BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348M01
Chromosome17 (Build37)
Map Location 44,636,140 - 44,753,165
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRunx2
Upstream geneMep1a, LOC100043332, Pla2g7, Tdrd6, Slc25a27, Cyp39a1, Dscr1l1, Enpp5, Enpp4, Clic5
Downstream geneSupt3h, 4930564C03Rik, EG210562, EG668314, Cdc5l, Spats1, EG668319, Aars2, Tcte1, Gm323, Nfkbie, Slc35b2, Hsp90ab1, Slc29a1, EG653016
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348M01.bB6Ng01-348M01.g
ACCGA129948GA129949
length913600
definitionB6Ng01-348M01.b B6Ng01-348M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,636,140 - 44,637,051)(44,752,566 - 44,753,165)
sequence
tcaggaggatcagaggttcacattcatccttgactgtctagcaagtttga
gaagaaggagttctgggtggcatgaggctcaggagagcaatgtagagaat
ggaatgaaccgtcagctgttaccagtattttctcctccctcctccatttt
aactgatcggtgatcatgtgatggtgagtattcactgtcaccttgagcag
attttgaatcacctaagatctggcccaccactgggtatgtctgtgaggct
gtttcctcctagactgaactgaagagagagagagagagagatgctctttg
actatgggtggcactgtcccattggctgggtgctcgactgaatgaaaaag
gagtggagcagctgaattgcttttctctgcttccagagtgggtgcaatgt
gatcagtggcctcacactactgcaacaacgccttcccaacatcaaggtcc
atagactgtatccctgtaaaccttgagccaagagcaatctttcctttttt
aagttgcttttctctggtgctatgttacagggataaaaaaaaataagtaa
ctaagacatccattctgaggaaagctcacatttccagtctccctcacaga
gagctggttgtagccaagtcaatcgggcataagcggactaaagtagaggt
gttgtgttccatccgtcttcctggggtcctgccatttgcagtctgctttg
accatgaggtgaaagcagaaaattgccttgagaactcttagaatgtgttc
tctctctctccctctctttctctctctgactctctctctccctctctctc
cctctctctctctatctctctttctgactctctctctctctctctctctc
tctcacacacacacacacacacaagagagagagagagagggaggggaggg
agagagagagaga
gaattctctgggtatacaccaaggggagagaaaagtagttgggtcatatg
gttgttctgtttttaggagttttgttttgcttgttttttaaagaagcctc
caaactgatttccactatggctatgttaatctgctctttttaaaattacg
aagtaaaaatatctatctaaaaacaacattaatgccaatgtccatgtttt
catttaaatggcttggtagtatttatggacacaaatatcccaggtatgca
tgataaggaagtagtacagatttatacaccatgggaggtgggcgttctgc
tcgtggtcatgagttcttcagttggtgcttgctttccttgctctgggaac
cctgtgtggggtagccacagtcaaacttagccgagagccccaagtttgtg
accatccacaggaagcatccacatccggaggaacaggacaggctatgtag
aaaccaactgtgcatgcatacaaaggttccttgtcgtcccaccttagcac
agtagccctgctgagtctcatcaggtgcccttcccaccaccactttctgt
cttatcaggtggcagaggagaggggaaggggatggagaggggagatgttg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr17_44636140_44637051
seq2: B6Ng01-348M01.b_58_970

seq1  TCAGGAGGATCAGAGGTTCACATTCATCCTTGACTGTCTAGCAAGTTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGGATCAGAGGTTCACATTCATCCTTGACTGTCTAGCAAGTTTGA  50

seq1  GAAGAAGGAGTTCTGGGTGGCATGAGGCTCAGGAGAGCAATGTAGAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGAGTTCTGGGTGGCATGAGGCTCAGGAGAGCAATGTAGAGAAT  100

seq1  GGAATGAACCGTCAGCTGTTACCAGTATTTTCTCCTCCCTCCTCCATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAACCGTCAGCTGTTACCAGTATTTTCTCCTCCCTCCTCCATTTT  150

seq1  AACTGATCGGTGATCATGTGATGGTGAGTATTCACTGTCACCTTGAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATCGGTGATCATGTGATGGTGAGTATTCACTGTCACCTTGAGCAG  200

seq1  ATTTTGAATCACCTAAGATCTGGCCCACCACTGGGTATGTCTGTGAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAATCACCTAAGATCTGGCCCACCACTGGGTATGTCTGTGAGGCT  250

seq1  GTTTCCTCCTAGACTGAACTGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCTCTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCCTAGACTGAACTGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCTCTTTG  300

seq1  ACTATGGGTGGCACTGTCCCATTGGCTGGGTGCTCGACTGAATGAAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGGTGGCACTGTCCCATTGGCTGGGTGCTCGACTGAATGAAAAAG  350

seq1  GAGTGGAGCAGCTGAATTGCTTTTCTCTGCTTCCAGAGTGGGTGCAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAGCAGCTGAATTGCTTTTCTCTGCTTCCAGAGTGGGTGCAATGT  400

seq1  GATCAGTGGCCTCACACTACTGCAACAACGCCTTCCCAACATCAAGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTGGCCTCACACTACTGCAACAACGCCTTCCCAACATCAAGGTCC  450

seq1  ATAGACTGTATCCCTGTAAACCTTGAGCCAAGAGCAATCTTTCCTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTGTATCCCTGTAAACCTTGAGCCAAGAGCAATCTTTCCTTTTTT  500

seq1  AAGTTGCTTTTCTCTGGTGCTATGTTACAGGGATAAAAAAAAATAAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCTTTTCTCTGGTGCTATGTTACAGGGATAAAAAAAAATAAGTAA  550

seq1  CTAAGACATCCATTCTGAGGAAAGCTCACATTTCCAGTCTCCCTCACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACATCCATTCTGAGGAAAGCTCACATTTCCAGTCTCCCTCACAGA  600

seq1  GAGCTGGTTGTAGCCAAGTCAATCGGGCATAAGCGGACTAAAGTAGAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGTTGTAGCCAAGTCAATCGGGCATAAGCGGACTAAAGTAGAGGT  650

seq1  GTTGTGTTCCATCCGTCTTCCTGGGGTCCTGCCATTTGCAGTCTGCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTTCCATCCGTCTTCCTGGGGTCCTGCCATTTGCAGTCTGCTTTG  700

seq1  ACCATGAGGTGAAAGCAGAAAATTGCCTTGAGAACTCTTAGAATGTGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAGGTGAAAGCAGAAAATTGCCTTGAGAACTCTTAGAATGTGTTC  750

seq1  TCTCTCTCTCCCTCTCTTTCTCTCTCTGACTCTCTCTCTCCCTCTCTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCCCTCTCTTTCTCTCTCTGACTCTCTCTCTCCCTCTCTCTC  800

seq1  CCTCTCTCTCTCTATCTCTCTTTCTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCTCTCTATCTCTCTTTCTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  850

seq1  TCTCACACACACACACACACACAAGAGAGAGAGAGAGAGGGA-GGGAGGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTCACACACACACACACACACAAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGGGGAGGG  900

seq1  AGAGAGAGAGAGA  912
      |||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGA  913

seq1: chr17_44752566_44753165
seq2: B6Ng01-348M01.g_66_665 (reverse)

seq1  CAACATCTCCCCTCTCCATCCCCTTCCCCTCTCCTCTGCCACCTGATAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCTCCCCTCTCCATCCCCTTCCCCTCTCCTCTGCCACCTGATAAG  50

seq1  ACAGAAAGTGGTGGTGGGAAGGGCACCTGATGAGACTCAGCAGGGCTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGTGGTGGTGGGAAGGGCACCTGATGAGACTCAGCAGGGCTACT  100

seq1  GTGCTAAGGTGGGACGACAAGGAACCTTTGTATGCATGCACAGTTGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAGGTGGGACGACAAGGAACCTTTGTATGCATGCACAGTTGGTTT  150

seq1  CTACATAGCCTGTCCTGTTCCTCCGGATGTGGATGCTTCCTGTGGATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGCCTGTCCTGTTCCTCCGGATGTGGATGCTTCCTGTGGATGGT  200

seq1  CACAAACTTGGGGCTCTCGGCTAAGTTTGACTGTGGCTACCCCACACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACTTGGGGCTCTCGGCTAAGTTTGACTGTGGCTACCCCACACAGG  250

seq1  GTTCCCAGAGCAAGGAAAGCAAGCACCAACTGAAGAACTCATGACCACGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCAGAGCAAGGAAAGCAAGCACCAACTGAAGAACTCATGACCACGA  300

seq1  GCAGAACGCCCACCTCCCATGGTGTATAAATCTGTACTACTTCCTTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACGCCCACCTCCCATGGTGTATAAATCTGTACTACTTCCTTATCA  350

seq1  TGCATACCTGGGATATTTGTGTCCATAAATACTACCAAGCCATTTAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACCTGGGATATTTGTGTCCATAAATACTACCAAGCCATTTAAATG  400

seq1  AAAACATGGACATTGGCATTAATGTTGTTTTTAGATAGATATTTTTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGGACATTGGCATTAATGTTGTTTTTAGATAGATATTTTTACTT  450

seq1  CGTAATTTTAAAAAGAGCAGATTAACATAGCCATAGTGGAAATCAGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAATTTTAAAAAGAGCAGATTAACATAGCCATAGTGGAAATCAGTTTG  500

seq1  GAGGCTTCTTTAAAAAACAAGCAAAACAAAACTCCTAAAAACAGAACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTCTTTAAAAAACAAGCAAAACAAAACTCCTAAAAACAGAACAAC  550

seq1  CATATGACCCAACTACTTTTCTCTCCCCTTGGTGTATACCCAGAGAATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGACCCAACTACTTTTCTCTCCCCTTGGTGTATACCCAGAGAATTC  600