BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004A10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 85,052,974 - 85,168,072
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo15, 1700034H14Rik
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik, Cyb5
Downstream geneLOC100039765, LOC665382, LOC545269
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004A10.bB6Ng01-004A10.g
ACCDH841550DH841551
length1,149451
definitionDH841550|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004A10, 5' end.DH841551|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004A10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,052,974 - 85,054,135)(85,167,616 - 85,168,072)
sequence
gaattctgcaagtagatgaacaattagaagcttgagtagcccttgcgttt
cctcatcgtttggccattaccctgtgtaatgcctactctgcttctgaaag
ctcttgttttgtgatctcaataccttgttgctgaattgatttattttctg
tgattatacctgtcatgctttgcaacctaataacagtttaggaacagtcc
ttttgaacatcagccagacgagcaagatgcattatggccatgtgggctta
gtaggtaaaggtgcttgcctccatagaaacttggtctcttaagttagctc
attaggtcatggtagagcgacagaagtgactcccacaagttcctctgact
tccacctgagctgcactgttaacatcacacacacacacacctaatagtat
ggtcagtgcatggtatagcatatctcaaaatcggaaagaatatgaagtag
aagatgccaaaggctacattttgtgtaattccagtattcagagcaggcaa
atctgtagacaccatggttttctagaccttcaaaggtcagctggggagca
aagatagtagctggagatgggaacagagtttcttggagaataatgaaagt
gttctgacttcagctatggtgatggctgtgtggctctaaatagtctaaaa
gccattggtgtgttttacatgaattctatctcaacatagctcaatttggt
caagatatactcacatctgggccctagaaccatactctccgctgttctta
cccccagggtcccagtccctttcactccagaacggaagtcctcttctcca
tgaccctccctcccctgtgtgcttcctgctgtcaccaccattggaagcag
tctcctttatggctgtgtgtgaagctgaagaagggactttgccctctgat
tatgttagagctaaatcggtaacttctgcaactgagtgtaaactgtctgc
agtgtttgcagttgctccactggatgttcatctctctgcctgccctcatg
cacagcctctcccagcccacagtttttctctctgacttaatactgcagca
ctactaccgagcgcctgatctgctcacgcaattgtctctgcctgcactgg
ttctgaagcttagttcagttctggaatcaggtggggctcttatctggat
ttcgggatccttactgtaccccttgtgaaccctctaccccatctttcttt
ctgtgccccaaggcacaagtagctagtggcccatttccaatttacataat
cagaacgaagtatagaaaaatgcaaggcccaaaaggaaaacagcaccatt
actgccattctgataaaacaggaaacgaaatgacaatgaaggtgtgcact
cacactgtactccctcacaataacacagagctcggtgcacagggcttgca
gccagcgccagcagccagcaggcacccatcccgtccacaccacttccatt
ctgattgataaagttgcacccagaagtccgaaacgcacagatggcaggtg
tcacacatgtggaggcacaagacctctcagctggccatgcaccagtcagg
cagcgattgtccttactctgcaagtgaagagagttgggggatgggggggg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_85052974_85054135
seq2: B6Ng01-004A10.b_49_1197

seq1  GAATTCTGCAAGTAGATGAACAATTAGAAGCTTGAGTAGCCCTTGCGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAAGTAGATGAACAATTAGAAGCTTGAGTAGCCCTTGCGTTT  50

seq1  CCTCATCGTTTGGCCATTACCCTGTGTAATGCCTACTCTGCTTCTGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCGTTTGGCCATTACCCTGTGTAATGCCTACTCTGCTTCTGAAAG  100

seq1  CTCTTGTTTTGTGATCTCAATACCTTGTTGCTGAATTGATTTATTTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTTTGTGATCTCAATACCTTGTTGCTGAATTGATTTATTTTCTG  150

seq1  TGATTATACCTGTCATGCTTTGCAACCTAATAACAGTTTAGGAACAGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATACCTGTCATGCTTTGCAACCTAATAACAGTTTAGGAACAGTCC  200

seq1  TTTTGAACATCAGCCAGACGAGCAAGATGCATTATGGCCATGTGGGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAACATCAGCCAGACGAGCAAGATGCATTATGGCCATGTGGGCTTA  250

seq1  GTAGGTAAAGGTGCTTGCCTCCATAGAAACTTGGTCTCTTAAGTTAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTAAAGGTGCTTGCCTCCATAGAAACTTGGTCTCTTAAGTTAGCTC  300

seq1  ATTAGGTCATGGTAGAGCGACAGAAGTGACTCCCACAAGTTCCTCTGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTCATGGTAGAGCGACAGAAGTGACTCCCACAAGTTCCTCTGACT  350

seq1  TCCACCTGAGCTGCACTGTTAACATCACACACACACACACCTAATAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGAGCTGCACTGTTAACATCACACACACACACACCTAATAGTAT  400

seq1  GGTCAGTGCATGGTATAGCATATCTCAAAATCGGAAAGAATATGAAGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGTGCATGGTATAGCATATCTCAAAATCGGAAAGAATATGAAGTAG  450

seq1  AAGATGCCAAAGGCTACATTTTGTGTAATTCCAGTATTCAGAGCAGGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCCAAAGGCTACATTTTGTGTAATTCCAGTATTCAGAGCAGGCAA  500

seq1  ATCTGTAGACACCATGGTTTTCTAGACCTTCAAAGGTCAGCTGGGGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAGACACCATGGTTTTCTAGACCTTCAAAGGTCAGCTGGGGAGCA  550

seq1  AAGATAGTAGCTGGAGATGGGAACAGAGTTTCTTGGAGAATAATGAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGTAGCTGGAGATGGGAACAGAGTTTCTTGGAGAATAATGAAAGT  600

seq1  GTTCTGACTTCAGCTATGGTGATGGCTGTGTGGCTCTAAATAGTCTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGACTTCAGCTATGGTGATGGCTGTGTGGCTCTAAATAGTCTAAAA  650

seq1  GCCATTGGTGTGTTTTACATGAATTCTATCTCAACATAGCTCAATTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGGTGTGTTTTACATGAATTCTATCTCAACATAGCTCAATTTGGT  700

seq1  CAAGATATACTCACATCTGGGCCCTAGAACCATACTCTCCGCTGTTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATATACTCACATCTGGGCCCTAGAACCATACTCTCCGCTGTTCTTA  750

seq1  CCCCCAGGGTCCCAGTCCCTTTCACTCCAGAACGGAAGTCCTCTTCTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGGGTCCCAGTCCCTTTCACTCCAGAACGGAAGTCCTCTTCTCCA  800

seq1  TGACCCTCCCTCCCCTGTGTGCTTCCTGCTGTCACCACCATTGGAAGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTCCCTCCCCTGTGTGCTTCCTGCTGTCACCACCATTGGAAGCAG  850

seq1  TCTCCTTTATGGCTGTGTGTGAAGCTGAAGAAGGGACTTTGCCCTCTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTATGGCTGTGTGTGAAGCTGAAGAAGGGACTTTGCCCTCTGAT  900

seq1  TATGTTAGAGCTAAATCGGTAACTTCTGCAACTGAGTGTAAACTGTCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAGAGCTAAATCGGTAACTTCTGCAACTGAGTGTAAACTGTCTGC  950

seq1  AGTGTTTGCAGTTGCTCCACTGGATGTTCATCTCTCTGCCTGCCCTCATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGCAGTTGCTCCACTGGATGTTCATCTCTCTGCCTGCCCTCATG  1000

seq1  CCACAGCCTCCTCCCAAGCCCACAGTTTTTCTCTCTGACTTATTACTGCA  1050
       |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  -CACAGCCT-CTCCC-AGCCCACAGTTTTTCTCTCTGACTTAATACTGC-  1046

seq1  AGCACTACTACCGAGCCGGCCCTGATCTGCTCACGCCATTGTCTCTGCCT  1100
      ||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCACTACTACCGAGC---GCCTGATCTGCTCACGCAATTGTCTCTGCCT  1093

seq1  GCACTGTGTTCCTGAGAGCTTAGTTCAGTTCTTGAGATACAGGTGGTGCT  1150
      |||||| ||| |||| |||||||||||||||| || || ||||||| || 
seq2  GCACTG-GTT-CTGA-AGCTTAGTTCAGTTCTGGA-AT-CAGGTGGGGC-  1137

seq1  TCTTATCTGGAT  1162
      ||||||||||||
seq2  TCTTATCTGGAT  1149

seq1: chr18_85167616_85168072
seq2: B6Ng01-004A10.g_67_523 (reverse)

seq1  ACCCCCCCCATCCCCCAACTCTCTTCACTTGCAGAGTAAGGACAATCGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCCCCATCCCCCAACTCTCTTCACTTGCAGAGTAAGGACAATCGCT  50

seq1  GCCTGACTGGTGCATGGCCAGCTGAGAGGTCTTGTGCCTCCACATGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACTGGTGCATGGCCAGCTGAGAGGTCTTGTGCCTCCACATGTGTG  100

seq1  ACACCTGCCATCTGTGCGTTTCGGACTTCTGGGTGCAACTTTATCAATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGCCATCTGTGCGTTTCGGACTTCTGGGTGCAACTTTATCAATCA  150

seq1  GAATGGAAGTGGTGTGGACGGGATGGGTGCCTGCTGGCTGCTGGCGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAAGTGGTGTGGACGGGATGGGTGCCTGCTGGCTGCTGGCGCTGG  200

seq1  CTGCAAGCCCTGTGCACCGAGCTCTGTGTTATTGTGAGGGAGTACAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGCCCTGTGCACCGAGCTCTGTGTTATTGTGAGGGAGTACAGTGT  250

seq1  GAGTGCACACCTTCATTGTCATTTCGTTTCCTGTTTTATCAGAATGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCACACCTTCATTGTCATTTCGTTTCCTGTTTTATCAGAATGGCAG  300

seq1  TAATGGTGCTGTTTTCCTTTTGGGCCTTGCATTTTTCTATACTTCGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTGCTGTTTTCCTTTTGGGCCTTGCATTTTTCTATACTTCGTTCT  350

seq1  GATTATGTAAATTGGAAATGGGCCACTAGCTACTTGTGCCTTGGGGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATGTAAATTGGAAATGGGCCACTAGCTACTTGTGCCTTGGGGCACA  400

seq1  GAAAGAAAGATGGGGTAGAGGGTTCACAAGGGGTACAGTAAGGATCCCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAGATGGGGTAGAGGGTTCACAAGGGGTACAGTAAGGATCCCGA  450

seq1  AGAATTC  457
      |||||||
seq2  AGAATTC  457