BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039G01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 87,190,069 - 87,334,591
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC545270, LOC665402, Neto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580, LOC546719
Downstream geneLOC383318, Ppia-ps18_1039.1, LOC329008, LOC100039961
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039G01.bB6Ng01-039G01.g
ACCDH866665DH866666
length1,0551,062
definitionDH866665|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039G01, 5' end.DH866666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,333,594 - 87,334,591)(87,190,069 - 87,191,135)
sequence
gaattcagatgacatgtactcactgataagtggatattagcccagaaacc
tagaatacccaagatacacaaaacacataatagaatactattcagctatt
aagaatgaggacatcctgagtatttcaggcaaatggaaggaactaaaata
ttatcctgagtgagataactcagactatccacttattagtagtcactaat
aagtgaatagtagcaaaaagtacagaatacccaagatgcagtccacagaa
ctcaacaaggtcggtcgacaagctgtgttagaggcattaaacttatcttt
acctttagttttactgtatctttggtaggaattcttggtgcagtggaaat
gtggacttgaagctgttgtcgttcttgtataatctctgccctctactcta
ggtttcaccaagacagtcccttaaaatactattattactaccactgctaa
tgctactgctggctgctgctgctgctgctgctactgctactactactact
actactactactactactactactactactactactactggtactactac
caccaccactaattaaaaaactacatttcaattttgataaaaaagaaagt
gaagacaggatgaggtgcacagttaaggctttgaagagacaaacactcat
cccacatctacattggatttaccacactgtgtacatacacataaaaatat
tagaaagattattagaattaattatcaagtgtcatcattttaattgtact
ggctgattttgtatgtcaacttcacacaagctggagttatctcagggaaa
ggagcctcccttaaggaaatgaatccaagagatccagctgtaagtcactt
tcacaattagtgaccaagagttggatggtccatagtgtgtggtgttattc
ctgggctagtagtcctgggctctaaaagaaaggaagcttgagcaggcatg
aggagagtccagttagcacaccctccatggcctcttgcatcactcttgac
tccaaggtcctgccttggttgagttcattcctgtgtgatgaacaacaatg
tggaa
gaattcactggatttgtgtaaaaatgagtttccttatgaaaatcagttac
taagccacataaataactgagtttggcctagtacattttatatgtacctg
gatgctgtccactggatgttgacatctggattccacaattacacagagag
gcaagtgtatctacacttatacacatgcataacacttaccccccaacaca
cacatcagatccattattttttttaaatccctatgaatttaagaaaatga
atgtaaaaccgttagagcctactgcctcagtttagaaattataaaatatt
ttcatttatggaagttaatagatgaattcttcaaaagaaaaagataacat
cttgaagacatataaaacaaagtacctaacaataactttactcataagcc
caacatattaagttcaaataataatttattataaatatttaatcagagaa
gttaggccatcctcagatatgtaaccaattttaagacaggataggctaca
agagacacattctggagagatcaaaataaaacaaaatttaaaaataaaaa
cttaatagcttccaataaatacagaaatggacctaaaaatagtaagtaaa
taatgctttatctgagatgatgttcatcatttcctacatgaaatatcaag
aagtcccaaatttatgttatcagtatttattacgtacagaagttgattct
agaaaaatactattttaaatgacagtttggaaagttaggcatgatagcac
atgtaatcccaacacttaaaaagtggattcatgaggatctatctgttcaa
ggcctgtcagggttatataagccagttttgagacatcttgggttcaagac
aatgtgtctttaaaagatatataaaaacaaagaaaataaataagggtagt
aatttatgatggcaggcttagacattgccttggttccctcaaggaacaaa
ttagtttaaacatcagctacttttgctgagcatgagaccaatagtgttat
gtcttcagccagatgtctctgggctcctctcaaatgtacacacccccaga
tgaaatcatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_87333594_87334591
seq2: B6Ng01-039G01.b_104_1097 (reverse)

seq1  TTCCACATTGCTGTTCATCACAACAGGAATGGAACTCACACAGGGCAGGA  50
      |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||
seq2  TTCCACATTGTTGTTCATCAC-ACAGGAAT-GAACTCAACCAAGGCAGGA  48

seq1  ACCTGGAGTCAGGAGCTGATGC-AGAGGCCATGGAGGGTGCTGCTTACTG  99
       | |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  CCTTGGAGTCAAGAG-TGATGCAAGAGGCCATGGAGGGTG-TGCTAACTG  96

seq1  GACTTCTTCTCATGGCCTGCTC-AGCTTCCTTTCTTTTAGAGCCCAGGAC  148
      ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAC-TCTCCTCAT-GCCTGCTCAAGCTTCCTTTCTTTTAGAGCCCAGGAC  144

seq1  TACTAGCCCAGGAATAACACCACACACTATGGACCATCCAACTCTTGGTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGCCCAGGAATAACACCACACACTATGGACCATCCAACTCTTGGTC  194

seq1  ACTAATTGTGAAAGTGACTTACAGCTGGATCTCTTGGATTCATTTCCTTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTGTGAAAGTGACTTACAGCTGGATCTCTTGGATTCATTTCCTTA  244

seq1  AGGGAGGCTCCTTTCCCTGAGATAACTCCAGCTTGTGTGAAGTTGACATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGCTCCTTTCCCTGAGATAACTCCAGCTTGTGTGAAGTTGACATA  294

seq1  CAAAATCAGCCAGTACAATTAAAATGATGACACTTGATAATTAATTCTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCAGCCAGTACAATTAAAATGATGACACTTGATAATTAATTCTAA  344

seq1  TAATCTTTCTAATATTTTTATGTGTATGTACACAGTGTGGTAAATCCAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTTCTAATATTTTTATGTGTATGTACACAGTGTGGTAAATCCAAT  394

seq1  GTAGATGTGGGATGAGTGTTTGTCTCTTCAAAGCCTTAACTGTGCACCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTGGGATGAGTGTTTGTCTCTTCAAAGCCTTAACTGTGCACCTC  444

seq1  ATCCTGTCTTCACTTTCTTTTTTATCAAAATTGAAATGTAGTTTTTTAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTCTTCACTTTCTTTTTTATCAAAATTGAAATGTAGTTTTTTAAT  494

seq1  TAGTGGTGGTGGTAGTAGTACCAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTGGTGGTAGTAGTACCAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTA  544

seq1  GTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGCAGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGCAGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC  594

seq1  CAGCAGTAGCATTAGCAGTGGTAGTAATAATAGTATTTTAAGGGACTGTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTAGCATTAGCAGTGGTAGTAATAATAGTATTTTAAGGGACTGTC  644

seq1  TTGGTGAAACCTAGAGTAGAGGGCAGAGATTATACAAGAACGACAACAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAAACCTAGAGTAGAGGGCAGAGATTATACAAGAACGACAACAGC  694

seq1  TTCAAGTCCACATTTCCACTGCACCAAGAATTCCTACCAAAGATACAGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCCACATTTCCACTGCACCAAGAATTCCTACCAAAGATACAGTA  744

seq1  AAACTAAAGGTAAAGATAAGTTTAATGCCTCTAACACAGCTTGTCGACCG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAGGTAAAGATAAGTTTAATGCCTCTAACACAGCTTGTCGACCG  794

seq1  ACCTTGTTGAGTTCTGTGGACTGCATCTTGGGTATTCTGTACTTTTTGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTTGAGTTCTGTGGACTGCATCTTGGGTATTCTGTACTTTTTGCT  844

seq1  ACTATTCACTTATTAGTGACTACTAATAAGTGGATAGTCTGAGTTATCTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCACTTATTAGTGACTACTAATAAGTGGATAGTCTGAGTTATCTC  894

seq1  ACTCAGGATAATATTTTAGTTCCTTCCATTTGCCTGAAATACTCAGGATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGATAATATTTTAGTTCCTTCCATTTGCCTGAAATACTCAGGATG  944

seq1  TCCTCATTCTTAATAGCTGAATAGTATTCTATTATGTGTTTTGTGTATCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTCTTAATAGCTGAATAGTATTCTATTATGTGTTTTGTGTATCT  994

seq1: chr18_87190069_87191135
seq2: B6Ng01-039G01.g_63_1124

seq1  GAATTCACTGGATTTGTGTAAAAATGAGTTTCCTTATGAAAATCAGTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGATTTGTGTAAAAATGAGTTTCCTTATGAAAATCAGTTAC  50

seq1  TAAGCCACATAAATAACTGAGTTTGGCCTAGTACATTTTATATGTACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCACATAAATAACTGAGTTTGGCCTAGTACATTTTATATGTACCTG  100

seq1  GATGCTGTCCACTGGATGTTGACATCTGGATTCCACAATTACACAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGTCCACTGGATGTTGACATCTGGATTCCACAATTACACAGAGAG  150

seq1  GCAAGTGTATCTACACTTATACACATGCATAACACTTACCCCCCAACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTATCTACACTTATACACATGCATAACACTTACCCCCCAACACA  200

seq1  CACATCAGATCCATTATTTTTTTTAAATCCCTATGAATTTAAGAAAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCAGATCCATTATTTTTTTTAAATCCCTATGAATTTAAGAAAATGA  250

seq1  ATGTAAAACCGTTAGAGCCTACTGCCTCAGTTTAGAAATTATAAAATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAACCGTTAGAGCCTACTGCCTCAGTTTAGAAATTATAAAATATT  300

seq1  TTCATTTATGGAAGTTAATAGATGAATTCTTCAAAAGAAAAAGATAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTATGGAAGTTAATAGATGAATTCTTCAAAAGAAAAAGATAACAT  350

seq1  CTTGAAGACATATAAAACAAAGTACCTAACAATAACTTTACTCATAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGACATATAAAACAAAGTACCTAACAATAACTTTACTCATAAGCC  400

seq1  CAACATATTAAGTTCAAATAATAATTTATTATAAATATTTAATCAGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATATTAAGTTCAAATAATAATTTATTATAAATATTTAATCAGAGAA  450

seq1  GTTAGGCCATCCTCAGATATGTAACCAATTTTAAGACAGGATAGGCTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCCATCCTCAGATATGTAACCAATTTTAAGACAGGATAGGCTACA  500

seq1  AGAGACACATTCTGGAGAGATCAAAATAAAACAAAATTTAAAAATAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACATTCTGGAGAGATCAAAATAAAACAAAATTTAAAAATAAAAA  550

seq1  CTTAATAGCTTCCAATAAATACAGAAATGGACCTAAAAATAGTAAGTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAGCTTCCAATAAATACAGAAATGGACCTAAAAATAGTAAGTAAA  600

seq1  TAATGCTTTATCTGAGATGATGTTCATCATTTCCTACATGAAATATCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTTATCTGAGATGATGTTCATCATTTCCTACATGAAATATCAAG  650

seq1  AAGTCCCAAATTTATGTTATCAGTATTTATTACGTACAGAAGTTGATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCAAATTTATGTTATCAGTATTTATTACGTACAGAAGTTGATTCT  700

seq1  AGAAAAATACTATTTTAAATGACAGTTTGGAAAGTTAGGCATGATAGCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATACTATTTTAAATGACAGTTTGGAAAGTTAGGCATGATAGCAC  750

seq1  ATGTAATCCCAACACTTAAAAAGTGGATTCATGAGGATCTATCTGTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATCCCAACACTTAAAAAGTGGATTCATGAGGATCTATCTGTTCAA  800

seq1  GGCCTGTCAGGGTTATATAAGCCAGTTTTGAGACATCTTGGGTTCCAAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGCCTGTCAGGGTTATATAAGCCAGTTTTGAGACATCTTGGGTT-CAAGA  849

seq1  CAATGTGTCTTTAAAAGATATAATAAAAACAAAGAAAATAAATAAGGGTA  900
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGTCTTTAAAAGATAT-ATAAAAACAAAGAAAATAAATAAGGGTA  898

seq1  GTAATTTATGATGGCAGGCTTAGACATTGCCTTGGTTCCCTCAAGGAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTATGATGGCAGGCTTAGACATTGCCTTGGTTCCCTCAAGGAACA  948

seq1  AATTAGTTTAAACATCAGCTACTTTTGCTGAGCATGAGACACATAGTGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  AATTAGTTTAAACATCAGCTACTTTTGCTGAGCATGAGACCAATAGTGTT  998

seq1  ATGTCTTCAGCCAAGATTGTCTCTGGGCTCCTCTCACATGTACCACA-CC  1049
      |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
seq2  ATGTCTTCAGCC-AGA-TGTCTCTGGGCTCCTCTCAAATGTA-CACACCC  1045

seq1  CCAGATGATATTCATGTA  1067
      |||||||| | |||||||
seq2  CCAGATGA-AATCATGTA  1062