BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047J03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 39,855,384 - 39,964,523
singlet/doubletdoublet
Overlap genePabpc2
Upstream geneLOC100041865, LOC100041875, LOC100042671, LOC666809, LOC100041894, Fgf1, EG545253, Arhgap26, Nr3c1
Downstream geneLOC100041939, Yipf5, Kctd16, EG225416
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047J03.bB6Ng01-047J03.g
ACCDH872396DH872397
length1,0521,062
definitionDH872396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J03, 5' end.DH872397|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,963,449 - 39,964,523)(39,855,384 - 39,856,481)
sequence
gaattcaagagaatgcaaaaccctagtgtctcttttttcttctcctattc
gaacctctcctcctcttttcttccctctgcccacatctgtttctcctctc
cctttctccctcttccccactctccttctttcacctctcctttctatttc
ttttccattcttctctggatattcttgtccttgataagagagagagagac
agacacagagagacagagagagagagagagcaaccctggttctaaaagtc
ccaaattgccagagcaatggctgatgtcaaagaaccaattacagtagtcc
acccttatattgctacaattccttccatgcaggaaagggtaaacaacatc
tactcctcattcagggttccaacaacaatccaaccatgtgattccaccaa
agttcactccagaaaaattttcctaggcttacttacagaacaatgggaga
gaggttacaggtaaccttaaaacagccacactcaaagttctgtacccagc
ataaataatgacttccacatggctatagaagtgccctttagtccttccca
acctctatgctaagccttctcaaagatctacctataattaggacggaatt
gtatacaactgtttgggagggatagctggatacttaagtgagcatcccat
atcctttgacactccttccttccaagagggaatgtcaatggtcagcaaaa
acagctgtggtgatccttagagagcagaagctgtcaagctcctgaagagg
gtagcagtttgcttggaggataaccttggacaacactttgtttgatgtgc
agttgcccagtcaattggcatccaccaagagtgatagcatcttagtcact
cctctgatgccatcctcatctgtaacataggatgtttgacacatcccagc
aagacagcaattcagatatgtaggtatttgagagagccacatctatttgt
tatttacatatttttgtattctatactgatatctgtttttttcactaacc
cattatgacaatatcatccctctgctgagttatcagtttctctctgggag
tg
gaattcactattttgactaggttgtttcgggagttagcttccaggaccca
ctgtcacaatttccccagagctagcttcacaagcatgccatcatcgtggc
cttgtgacatggcatcggaacatggatgtttgttccttgtgcttgcgtga
taagtaattctgcaaccgagatagttccataacctttgtttacagtatta
agggaggggactgaccaccagacaggtattttactttagtaagccctggt
acagagttatctctgaaagcacaaagtcctacatttgtaccagcaaaggt
tgccaagcttcaaatgtgagcagaggtgaggaggggtcacaaagggaact
agaggaggtagggaagaggagaggattagaaacctactgttccaattcct
tccatgtctaggaagacatgcagttaatctgaaactagtcctagctgctt
ggctacaatgtcatctcagcacaggtgagtccgtgctagttattttgtct
aatgttctttattacaacaccgtttacatgctaactaaagtaacataaat
gctcatagatgagggtgtttgatgtctctagtaagaatgtatattttaac
tgtgccttgtaagtgttaaacatcttatttaatgtacctaataccaaatt
attttatagaggatgaatctggtccttgggaagtccaatgacaaaattct
gattaaattaaattaatctgattacttggagttggtagtggtgagcttga
aggacaagttcagaactcaatccacagacccagaaagctgaagtcatcaa
agtcatgatggttagaaaaggttagcagcagaggggactgggggtgtata
gcaagtttccacacaggctgcccatacctgccccttccctgcttcttagc
ccatctcagctgcatcagatctctctctgacaggtcacatctcaggagag
agatccatttcgctcagaaatagtctactgttagcaaccagagcatatct
acttgatatgaagttatgtatgagctatgaacaccttgtccagactgaag
aaagtctgctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_39963449_39964523
seq2: B6Ng01-047J03.b_47_1098 (reverse)

seq1  CACTCCCAGAGA-AAACTGGATAAAACTCAGCAAGAGGGATGATATTGTT  49
      |||||||||||| ||||||   | |||||||| ||||||||||||||| |
seq2  CACTCCCAGAGAGAAACTG---ATAACTCAGC-AGAGGGATGATATTG-T  45

seq1  CATAAATTGGGTATAGTGAAAAAAAAAACAGAATAATCAGTAATAGAATA  99
      |||||  ||||| |||||   |||||||||||   |||||| ||||||||
seq2  CATAA--TGGGT-TAGTG---AAAAAAACAGA--TATCAGT-ATAGAATA  86

seq1  CAAAAAATATGTTATAATAAACAAATAGATGT-GCTCTCTCAAAATACCT  148
      | |||||||||   |||  ||||||||||||| |||||||| ||||||| 
seq2  C-AAAAATATG---TAAATAACAAATAGATGTGGCTCTCTC-AAATACC-  130

seq1  TACATTATCTGAATTTGCTGTCTTGCTGGGATGTTGTCAAACATCCTAAT  198
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TACA-TATCTGAA-TTGCTGTCTTGCTGGGATG-TGTCAAACATCCT-AT  176

seq1  GTTTACAGATGA-GATGGCATCAGA-GAGTGACTAAGATGCTATCACTCC  246
      | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  G-TTACAGATGAGGATGGCATCAGAGGAGTGACTAAGATGCTATCACT-C  224

seq1  TTGGT-GATGCCAATTGACTGGGCAACTGCAACATCAAACAAAGTGTTGT  295
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGATGCCAATTGACTGGGCAACTGC-ACATCAAACAAAGTGTTGT  273

seq1  CCAAGGTTATCCTCCAAGCAAAACTGCTACCCTCTTCAGGAGCTTGACAG  345
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTTATCCTCCAAGC-AAACTGCTACCCTCTTCAGGAGCTTGACAG  322

seq1  CTTCTGCTCTCTAAGGATCACCACAGCTGTTTTTGCTGACCATTGACATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTCTCTAAGGATCACCACAGCTGTTTTTGCTGACCATTGACATT  372

seq1  CCCTCTTGGAAGGAAGGAGTGTCAAAGGATATGGGATGCTCACTTAAGTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTGGAAGGAAGGAGTGTCAAAGGATATGGGATGCTCACTTAAGTA  422

seq1  TCCAGCTATCCCTCCCAAACAGTTGTATACAATTCCGTCCTAATTATAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTATCCCTCCCAAACAGTTGTATACAATTCCGTCCTAATTATAGG  472

seq1  TAGATCTTTGAGAAGGCTTAGCATAGAGGTTGGGAAGGACTAAAGGGCAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTTTGAGAAGGCTTAGCATAGAGGTTGGGAAGGACTAAAGGGCAC  522

seq1  TTCTATAGCCATGTGGAAGTCATTATTTATGCTGGGTACAGAACTTTGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAGCCATGTGGAAGTCATTATTTATGCTGGGTACAGAACTTTGAG  572

seq1  TGTGGCTGTTTTAAGGTTACCTGTAACCTCTCTCCCATTGTTCTGTAAGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGTTTTAAGGTTACCTGTAACCTCTCTCCCATTGTTCTGTAAGT  622

seq1  AAGCCTAGGAAAATTTTTCTGGAGTGAACTTTGGTGGAATCACATGGTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAGGAAAATTTTTCTGGAGTGAACTTTGGTGGAATCACATGGTTG  672

seq1  GATTGTTGTTGGAACCCTGAATGAGGAGTAGATGTTGTTTACCCTTTCCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTGTTGGAACCCTGAATGAGGAGTAGATGTTGTTTACCCTTTCCT  722

seq1  GCATGGAAGGAATTGTAGCAATATAAGGGTGGACTACTGTAATTGGTTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAAGGAATTGTAGCAATATAAGGGTGGACTACTGTAATTGGTTCT  772

seq1  TTGACATCAGCCATTGCTCTGGCAATTTGGGACTTTTAGAACCAGGGTTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATCAGCCATTGCTCTGGCAATTTGGGACTTTTAGAACCAGGGTTG  822

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTGTCTGTCTCTCTCTCTCTTATCAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTGTCTGTCTCTCTCTCTCTTATCAA  872

seq1  GGACAAGAATATCCAGAGAAGAATGGAAAAGAAATAGAAAGGAGAGGTGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGAATATCCAGAGAAGAATGGAAAAGAAATAGAAAGGAGAGGTGA  922

seq1  AAGAAGGAGAGTGGGGAAGAGGGAGAAAGGGAGAGGAGAAACAGATGTGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAGAGTGGGGAAGAGGGAGAAAGGGAGAGGAGAAACAGATGTGG  972

seq1  GCAGAGGGAAGAAAAGAGGAGGAGAGGTTCGAATAGGAGAAGAAAAAAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGGAAGAAAAGAGGAGGAGAGGTTCGAATAGGAGAAGAAAAAAGA  1022

seq1  GACACTAGGGTTTTGCATTCTCTTGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAGGGTTTTGCATTCTCTTGAATTC  1052

seq1: chr18_39855384_39856481
seq2: B6Ng01-047J03.g_66_1127

seq1  GAATTCACTATTTTGACTAGGTTGTTTCGGGAGTTAGCTTCCAGGACCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATTTTGACTAGGTTGTTTCGGGAGTTAGCTTCCAGGACCCA  50

seq1  CTGTCACAATTTCCCCAGAGCTAGCTTCACAAGCATGCCATCATCGTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACAATTTCCCCAGAGCTAGCTTCACAAGCATGCCATCATCGTGGC  100

seq1  CTTGTGACATGGCATCGGAACATGGATGTTTGTTCCTTGTGCTTGCGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGACATGGCATCGGAACATGGATGTTTGTTCCTTGTGCTTGCGTGA  150

seq1  TAAGTAATTCTGCAACCGAGATAGTTCCATAACCTTTGTTTACAGTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAATTCTGCAACCGAGATAGTTCCATAACCTTTGTTTACAGTATTA  200

seq1  AGGGAGGGGACTGACCACCAGACAGGTATTTTACTTTAGTAAGCCCTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGGACTGACCACCAGACAGGTATTTTACTTTAGTAAGCCCTGGT  250

seq1  ACAGAGTTATCTCTGAAAGCACAAAGTCCTACATTTGTACCAGCAAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTATCTCTGAAAGCACAAAGTCCTACATTTGTACCAGCAAAGGT  300

seq1  TGCCAAGCTTCAAATGTGAGCAGAGGTGAGGAGGGGTCACAAAGGGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGCTTCAAATGTGAGCAGAGGTGAGGAGGGGTCACAAAGGGAACT  350

seq1  AGAGGAGGTAGGGAAGAGGAGAGGATTAGAAACCTACTGTTCCAATTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGGTAGGGAAGAGGAGAGGATTAGAAACCTACTGTTCCAATTCCT  400

seq1  TCCATGTCTAGGAAGACATGCAGTTAATCTGAAACTAGTCCTAGCTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCTAGGAAGACATGCAGTTAATCTGAAACTAGTCCTAGCTGCTT  450

seq1  GGCTACAATGTCATCTCAGCACAGGTGAGTCCGTGCTAGTTATTTTGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAATGTCATCTCAGCACAGGTGAGTCCGTGCTAGTTATTTTGTCT  500

seq1  AATGTTCTTTATTACAACACCGTTTACATGCTAACTAAAGTAACATAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTTTATTACAACACCGTTTACATGCTAACTAAAGTAACATAAAT  550

seq1  GCTCATAGATGAGGGTGTTTGATGTCTCTAGTAAGAATGTATATTTTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATAGATGAGGGTGTTTGATGTCTCTAGTAAGAATGTATATTTTAAC  600

seq1  TGTGCCTTGTAAGTGTTAAACATCTTATTTAATGTACCTAATACCAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTTGTAAGTGTTAAACATCTTATTTAATGTACCTAATACCAAATT  650

seq1  ATTTTATAGAGGATGAATCTGGTCCTTGGGAAGTCCAATGACAAAATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATAGAGGATGAATCTGGTCCTTGGGAAGTCCAATGACAAAATTCT  700

seq1  GATTAAATTAAATTAATCTGAATTACTTGGAGTTGGTAGTGGTGAGCTTG  750
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAATTAAATTAATCTG-ATTACTTGGAGTTGGTAGTGGTGAGCTTG  749

seq1  AAGGACAAGTTCAGAACTCAATCCACAGACCCAGAAAGCTGAAGTCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAAGTTCAGAACTCAATCCACAGACCCAGAAAGCTGAAGTCATCA  799

seq1  AAGTCATGATGGTTAG-AAAGGTTAGCAGCAGAGGGGACTGGGGTGTTAT  849
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  AAGTCATGATGGTTAGAAAAGGTTAGCAGCAGAGGGGACTGGGGGTGTAT  849

seq1  AGCAGGTTTCCACACAGGCTGCCCAATACCTGCCCCTTCCCTGCTTCTTA  899
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTTCCACACAGGCTGCCC-ATACCTGCCCCTTCCCTGCTTCTTA  898

seq1  GCCCATCTCAGCTGCATCCAGGATTCTCTTCCTCCTGACA-GTCACAATC  948
      ||||||||||||||||| |||   |||||     |||||| ||||| |||
seq2  GCCCATCTCAGCTGCAT-CAGATCTCTCT-----CTGACAGGTCAC-ATC  941

seq1  TTCAGGGAGAGAGATCCCATTTCCGGCTCAGAAATAGGTCTAACTGGTCT  998
       ||| |||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||   |
seq2  -TCA-GGAGAGAGAT-CCATTTC--GCTCAGAAATA-GTCT-ACTG---T  981

seq1  AAGCCAAACACAGAAGCCATATCCTACTTGATAATGGACAGTTATGTTAT  1048
       || ||| || ||    ||||| ||||||||| |||   ||||||| |||
seq2  TAG-CAACCAGAG----CATAT-CTACTTGAT-ATG--AAGTTATG-TAT  1021

seq1  GAGCCTATGATACAACTCTGGTCACAGAGACTTGAGAGAAAGTCTGCTGG  1098
      ||| |||||| |||   || ||| ||||    ||| ||||||||||||||
seq2  GAG-CTATGA-ACA--CCTTGTC-CAGA---CTGA-AGAAAGTCTGCTGG  1062