BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340F13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 64,523,305 - 64,551,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC669778
Upstream geneFbxl17, Ppia-ps17_1026.1, LOC638867, LOC668677, A930002H24Rik, Fert2
Downstream genePja2, LOC100043582, Man2a1, 4930583I09Rik, LOC100043871
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340F13.bB6Ng01-340F13.g
ACCGA124080GA124081
length1,1991,085
definitionB6Ng01-340F13.b B6Ng01-340F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,523,305 - 64,524,513)(64,550,102 - 64,551,193)
sequence
gaattcagttgtggctactgggcccattcactggcctgtggctccaccca
gcccacagaagtgctggtccctgggagtgtacttgccctggagaaataga
ctgggaactggccaagtccagacatgggaaagagtgtggtagagatcatg
aaccaactctgtaaagctaagattgcttttaatctttacaggtgactgtg
ctaaatgttccagcacatttcaattagtcaacttttcaattagtccagaa
cacatgtagtttgaaagattgtgtctaccttgttgagctgcatatgttaa
aaaaaaattcatcagttggcccttcccatgaaggcaacagttttgcacct
gagctgatagcattccaagcaagcacattatttggggcagggtaggccca
cacagtcagcctactgctaaatgcaaacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacactttatgcatccacccagtattctcactc
tgccctttgggagtgctccatatctgccccctcattgctatgtgagcctc
ttggtgactttatagatgcagagatgtcacgtcattcttattgatatgca
tttattgtaacatgtactaataaaaatgtacctagcctgtaaaaacaaca
aaataatttctatttcacagtaaataagcactaatccagtgactacagct
ctagtggcaccatcaggaccacaggcaaatgactgtcctttgagcatctc
tgaaccacctttacctttcatcctcactttctggaatgctgtctgaactt
agtctctcttttaggtcacatgtcagacctcaaatcatcatggcttctac
agtgaggtgcatacaccctcggagaaaggactaccaaactcgttaaccag
gtcctggctccgtctgcttgactgctggtcagctatttcataaaagctct
agtttgctcgttctgagtcaagaactctgctacggagtaaaatataaaga
tcaaaccaacttatgctgggatttatatgtccttctcacgagacatcaag
cacaagctgttttactcaaagcacattaggattccacagtatgctgctga
aacagctctgcactcattccatgaccacttacatgtttagctttaaagtc
tggacctcagaaatgcctccaggtaataggatggttcaaatgaatcttg

gaattcaggaaggcatgatttgggaggaagtcaccctctgcaagaggaag
acactagagccagatgtcctgactcagcagctacctagccagctcacccc
agcaagacagaacagaatccaaaccactatatcccttcttggggagcagt
tcgacaaacttggtcaccacgctaggtgccaataccagtggtacttgtag
gaaggacaggaccaacacacattgtatgtctcaagctaccagcaagctgc
agctcgctctgagccagactctctcccaggtgtcacttgcctacaggtga
cttaggacacaagtttctctgtgtcctttccattctcctagcgaatgaca
tcagcaacctctgagagcattgtccttgaacatgctaccaagccatgtcc
cttagttgggggaatgacatttcctgcccacgaagaggagatggtcgcag
aagaagcatttcaaagtatttgggaggtagaaaattccagatgctttctt
ataatttcagtaatacaattaaggacccttctcaaggccataggcctttg
gaactgatatggaagggctttggctttggagtcagcgtattcctgctcag
gtctggctatgtctactgctgattgatgatataacccgaagacttaacat
acttaaatgtttgggccacagtttttccttcagcaaaatgggcagaatga
gcccatctgccacacgtttcaccaattacagttaaagataatataatatg
tcacatgacaccaagtgggtaggcactgtttctaagcgccctgtggtcta
cctcgcatcctgtggtctacgtcactcaatcttcccattagtcctaggta
gctgtgcgccctcctttgtaggatagaaagggacaattaagtgacatact
tatccagtgctgcatagctggccgggaaggaagaaagcagttgtcccacg
tggtgtttctgaaggatgaatcaatatgataaccatacaaaagaaaacac
tcctctttcttatgttagatttagcagtcaatacagtgtggaatgctgga
gtgtcaggtttgtaggcaagtccttggtccaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_64523305_64524513
seq2: B6Ng01-340F13.b_48_1246

seq1  GAATTCAGTTGTGGCTACTGGGCCCATTCACTGGCCTGTGGCTCCACCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTGTGGCTACTGGGCCCATTCACTGGCCTGTGGCTCCACCCA  50

seq1  GCCCACAGAAGTGCTGGTCCCTGGGAGTGTACTTGCCCTGGAGAAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACAGAAGTGCTGGTCCCTGGGAGTGTACTTGCCCTGGAGAAATAGA  100

seq1  CTGGGAACTGGCCAAGTCCAGACATGGGAAAGAGTGTGGTAGAGATCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAACTGGCCAAGTCCAGACATGGGAAAGAGTGTGGTAGAGATCATG  150

seq1  AACCAACTCTGTAAAGCTAAGATTGCTTTTAATCTTTACAGGTGACTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACTCTGTAAAGCTAAGATTGCTTTTAATCTTTACAGGTGACTGTG  200

seq1  CTAAATGTTCCAGCACATTTCAATTAGTCAACTTTTCAATTAGTCCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGTTCCAGCACATTTCAATTAGTCAACTTTTCAATTAGTCCAGAA  250

seq1  CACATGTAGTTTGAAAGATTGTGTCTACCTTGTTGAGCTGCATATGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTAGTTTGAAAGATTGTGTCTACCTTGTTGAGCTGCATATGTTAA  300

seq1  AAAAAAATTCATCAGTTGGCCCTTCCCATGAAGGCAACAGTTTTGCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTCATCAGTTGGCCCTTCCCATGAAGGCAACAGTTTTGCACCT  350

seq1  GAGCTGATAGCATTCCAAGCAAGCACATTATTTGGGGCAGGGTAGGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGATAGCATTCCAAGCAAGCACATTATTTGGGGCAGGGTAGGCCCA  400

seq1  CACAGTCAGCCTACTGCTAAATGCAAACACACACACACACACACACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCAGCCTACTGCTAAATGCAAACACACACACACACACACACACAC  450

seq1  ACACACACACACACACACACACTTTATGCATCCACCCAGTATTCTCACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACTTTATGCATCCACCCAGTATTCTCACTC  500

seq1  TGCCCTTTGGGAGTGCTCCATATCTGCCCCCTCATTGCTATGTGAGCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTGGGAGTGCTCCATATCTGCCCCCTCATTGCTATGTGAGCCTC  550

seq1  TTGGTGACTTTATAGATGCAGAGATGTCACGTCATTCTTATTGATATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACTTTATAGATGCAGAGATGTCACGTCATTCTTATTGATATGCA  600

seq1  TTTATTGTAACATGTACTAATAAAAATGTACCTAGCCTGTAAAAACAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTAACATGTACTAATAAAAATGTACCTAGCCTGTAAAAACAACA  650

seq1  AAATAATTTCTATTTCACAGTAAATAAGCACTAATCCAGTGACTACAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTCTATTTCACAGTAAATAAGCACTAATCCAGTGACTACAGCT  700

seq1  CTAGTGGCACCATCAGGACCACAGGCAAATGACTGTCCTTTGAGCATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGCACCATCAGGACCACAGGCAAATGACTGTCCTTTGAGCATCTC  750

seq1  TGAACCACCTTTACCTTTCATCCTCACTTTCTGGAATGCTGTCTGAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCACCTTTACCTTTCATCCTCACTTTCTGGAATGCTGTCTGAACTT  800

seq1  AGTCTCTCTTTTAGGTCACATGTCAGACCTCAAATCATCATGGCTTCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTCTTTTAGGTCACATGTCAGACCTCAAATCATCATGGCTTCTAC  850

seq1  AGTGAGGTGCATACACCCTCGGAGAAAGGACTACCAAACTCGTTAACCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTGCATACACCCTCGGAGAAAGGACTACCAAACTCGTTAACCAG  900

seq1  GTCCTGGCTCCGTCTGCTTGACTGCTGGTCAGCTATTTCATAAAAGCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGCTCCGTCTGCTTGACTGCTGGTCAGCTATTTCATAAAAGCTCT  950

seq1  AGTTTGCTCGTTCTGAGTCAAGAACTCTGCTACGGAGTAAAATATAAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCTCGTTCTGAGTCAAGAACTCTGCTACGGAGTAAAATATAAAGA  1000

seq1  TCAAAACCAACTTATGCTGGGATTTTATAATGTCCTTCTCACGAGACATC  1050
      || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TC-AAACCAACTTATGCTGGGA-TTTAT-ATGTCCTTCTCACGAGACATC  1047

seq1  AAGCACAAGGCTGTTTTACTCAAAAGCACATTAAGAATCCACAGTATGCT  1100
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
seq2  AAGCACAA-GCTGTTTTACTC-AAAGCACATTAGGATTCCACAGTATGCT  1095

seq1  GCCTTGAAACAGCTCCTGCACTCCATTCCATGACACACTACCATGTTTAG  1150
      ||  |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||
seq2  GC--TGAAACAGCT-CTGCACT-CATTCCATGAC-CACTTACATGTTTAG  1140

seq1  CTTAAAAGTCTTGGGACCTCAGAAATGGCTCCAGGT-ATAAGATGGTTCA  1199
      ||| |||||||  |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||
seq2  CTTTAAAGTCT--GGACCTCAGAAATGCCTCCAGGTAATAGGATGGTTCA  1188

seq1  AATG-ATCTTG  1209
      |||| ||||||
seq2  AATGAATCTTG  1199


seq1: chr17_64550102_64551193
seq2: B6Ng01-340F13.g_67_1151 (reverse)

seq1  TCCCTGGGGCCAAGGACTTCTGCCTAACAAAACCTGACACT-CAGCATT-  48
      ||||| || |||||||||  ||||||   |||||||||||| ||||||| 
seq2  TCCCT-GGACCAAGGACT--TGCCTA--CAAACCTGACACTCCAGCATTC  45

seq1  CACACTGGTATTGGACTGGCTAAATTCTAACCATAAGAAAGA-GAGTGTT  97
      |||||| ||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CACACT-GTATT-GACT-GCTAAA-TCTAA-CATAAGAAAGAGGAGTGTT  90

seq1  TTCTTTTGTATGGTTATCATATTGATTCATCCTTCAGAAACA-CACGTGG  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TTCTTTTGTATGGTTATCATATTGATTCATCCTTCAGAAACACCACGT-G  139

seq1  GGACAACTGCTTTCTTCCTTCCCGGCCAGCTATGCAGCACTGGATAAGTA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACTGCTTTCTTCCTTCCCGGCCAGCTATGCAGCACTGGATAAGTA  189

seq1  TGTCACTTAATTGTCCCTTTCTATCCTACAAAGGAGGGCGCACAGCTACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTTAATTGTCCCTTTCTATCCTACAAAGGAGGGCGCACAGCTACC  239

seq1  TAGGACTAATGGGAAGATTGAGTGACGTAGACCACAGGATGCGAGGTAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTAATGGGAAGATTGAGTGACGTAGACCACAGGATGCGAGGTAGA  289

seq1  CCACAGGGCGCTTAGAAACAGTGCCTACCCACTTGGTGTCATGTGACATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGCGCTTAGAAACAGTGCCTACCCACTTGGTGTCATGTGACATA  339

seq1  TTATATTATCTTTAACTGTAATTGGTGAAACGTGTGGCAGATGGGCTCAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTATCTTTAACTGTAATTGGTGAAACGTGTGGCAGATGGGCTCAT  389

seq1  TCTGCCCATTTTGCTGAAGGAAAAACTGTGGCCCAAACATTTAAGTATGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCATTTTGCTGAAGGAAAAACTGTGGCCCAAACATTTAAGTATGT  439

seq1  TAAGTCTTCGGGTTATATCATCAATCAGCAGTAGACATAGCCAGACCTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTTCGGGTTATATCATCAATCAGCAGTAGACATAGCCAGACCTGA  489

seq1  GCAGGAATACGCTGACTCCAAAGCCAAAGCCCTTCCATATCAGTTCCAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATACGCTGACTCCAAAGCCAAAGCCCTTCCATATCAGTTCCAAA  539

seq1  GGCCTATGGCCTTGAGAAGGGTCCTTAATTGTATTACTGAAATTATAAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATGGCCTTGAGAAGGGTCCTTAATTGTATTACTGAAATTATAAGA  589

seq1  AAGCATCTGGAATTTTCTACCTCCCAAATACTTTGAAATGCTTCTTCTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCTGGAATTTTCTACCTCCCAAATACTTTGAAATGCTTCTTCTGC  639

seq1  GACCATCTCCTCTTCGTGGGCAGGAAATGTCATTCCCCCAACTAAGGGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCTCCTCTTCGTGGGCAGGAAATGTCATTCCCCCAACTAAGGGAC  689

seq1  ATGGCTTGGTAGCATGTTCAAGGACAATGCTCTCAGAGGTTGCTGATGTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTGGTAGCATGTTCAAGGACAATGCTCTCAGAGGTTGCTGATGTC  739

seq1  ATTCGCTAGGAGAATGGAAAGGACACAGAGAAACTTGTGTCCTAAGTCAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCTAGGAGAATGGAAAGGACACAGAGAAACTTGTGTCCTAAGTCAC  789

seq1  CTGTAGGCAAGTGACACCTGGGAGAGAGTCTGGCTCAGAGCGAGCTGCAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGCAAGTGACACCTGGGAGAGAGTCTGGCTCAGAGCGAGCTGCAG  839

seq1  CTTGCTGGTAGCTTGAGACATACAATGTGTGTTGGTCCTGTCCTTCCTAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGGTAGCTTGAGACATACAATGTGTGTTGGTCCTGTCCTTCCTAC  889

seq1  AAGTACCACTGGTATTGGCACCTAGCGTGGTGACCAAGTTTGTCGAACTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCACTGGTATTGGCACCTAGCGTGGTGACCAAGTTTGTCGAACTG  939

seq1  CTCCCCAAGAAGGGATATAGTGGTTTGGATTCTGTTCTGTCTTGCTGGGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAAGAAGGGATATAGTGGTTTGGATTCTGTTCTGTCTTGCTGGGG  989

seq1  TGAGCTGGCTAGGTAGCTGCTGAGTCAGGACATCTGGCTCTAGTGTCTTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGGCTAGGTAGCTGCTGAGTCAGGACATCTGGCTCTAGTGTCTTC  1039

seq1  CTCTTGCAGAGGGTGACTTCCTCCCAAATCATGCCTTCCTGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCAGAGGGTGACTTCCTCCCAAATCATGCCTTCCTGAATTC  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |