BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029F12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 89,133,550 - 89,295,749
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRttn
Upstream geneLOC100039961, LOC100039972, LOC623177, LOC665497, LOC100040003, LOC623208, Socs6
Downstream geneCd226, Dok6, LOC383320, LOC620693
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029F12.bB6Ng01-029F12.g
ACCDH859568DH859569
length1,1721,071
definitionDH859568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029F12, 5' end.DH859569|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029F12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,294,564 - 89,295,749)(89,133,550 - 89,134,634)
sequence
gaattcagatgtgtgtgttggtatgacaaagaggtgtgtaggtaaggggc
aatcatgttctgctcacactgccccctctagcctgaacccagttcccctt
ggttttcctataaaatagactatccaaaattagtctataatagaaatcaa
atgtaatttggcatatggattttgggtggctatatagaatgagggtaatt
tcatttgttccaacagaggatcatcaagtaattttatatcccaaacattt
ggataacaacccttatgatttctgtacgtttatatcttaaaacttcttta
ataagtaattatcacttattattttaataaaccacatttataggctaaat
aatgtgttgtctctctgcaaatcaagtgagtaaaatattttaagacatca
ttttatcatgaaataaaacgtgcataccaaaaaaagcacacaaggcattt
tacattcaagtagtatgaattctaattaaagaacagggacagataatagg
aaactataaatgattataaatctaggagttttaaataccttaagtggctt
aaaagtaaatcaacaacagtgaaatataaacaccaagaattcaaaacatg
ctttaaccaaggtttgtttttcaagaaagcttggggattaattcagttaa
atgaacatatcctgcatggggtgtgaaacaacttaagtatagtactatca
ggttaaaacctacaggatagaaattaggatgcagtttcattcatcaactc
atgactgaatgacaattacaaattaactgtggatattaaagctcgagaaa
agaaaccaatgtaagtattttgtgagaatcaattagtcacagattggtta
aatcattagtgcctcatgcaacccctatcagacaagcttcttgatgtggc
tgtggccttgctctatattgctttcttgtgttgagatatgttgcttgaaa
gaacctgtggctagaaaggtcctagtcctacaggagaatctactatgata
ttcgctaatagatgtagtattaaattacttctaggaagtttcattgaatc
cattatattaatgcatctcttaaacctatctgagaaggtttcatttatag
agatgtgattacaacaactcaaaggatcagacaccgaaagaagacttgtg
gaaattaggcttaatgaaacat
gaattctttaattgtacaaaatttaaatactgaaactgttactcacgtga
atggagggtttctgttgcaggttcctggttcctaccagggaatcatggtg
agaggagattgaatatgcagctggtgacattgtgttcccagtcaggaata
agagataactgcttgtgcacagctcacacacttctttcttattgtctagg
atcccagcccttgcaatggtgccatccataagcaacacaagacacagacc
tactgacaggcaccctcagaagctaacctaatacaaataattatccacag
gaatgtccagaatgaacctaatattgatcatttcatacaagcatgttcag
gtaattatctactacgtaattttggattctgtgaaaccaactgtcttagt
cagggtttctattcctgcacaaacatcatgaccaagaagcagttggggag
gaaagggtttattcagcttacacttccatactgctattcatcaccaagga
agtcaggactggaactcaagcaggtcatgaaacaggagctgatgcagagt
ccatggagggatggtctttacaggctagcttcccctgtcttgctcagcct
gctctcttatagaacccaggactaccagcccagagatggcaccacccaca
aggggacctccccccttgatcactaattgagaaaatgccttatagctgga
cctcgtggaggcatttcccctcctgaagctcctttctctgtgataactcc
agcctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtacaccaaccaatattaa
ccatcccaataattaacggtcatattttagcttaagggctggtcttcttt
ttaggctgtaaaacagtcttgatacagagccctactgttttctttaccac
tgaatcactttctaactacatcttaaaggatgttcttttgaaatgaaatg
attgctcatggtaaggcaatggctgttcttcagagatatgggtttatttc
cagtacccatgtgatgggtcacagccatctgtacctccacgtctagtgat
acaaccctcttgtgacctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_89294564_89295749
seq2: B6Ng01-029F12.b_45_1216 (reverse)

seq1  ATGTTTCATTTAGGGCTTAATATTCCAC-AGTCTTCTTTTCTGTGTCTTG  49
      |||||||||| |  || |||| |||||| ||||||| |||| ||||| ||
seq2  ATGTTTCATTAA--GCCTAAT-TTCCACAAGTCTTC-TTTCGGTGTC-TG  45

seq1  ATCCTTTGTGGTTGTCTGTTAATCACCATCTACTATAAATGGAAACTTCT  99
      ||||||||  ||||| || |||||| ||||| ||||||||| || |||||
seq2  ATCCTTTG-AGTTGT-TG-TAATCA-CATCT-CTATAAATGAAACCTTCT  90

seq1  CAGATAAGGTTTAAGAGATGCATTAATAT-ATGGATTCAATGAAAACTTC  148
      ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CAGAT-AGGTTTAAGAGATGCATTAATATAATGGATTCAATG-AAACTTC  138

seq1  CTAGAAGTTAATTTAATACTACATCTATTTAGCGAATATTCATAGTAGAT  198
      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  CTAGAAG-TAATTTAATACTACATCTA-TTAGCGAATA-TCATAGTAGAT  185

seq1  TCTCCTGTAGGACCTAGGACCTTTCTAGCCACAGGTTCTTTCAAGCAACA  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTAGGA-CTAGGACCTTTCTAGCCACAGGTTCTTTCAAGCAACA  234

seq1  TATCTCAACACAAGAAAGCAATATAGAGCAAGGCCACAGCCACATCAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAACACAAGAAAGCAATATAGAGCAAGGCCACAGCCACATCAAGA  284

seq1  AGCTTGTCTGATAGGGGTTGCATGAGGCACTAATGATTTAACCAATCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTCTGATAGGGGTTGCATGAGGCACTAATGATTTAACCAATCTGT  334

seq1  GACTAATTGATTCTCACAAAATACTTACATTGGTTTCTTTTCTCGAGCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATTGATTCTCACAAAATACTTACATTGGTTTCTTTTCTCGAGCTT  384

seq1  TAATATCCACAGTTAATTTGTAATTGTCATTCAGTCATGAGTTGATGAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCCACAGTTAATTTGTAATTGTCATTCAGTCATGAGTTGATGAAT  434

seq1  GAAACTGCATCCTAATTTCTATCCTGTAGGTTTTAACCTGATAGTACTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGCATCCTAATTTCTATCCTGTAGGTTTTAACCTGATAGTACTAT  484

seq1  ACTTAAGTTGTTTCACACCCCATGCAGGATATGTTCATTTAACTGAATTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGTTGTTTCACACCCCATGCAGGATATGTTCATTTAACTGAATTA  534

seq1  ATCCCCAAGCTTTCTTGAAAAACAAACCTTGGTTAAAGCATGTTTTGAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAAGCTTTCTTGAAAAACAAACCTTGGTTAAAGCATGTTTTGAAT  584

seq1  TCTTGGTGTTTATATTTCACTGTTGTTGATTTACTTTTAAGCCACTTAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTGTTTATATTTCACTGTTGTTGATTTACTTTTAAGCCACTTAAG  634

seq1  GTATTTAAAACTCCTAGATTTATAATCATTTATAGTTTCCTATTATCTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAAACTCCTAGATTTATAATCATTTATAGTTTCCTATTATCTGT  684

seq1  CCCTGTTCTTTAATTAGAATTCATACTACTTGAATGTAAAATGCCTTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTCTTTAATTAGAATTCATACTACTTGAATGTAAAATGCCTTGTG  734

seq1  TGCTTTTTTTGGTATGCACGTTTTATTTCATGATAAAATGATGTCTTAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTTTGGTATGCACGTTTTATTTCATGATAAAATGATGTCTTAAA  784

seq1  ATATTTTACTCACTTGATTTGCAGAGAGACAACACATTATTTAGCCTATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTACTCACTTGATTTGCAGAGAGACAACACATTATTTAGCCTATA  834

seq1  AATGTGGTTTATTAAAATAATAAGTGATAATTACTTATTAAAGAAGTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGTTTATTAAAATAATAAGTGATAATTACTTATTAAAGAAGTTTT  884

seq1  AAGATATAAACGTACAGAAATCATAAGGGTTGTTATCCAAATGTTTGGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATAAACGTACAGAAATCATAAGGGTTGTTATCCAAATGTTTGGGA  934

seq1  TATAAAATTACTTGATGATCCTCTGTTGGAACAAATGAAATTACCCTCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATTACTTGATGATCCTCTGTTGGAACAAATGAAATTACCCTCAT  984

seq1  TCTATATAGCCACCCAAAATCCATATGCCAAATTACATTTGATTTCTATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATAGCCACCCAAAATCCATATGCCAAATTACATTTGATTTCTATT  1034

seq1  ATAGACTAATTTTGGATAGTCTATTTTATAGGAAAACCAAGGGGAACTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTAATTTTGGATAGTCTATTTTATAGGAAAACCAAGGGGAACTGG  1084

seq1  GTTCAGGCTAGAGGGGGCAGTGTGAGCAGAACATGATTGCCCCTTACCTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGCTAGAGGGGGCAGTGTGAGCAGAACATGATTGCCCCTTACCTA  1134

seq1  CACACCTCTTTGTCATACCAACACACACATCTGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTCTTTGTCATACCAACACACACATCTGAATTC  1172

seq1: chr18_89133550_89134634
seq2: B6Ng01-029F12.g_66_1136

seq1  GAATTCTTTAATTGTACAAAATTTAAATACTGAAACTGTTACTCACGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAATTGTACAAAATTTAAATACTGAAACTGTTACTCACGTGA  50

seq1  ATGGAGGGTTTCTGTTGCAGGTTCCTGGTTCCTACCAGGGAATCATGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGGTTTCTGTTGCAGGTTCCTGGTTCCTACCAGGGAATCATGGTG  100

seq1  AGAGGAGATTGAATATGCAGCTGGTGACATTGTGTTCCCAGTCAGGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGATTGAATATGCAGCTGGTGACATTGTGTTCCCAGTCAGGAATA  150

seq1  AGAGATAACTGCTTGTGCACAGCTCACACACTTCTTTCTTATTGTCTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAACTGCTTGTGCACAGCTCACACACTTCTTTCTTATTGTCTAGG  200

seq1  ATCCCAGCCCTTGCAATGGTGCCATCCATAAGCAACACAAGACACAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCCCTTGCAATGGTGCCATCCATAAGCAACACAAGACACAGACC  250

seq1  TACTGACAGGCACCCTCAGAAGCTAACCTAATACAAATAATTATCCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACAGGCACCCTCAGAAGCTAACCTAATACAAATAATTATCCACAG  300

seq1  GAATGTCCAGAATGAACCTAATATTGATCATTTCATACAAGCATGTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCCAGAATGAACCTAATATTGATCATTTCATACAAGCATGTTCAG  350

seq1  GTAATTATCTACTACGTAATTTTGGATTCTGTGAAACCAACTGTCTTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTATCTACTACGTAATTTTGGATTCTGTGAAACCAACTGTCTTAGT  400

seq1  CAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAGTTGGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAGTTGGGGAG  450

seq1  GAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGCTATTCATCACCAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGCTATTCATCACCAAGGA  500

seq1  AGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCATGAAACAGGAGCTGATGCAGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCATGAAACAGGAGCTGATGCAGAGT  550

seq1  CCATGGAGGGATGGTCTTTACAGGCTAGCTTCCCCTGTCTTGCTCAGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAGGGATGGTCTTTACAGGCTAGCTTCCCCTGTCTTGCTCAGCCT  600

seq1  GCTCTCTTATAGAACCCAGGACTACCAGCCCAGAGATGGCACCACCCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTATAGAACCCAGGACTACCAGCCCAGAGATGGCACCACCCACA  650

seq1  AGGGGACCTCCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTATAGCTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACCTCCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTATAGCTGGA  700

seq1  CCTCGTGGAGGCATTTCCCCTCCTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGTGGAGGCATTTCCCCTCCTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCC  750

seq1  AGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACACCAACCAATATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACACCAACCAATATTAA  800

seq1  CCATCCCAATAATTAACGGTCATATTTTAGCTTAAGGGCTGGTCTTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCAATAATTAACGGTCATATTTTAGCTTAAGGGCTGGTCTTCTTT  850

seq1  TTAGGCTGTAAAACAGGTCTTGATACAGGAGGCCCTACTGTTTTCTTTAC  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTGTAAAACA-GTCTTGATACAG--AGCCCTACTGTTTTCTTTAC  897

seq1  CACTGAATCACTTTCTAACTACATCTTAAAGGATGTTCTTTTGAAAATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACTGAATCACTTTCTAACTACATCTTAAAGGATGTTCTTTTG-AAATGA  946

seq1  AATTGATTGCTCATTGGTTAAGGGCAATGGCTGTTCTTCCAGAGGATATG  1000
      || |||||||||| ||||  | |||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  AA-TGATTGCTCA-TGGT--AAGGCAATGGCTGTTCTT-CAGA-GATATG  990

seq1  GGTTTAATTTCCAGTACCCATGTGATGGGTCACAGCCATCTGTAACTCCA  1050
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTTT-ATTTCCAGTACCCATGTGATGGGTCACAGCCATCTGTACCTCCA  1039

seq1  CGTCTAGGTGATACAAAACCCTCTTGTGACCTTTG  1085
      |||||| |||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CGTCTA-GTGATAC--AACCCTCTTGTGACCTTTG  1071