCAGTGCTTCTTAGAAGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAAGAACACCAAAGTATAGATGCTTCAGTGCTTCTTAGAAGGGGG  350

seq1  AACAAAATACTCACAGTAGGAAATATGGAAATGAAGAGTGGAGCAGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATACTCACAGTAGGAAATATGGAAATGAAGAGTGGAGCAGAGAC  400

seq1  TGAAGGAAAGGCCATCCTGAAAAGGCCCCACCTGGGGATCCATCCCATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAAAGGCCATCCTGAAAAGGCCCCACCTGGGGATCCATCCCATAC  450

seq1  ACAGTTTTCAAACCCATATACTATTGCAGAAGCTGGAAGTGCTTGCGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTCAAACCCATATACTATTGCAGAAGCTGGAAGTGCTTGCGGAA  500

seq1  GTTTAATGCCTCATAAGAACTAGTAAATTATCTAACACTCGTCCTATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATGCCTCATAAGAACTAGTAAATTATCTAACACTCGTCCTATTGA  550

seq1  GGTTACAGCCTAAAAATTCACACAAACACACACACACTCACATGCATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACAGCCTAAAAATTCACACAAACACACACACACTCACATGCATGCA  600

seq1  CTTACAAAGTTT-CCAGTGGTATCAAAATATAAGAAAATCTAATACATGC  649
      |||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAAGTTTCCCAGTGGTATCAAAATTATAGAAAATCTAATACATGC  650

seq1  TCTAAAAAAAAGTGAGAATATATCACAGAAATTTCTATGGTAATCTTGAC  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  TCTAAAAAAAAGTGAGAATATATCACAGAAATTTCTATGGTAAATCTGAC  700

seq1  ATTAATTTATTGAACAAAGCGTAATTGCTTTACATGTTATAAATTATGAA  749
      ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
seq2  ATT-ATTTA-TGAACAAAGCGTAATTGCTTAACATGTTATAAA-TATG-A  746

seq1  AGCATTAGCACAT--ATACAG-ACACACTTATCATTTTATGATGAGT  793
      |||||||||||||   ||||| ||   ||||||| ||||||||||||
seq2  AGCATTAGCACATTATTACAGAACCTCCTTATCA-TTTATGATGAGT  792