BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336I06
Chromosome17 (Build37)
Map Location 76,417,425 - 76,542,748
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLtbp1, EG621988, Rasgrp3, 2810405J04Rik, LOC668787, LOC100043885
Downstream geneLOC100043886, EG624348
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336I06.bB6Ng01-336I06.g
ACCGA121413GA121414
length1,210521
definitionB6Ng01-336I06.b B6Ng01-336I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,541,549 - 76,542,748)(76,417,425 - 76,417,951)
sequence
gaattcacaacttagcaccaacttaaaacctgggcacaggcttgaaagtg
atatgcaaattaagtatggaaatgagcacagctgcatgtgccttcaaccc
cactagggagtgcaaaaaaatggatagatccctgtagctttctaaggagc
tagactagccaaatcagatccagtaagggactctcaagaaccagtccttg
cctagtctctgtgtgcatgatcattgatgtgtacatctgacagatatgta
cacacacacacacacacacacacacaccctcttaagtaacatagcataca
gcatctctctctggtgggctgtatgtaatggaactcacactaactgatga
aaaagaaaatcattcaattttaacatctaaattgcatgcctggaaagaac
ttctcatcaacggtatcgaaactcatgacctaccatcagacaatcccatt
ttagatactagtttcttgggcttttctttgtggttcctggtttaagtgta
gcattttccattgaagttctttttttgtgtcttttagaaggtgaaggact
gtgtgaattttgtggaagtcatagagtgctacagcttcagaaactgtgag
accagggagaagattgctattgccaaccgtaaacagctctaatctctttg
gctggtgtgtgtatttacgggcagtccatttcttctgtagcatctcccag
agcacctaccagcaacgccaggaatctccatgcttgctgcgttcctcagt
tccaccttttcatcattcctctcagagttcaggcgcatgacagagttaca
tcagtgatcatgaataaatactaatcaagaggaaagatacagtctattaa
agatactatagctccattcaatgtttcttgcttggcatagtaagcgtctg
ctgcaggtggtgcttcctgccgcaaaccgtggtcctcgcaacccgtgaag
ccagatttctggacatatctgctccctcttcttgtagagtttaaacaaat
tgctttctgcattggtttctgctacaactgtgctgagttcagaaaagtat
tctcagttcccttgtgtcactgccgaagcagcggctacatatctttttga
attttctttttgaagtaaaaggtggcgcatgcaccccagttgttctggct
tcgaactcagcaatgactgagagcctggatccttgaactcctctctgttc
tctaccagct

tccttatctccttagatttaattttcaacaaattaacaaaagttccccca
tattttaccttctcttcatggaaggtgttggggtgtagagcatatttctt
tgtatcctacttagaaatagagaataaacacaagataatggtatgtttta
aaatgccaaacttcttagttacagaggtcaataaatttttttgaaggatt
ttgccatataatggctaaagtgtttagaaggttgccaataggtatttgaa
cataagtcatgatcttgggagggaatgcagttagcctttgagttgaattt
ataacactattaagttccatttgtcatgtgacaaccaaattgttgatggc
atgtgctttcagccacaagaaggcgctcattagaatattctttgcctata
gagtctaattgacattcatcaaccgactttcctattaattatgtacaaat
gataaatatgtgaggaagaaagtctttcctgattgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_76541549_76542748
seq2: B6Ng01-336I06.b_46_1255 (reverse)

seq1  AGCTGGTAGAG-ACAG-GAGGAGTTCAAG---CTCAGCT-TCAGCTCA-T  43
      ||||||||||| |||| ||||||||||||   |   ||| |||| ||| |
seq2  AGCTGGTAGAGAACAGAGAGGAGTTCAAGGATCCAGGCTCTCAG-TCATT  49

seq1  GCTGAG-TCGAAGGCAGACAACCTGGGGTGCATGCGC--ACTTGTAC-TC  89
      |||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||   ||| ||| ||
seq2  GCTGAGTTCGAAGCCAGAACAACTGGGGTGCATGCGCCACCTTTTACTTC  99

seq1  AAAAAGAAAA-TCAAAAAGATATGTAGCCGCTGCTTCGGCAGTGACACAA  138
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAATTCAAAAAGATATGTAGCCGCTGCTTCGGCAGTGACACAA  149

seq1  GGGAACTGAGAATACTTTTTCTGAACTCAGCACAGTTGTAGCAGAAACCC  188
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGAACTGAGAATAC-TTTTCTGAACTCAGCACAGTTGTAGCAGAAA-CC  197

seq1  AATGCAGAAAGCAATTTGTTTAAACTCTACAAG-AGAGGGAGCAGATATG  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAAAGCAATTTGTTTAAACTCTACAAGAAGAGGGAGCAGATATG  247

seq1  TCCAGAAATCTGGCTTCACGGGTTGCGAGGACCACGGTTTGCGGCAGGAA  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAATCTGGCTTCACGGGTTGCGAGGACCACGGTTTGCGGCAGGAA  297

seq1  GCACCACCTGCAGCAGACGCTTACTATGCCAAGCAAGAAACATTGAATGG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACCTGCAGCAGACGCTTACTATGCCAAGCAAGAAACATTGAATGG  347

seq1  AGCTATAGTATCTTTAATAGACTGTATCTTTCCTCTTGATTAGTATTTAT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAGTATCTTTAATAGACTGTATCTTTCCTCTTGATTAGTATTTAT  397

seq1  TCATGATCACTGATGTAACTCTGTCATGCGCCTGAACTCTGAGAGGAATG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATCACTGATGTAACTCTGTCATGCGCCTGAACTCTGAGAGGAATG  447

seq1  ATGAAAAGGTGGAACTGAGGAACGCAGCAAGCATGGAGATTCCTGGCGTT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAGGTGGAACTGAGGAACGCAGCAAGCATGGAGATTCCTGGCGTT  497

seq1  GCTGGTAGGTGCTCTGGGAGATGCTACAGAAGAAATGGACTGCCCGTAAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTAGGTGCTCTGGGAGATGCTACAGAAGAAATGGACTGCCCGTAAA  547

seq1  TACACACACCAGCCAAAGAGATTAGAGCTGTTTACGGTTGGCAATAGCAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACCAGCCAAAGAGATTAGAGCTGTTTACGGTTGGCAATAGCAA  597

seq1  TCTTCTCCCTGGTCTCACAGTTTCTGAAGCTGTAGCACTCTATGACTTCC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCCTGGTCTCACAGTTTCTGAAGCTGTAGCACTCTATGACTTCC  647

seq1  ACAAAATTCACACAGTCCTTCACCTTCTAAAAGACACAAAAAAAGAACTT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTCACACAGTCCTTCACCTTCTAAAAGACACAAAAAAAGAACTT  697

seq1  CAATGGAAAATGCTACACTTAAACCAGGAACCACAAAGAAAAGCCCAAGA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAAAATGCTACACTTAAACCAGGAACCACAAAGAAAAGCCCAAGA  747

seq1  AACTAGTATCTAAAATGGGATTGTCTGATGGTAGGTCATGAGTTTCGATA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTATCTAAAATGGGATTGTCTGATGGTAGGTCATGAGTTTCGATA  797

seq1  CCGTTGATGAGAAGTTCTTTCCAGGCATGCAATTTAGATGTTAAAATTGA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGATGAGAAGTTCTTTCCAGGCATGCAATTTAGATGTTAAAATTGA  847

seq1  ATGATTTTCTTTTTCATCAGTTAGTGTGAGTTCCATTACATACAGCCCAC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTCTTTTTCATCAGTTAGTGTGAGTTCCATTACATACAGCCCAC  897

seq1  CAGAGAGAGATGCTGTATGCTATGTTACTTAAGAGGGTGTGTGTGTGTGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGAGATGCTGTATGCTATGTTACTTAAGAGGGTGTGTGTGTGTGT  947

seq1  GTGTGTGTGTGTGTACATATCTGTCAGATGTACACATCAATGATCATGCA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTACATATCTGTCAGATGTACACATCAATGATCATGCA  997

seq1  CACAGAGACTAGGCAAGGACTGGTTCTTGAGAGTCCCTTACTGGATCTGA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGACTAGGCAAGGACTGGTTCTTGAGAGTCCCTTACTGGATCTGA  1047

seq1  TTTGGCTAGTCTAGCTCCTTAGAAAGCTACAGGGATCTATCCATTTTTTT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAGTCTAGCTCCTTAGAAAGCTACAGGGATCTATCCATTTTTTT  1097

seq1  GCACTCCCTAGTGGGGTTGAAGGCACATGCAGCTGTGCTCATTTCCATAC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCCTAGTGGGGTTGAAGGCACATGCAGCTGTGCTCATTTCCATAC  1147

seq1  TTAATTTGCATATCACTTTCAAGCCTGTGCCCAGGTTTTAAGTTGGTGCT  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGCATATCACTTTCAAGCCTGTGCCCAGGTTTTAAGTTGGTGCT  1197

seq1  AAGTTGTGAATTC  1200
      |||||||||||||
seq2  AAGTTGTGAATTC  1210


seq1: chr17_76417425_76417951
seq2: B6Ng01-336I06.g_65_591

seq1  GAATTCTCCTTATCTCCTTAGATTTAATTTTCAACAAATTAACAAAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTATCTCCTTAGATTTAATTTTCAACAAATTAACAAAAGTT  50

seq1  CCCCCATATTTTACCTTCTCTTCATGGAAGGTGTTGGGGTGTAGAGCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATATTTTACCTTCTCTTCATGGAAGGTGTTGGGGTGTAGAGCATA  100

seq1  TTTCTTTGTATCCTACTTAGAAATAGAGAATAAACACAAGATAATGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTATCCTACTTAGAAATAGAGAATAAACACAAGATAATGGTAT  150

seq1  GTTTTAAAATGCCAAACTTCTTAGTTACAGAGGTCAATAAATTTTTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAAATGCCAAACTTCTTAGTTACAGAGGTCAATAAATTTTTTTGA  200

seq1  AGGATTTTGCCATATAATGGCTAAAGTGTTTAGAAGGTTGCCAATAGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTTGCCATATAATGGCTAAAGTGTTTAGAAGGTTGCCAATAGGTA  250

seq1  TTTGAACATAAGTCATGATCTTGGGAGGGAATGCAGTTAGCCTTTGAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACATAAGTCATGATCTTGGGAGGGAATGCAGTTAGCCTTTGAGTT  300

seq1  GAATTTATAACACTATTAAGTTCCATTTGTCATGTGACAACCAAATTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATAACACTATTAAGTTCCATTTGTCATGTGACAACCAAATTGTT  350

seq1  GATGGCATGTGCTTTCAGCCACAAGAAGGCGCTCATTAGAATATTCTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCATGTGCTTTCAGCCACAAGAAGGCGCTCATTAGAATATTCTTTG  400

seq1  CCTATAGAGTCTAATTGACATTCATCAACCGACTTTCCTATTAATTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGAGTCTAATTGACATTCATCAACCGACTTTCCTATTAATTATGT  450

seq1  ACAAATGATAAATATGTGAGGAAGAAAGTCTTTCCTGATTGTGTGTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGATAAATATGTGAGGAAGAAAGTCTTTCCTGATTGTGTGTGTGT  500

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  527
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  527


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |