BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319N18
Chromosome17 (Build37)
Map Location 91,216,715 - 91,357,013
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn1
Upstream geneLOC100043906
Downstream geneEG668871, LOC668872, LOC627235, LOC100043741, LOC100043742
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319N18.bB6Ng01-319N18.g
ACCGA109385GA109386
length1,1161,099
definitionB6Ng01-319N18.b B6Ng01-319N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,216,715 - 91,217,840)(91,355,900 - 91,357,013)
sequence
gaattcctgcaggaatatgcatactagttaaatagagcagcagtaaaaac
aatagaacatacaggaaaatatatggcttttataaaaatattaaattaat
atactataaaaagaaagtgggtaggtgatgcattcactattcctttggaa
tctctacggtgataaaaacaaaagcaacctgctcctttgttttggtactg
gaaatgctgtctactggcttgtcactgaggtctgcatggagattcccgtt
ttatgagactctgacttcatgtgtgattgactttggtagtgtagcacatt
cctgttcctggcactcatgtgtaaatgctctaactgactttaacaatctc
aaagtacgtgtgtgagagccagaattcaagatcccgtacttatcaatgat
aacactgaatcaattccttgtgttttaaaatgccacaattttctatatgt
taagtttcctatatgtctagtatatttaagttttatagaatatgaatcat
cagagaaatcgtctcaactgtcctctacttttcaatatgatcacaaccca
tatttatagccataaaactaaagggaaaatgttgtaaatacatacaaaac
gtgtaatctgagcatattgttttgctttgtttccttttcaaaacagaata
tcaaggcagagtccactatgcagaaagcctctaggtttccaaaaactgaa
agcttatgccagtaaatcacaactgttttaccatatgcctcattgttatg
gcaagtattaccagtctgctctacttttaaacaaacttcattatattata
gctcacagcaatcctcattaaaaagtattactgaaaaatgccaagttgtt
tttatagaggaactggaatttattttctactgaaagtcaggttgaacaca
agacatttttaaaacatcggttttatctcagaatttgcttgaaaattgtc
agttcctatcttaatgtgagacttccatgtctcacacgagacagtctaaa
gaatgtttgtctcacacagatgagctaattttttatcagatttctcattt
taacaaatctaccgtatttaaaacttgactcaagtgtgaaactgtctctg
tatgtcaaccactacc

gaattcttgtggtgtagacatctaagatggttagatttagtattcttggg
aagagagtcttggtggaagactgtgtacatacacaaggctggcctgttgg
cctgtctttaggggtgtcttgattgctttaactgagtgtaaaggtctatc
ccaaatgtggggagccccttctggtggcagttcatattaaaagacatgga
atattgaaagctttttctcttggttcccttgggattacctcttgctgaca
ggtttatctactttgttgttgtttgggttgaatcttcagctgaaattaga
atcagcttttgggattctaacatggactgaagatatatatatatcaaata
tgtacacccatatattgctcttcctccagagagccataatagtacaacag
ccaaatgatgtaataattctataaaaaagaatattttcataagtttacca
gtattatttggttaggtgttcagagaaggtgcatatttaagtagttttca
aatgaaccacaaatactttgaatgttgtgaatacctttcctacatcatac
tttttgtcaaaataaaatcaacaaagacaagagaagatatattcatgctt
caggccttaaaaaacaaaacaaaaacaaacaaacaaacaaaaaacagcac
catgcttttttttggaagtgaatctgacccatgtttcccaaagccagcat
ctctttcagtgaaattgtaataaaaactcatggacacttcaaatctgtaa
cagtttgaaagtgcatgtttgaggtaagcaccaaacatcctgactcttag
caccaataacaggaggaagccatgggtacaacaactattgttaaatggag
tttcccagttgagaacagattgccttttcaaaagtatgatatcattttat
tttcctattaattgaacaacaacaatgggggacaggcatcaaaaaatatg
tcctatgtctactgatatgacatatgctttttgtttgttttgttccctgc
tttatctaaataacagttatggagaaaaaaaagactgcaatacatagatg
atctacagagttatttcaagaagagatttagattgctataaaatgagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_91216715_91217840
seq2: B6Ng01-319N18.b_50_1165

seq1  GAATTCCTGCAGGAATATGCATACTAGTTAAATAGAGCAGCAGTAAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAGGAATATGCATACTAGTTAAATAGAGCAGCAGTAAAAAC  50

seq1  AATAGAACATACAGGAAAATATATGGCTTTTATAAAAATATTAAATTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAACATACAGGAAAATATATGGCTTTTATAAAAATATTAAATTAAT  100

seq1  ATACTATAAAAAGAAAGTGGGTAGGTGATGCATTCACTATTCCTTTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATAAAAAGAAAGTGGGTAGGTGATGCATTCACTATTCCTTTGGAA  150

seq1  TCTCTACGGTGATAAAAACAAAAGCAACCTGCTCCTTTGTTTTGGTACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACGGTGATAAAAACAAAAGCAACCTGCTCCTTTGTTTTGGTACTG  200

seq1  GAAATGCTGTCTACTGGCTTGTCACTGAGGTCTGCATGGAGATTCCCGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTGTCTACTGGCTTGTCACTGAGGTCTGCATGGAGATTCCCGTT  250

seq1  TTATGAGACTCTGACTTCATGTGTGATTGACTTTGGTAGTGTAGCACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGACTCTGACTTCATGTGTGATTGACTTTGGTAGTGTAGCACATT  300

seq1  CCTGTTCCTGGCACTCATGTGTAAATGCTCTAACTGACTTTAACAATCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCCTGGCACTCATGTGTAAATGCTCTAACTGACTTTAACAATCTC  350

seq1  AAAGTACGTGTGTGAGAGCCAGAATTCAAGATCCCGTACTTATCAATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACGTGTGTGAGAGCCAGAATTCAAGATCCCGTACTTATCAATGAT  400

seq1  AACACTGAATCAATTCCTTGTGTTTTAAAATGCCACAATTTTCTATATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGAATCAATTCCTTGTGTTTTAAAATGCCACAATTTTCTATATGT  450

seq1  TAAGTTTCCTATATGTCTAGTATATTTAAGTTTTATAGAATATGAATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTCCTATATGTCTAGTATATTTAAGTTTTATAGAATATGAATCAT  500

seq1  CAGAGAAATCGTCTCAACTGTCCTCTACTTTTCAATATGATCACAACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAATCGTCTCAACTGTCCTCTACTTTTCAATATGATCACAACCCA  550

seq1  TATTTATAGCCATAAAACTAAAGGGAAAATGTTGTAAATACATACAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATAGCCATAAAACTAAAGGGAAAATGTTGTAAATACATACAAAAC  600

seq1  GTGTAATCTGAGCATATTGTTTTGCTTTGTTTCCTTTTCAAAACAGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATCTGAGCATATTGTTTTGCTTTGTTTCCTTTTCAAAACAGAATA  650

seq1  TCAAGGCAGAGTCCACTATGCAGAAAGCCTCTAGGTTTCCAAAAACTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAGAGTCCACTATGCAGAAAGCCTCTAGGTTTCCAAAAACTGAA  700

seq1  AGCTTATGCCAGTAAATCACAACTGTTTTACCATATGCCTCATTGTTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATGCCAGTAAATCACAACTGTTTTACCATATGCCTCATTGTTATG  750

seq1  GCAAGTATTACCAGTCTGCTCTACTTTTAAACAAACTTCATTATATTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTATTACCAGTCTGCTCTACTTTTAAACAAACTTCATTATATTATA  800

seq1  GCTCACAGCAATCCTCATTAAAAAGTATTACTGAAAAATGCCAAGTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGCAATCCTCATTAAAAAGTATTACTGAAAAATGCCAAGTTGTT  850

seq1  TTTATAGAGGAACTGGAATTTATTTTCTACTGAAAGTCAGGTTGAACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGAGGAACTGGAATTTATTTTCTACTGAAAGTCAGGTTGAACACA  900

seq1  AGACATTTTTAAAACATCGGTTTTATCTCAGAATTTGCTTGAAAATTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTTTAAAACATCGGTTTTATCTCAGAATTTGCTTGAAAATTGTC  950

seq1  AGTTCCTATCTTAATTGTGAGACTTCCATGTCTCACACGAGGACAGTCTA  1000
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTTCCTATCTTAA-TGTGAGACTTCCATGTCTCACACGA-GACAGTCTA  998

seq1  AAGAATGTTTGTCTCACACAGATGAGCTAA-TTTTTATCAGAATTTCTCA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  AAGAATGTTTGTCTCACACAGATGAGCTAATTTTTTATCAG-ATTTCTCA  1047

seq1  TTTTAACAAATCTACCCGTATTTTAAAACTTTGACTCAGGTTGGTGAAAA  1099
      |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  ||| |||
seq2  TTTTAACAAATCTA-CCGTA-TTTAAAAC-TTGACTCAAGT--GTG-AAA  1091

seq1  CTGTCTCTGTATGTTCACACCACTACC  1126
      ||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  CTGTCTCTGTATG-TCA-ACCACTACC  1116


seq1: chr17_91355900_91357013
seq2: B6Ng01-319N18.g_66_1164 (reverse)

seq1  GTCTCATTTTATAGCATTCTTAAATCTCTTCTTTGAAAATAACCTTCCTG  50
      |||||||||||||||| || |||||||||||||   |||||||    |||
seq2  GTCTCATTTTATAGCAATC-TAAATCTCTTCTT--GAAATAAC---TCTG  44

seq1  TAAGATCATCTAATGTATTTGCAGTCTTTTTTTTTCCTCCCATAACTGTT  100
      | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||
seq2  T-AGATCATCT-ATGTA-TTGCAGTCTTTTTTTT--CT-CCATAACTGTT  88

seq1  ATTTTAGATAAAGCAGGGAACAAAAACAAAACAAAAAGCATATGTTCATA  150
      | |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||
seq2  A-TTTAGATAAAGCAGGGAACAAAA--CAAACAAAAAGCATATG-TCATA  134

seq1  TTCAGTAGACATAGGACATATTTTTTGATGCCTGT-CCCCATTGTTGTTG  199
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -TCAGTAGACATAGGACATATTTTTTGATGCCTGTCCCCCATTGTTGTTG  183

seq1  TTCAATTAATAGG-AAATAAAATGATATCATACTTTTGAAAAGGCAATCT  248
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTAATAGGAAAATAAAATGATATCATACTTTTGAAAAGGCAATCT  233

seq1  GTTCTCAACTGGGAAACTCCATTTAACAATAGTTGTTGTACCCATGGCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAACTGGGAAACTCCATTTAACAATAGTTGTTGTACCCATGGCTT  283

seq1  CCTCCTGTTATTGGTGCTAAGAGTCAGGATGTTTGGTGCTTACCTCAAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTTATTGGTGCTAAGAGTCAGGATGTTTGGTGCTTACCTCAAAC  333

seq1  ATGCACTTTCAAACTGTTACAGATTTGAAGTGTCCATGAGTTTTTATTAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTTCAAACTGTTACAGATTTGAAGTGTCCATGAGTTTTTATTAC  383

seq1  AATTTCACTGAAAGAGATGCTGGCTTTGGGAAACATGGGTCAGATTCACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCACTGAAAGAGATGCTGGCTTTGGGAAACATGGGTCAGATTCACT  433

seq1  TCCAAAAAAAAGCATGGTGCTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAAAAAGCATGGTGCTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTT  483

seq1  TGTTTTTTAAGGCCTGAAGCATGAATATATCTTCTCTTGTCTTTGTTGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTAAGGCCTGAAGCATGAATATATCTTCTCTTGTCTTTGTTGAT  533

seq1  TTTATTTTGACAAAAAGTATGATGTAGGAAAGGTATTCACAACATTCAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTGACAAAAAGTATGATGTAGGAAAGGTATTCACAACATTCAAA  583

seq1  GTATTTGTGGTTCATTTGAAAACTACTTAAATATGCACCTTCTCTGAACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTGGTTCATTTGAAAACTACTTAAATATGCACCTTCTCTGAACA  633

seq1  CCTAACCAAATAATACTGGTAAACTTATGAAAATATTCTTTTTTATAGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACCAAATAATACTGGTAAACTTATGAAAATATTCTTTTTTATAGAA  683

seq1  TTATTACATCATTTGGCTGTTGTACTATTATGGCTCTCTGGAGGAAGAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACATCATTTGGCTGTTGTACTATTATGGCTCTCTGGAGGAAGAGC  733

seq1  AATATATGGGTGTACATATTTGATATATATATATCTTCAGTCCATGTTAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATGGGTGTACATATTTGATATATATATATCTTCAGTCCATGTTAG  783

seq1  AATCCCAAAAGCTGATTCTAATTTCAGCTGAAGATTCAACCCAAACAACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAAAAGCTGATTCTAATTTCAGCTGAAGATTCAACCCAAACAACA  833

seq1  ACAAAGTAGATAAACCTGTCAGCAAGAGGTAATCCCAAGGGAACCAAGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTAGATAAACCTGTCAGCAAGAGGTAATCCCAAGGGAACCAAGAG  883

seq1  AAAAAGCTTTCAATATTCCATGTCTTTTAATATGAACTGCCACCAGAAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCTTTCAATATTCCATGTCTTTTAATATGAACTGCCACCAGAAGG  933

seq1  GGCTCCCCACATTTGGGATAGACCTTTACACTCAGTTAAAGCAATCAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCCACATTTGGGATAGACCTTTACACTCAGTTAAAGCAATCAAGA  983

seq1  CACCCCTAAAGACAGGCCAACAGGCCAGCCTTGTGTATGTACACAGTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTAAAGACAGGCCAACAGGCCAGCCTTGTGTATGTACACAGTCTT  1033

seq1  CCACCAAGACTCTCTTCCCAAGAATACTAAATCTAACCATCTTAGATGTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAGACTCTCTTCCCAAGAATACTAAATCTAACCATCTTAGATGTC  1083

seq1  TACACCACAAGAATTC  1114
      ||||||||||||||||
seq2  TACACCACAAGAATTC  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |