BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044G02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 80,954,897 - 81,068,934
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp9b
Upstream geneLOC383311, LOC433204, LOC545267, LOC100040632, LOC620963, LOC100040604, LOC620692, LOC100040593, LOC639825, Pard6g, Zfp508, LOC665009, LOC100039311, 1110032A13Rik, Txnl4, 1810005K13Rik, Pqlc1, Kcng2, D330025C20Rik, Ctdp1, LOC669389, LOC100039336, A430076E10Rik, LOC100039348, Nfatc1
Downstream geneSall3, LOC665124, LOC100039458, LOC100040871
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044G02.bB6Ng01-044G02.g
ACCDH870151DH870152
length1,0681,151
definitionDH870151|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044G02, 5' end.DH870152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044G02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,067,858 - 81,068,934)(80,954,897 - 80,956,059)
sequence
gaattccatccacattagcatccaatggataaaagacttaacatagatct
gacagaggagctcctaaacttgtaacttgcaattttaaatgttatttaaa
catgttaaagaagtgactcccatggatatatatgttccttttggcaagtt
ggcagtacttgtggaaatgacctgtagttccatgctaggtcatcttaaag
acttcagctgacttcctggtagaaatggacacacagctttagagaattgg
cgtagcagctggggacccagaagagctgaagcacttttggggaaatggtt
tacaaattttgcgtactcacacttctctacagagtacagtacaaatctac
aggagtctttacactgtagaactaatagaagtgtagcgatgagactattt
aaaaataaagtctggactttatggtttcttggtccctgttaggttcagtg
tactagcaacatctttggacaggcccctttcatgtattctaccattggtg
tctatttaggttgcttcttatacttctgtgacatttgacattgtcaattg
tgcacacatgctgctacataaatacctgggaggaaaatgggttttaagca
tgaatatgtttcctatggtagatcatacaaacaactgggaaatgctgtgt
ccactgtactttaagaagtaggcagtgtttttatatttgccaaccttggc
gttcttagcattttcaatgggcctttctgatatgtgtgctttaagtgcgg
ttttaatataagtaaatttctctaatacctaataacttggtaacttctgt
tatggcttatgtgtctttctgtagtgtttgggtaagaaagagcttgagaa
aatctctcgtgttttcttctgagtggacctttctttgcttgtgagttttc
agcctttctgtcttgtggtcagcacccactgatgtatatgctgcagcttc
agcttccttccaggtgggcatacttgaatagaaattcttgtttagggatg
tctaatttagtatctttcatttaagtagaggtttttttgttttcaattat
tagtagtgggtgtcagtg
gaattcaaggacagccagaactacacagagaaaccttgtatggggtaggg
gaatcataaaacaaaataaacttcaacccttcaaacaaacaaaaaaaatt
cacttaacaattcaaagtgatttagaaatctacttactggtctgaaaaca
tgaatgtcttgtgttctggacaccaagtgtgagcttttggcaatacaagt
agctgtttccagtttatcgcctgttagcatccaaatctatgaaataattg
aagcgtgtgaactttaaaaatgcatgtctatttctttaaagtagccctgt
gcacagatgtttgcacaccacatttacaggatttctcaacagggacaaga
tgaagcaagacaagtaccccgagtcaatggaaaaatgacatgtgatcact
tttctgattcttaaaacagagacaaattctgacaaagtcctcaaggatgt
tatgctagacacaaaaggacaaacaccatgtaattccacacataggaggt
ccagagaaaccatatacagagggagaaggagtgggagcttaagcaggcaa
gtttcaggttggaaaaatggagagctatgcagatggtgacagcaatggct
gcagaaaatgaactcaactgtgtgcctaaaagtggctaaaagccaactat
ggttgtgtgttttgtactgacttgtttatggagagtaagtcagaaagtga
tgctcagacatacagctgagactaatgcagacgcctgcagatgtgaggaa
gcagtgcagaccagaagagcacacatagttcatagcactgtttcaacata
gttcttcagctaggaagtcaagttcaagtaggccaatggaccaggacaaa
ccaaaatgtacttttatcacataaagcgtcgaactgctactccaacattt
aaaactgcatacatacagacacactgtgacggtatacactctgactgact
gctaaactgtgggttgggatttcatatgtggtcacataactaactacttg
tgaggatgctgtacaaatattgcaccaaagaagtctctgacaggcatacc
aagaatactaaaatcaagtgtgtaagaagctgcattgcttcagcaatgct
gctgggatgtctgcatctggttctaccaccacgacactgtaggactgtgc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_81067858_81068934
seq2: B6Ng01-044G02.b_44_1111 (reverse)

seq1  CACTGACA-CCACTACTAATTAATTTGAAAACAAAAAAACCTCTAACTTT  49
      |||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||   ||
seq2  CACTGACACCCACTACTAAT--AATTGAAAACAAAAAAACCTCTA--CTT  46

seq1  AAATGAAAAGATTACTAAATTAGACATCCCTAAAACAAAGAATTTCTATT  99
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  AAATG-AAAGA-TACTAAATTAGACATCCCTAAA--CAAGAATTTCTATT  92

seq1  CAAGTATGCCCACCTGGAAGGAAGCTGAAGCCTGCAGCATATACATCAGT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATGCCCACCTGGAAGGAAGCTGAAG-CTGCAGCATATACATCAGT  141

seq1  GGGTGCTGACCACAAGACAGAAAGGCCTGAAAACTCACAAGCAAAGAAAG  199
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGACCACAAGACAGAAAGG-CTGAAAACTCACAAGCAAAGAAAG  190

seq1  GTCCACTCAGAAGAAAACACGAGAGATTTTCTCAAGCTCTTTCTTACCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTCAGAAGAAAACACGAGAGATTTTCTCAAGCTCTTTCTTACCCA  240

seq1  AACACTACAGAAAGACACATAAGCCATAACAGAAGTTACCAAGTTATTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTACAGAAAGACACATAAGCCATAACAGAAGTTACCAAGTTATTAG  290

seq1  GTATTAGAGAAATTTACTTATATTAAAACCGCACTTAAAGCACACATATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGAGAAATTTACTTATATTAAAACCGCACTTAAAGCACACATATC  340

seq1  AGAAAGGCCCATTGAAAATGCTAAGAACGCCAAGGTTGGCAAATATAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGCCCATTGAAAATGCTAAGAACGCCAAGGTTGGCAAATATAAAA  390

seq1  ACACTGCCTACTTCTTAAAGTACAGTGGACACAGCATTTCCCAGTTGTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCCTACTTCTTAAAGTACAGTGGACACAGCATTTCCCAGTTGTTT  440

seq1  GTATGATCTACCATAGGAAACATATTCATGCTTAAAACCCATTTTCCTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATCTACCATAGGAAACATATTCATGCTTAAAACCCATTTTCCTCC  490

seq1  CAGGTATTTATGTAGCAGCATGTGTGCACAATTGACAATGTCAAATGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATTTATGTAGCAGCATGTGTGCACAATTGACAATGTCAAATGTCA  540

seq1  CAGAAGTATAAGAAGCAACCTAAATAGACACCAATGGTAGAATACATGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTATAAGAAGCAACCTAAATAGACACCAATGGTAGAATACATGAA  590

seq1  AGGGGCCTGTCCAAAGATGTTGCTAGTACACTGAACCTAACAGGGACCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCTGTCCAAAGATGTTGCTAGTACACTGAACCTAACAGGGACCAA  640

seq1  GAAACCATAAAGTCCAGACTTTATTTTTAAATAGTCTCATCGCTACACTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATAAAGTCCAGACTTTATTTTTAAATAGTCTCATCGCTACACTT  690

seq1  CTATTAGTTCTACAGTGTAAAGACTCCTGTAGATTTGTACTGTACTCTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGTTCTACAGTGTAAAGACTCCTGTAGATTTGTACTGTACTCTGT  740

seq1  AGAGAAGTGTGAGTACGCAAAATTTGTAAACCATTTCCCCAAAAGTGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTGTGAGTACGCAAAATTTGTAAACCATTTCCCCAAAAGTGCTT  790

seq1  CAGCTCTTCTGGGTCCCCAGCTGCTACGCCAATTCTCTAAAGCTGTGTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTTCTGGGTCCCCAGCTGCTACGCCAATTCTCTAAAGCTGTGTGT  840

seq1  CCATTTCTACCAGGAAGTCAGCTGAAGTCTTTAAGATGACCTAGCATGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTACCAGGAAGTCAGCTGAAGTCTTTAAGATGACCTAGCATGGA  890

seq1  ACTACAGGTCATTTCCACAAGTACTGCCAACTTGCCAAAAGGAACATATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGGTCATTTCCACAAGTACTGCCAACTTGCCAAAAGGAACATATA  940

seq1  TATCCATGGGAGTCACTTCTTTAACATGTTTAAATAACATTTAAAATTGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATGGGAGTCACTTCTTTAACATGTTTAAATAACATTTAAAATTGC  990

seq1  AAGTTACAAGTTTAGGAGCTCCTCTGTCAGATCTATGTTAAGTCTTTTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACAAGTTTAGGAGCTCCTCTGTCAGATCTATGTTAAGTCTTTTAT  1040

seq1  CCATTGGATGCTAATGTGGATGGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGATGCTAATGTGGATGGAATTC  1068

seq1: chr18_80954897_80956059
seq2: B6Ng01-044G02.g_68_1218

seq1  GAATTCAAGGACAGCCAGAACTACACAGAGAAACCTTGTATGGGGTAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGACAGCCAGAACTACACAGAGAAACCTTGTATGGGGTAGGG  50

seq1  GAATCATAAAACAAAATAAACTTCAACCCTTCAAACAAACAAAAAAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATAAAACAAAATAAACTTCAACCCTTCAAACAAACAAAAAAAATT  100

seq1  CACTTAACAATTCAAAGTGATTTAGAAATCTACTTACTGGTCTGAAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAACAATTCAAAGTGATTTAGAAATCTACTTACTGGTCTGAAAACA  150

seq1  TGAATGTCTTGTGTTCTGGACACCAAGTGTGAGCTTTTGGCAATACAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCTTGTGTTCTGGACACCAAGTGTGAGCTTTTGGCAATACAAGT  200

seq1  AGCTGTTTCCAGTTTATCGCCTGTTAGCATCCAAATCTATGAAATAATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTTCCAGTTTATCGCCTGTTAGCATCCAAATCTATGAAATAATTG  250

seq1  AAGCGTGTGAACTTTAAAAATGCATGTCTATTTCTTTAAAGTAGCCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTGTGAACTTTAAAAATGCATGTCTATTTCTTTAAAGTAGCCCTGT  300

seq1  GCACAGATGTTTGCACACCACATTTACAGGATTTCTCAACAGGGACAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGATGTTTGCACACCACATTTACAGGATTTCTCAACAGGGACAAGA  350

seq1  TGAAGCAAGACAAGTACCCCGAGTCAATGGAAAAATGACATGTGATCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAAGACAAGTACCCCGAGTCAATGGAAAAATGACATGTGATCACT  400

seq1  TTTCTGATTCTTAAAACAGAGACAAATTCTGACAAAGTCCTCAAGGATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATTCTTAAAACAGAGACAAATTCTGACAAAGTCCTCAAGGATGT  450

seq1  TATGCTAGACACAAAAGGACAAACACCATGTAATTCCACACATAGGAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAGACACAAAAGGACAAACACCATGTAATTCCACACATAGGAGGT  500

seq1  CCAGAGAAACCATATACAGAGGGAGAAGGAGTGGGAGCTTAAGCAGGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAAACCATATACAGAGGGAGAAGGAGTGGGAGCTTAAGCAGGCAA  550

seq1  GTTTCAGGTTGGAAAAATGGAGAGCTATGCAGATGGTGACAGCAATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGTTGGAAAAATGGAGAGCTATGCAGATGGTGACAGCAATGGCT  600

seq1  GCAGAAAATGAACTCAACTGTGTGCCTAAAAGTGGCTAAAAGCCAACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAATGAACTCAACTGTGTGCCTAAAAGTGGCTAAAAGCCAACTAT  650

seq1  GGTTGTGTGTTTTGTACTGACTTGTTTATGGAGAGTAAGTCAGAAAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGTGTTTTGTACTGACTTGTTTATGGAGAGTAAGTCAGAAAGTGA  700

seq1  TGCTCAGACATACAGCTGAGACTAATGCAGACGCCTGCAGATGTGAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGACATACAGCTGAGACTAATGCAGACGCCTGCAGATGTGAGGAA  750

seq1  GCAGTGCAGACCAGAAGAGCACACATAGTTCATAGCACTGTTTCAACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCAGACCAGAAGAGCACACATAGTTCATAGCACTGTTTCAACATA  800

seq1  GTTCTTCAGCTAGGAAGTCAAGTTCAAGTAGGCCAATGGACCAGGACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCAGCTAGGAAGTCAAGTTCAAGTAGGCCAATGGACCAGGACAAA  850

seq1  CCAAAATGTACTTTTATCACATAAAGCGTCGAACTGCTACTCCAACATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATGTACTTTTATCACATAAAGCGTCGAACTGCTACTCCAACATTT  900

seq1  AAAAACTGCATACATACAGACACACTGTGACGGTATACACTCTGACTGAC  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAACTGCATACATACAGACACACTGTGACGGTATACACTCTGACTGAC  949

seq1  TGCTTAAACTGTGGGTTGGGATTTCATATGTGGTCACATAACTAACTACT  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGC-TAAACTGTGGGTTGGGATTTCATATGTGGTCACATAACTAACTACT  998

seq1  TGTGAGGGATGCTGTACAAATATGGCACCAAAGAAGTCTCTGAACAGGCA  1050
      ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TGTGA-GGATGCTGTACAAATATTGCACCAAAGAAGTCTCTG-ACAGGC-  1045

seq1  ATAACCAAAGAATAACTTAGAATCAAGTGTGTAAAGAAGCTGCATTGCTT  1100
      |||  | |||||||   || |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATA--CCAAGAATA--CTAAAATCAAGTGTGT-AAGAAGCTGCATTGCTT  1090

seq1  CCAGCAGTGCTTGCTGGGATGTCCTGCAGCCCTGGTTCTCACCACACAGC  1150
       ||||| ||| ||||||||||| |||||   |||||||| ||||| ||  
seq2  -CAGCAATGC-TGCTGGGATGT-CTGCA--TCTGGTTCT-ACCAC-CACG  1133

seq1  ACACTGT-----TGTGCA  1163
      |||||||     ||||||
seq2  ACACTGTAGGACTGTGCA  1151