BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017O12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 58,958,938 - 59,099,244
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamts19
Upstream geneSlc12a2, 9330166H04Rik, Fbn2, Slc27a6, Isoc1
Downstream geneA730017C20Rik, 4833446K15Rik, LOC667549
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017O12.bB6Ng01-017O12.g
ACCDH851451DH851452
length9991,082
definitionDH851451|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017O12, 5' end.DH851452|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017O12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,958,938 - 58,959,938)(59,098,156 - 59,099,244)
sequence
gaattcaatggcttctggccaatgaagaaaatcaccaacaggttcaatat
tgtaaattgtatcttatactttagagacctgttagtatggttattcacat
atttaggtaactccagagattcattgaggttggaatgatggatccaaata
gcatctacaaccctaacatttatatttttaatcctatagcgttgaagaca
tgtttcatgatttgacgattaacttgtacatgtgcatattaataaagtca
gttgcaagtcagcaacataaactttagggacagagggtcactgtgggttt
gcaggctgtctcagtgtgcactgaaatatttgctgtcagtgttcatgtgt
gtggacgcagacattcaatgaatggctgaaaatggtgtagttcttcactt
ctattctttcttttttttttcttatggtatgatattatcttgttcattca
tcaaatactgacctcagctcaggtattagtgaactttgaataagacagac
agaatccgtctacagaatgaatctatgttttagctggaaaagacagatga
caatatgtaaatatataaataactatgactattgtacactctgggaaatg
acagtgctggtgacacttaaagagttacaaggattgctgacgattttggg
ctgcccttttcttccttagtcgcagcttgacgagcaaacagtgagctttc
tgggaaaggagagattcttttgctactaggtactgacactgccagcaaca
cggtaaaactggaggacttcaacacttgctaaattttgcagtcaatcttg
ctagtgtcagcaatgcttggttaatgtaaacaatattctttatggatttg
tttcttgtaaaggagcattttggcaatgttagaccaactgcacgatttga
ttttgaagaaatgataaattttgtttcaactttattttccaaaggctatc
ccaaagggagatgatattaaaagttgggtcattcagttgggatggtaca
gaattcttgaaatgtaaagcaaacaaaaacagtcttctacgttcccatct
aagtgaagcaagatacaaaccaggatccagaagaatctttcctctaaaaa
caaattaaaactttgctgacgcaagaataccctgcaaagaccaggggaga
ctctcaaaatgttgcaggatgcatttacgaaacagactgtatgaaatcag
ctcataactgaccagctagataaacacaaacagaactaaggttcctttgc
tcctggacttctgcttttatgaccatatgaaccatatgatttcaaagttc
tgactcttctgtcacaaggtttcagcagatatttaggtaagttatttacc
tcatagttgtagtgtatatgttatttacctataaggcgttaacttcttaa
agtctatggcagtcaaaattctatgtaatgagcatgagagtacaaatatt
ttggtcatagttttagaagtgtgagccatacaaataccaattttagaatg
tgtacactaagatatatacattgttgtaaaatatcacaatagaaaaaaaa
ttaatttttctaaatatgttaaagagggaaaaccaggcaggttttatgag
aaggaaagtggctgccaataccaccaagtaactgaagatgagaacactac
aggaatgggtggatatccctgggcaaacacctgagtgtggcatggggcag
agaaggtatgacagtaagtggtgcaggatctgtaaatgtgcaggctatgt
cttcatcaacagttgatttagcatgttctaatatggcctgtgttttaaaa
ggatttgataggtgaaattatctggagctaagattaattaaccatttttt
tgcttcaagctttaaataggagcctaagttggagaatgagatgtatttta
tacactgaataaacaaacaaacaaaaaagactgatgggataaaaatagtt
ccggattttgaaatcatgggcatgattgattacataacccttaacatatt
ttgaaaaatagtgtctgtcttataatggcttatgactaaattatgaataa
aaccaaattgcccccctctggatccaaaaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_58958938_58959938
seq2: B6Ng01-017O12.b_46_1044

seq1  GAATTCAATGGCTTCTGGCCAATGAAGAAAATCACCAACAGGTTCAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGCTTCTGGCCAATGAAGAAAATCACCAACAGGTTCAATAT  50

seq1  TGTAAATTGTATCTTATACTTTAGAGACCTGTTAGTATGGTTATTCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTGTATCTTATACTTTAGAGACCTGTTAGTATGGTTATTCACAT  100

seq1  ATTTAGGTAACTCCAGAGATTCATTGAGGTTGGAATGATGGATCCAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGTAACTCCAGAGATTCATTGAGGTTGGAATGATGGATCCAAATA  150

seq1  GCATCTACAACCCTAACATTTATATTTTTAATCCTATAGCGTTGAAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTACAACCCTAACATTTATATTTTTAATCCTATAGCGTTGAAGACA  200

seq1  TGTTTCATGATTTGACGATTAACTTGTACATGTGCATATTAATAAAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCATGATTTGACGATTAACTTGTACATGTGCATATTAATAAAGTCA  250

seq1  GTTGCAAGTCAGCAACATAAACTTTAGGGACAGAGGGTCACTGTGGGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAGTCAGCAACATAAACTTTAGGGACAGAGGGTCACTGTGGGTTT  300

seq1  GCAGGCTGTCTCAGTGTGCACTGAAATATTTGCTGTCAGTGTTCATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGTCTCAGTGTGCACTGAAATATTTGCTGTCAGTGTTCATGTGT  350

seq1  GTGGACGCAGACATTCAATGAATGGCTGAAAATGGTGTAGTTCTTCACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACGCAGACATTCAATGAATGGCTGAAAATGGTGTAGTTCTTCACTT  400

seq1  CTATTCTTTCTTTTTTTTTTCTTATGGTATGATATTATCTTGTTCATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTTCTTTTTTTTTTCTTATGGTATGATATTATCTTGTTCATTCA  450

seq1  TCAAATACTGACCTCAGCTCAGGTATTAGTGAACTTTGAATAAGACAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACTGACCTCAGCTCAGGTATTAGTGAACTTTGAATAAGACAGAC  500

seq1  AGAATCCGTCTACAGAATGAATCTATGTTTTAGCTGGAAAAGACAGATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCGTCTACAGAATGAATCTATGTTTTAGCTGGAAAAGACAGATGA  550

seq1  CAATATGTAAATATATAAATAACTATGACTATTGTACACTCTGGGAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGTAAATATATAAATAACTATGACTATTGTACACTCTGGGAAATG  600

seq1  ACAGTGCTGGTGACACTTAAAGAGTTACAAGGATTGCTGACGATTTTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCTGGTGACACTTAAAGAGTTACAAGGATTGCTGACGATTTTGGG  650

seq1  CTGCCCTTTTCTTCCTTAGTCGCAGCTTGACGAGCAAACAGTGAGCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTTTCTTCCTTAGTCGCAGCTTGACGAGCAAACAGTGAGCTTTC  700

seq1  TGGGAAAGGAGAGATTCTTTTGCTACTAGGTACTGACACTGCCAGCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGGAGAGATTCTTTTGCTACTAGGTACTGACACTGCCAGCAACA  750

seq1  CGGTAAAACTGGAGGACTTCAACACTTGCTAAATTTTGCAGTCAATCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAAAACTGGAGGACTTCAACACTTGCTAAATTTTGCAGTCAATCTTG  800

seq1  CTAGTGTCAGCAATGCTTGGTTAATGTAAACAATATTCTTTATGGATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTCAGCAATGCTTGGTTAATGTAAACAATATTCTTTATGGATTTG  850

seq1  TTTCTTGTAAAGGAGCATTTTGGCAATGTTAGACCAACTGCACGATTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTAAAGGAGCATTTTGGCAATGTTAGACCAACTGCACGATTTGA  900

seq1  ATTTGAAGAAATGATAAAATTTTGTTTCAAACTTTATTTTCCAAAGGCTA  950
       |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGAAATGAT-AAATTTTGTTTC-AACTTTATTTTCCAAAGGCTA  948

seq1  TCCCAAAGGGAGATGATATTAAAAGTTGGGTCATTCAGTTGTGATGGTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCCAAAGGGAGATGATATTAAAAGTTGGGTCATTCAGTTGGGATGGTAC  998

seq1  A  1001
      |
seq2  A  999

seq1: chr18_59098156_59099244
seq2: B6Ng01-017O12.g_73_1154 (reverse)

seq1  GATTTTTGTATCCAGAGGTGGCCATTTTGTTTTTATTCAATAATCTAGTC  50
      |||||||| ||||||||| || || |||| |||||||| ||||| |||||
seq2  GATTTTTGGATCCAGAGGGGGGCAATTTGGTTTTATTC-ATAATTTAGTC  49

seq1  ATAAGCCAATTAATAAGACAGACTACTA-TTTTCATAATATGTTAAAGGT  99
      ||||||||  | ||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||| 
seq2  ATAAGCCA--TTATAAGACAGAC-ACTATTTTTCAAAATATGTT-AAGGG  95

seq1  TTATGTAATCAATCATGCCCATAGATTTTCAATATCTGGATACTATTTTT  149
      |||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||| |||||||||
seq2  TTATGTAATCAATCATGCCCAT-GA-TTTCAAAATCCGGA-ACTATTTTT  142

seq1  ATACCCTCAGTCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTATTCAGTGTATAAAATACA  199
      || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATCAGTC-TTTTTTGTTTGTTTGTTTATTCAGTGTATAAAATACA  191

seq1  TCTTCATTCTTCAAACTTAGGCTCCTATTTAATGCTTGAAGC--AAAAAT  247
      || |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||
seq2  TC-TCATTC-TCCAACTTAGGCTCCTATTTAAAGCTTGAAGCAAAAAAAT  239

seq1  GGTTTATTAATCTTAGCTCCAGATAATTTCACCTATCAAATCCTTTT-AA  296
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTTAATTAATCTTAGCTCCAGATAATTTCACCTATCAAATCCTTTTAAA  289

seq1  ACACAGGCCATATTAGAACATGCTAAATCAACTGTTGATGAAGACATAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGCCATATTAGAACATGCTAAATCAACTGTTGATGAAGACATAGC  339

seq1  CTGCACATTTACAGATCCTGCACCACTTACTGTCATACCTTCTCTGCCCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACATTTACAGATCCTGCACCACTTACTGTCATACCTTCTCTGCCCC  389

seq1  ATGCCACACTCAGGTGTTTGCCCAGGGATATCCACCCATTCCTGTAGTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACACTCAGGTGTTTGCCCAGGGATATCCACCCATTCCTGTAGTGT  439

seq1  TCTCATCTTCAGTTACTTGGTGGTATTGGCAGCCACTTTCCTTCTCATAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTTCAGTTACTTGGTGGTATTGGCAGCCACTTTCCTTCTCATAA  489

seq1  AACCTGCCTGGTTTTCCCTCTTTAACATATTTAGAAAAATTAATTTTTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCCTGGTTTTCCCTCTTTAACATATTTAGAAAAATTAATTTTTTT  539

seq1  TCTATTGTGATATTTTACAACAATGTATATATCTTAGTGTACACATTCTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGTGATATTTTACAACAATGTATATATCTTAGTGTACACATTCTA  589

seq1  AAATTGGTATTTGTATGGCTCACACTTCTAAAACTATGACCAAAATATTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGTATTTGTATGGCTCACACTTCTAAAACTATGACCAAAATATTT  639

seq1  GTACTCTCATGCTCATTACATAGAATTTTGACTGCCATAGACTTTAAGAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTCATGCTCATTACATAGAATTTTGACTGCCATAGACTTTAAGAA  689

seq1  GTTAACGCCTTATAGGTAAATAACATATACACTACAACTATGAGGTAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACGCCTTATAGGTAAATAACATATACACTACAACTATGAGGTAAAT  739

seq1  AACTTACCTAAATATCTGCTGAAACCTTGTGACAGAAGAGTCAGAACTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACCTAAATATCTGCTGAAACCTTGTGACAGAAGAGTCAGAACTTT  789

seq1  GAAATCATATGGTTCATATGGTCATAAAAGCAGAAGTCCAGGAGCAAAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCATATGGTTCATATGGTCATAAAAGCAGAAGTCCAGGAGCAAAGG  839

seq1  AACCTTAGTTCTGTTTGTGTTTATCTAGCTGGTCAGTTATGAGCTGATTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAGTTCTGTTTGTGTTTATCTAGCTGGTCAGTTATGAGCTGATTT  889

seq1  CATACAGTCTGTTTCGTAAATGCATCCTGCAACATTTTGAGAGTCTCCCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGTCTGTTTCGTAAATGCATCCTGCAACATTTTGAGAGTCTCCCC  939

seq1  TGGTCTTTGCAGGGTATTCTTGCGTCAGCAAAGTTTTAATTTGTTTTTAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTTGCAGGGTATTCTTGCGTCAGCAAAGTTTTAATTTGTTTTTAG  989

seq1  AGGAAAGATTCTTCTGGATCCTGGTTTGTATCTTGCTTCACTTAGATGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGATTCTTCTGGATCCTGGTTTGTATCTTGCTTCACTTAGATGGG  1039

seq1  AACGTAGAAGACTGTTTTTGTTTGCTTTACATTTCAAGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTAGAAGACTGTTTTTGTTTGCTTTACATTTCAAGAATTC  1082