BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340N13
Chromosome17 (Build37)
Map Location 32,712,180 - 32,824,692
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667178, LOC677156, EG631304, Cyp4f15
Upstream genePknox1, Cbs, LOC623242, U2af1, Cryaa, Snf1lk, Hsf2bp, Rrp1b, LOC435518, Notch3, Pdxk-ps, Abhd9, Brd4, LOC100043434, LOC100043433, Akap8, Akap8l, Wiz, A430107D22Rik, Pglyrp2, 4732474A20Rik, EG208285, Cyp4f16
Downstream geneLOC623809, 9030612M13Rik, Zfp811, 6030490I01Rik, LOC631266, BC066107, Cyp4f14, Cyp4f13, 6030422M01Rik, Zfp472, C920016K16Rik, 1700065O13Rik, 4921501E09Rik, Zfp563, Morc2b, LOC100038859, LOC100038860, LOC100043474, Zfp422-rs1, Olfr63, LOC100043468, Zfp81, Zfp101, 1700029I08Rik, LOC100042953, Adamts10, Myo1f, Zfp414, Pram1, Hnrpm, March2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340N13.bB6Ng01-340N13.g
ACCGA124415GA124416
length1,1941,153
definitionB6Ng01-340N13.b B6Ng01-340N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,823,475 - 32,824,692)(32,712,180 - 32,713,323)
sequence
gaattcctatgcacaatatctttattattgttatcctatatatagatgta
tttagatacataaacaccattgtcttacaaatacctacaatatttaggac
agcaacatgatgtgaagatttgcacaagtagcctacactatatgggtttg
tgctgagtcctgctccatctttctcagggttatggctgagtctcaagggt
ctatcccagggccaatggagaaggtatacagcctacgtcagagatagcca
ccttggcttgcgaagatgaatgttctctggtggtattaatttcagcccca
gggaccatcatcagggaaggtctcaaccgggacttaggggtgtctaggca
acattgaagcctgttagttgtaattgacaacttgacagggcctctactca
cctgagaagggagtctcagttgcatggtactgccagatcagagtggtctg
tgggcacatctttgggggactgtcttaattgttagttgatttagaagcac
ccagccattctacctgtcaccattttctgcacagatagttctggactgta
tttttcaaaagctagctaaacatgtgcttgagagtgagcaaatgggcagt
gtttctccacgctttctgtctcaagttcctgctggagttcctaccttgac
taccctcaaacaaactttttcctcctgaggtcacttttggtcagtgtttt
atcacagcaacagaatgaaacaaaacttggataggtctgcagttccaact
gtgcaaaaggtctgcagagcagggactagtcaactccaggacaagagggg
accactaattctctaggagggcagaaactcctacctgtgaggccccatgc
tctcaccaacatcaccctgcgtatgatgtcactgatgtgtacagatgttg
tgagcttcggtgtttgcaagtgaagcaactgagaccgagtcacccaaagg
caagacagacttggtcaaatctaagcacggggtcaaggaatgctacggag
gtgaagagacactcttattttcagtgggcacagactcaatggtcattctt
agggagactgacagcttaagtaaaagtgcttcagacaagaggcagagaac
aactcataacttcttctgcttcatgggttgtaggaaggaatatccgagat
tacctaggcaacgtgtactcggtatatggattcacgaaaaatgg
gaattctgggatagagtcaggtgcaggaaaagatttcaccctggactcag
aggagatggacatatgaaactgaggagaggtcatataggttacaagctgg
tcaaggaatgagaaaaagcttatggcttaagctttattcaaaactaagtc
tcagagctgttattttgggagctggactatggctggtaaagcctgtggtt
acagacaggccccaggatttcaggaagttatttatccttggtcaagtagg
gcttataagttacaggcatttctgttttacagattttgtgagtaatttaa
acttaaaatatagctttagccaccatagtcagaatgttccattcagatct
ggttacagtgatttagggattttctaatccaggattccaaactcctccac
ataccttcagcgaatcagacccaagttcctcctaatcacagggtcaggtt
attacaccaatgacatcactcctcatacaaatcttctgcattcattacct
atctctcctcagtgaggaaatagctggaaaaataagttgagcaaggaagg
gattcccttggctcacagttgaagggtccagtctctcatggtgggaaaat
catgacggcaggaacatgaggcagctggtcacatgatgtcttaagtgagg
aagcaaagagatttgtgggtggtaattcaggtcattttcaaatttttgat
tagctggggaacatagtcctggaatgaagttggccacattcagagtgggt
ctttgctctaagttcagcctttctgacagactcttatagacactcccaga
agtcatcttcccgttgagattgtggatccagaaagatgggcagtgatgat
tgaccatttgtgactattacaacaggaacttggcatattttttctgaaga
cattgacatatgtccctgcatttatcttattatatgtagcccaggttgac
cttgagttttattcctcttgcatcaccctcccaaatggcctgattatagg
tgtaccctttaatttattttatagcttaggaagttgtaaaaaattggtgt
ctgttgatttatggggttgcagaccattgtctattggcccttagattgct
ggtagattccagacacgatgctgagctgttgtttcaaatcagcagatttc
ctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_32823475_32824692
seq2: B6Ng01-340N13.b_49_1242 (reverse)

seq1  CCATTTTTCTGTCAATCCATATCAGGGTTTCCATGTTTGCCTGGGGGTAA  50
      ||||||||| || ||||||||| |  |  | || | ||||||   |||||
seq2  CCATTTTTC-GTGAATCCATAT-ACCGAGTACACG-TTGCCT--AGGTAA  45

seq1  TCTCTGGTATTCCTCTCCTACCACCCATGAAGCAGGAG-AGTTATGGGTT  99
      |||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||| |||
seq2  TCTCGGATATTCCT-TCCTACAACCCATGAAGCAGAAGAAGTTATGAGTT  94

seq1  GTCTTCCTGCCTCTTGTTCCTGAAGCACTTTTTACTTAAAAGCTGTCAGT  149
      || |  |||||||||||  ||||||||| ||||||||  |||||||||||
seq2  GT-TCTCTGCCTCTTGT--CTGAAGCAC-TTTTACTT--AAGCTGTCAGT  138

seq1  TCTTCCCTAAGATGGACCATTGAGTCCTGTTGCCCAACTG-AGATAAGAG  198
         |||||||||  ||||||||||| ||| ||||| |||| | |||||||
seq2  --CTCCCTAAGAATGACCATTGAGT-CTG-TGCCC-ACTGAAAATAAGAG  183

seq1  TTGTCTCTTCACCCTCCCGTAAGCATTCCTTGACCCCGTGCCTTAGATTT  248
       ||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  -TGTCTCTTCACC--TCCGT-AGCATTCCTTGACCCCGTG-CTTAGA-TT  227

seq1  TGACCAAGTCTGTTCTTGCCTTTGGGTGACTCGGTCTCAGTTGCTTCACT  298
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGTCTG-TCTTGCCTTTGGGTGACTCGGTCTCAGTTGCTTCACT  276

seq1  TGCAAACACCGAAGCTCACAACATCTGTACACATCAGTGACATCATACGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACACCGAAGCTCACAACATCTGTACACATCAGTGACATCATACGC  326

seq1  AGGGTGATGTTTGGTGAGAGCATGGGGCCTCACAGGTAGGAGTTTCTGCC  398
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGATG-TTGGTGAGAGCATGGGGCCTCACAGGTAGGAGTTTCTGCC  375

seq1  CTCCTAGAGAATTAGTGGTCCCCTCTTGTCCTGGAGTTGACTAGTCCCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGAGAATTAGTGGTCCCCTCTTGTCCTGGAGTTGACTAGTCCCTG  425

seq1  CTCTGCAGACCTTTTGCACAGTTGGAACTGCAGACCTATCCAAGTTTTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCTGCAGACCTTTTGCACAGTTGGAACTGCAGACCTATCCAAGTTTTG-  474

seq1  TTTCATTCTGTTGCTGTGATAAAACACTGACCAAAAGTGACCTCAGGAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCTGTTGCTGTGATAAAACACTGACCAAAAGTGACCTCAGGAGG  524

seq1  AAAAAGTTTGTTTGAGGGTAGTCAAGGTAGGAACTCCAGCAGGAACTTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTTGTTTGAGGGTAGTCAAGGTAGGAACTCCAGCAGGAACTTGA  574

seq1  GACAGAAAGCGTGGAGAAACACTGCCCATTTGCTCACTCTCAAGCACATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAAGCGTGGAGAAACACTGCCCATTTGCTCACTCTCAAGCACATG  624

seq1  TTTAGCTAGCTTTTGAAAAATACAGTCCAGAACTATCTGTGCAGAAAATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTAGCTTTTGAAAAATACAGTCCAGAACTATCTGTGCAGAAAATG  674

seq1  GTGACAGGTAGAATGGCTGGGTGCTTCTAAATCAACTAACAATTAAGACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGGTAGAATGGCTGGGTGCTTCTAAATCAACTAACAATTAAGACA  724

seq1  GTCCCCCAAAGATGTGCCCACAGACCACTCTGATCTGGCAGTACCATGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCAAAGATGTGCCCACAGACCACTCTGATCTGGCAGTACCATGCA  774

seq1  ACTGAGACTCCCTTCTCAGGTGAGTAGAGGCCCTGTCAAGTTGTCAATTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGACTCCCTTCTCAGGTGAGTAGAGGCCCTGTCAAGTTGTCAATTA  824

seq1  CAACTAACAGGCTTCAATGTTGCCTAGACACCCCTAAGTCCCGGTTGAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAACAGGCTTCAATGTTGCCTAGACACCCCTAAGTCCCGGTTGAGA  874

seq1  CCTTCCCTGATGATGGTCCCTGGGGCTGAAATTAATACCACCAGAGAACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTGATGATGGTCCCTGGGGCTGAAATTAATACCACCAGAGAACA  924

seq1  TTCATCTTCGCAAGCCAAGGTGGCTATCTCTGACGTAGGCTGTATACCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTCGCAAGCCAAGGTGGCTATCTCTGACGTAGGCTGTATACCTT  974

seq1  CTCCATTGGCCCTGGGATAGACCCTTGAGACTCAGCCATAACCCTGAGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGGCCCTGGGATAGACCCTTGAGACTCAGCCATAACCCTGAGAA  1024

seq1  AGATGGAGCAGGACTCAGCACAAACCCATATAGTGTAGGCTACTTGTGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGCAGGACTCAGCACAAACCCATATAGTGTAGGCTACTTGTGCA  1074

seq1  AATCTTCACATCATGTTGCTGTCCTAAATATTGTAGGTATTTGTAAGACA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCACATCATGTTGCTGTCCTAAATATTGTAGGTATTTGTAAGACA  1124

seq1  ATGGTGTTTATGTATCTAAATACATCTATATATAGGATAACAATAATAAA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTTATGTATCTAAATACATCTATATATAGGATAACAATAATAAA  1174

seq1  GATATTGTGCATAGGAATTC  1218
      ||||||||||||||||||||
seq2  GATATTGTGCATAGGAATTC  1194

seq1: chr17_32712180_32713323
seq2: B6Ng01-340N13.g_69_1221

seq1  GAATTCTGGGATAGAGTCAGGTGCAGGAAAAGATTTCACCCTGGACTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATAGAGTCAGGTGCAGGAAAAGATTTCACCCTGGACTCAG  50

seq1  AGGAGATGGACATATGAAACTGAGGAGAGGTCATATAGGTTACAAGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGGACATATGAAACTGAGGAGAGGTCATATAGGTTACAAGCTGG  100

seq1  TCAAGGAATGAGAAAAAGCTTATGGCTTAAGCTTTATTCAAAACTAAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAATGAGAAAAAGCTTATGGCTTAAGCTTTATTCAAAACTAAGTC  150

seq1  TCAGAGCTGTTATTTTGGGAGCTGGACTATGGCTGGTAAAGCCTGTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTGTTATTTTGGGAGCTGGACTATGGCTGGTAAAGCCTGTGGTT  200

seq1  ACAGACAGGCCCCAGGATTTCAGGAAGTTATTTATCCTTGGTCAAGTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGGCCCCAGGATTTCAGGAAGTTATTTATCCTTGGTCAAGTAGG  250

seq1  GCTTATAAGTTACAGGCATTTCTGTTTTACAGATTTTGTGAGTAATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATAAGTTACAGGCATTTCTGTTTTACAGATTTTGTGAGTAATTTAA  300

seq1  ACTTAAAATATAGCTTTAGCCACCATAGTCAGAATGTTCCATTCAGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAATATAGCTTTAGCCACCATAGTCAGAATGTTCCATTCAGATCT  350

seq1  GGTTACAGTGATTTAGGGATTTTCTAATCCAGGATTCCAAACTCCTCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACAGTGATTTAGGGATTTTCTAATCCAGGATTCCAAACTCCTCCAC  400

seq1  ATACCTTCAGCGAATCAGACCCAAGTTCCTCCTAATCACAGGGTCAGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTCAGCGAATCAGACCCAAGTTCCTCCTAATCACAGGGTCAGGTT  450

seq1  ATTACACCAATGACATCACTCCTCATACAAATCTTCTGCATTCATTACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACCAATGACATCACTCCTCATACAAATCTTCTGCATTCATTACCT  500

seq1  ATCTCTCCTCAGTGAGGAAATAGCTGGAAAAATAAGTTGAGCAAGGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCTCAGTGAGGAAATAGCTGGAAAAATAAGTTGAGCAAGGAAGG  550

seq1  GATTCCCTTGGCTCACAGTTGAAGGGTCCAGTCTCTCATGGTGGGAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCTTGGCTCACAGTTGAAGGGTCCAGTCTCTCATGGTGGGAAAAT  600

seq1  CATGACGGCAGGAACATGAGGCAGCTGGTCACATGATGTCTTAAGTGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACGGCAGGAACATGAGGCAGCTGGTCACATGATGTCTTAAGTGAGG  650

seq1  AAGCAAAGAGATTTGTGGGTGGTAATTCAGGTCATTTTCAAATTTTTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGAGATTTGTGGGTGGTAATTCAGGTCATTTTCAAATTTTTGAT  700

seq1  TAGCTGGGGAACATAGTCCTGGAATGAAGTTGGCCACATTCAGAGTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGGAACATAGTCCTGGAATGAAGTTGGCCACATTCAGAGTGGGT  750

seq1  CTTTGCTCTAAGTTCAGCCTTTCTGACAGACTCTTATAGACACTCCCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTAAGTTCAGCCTTTCTGACAGACTCTTATAGACACTCCCAGA  800

seq1  AGTCATCTT-CCGTTGAGATTGTGGATCCAGAAAGAT-GGCAGTGATGAT  848
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTCATCTTCCCGTTGAGATTGTGGATCCAGAAAGATGGGCAGTGATGAT  850

seq1  TGACCA-TTGTGACTATTACAACAGGAACTTGGCATA-TTTATCTGAAGA  896
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  TGACCATTTGTGACTATTACAACAGGAACTTGGCATATTTTTTCTGAAGA  900

seq1  CA-TGACATATGT-CCTGCATTTATCTTATTATATGTAGCCCAGGTTGAC  944
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACATATGTCCCTGCATTTATCTTATTATATGTAGCCCAGGTTGAC  950

seq1  CTTGAGTTTTATTCCTCTTGCATCCACCTCCCAAATGGCCTGATTATAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTTTATTCCTCTTGCATCACCCTCCCAAATGGCCTGATTATAGG  1000

seq1  TGTAACCCTTAATTTA-TTTATAGCTTAGGAAGTTGTAAAAGAAATTGGT  1043
      |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TGTACCCTTTAATTTATTTTATAGCTTAGGAAGTTGTAAA--AAATTGGT  1048

seq1  GTCTG-TGA-TTATGGGGTTGGCAAGACCAATGTCTA-TGGCCC-TAGAT  1089
      ||||| ||| |||||||||||   |||||| |||||| |||||| |||||
seq2  GTCTGTTGATTTATGGGGTTG--CAGACCATTGTCTATTGGCCCTTAGAT  1096

seq1  GCCTGGTAGGATTCCAGACA-GATGCTGAAGCTGTGTTTTCAAAT---CA  1135
        |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||   ||
seq2  TGCTGGTA-GATTCCAGACACGATGCTG-AGCTGTTGTTTCAAATCAGCA  1144

seq1  GAGTTCCTT  1144
      || ||||||
seq2  GATTTCCTT  1153