BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048B05
Chromosome18 (Build37)
Map Location 63,031,280 - 63,184,344
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApcdd1, Napg, 9430028L06Rik
Upstream geneAblim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198, 2700046A07Rik
Downstream gene9030411M15Rik, LOC627792, Txnl1, Wdr7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048B05.bB6Ng01-048B05.g
ACCDH872745DH872746
length1,1231,074
definitionDH872745|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048B05, 5' end.DH872746|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048B05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,031,280 - 63,032,426)(63,183,251 - 63,184,344)
sequence
gaattcagcctccttgttcttttgtgctgactactgagcagagtgacaaa
cccctgactacttttgatgtgactgattctatagcagcctattctttctt
ctatgccaagtcaggaccaccctagagagtggaccctaagaggattaaag
ccccagcatgctgagatgctgatgttgaaaatgagcagttgctagagaga
ggaaaacagctcaggggaccccaggtggggagggtaccacttcatccttc
tctacctcacccacaaaccagatgatggcaggttagaaagaaaagggctg
agttttatgagtcgttccaaaaatcttgtagctaccagcctcctaacttc
cccctttgttcccaattacagtaactagtgaggctttctcccctattgtg
gcacagttcaaaccatcttgaaataggattatatatgtaggtaccttcaa
tctattaatgttcatttttaaatccaaattaaagctaaacgccacaacat
gcaaaattagaattaaatgaagcctgtatacctcttggatctgtaagaga
tttcatatccatctctggtttaaagataggtttgaaatagaaatcaatct
ttgtactaagaaaaacaatgaactggaaagctacgcatgacagaatttgt
attaatccattaatagtttagcatttatccctagtggtcactttataaca
gtgtcaattctatgactaaaattttgatcaaaatgcagcatccagcaaca
aagtagaaaagtgtataatatctttaaatgaataataaaagctggttcca
tcatggttgaacttcacaaatacaaatcctgaatcaaagcagagacctca
gctcttggcaagtgggtaatgaatttaggcccctccccatcactttgttc
tcctgacacctgcccacatctggaacacatcaaacacccatcttgagtag
tcattatatcctcaaattcacgatcattagagtgatggtgagatgtttgg
aataaaaaaaaaaaatgatggaaatgaccagaagaagaatggttctaatg
aaatgtcatcctctttgtgacaaaacaggagcttaagctgagtccagggt
gtagccttaagtgtaatggcttt
gaattcttcagaattatcctaaggagtagaggggacatttatgtgtcttc
tgttttgagctgttgacttctgtataaggaaatacgccatgccttcacct
tctgtaattctgccttttaggaaattcagccagaacctggtggcacagct
ttggtactttgtgaagtgtgtgtactttgggctgtctgcctatcaaatcc
gctgtggctacccaacccgtgtgctcgggaacttcctcacaaagagctac
aattacgtcaacctcttcttgtttcaagggtgaggacactgtcttgcctg
tcacccgtggaggggacgagatgggaaattggtgtgtgtcttccacaagg
aagcaagggcgtaaggcaccctgaagctcttacaatgttggcaacactca
ctgagtacctgccaggtagtctccctagaattacccagacttggatcatt
ttcacgataggaacttgcctacttaccatgataatgtttggggattaaaa
agtacaaatatccctcttgccgaagctccgggatcaccaaaggagagcat
ggcagaaaggttctaaaagccagaggcagtgggtgtctacaacaaaacag
tattttctggacacagcaaggcagttgtacctatgagctcaccacaattg
taacagcagtatgcacaagacccaaataagatcagcccagacaatgtctc
agcttggagcaagagcacgggtcccttagctgagttgctattggcaattg
atgacaactgggagactaagactaagttttcttcaagggtgtgggtcctg
ggagactacccatgctccagtagatgattttaaacacacgcttatagaga
ctgcactaagttggctcatgagttaaaatgaaacaactcatggaattggg
tgggaaaattcgatgatacagagaggattataggggaggaaatgaaagtg
atagatgaaatcacatatacgcagtgtggattcctcagcataagacagga
ggtgagagaacattatctggtctaagcatgaattatttctgacatataaa
acagaatgatgacggaatctgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_63031280_63032426
seq2: B6Ng01-048B05.b_44_1166

seq1  GAATTCAGCCTCCTTGTTCTTTTGTGCTGACTACTGAGCAGAGTGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTCCTTGTTCTTTTGTGCTGACTACTGAGCAGAGTGACAAA  50

seq1  CCCCTGACTACTTTTGATGTGACTGATTCTATAGCAGCCTATTCTTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGACTACTTTTGATGTGACTGATTCTATAGCAGCCTATTCTTTCTT  100

seq1  CTATGCCAAGTCAGGACCACCCTAGAGAGTGGACCCTAAGAGGATTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCAAGTCAGGACCACCCTAGAGAGTGGACCCTAAGAGGATTAAAG  150

seq1  CCCCAGCATGCTGAGATGCTGATGTTGAAAATGAGCAGTTGCTAGAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCATGCTGAGATGCTGATGTTGAAAATGAGCAGTTGCTAGAGAGA  200

seq1  GGAAAACAGCTCAGGGGACCCCAGGTGGGGAGGGTACCACTTCATCCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAGCTCAGGGGACCCCAGGTGGGGAGGGTACCACTTCATCCTTC  250

seq1  TCTACCTCACCCACAAACCAGATGATGGCAGGTTAGAAAGAAAAGGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTCACCCACAAACCAGATGATGGCAGGTTAGAAAGAAAAGGGCTG  300

seq1  AGTTTTATGAGTCGTTCCAAAAATCTTGTAGCTACCAGCCTCCTAACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATGAGTCGTTCCAAAAATCTTGTAGCTACCAGCCTCCTAACTTC  350

seq1  CCCCTTTGTTCCCAATTACAGTAACTAGTGAGGCTTTCTCCCCTATTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGTTCCCAATTACAGTAACTAGTGAGGCTTTCTCCCCTATTGTG  400

seq1  GCACAGTTCAAACCATCTTGAAATAGGATTATATATGTAGGTACCTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTTCAAACCATCTTGAAATAGGATTATATATGTAGGTACCTTCAA  450

seq1  TCTATTAATGTTCATTTTTAAATCCAAATTAAAGCTAAACGCCACAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAATGTTCATTTTTAAATCCAAATTAAAGCTAAACGCCACAACAT  500

seq1  GCAAAATTAGAATTAAATGAAGCCTGTATACCTCTTGGATCTGTAAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTAGAATTAAATGAAGCCTGTATACCTCTTGGATCTGTAAGAGA  550

seq1  TTTCATATCCATCTCTGGTTTAAAGATAGGTTTGAAATAGAAATCAATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATATCCATCTCTGGTTTAAAGATAGGTTTGAAATAGAAATCAATCT  600

seq1  TTGTACTAAGAAAAACAATGAACTGGAAAGCTACGCATGACAGAATTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTAAGAAAAACAATGAACTGGAAAGCTACGCATGACAGAATTTGT  650

seq1  ATTAATCCATTAATAGTTTAGCATTTATCCCTAGTGGTCACTTTATAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCATTAATAGTTTAGCATTTATCCCTAGTGGTCACTTTATAACA  700

seq1  GTGTCAATTCTATGACTAAAATTTTGATCAAAATGCAGCATCCAGCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAATTCTATGACTAAAATTTTGATCAAAATGCAGCATCCAGCAACA  750

seq1  AAGTAGAAAAGTGTATAATATCTTTAAATGAATAATAAAAGCTGGTTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAAAGTGTATAATATCTTTAAATGAATAATAAAAGCTGGTTCCA  800

seq1  TCATGGTTGAACTTCACAAATACAAATCCTGAATCAAAGCAGAGACCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTTGAACTTCACAAATACAAATCCTGAATCAAAGCAGAGACCTCA  850

seq1  GCTCTTGGCAAGTGGGTAATGAATTTAGGCCCCTCCCCCATCACTTTGTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTCTTGGCAAGTGGGTAATGAATTTAGGCCCCT-CCCCATCACTTTGTT  899

seq1  CTCCTGACACCTGCCCACATCTGGAACACATCAAACAACCCCATCCTTGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||
seq2  CTCCTGACACCTGCCCACATCTGGAACACATCAAACA--CCCAT-CTTGA  946

seq1  GGTAGGTTCATTATATCCTCCAAATTCACGATCAATTAGGAAGTGATGGT  1000
       ||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||
seq2  -GTAG--TCATTATATCCT-CAAATTCACGATC-ATTAG--AGTGATGGT  989

seq1  GAAGAATGTTTGGAATAAAAAAAAAAAAAATGAATGGGAAATGACCAG-A  1049
      ||   |||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||| |
seq2  GA--GATGTTTGGAAT--AAAAAAAAAAAATGA--TGGAAATGACCAGAA  1033

seq1  GAAGACAGGGTCTCAAATGAAAGTGTCACCTTCTTGGTGACCAAGACAAG  1099
      |||||  || |||  ||||||| ||||| | |||| |||| ||| || ||
seq2  GAAGAATGGTTCT--AATGAAA-TGTCATCCTCTTTGTGA-CAAAAC-AG  1078

seq1  GAGCCTAAAGCTGAGTCCAGGGTGTACGCCTTTAAGTGTAATGGCTTT  1147
      ||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  GAG-CTTAAGCTGAGTCCAGGGTGTA-GCC-TTAAGTGTAATGGCTTT  1123

seq1: chr18_63183251_63184344
seq2: B6Ng01-048B05.g_67_1140 (reverse)

seq1  GTTCAGATTCCCGTCCATCATTCTGTTTTATTATGTCCAGAAATATATTC  50
      ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
seq2  GTTCAGATT-CCGT-CATCATTCTGTTTTA-TATGT-CAGAAATA-ATTC  45

seq1  ATGCTTAAGGACTAGAT-ATGTTTACTTCACTCCCTGTCTTATTGCTTGA  99
      |||||||  ||| |||| |||||  | ||||  ||||||||| ||| |||
seq2  ATGCTTA--GACCAGATAATGTTCTC-TCACCTCCTGTCTTA-TGC-TGA  90

seq1  GAAATCCACACTTGCGTATAATGTGATTTCATCTAATTCACCTTTCATTT  149
      | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||
seq2  GGAATCCACAC-TGCGTAT-ATGTGATTTCATCTA--TCA-CTTTCATTT  135

seq1  CCTCCCCTATAATTCCTCCTCTGTATCATCGAATTTTTCCCACCCAATTC  199
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTATAA-TCCT-CTCTGTATCATCGAA-TTTTCCCACCCAATTC  182

seq1  CATGAGTTGTTTCATTTTTAAACTCATGGAGCCAACTTAGTGCAGTCTCT  249
      ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTTGTTTCATTTT--AACTCAT-GAGCCAACTTAGTGCAGTCTCT  229

seq1  ATAAGCGTGTGTTTAAAATCATCTACTGGAGCATGGGTAGTCTCCCAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCGTGTGTTTAAAATCATCTACTGGAGCATGGGTAGTCTCCCAGGA  279

seq1  CCCACACCCTTGAAGAAAACTTAGTCTTAGTCTCCCAGTTGTCATCAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACCCTTGAAGAAAACTTAGTCTTAGTCTCCCAGTTGTCATCAATT  329

seq1  GCCAATAGCAACTCAGCTAAGGGACCCGTGCTCTTGCTCCAAGCTGAGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATAGCAACTCAGCTAAGGGACCCGTGCTCTTGCTCCAAGCTGAGAC  379

seq1  ATTGTCTGGGCTGATCTTATTTGGGTCTTGTGCATACTGCTGTTACAATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTGGGCTGATCTTATTTGGGTCTTGTGCATACTGCTGTTACAATT  429

seq1  GTGGTGAGCTCATAGGTACAACTGCCTTGCTGTGTCCAGAAAATACTGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAGCTCATAGGTACAACTGCCTTGCTGTGTCCAGAAAATACTGTT  479

seq1  TTGTTGTAGACACCCACTGCCTCTGGCTTTTAGAACCTTTCTGCCATGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTAGACACCCACTGCCTCTGGCTTTTAGAACCTTTCTGCCATGCT  529

seq1  CTCCTTTGGTGATCCCGGAGCTTCGGCAAGAGGGATATTTGTACTTTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGGTGATCCCGGAGCTTCGGCAAGAGGGATATTTGTACTTTTTA  579

seq1  ATCCCCAAACATTATCATGGTAAGTAGGCAAGTTCCTATCGTGAAAATGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAAACATTATCATGGTAAGTAGGCAAGTTCCTATCGTGAAAATGA  629

seq1  TCCAAGTCTGGGTAATTCTAGGGAGACTACCTGGCAGGTACTCAGTGAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTCTGGGTAATTCTAGGGAGACTACCTGGCAGGTACTCAGTGAGT  679

seq1  GTTGCCAACATTGTAAGAGCTTCAGGGTGCCTTACGCCCTTGCTTCCTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCAACATTGTAAGAGCTTCAGGGTGCCTTACGCCCTTGCTTCCTTG  729

seq1  TGGAAGACACACACCAATTTCCCATCTCGTCCCCTCCACGGGTGACAGGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGACACACACCAATTTCCCATCTCGTCCCCTCCACGGGTGACAGGC  779

seq1  AAGACAGTGTCCTCACCCTTGAAACAAGAAGAGGTTGACGTAATTGTAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGTGTCCTCACCCTTGAAACAAGAAGAGGTTGACGTAATTGTAGC  829

seq1  TCTTTGTGAGGAAGTTCCCGAGCACACGGGTTGGGTAGCCACAGCGGATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGAGGAAGTTCCCGAGCACACGGGTTGGGTAGCCACAGCGGATT  879

seq1  TGATAGGCAGACAGCCCAAAGTACACACACTTCACAAAGTACCAAAGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGCAGACAGCCCAAAGTACACACACTTCACAAAGTACCAAAGCTG  929

seq1  TGCCACCAGGTTCTGGCTGAATTTCCTAAAAGGCAGAATTACAGAAGGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCAGGTTCTGGCTGAATTTCCTAAAAGGCAGAATTACAGAAGGTG  979

seq1  AAGGCATGGCGTATTTCCTTATACAGAAGTCAACAGCTCAAAACAGAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATGGCGTATTTCCTTATACAGAAGTCAACAGCTCAAAACAGAAGA  1029

seq1  CACATAAATGTCCCCTCTACTCCTTAGGATAATTCTGAAGAATTC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAATGTCCCCTCTACTCCTTAGGATAATTCTGAAGAATTC  1074