BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315C20
Chromosome17 (Build37)
Map Location 9,398,318 - 9,511,906
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCcr6, LOC667114, Brp44l, Sft2d1, LOC100038858, 9630019K15Rik, EG435502, LOC433063, T2, T, LOC100040817, Pde10a, 1700010I14Rik, EG667165
Downstream geneEG667170, LOC666143, 4932702K14Rik, Qk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315C20.bB6Ng01-315C20.g
ACCGA105893GA105894
length7451,132
definitionB6Ng01-315C20.b B6Ng01-315C20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,511,161 - 9,511,906)(9,398,318 - 9,399,457)
sequence
gaattcttcagtctcctgagacagacagacagacacacagacagacagac
agacagacagacacacacacacacacacacacacacacacacacagagtg
agagagacagagacagagggtgaggtaggcacacagagggtaacatagag
agaggagaaaagaagggggaaagagaagagggagggagagagaaagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
atggagtggaagggaaatgatcccaacccagggccaggtacctgagctga
atgacttggggtctgacttgctttctctcttctatgaatcatctcccagt
catattttaaacagaacaaggtaacacactctggtggtttactcattaac
agcttaggctggtgtattggtcagtcctttgctttatctttgatcacgag
agactgcaaaagcagagaaagaaagtcaagcacacccccgctgggcctgc
caatgtaacagtatctttgacagttacacgacagaaaacgcattggatca
ggacagccgtgacaggccaagtgagcatattgacaggacaccatggcacc
ttctggcggttgttccagacgaacgctgtcccagccttgtcaatgtgatg
ccgcgtgacacacttcacagactggatcctcacagctcctctgaggggaa
ggtgttttgtgcacagctatccccaggactttttgctagcagctg

gaattcaggtacgtactctgaacttgggtttgaaccccagaactttgcaa
atttcttttaggagaggggccaactaaataaacatttgtgtagatatgtt
agctctggaaagtgtgcatgcttccaacagcctgtgagcagctgacatga
ctgacatgtaggggcagagcagctgtgtaagatgacatgtggatttatgg
atagatttaaggctgaccagtagctgtcctggagcagagtatcatgaaga
cagtcaaattgaaatatgaataaaatttcataacaaggtcaggattcttt
acacaatacaaatcagacctgcttgtacagtgatgttcagcatatcccag
aaaccaaaaattagaagaatgtgagactatttgctgtatttagaatagat
ggtcaaaaagcacaggaagtcatgaaaaaaggaagtcccctctgtaactg
tgtggatgtatgcaattttcagacttaggagcataagactgggagatatg
cactggtccatgtaatggctgattacaatagttgatagtccacccatgac
tttaccattcacccttaacaaatatgtcctgagtaggatatcacacaagt
ctattctggaaattaaccctcactgacatcattcccttaatcattattga
catgtgcctctcaaaggaaacccatgaaaagcagagaaggaaaatacttg
caaaagagggaagcagaggcagttatggggtgccttctctgacaagttca
tggatttggttaatatcctaagagttccaggagcttctttttcttattta
gtagagattcaaagtaaggatagagttggtcaacacaatacagtctacac
tggaccatagcctccacatgattctaacctagcaggaaacttagttcttg
taggcagtaggaagccaggcatggctgtacatgccttcagtcctttcagt
cctagcactctaaggtaggaggatctctgtgagtccaggcctatagacta
caaggcagagtgttcttatgtcatgcacttagatgaatgtctcccctgca
agattacagcatatggctctgggtgatagtgaacttcagaagagaaagca
ttgactgatgccattcacagggtgagtcctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_9511161_9511906
seq2: B6Ng01-315C20.b_50_794 (reverse)

seq1  CAGCTGCTAGC-AAAAGTCCT-GGGATGGCTCTGCACAAAACACCTTCCC  48
      ||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTAGCAAAAAGTCCTGGGGATAGCTGTGCACAAAACACCTTCCC  50

seq1  CTCAGAGGAGCTGTGAGGATCCAGTCTGTGAAGTGTGTCACGCGGCATCA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGAGCTGTGAGGATCCAGTCTGTGAAGTGTGTCACGCGGCATCA  100

seq1  CATTGACAAGGCTGGGACAGCGTTCGTCTGGAACAACCTGCCAGATGCTG  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||
seq2  CATTGACAAGGCTGGGACAGCGTTCGTCTGGAACAACC-GCCAGAAGGTG  149

seq1  CCATGGTGTCCTGTCAATATGCTCACTTGGCCTGTCACGGCTGTCCTGAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTGTCCTGTCAATATGCTCACTTGGCCTGTCACGGCTGTCCTGAT  199

seq1  CCAATGCGTTTTCTGTCGTGTAACTGTCAAAGATACTGTTACATTGGCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCGTTTTCTGTCGTGTAACTGTCAAAGATACTGTTACATTGGCAG  249

seq1  GCCCAGCGGGGGTGTGCTTGACTTTCTTTCTCTGCTTTTGCAGTCTCTTG  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCCCAGCGGGGGTGTGCTTGACTTTCTTTCTCTGCTTTTGCAGTCTCTCG  299

seq1  TGATCAAAGATAAAGCAAAGGACTGACCAATACACCAGCCTAAGCTGCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGATCAAAGATAAAGCAAAGGACTGACCAATACACCAGCCTAAGCTGTTA  349

seq1  ATGAGTAAACCACCAGAGTGTGTTACCTTGTTCTGTTTAAAATATGACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAACCACCAGAGTGTGTTACCTTGTTCTGTTTAAAATATGACTG  399

seq1  GGAGATGATTCATAGAAGAGAGAAAGCAAGTCAGACCCCAAGTCATTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGATTCATAGAAGAGAGAAAGCAAGTCAGACCCCAAGTCATTCAG  449

seq1  CTCAGGTACCTGGCCCTGGGTTGGGATCATTTCCCTTCCACTCCATCTCT  498
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  CTCAGGTACCTGGCCCTGGGTTGGGATCATTTCCCTTCCACTCCA--TCT  497

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  547

seq1  CTCTTTCTCTCTCCCTCCCTCTTCTCTTTCCCCCTTCTTTTCTCCTCTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTCTCTCCCTCCCTCTTCTCTTTCCCCCTTCTTTTCTCCTCTCT  597

seq1  CTATGTTACCCTCTGTGTGCCTACCTCACCCTCTGTCTCTGTCTCTCTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTACCCTCTGTGTGCCTACCTCACCCTCTGTCTCTGTCTCTCTCA  647

seq1  CTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGT  697

seq1  CTGTCTGTCTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTCAGGAGACTGAAGAATTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTCAGGAGACTGAAGAATTC  745


seq1: chr17_9398318_9399457
seq2: B6Ng01-315C20.g_67_1198

seq1  GAATTCAGGTACGTACTCTGAACTTGGGTTTGAACCCCAGAACTTTGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTACGTACTCTGAACTTGGGTTTGAACCCCAGAACTTTGCAA  50

seq1  ATTTCTTTTAGGAGAGGGGCCAACTAAATAAACATTTGTGTAGATATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTAGGAGAGGGGCCAACTAAATAAACATTTGTGTAGATATGTT  100

seq1  AGCTCTGGAAAGTGTGCATGCTTCCAACAGCCTGTGAGCAGCTGACATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGAAAGTGTGCATGCTTCCAACAGCCTGTGAGCAGCTGACATGA  150

seq1  CTGACATGTAGGGGCAGAGCAGCTGTGTAAGATGACATGTGGATTTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATGTAGGGGCAGAGCAGCTGTGTAAGATGACATGTGGATTTATGG  200

seq1  ATAGATTTAAGGCTGACCAGTAGCTGTCCTGGAGCAGAGTATCATGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTTAAGGCTGACCAGTAGCTGTCCTGGAGCAGAGTATCATGAAGA  250

seq1  CAGTCAAATTGAAATATGAATAAAATTTCATAACAAGGTCAGGATTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAATTGAAATATGAATAAAATTTCATAACAAGGTCAGGATTCTTT  300

seq1  ACACAATACAAATCAGACCTGCTTGTACAGTGATGTTCAGCATATCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATACAAATCAGACCTGCTTGTACAGTGATGTTCAGCATATCCCAG  350

seq1  AAACCAAAAATTAGAAGAATGTGAGACTATTTGCTGTATTTAGAATAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAAAATTAGAAGAATGTGAGACTATTTGCTGTATTTAGAATAGAT  400

seq1  GGTCAAAAAGCACAGGAAGTCATGAAAAAAGGAAGTCCCCTCTGTAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAAAAGCACAGGAAGTCATGAAAAAAGGAAGTCCCCTCTGTAACTG  450

seq1  TGTGGATGTATGCAATTTTCAGACTTAGGAGCATAAGACTGGGAGATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGTATGCAATTTTCAGACTTAGGAGCATAAGACTGGGAGATATG  500

seq1  CACTGGTCCATGTAATGGCTGATTACAATAGTTGATAGTCCACCCATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTCCATGTAATGGCTGATTACAATAGTTGATAGTCCACCCATGAC  550

seq1  TTTACCATTCACCCTTAACAAATATGTCCTGAGTAGGATATCACACAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCATTCACCCTTAACAAATATGTCCTGAGTAGGATATCACACAAGT  600

seq1  CTATTCTGGAAATTAACCCTCACTGACATCATTCCCTTAATCATTATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTGGAAATTAACCCTCACTGACATCATTCCCTTAATCATTATTGA  650

seq1  CATGTGCCTCTCAAAGGAAACCCATGAAAAGCAGAGAAGGAAAATACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCCTCTCAAAGGAAACCCATGAAAAGCAGAGAAGGAAAATACTTG  700

seq1  CAAAAGAGGGAAGCAGAGGCAGTTATGGGGTGCCTTCTCTGACAAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGGGAAGCAGAGGCAGTTATGGGGTGCCTTCTCTGACAAGTTCA  750

seq1  TGGATTTGGTTAATATCCTAAGAGTTCCAGGAGCTTCTTTTTCTTATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTGGTTAATATCCTAAGAGTTCCAGGAGCTTCTTTTTCTTATTTA  800

seq1  GTAGAGATTCAAAGTAAGGATAGAGTTGGTCAACACAATACAGTCTACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATTCAAAGTAAGGATAGAGTTGGTCAACACAATACAGTCTACAC  850

seq1  TGGACCATAGCCTCCACATGATTCTAACCTAGCAGGAAACTTAGTTCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCATAGCCTCCACATGATTCTAACCTAGCAGGAAACTTAGTTCTTG  900

seq1  TAGGCAGTAGGAAGCCAGGCATGGCTGTACATGCCTTCAGTCC-TTCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAGGCAGTAGGAAGCCAGGCATGGCTGTACATGCCTTCAGTCCTTTCAGT  950

seq1  CCTAGCACTCT-AGGTAGGAGGATCTCTGTGAGTCCCAGGCCTATAGACT  998
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTAGCACTCTAAGGTAGGAGGATCTCTGTGAGT-CCAGGCCTATAGACT  999

seq1  ACAAGGCAAGAGTGTTCTATTGTCCATGCCACTAAGATTGAAATGTTCTC  1048
      ||||||| ||||||||||  ||| |||| |||| ||||   |||| ||||
seq2  ACAAGGC-AGAGTGTTCTTATGT-CATG-CACTTAGAT--GAATG-TCTC  1043

seq1  CCCTGGCAGAATTAACAGCAATATGGCTCT-GGTGATAGTG-ACTCCAGA  1096
      |||||  |||  | ||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||
seq2  CCCTGCAAGA--TTACAGC-ATATGGCTCTGGGTGATAGTGAACTTCAGA  1090

seq1  AGAGAAAAGCATTTGGACTGGATGCCATTCACA--GTGAGTCCTAT  1140
      |||| ||||||||  |||| |||||||||||||  |||||||||||
seq2  AGAG-AAAGCATT--GACT-GATGCCATTCACAGGGTGAGTCCTAT  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |