BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016L15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 56,648,228 - 56,748,000
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGramd3, LOC667458, Aldh7a1, Rnuxa
Upstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104, LOC676543, LOC667432
Downstream gene1700065I17Rik, LOC675171, Lmnb1, March3, C330018D20Rik, Megf10, LOC672445, Prrc1, 1700011I03Rik, 4930511M06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016L15.bB6Ng01-016L15.g
ACCDH850606DH850607
length1,123894
definitionDH850606|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016L15, 5' end.DH850607|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016L15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,746,877 - 56,748,000)(56,648,228 - 56,649,119)
sequence
gaattctcacctagaacctcccacagtctaattctgatgaaactgctgcc
attgatgtaacaatggccttgttaactccacagcaaccctcaggagctaa
gaggatgcaggtcagagctctttgctgtgtgtatgtctcttcatggaaac
cattatgaatggtttaaaaatgggacattgtggagacactgcagatttga
caaaggaaagctacgtgggcccagagcctggggatggaggtcagttggcg
tacttgctcttcctgactgaactctaggttccgcctttaacactgtacac
accaagtgtggctgtacacacacctgtaatctcagcaccaggaaaaggca
ggaccaccaagtgtttacactgtatccctggctacataggggatttgagg
ctagcctgatctacacagagtgcattctaggacagccagagcttcatgtg
gagattccagctcagaaagaaaatcaaagcatcttctattattttccttt
gacaaaccaatggcacgaaccctcagtacaggcttacgtttctgtctgta
agactgaaaaggctcagcagataaaggtatttgaggtgcagtgccccgca
ccctagaaatcacttaaaggacagacacatctgactccacaaaatgccct
ttaaccaccataagcatggcctccacacctcctctctcatgcacacagta
ataaattaacgttttaaagaatgatacaaagtagtagacacagggcctaa
gctcctatctcagccctgatcaggctgaggtgggaggggtcagcccacac
caagacccttcccattactgaatgtaacagctgaacaatttatacatgtt
acaggatattttaatggaatgtgttaaaaccaaagcatagttcaccaaga
tgagtcagaaaaccgaagtgtcttaattggcatgaaacagtgggctgaac
agaggtcacagcctccactcagctaacaggacagcacatgccacagaatg
agattaacccgtgccgtgcacggagagacacagtcttcctccacgctgct
gcgagcgcacccctgtccacatacatcacataccagaaaacaggaacagg
cgccctttctctagtctcagtac
gaattctaaccatgtagaaggttctcagtttctgtcaccagagactcctg
ggttaggaaagtcctgtgatgtggggtgacccatgcttcatttccatatc
ttatgggtcagcactaagggaaaggactagcatttatcaagtcttgcctg
tttcctcctctcactgtctcccctcaggatttcaatgatgaattctcaga
cctggacggagtggttcgacaacgaaggcaagacttggaaggatacagca
gctcaggatcccagactccggaatctgagaactcccgaggtccggggaag
tcgtgtcttgataaacgttttatgccccataaaacaccctcccctcactc
tcactcaacaaaacgaaaacaagacccacccttcttttcccagttaatag
ttggaaagcaaatcttgggaaagggttcctaagaaaaggaattgcctccg
tggcaatccatctccttcgcccctatttaacagacatctcttaggtcagt
ggttctcgatctgtgggaagtaatccctttagaggtcaaacaaccctttt
acaggggttgccatcaaaaaacagatatttccattctgatctgtaacagt
ggcaaaattacagttataactgtgttttatacaatttttatgtctgtatg
tatgtttgtgtataaaaaaagtagcaatgaagatacttttatggttggag
gtcaccacatgaggaactgtattaaaagggacgtagcattaggaaggttg
agaaccatggcttagctgacatgctagggtggccaagagaggtttctcac
ctatttctggtaataataacagtatgagtagagaacacattgtgtgtctg
tggatgccaacccagcgtccttgcatcattttctcgtgaacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_56746877_56748000
seq2: B6Ng01-016L15.b_46_1168 (reverse)

seq1  GTACTGAGACTAGAGAAAGGGGCGCTGTTCCTG-TTTCTGTGTATGTGAT  49
      |||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||| |||||||||
seq2  GTACTGAGACTAGAGAAAGGGCGCCTGTTCCTGTTTTCTG-GTATGTGAT  49

seq1  GTATGTGGACAGGGGTGCGCTCGGCAGCAGCGTGGAGGGAGGGCTGTGTC  99
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||
seq2  GTATGTGGACAGGGGTGCGCTC-GCAGCAGCGTGGA-GGAAGACTGTGTC  97

seq1  TCTCGGTGCACGGCACGGGTTAAATCTCATTCTGTGGCATGTGCTGT-CT  148
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTCCGTGCACGGCACGGGTT-AATCTCATTCTGTGGCATGTGCTGTCCT  146

seq1  GTTAGCCTGAGTGG-GGCTGTGACCTCTGTTCAGCCCACTGTTTCATGCC  197
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAG-CTGAGTGGAGGCTGTGACCTCTGTTCAGCCCACTGTTTCATGCC  195

seq1  -ATTAAGACACTTCGGTTTTCTGACTCATCTTGGTGAACTATGCTTTGGT  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGACACTTCGGTTTTCTGACTCATCTTGGTGAACTATGCTTTGGT  245

seq1  TTTAACACATTCCATTAAAATATCCTGTAACATGTATAAATTGTTCAGCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACACATTCCATTAAAATATCCTGTAACATGTATAAATTGTTCAGCT  295

seq1  GTTACATTCAGTAATGGGAAGGGTCTTGGTGTGGGCTGACCCCTCCCACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATTCAGTAATGGGAAGGGTCTTGGTGTGGGCTGACCCCTCCCACC  345

seq1  TCAGCCTGATCAGGGCTGAGATAGGAGCTTAGGCCCTGTGTCTACTACTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGATCAGGGCTGAGATAGGAGCTTAGGCCCTGTGTCTACTACTT  395

seq1  TGTATCATTCTTTAAAACGTTAATTTATTACTGTGTGCATGAGAGAGGAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCATTCTTTAAAACGTTAATTTATTACTGTGTGCATGAGAGAGGAG  445

seq1  GTGTGGAGGCCATGCTTATGGTGGTTAAAGGGCATTTTGTGGAGTCAGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAGGCCATGCTTATGGTGGTTAAAGGGCATTTTGTGGAGTCAGAT  495

seq1  GTGTCTGTCCTTTAAGTGATTTCTAGGGTGCGGGGCACTGCACCTCAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTCCTTTAAGTGATTTCTAGGGTGCGGGGCACTGCACCTCAAAT  545

seq1  ACCTTTATCTGCTGAGCCTTTTCAGTCTTACAGACAGAAACGTAAGCCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTATCTGCTGAGCCTTTTCAGTCTTACAGACAGAAACGTAAGCCTG  595

seq1  TACTGAGGGTTCGTGCCATTGGTTTGTCAAAGGAAAATAATAGAAGATGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGGGTTCGTGCCATTGGTTTGTCAAAGGAAAATAATAGAAGATGC  645

seq1  TTTGATTTTCTTTCTGAGCTGGAATCTCCACATGAAGCTCTGGCTGTCCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTTCTTTCTGAGCTGGAATCTCCACATGAAGCTCTGGCTGTCCT  695

seq1  AGAATGCACTCTGTGTAGATCAGGCTAGCCTCAAATCCCCTATGTAGCCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCACTCTGTGTAGATCAGGCTAGCCTCAAATCCCCTATGTAGCCA  745

seq1  GGGATACAGTGTAAACACTTGGTGGTCCTGCCTTTTCCTGGTGCTGAGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATACAGTGTAAACACTTGGTGGTCCTGCCTTTTCCTGGTGCTGAGAT  795

seq1  TACAGGTGTGTGTACAGCCACACTTGGTGTGTACAGTGTTAAAGGCGGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTGTGTGTACAGCCACACTTGGTGTGTACAGTGTTAAAGGCGGAA  845

seq1  CCTAGAGTTCAGTCAGGAAGAGCAAGTACGCCAACTGACCTCCATCCCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGTTCAGTCAGGAAGAGCAAGTACGCCAACTGACCTCCATCCCCA  895

seq1  GGCTCTGGGCCCACGTAGCTTTCCTTTGTCAAATCTGCAGTGTCTCCACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGGGCCCACGTAGCTTTCCTTTGTCAAATCTGCAGTGTCTCCACA  945

seq1  ATGTCCCATTTTTAAACCATTCATAATGGTTTCCATGAAGAGACATACAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCATTTTTAAACCATTCATAATGGTTTCCATGAAGAGACATACAC  995

seq1  ACAGCAAAGAGCTCTGACCTGCATCCTCTTAGCTCCTGAGGGTTGCTGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAAGAGCTCTGACCTGCATCCTCTTAGCTCCTGAGGGTTGCTGTG  1045

seq1  GAGTTAACAAGGCCATTGTTACATCAATGGCAGCAGTTTCATCAGAATTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAACAAGGCCATTGTTACATCAATGGCAGCAGTTTCATCAGAATTA  1095

seq1  GACTGTGGGAGGTTCTAGGTGAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGGGAGGTTCTAGGTGAGAATTC  1123

seq1: chr18_56648228_56649119
seq2: B6Ng01-016L15.g_69_962

seq1  GAATTCTAACCATGTAGAAGGTTCTCAGTTTCTGTCACCAGAGACTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACCATGTAGAAGGTTCTCAGTTTCTGTCACCAGAGACTCCTG  50

seq1  GGTTAGGAAAGTCCTGTGATGTGGGGTGACCCATGCTTCATTTCCATATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGAAAGTCCTGTGATGTGGGGTGACCCATGCTTCATTTCCATATC  100

seq1  TTATGGGTCAGCACTAAGGGAAAGGACTAGCATTTATCAAGTCTTGCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTCAGCACTAAGGGAAAGGACTAGCATTTATCAAGTCTTGCCTG  150

seq1  TTTCCTCCTCTCACTGTCTCCCCTCAGGATTTCAATGATGAATTCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCTCTCACTGTCTCCCCTCAGGATTTCAATGATGAATTCTCAGA  200

seq1  CCTGGACGGAGTGGTTCGACAACGAAGGCAAGACTTGGAAGGATACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACGGAGTGGTTCGACAACGAAGGCAAGACTTGGAAGGATACAGCA  250

seq1  GCTCAGGATCCCAGACTCCGGAATCTGAGAACTCCCGAGGTCCGGGGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGATCCCAGACTCCGGAATCTGAGAACTCCCGAGGTCCGGGGAAG  300

seq1  TCGTGTCTTGATAAACGTTTTATGCCCCATAAAACACCCTCCCCTCACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTCTTGATAAACGTTTTATGCCCCATAAAACACCCTCCCCTCACTC  350

seq1  TCACTCAACAAAACGAAAACAAGACCCACCCTTCTTTTCCCAGTTAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAACAAAACGAAAACAAGACCCACCCTTCTTTTCCCAGTTAATAG  400

seq1  TTGGAAAGCAAATCTTGGGAAAGGGTTCCTAAGAAAAGGAATTGCCTCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGCAAATCTTGGGAAAGGGTTCCTAAGAAAAGGAATTGCCTCCG  450

seq1  TGGCAATCCATCTCCTTCGCCCCTATTTAACAGACATCTCTTAGGTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATCCATCTCCTTCGCCCCTATTTAACAGACATCTCTTAGGTCAGT  500

seq1  GGTTCTCGATCTGTGGGAAGTAATCCCTTTAGAGGTCAAACAACCCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCGATCTGTGGGAAGTAATCCCTTTAGAGGTCAAACAACCCTTTT  550

seq1  ACAGGGGTTGCCATCAAAAAACAGATATTTCCATTCTGATCTGTAACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGGTTGCCATCAAAAAACAGATATTTCCATTCTGATCTGTAACAGT  600

seq1  GGCAAAATTACAGTTATAACTGTGTTTTATACAATTTTTATGTCTGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAATTACAGTTATAACTGTGTTTTATACAATTTTTATGTCTGTATG  650

seq1  TATGTTTGTGTATAAAAAAAGTAGCAATGAAGATACTTTTATGGTTGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTGTGTATAAAAAAAGTAGCAATGAAGATACTTTTATGGTTGGAG  700

seq1  GTCACCACATGAGGAACTGTATT-AAAGGGACGTAGCATTAGGAAGGTTG  749
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACATGAGGAACTGTATTAAAAGGGACGTAGCATTAGGAAGGTTG  750

seq1  AGAACCATGGCTTAGCTGACATGCTAGGGTGGCCAAGAGAGGTTTCTCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCATGGCTTAGCTGACATGCTAGGGTGGCCAAGAGAGGTTTCTCAC  800

seq1  CTA-TTCTGGTAATAATAACAGTATGAGTAGAGAACACATTGTGTGTCTG  848
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTGGTAATAATAACAGTATGAGTAGAGAACACATTGTGTGTCTG  850

seq1  TGGATGCCAACCCAGCGTCCTTGCATCATTTTCTCGTGAACTTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCCAACCCAGCGTCCTTGCATCATTTTCTCGTGAACTTT  894