BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055G20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 78,387,828 - 78,486,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc14a2
Upstream genePias2, EG639653, St8sia5, Loxhd1, Rnf165, 8030462N17Rik, 4930465K10Rik, Ccdc5, Atp5a1, Pstpip2, 5430411K18Rik, Cd33l3, Slc14a1
Downstream geneEG620155, Setbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055G20.bB6Ng01-055G20.g
ACCDH877878DH877879
length1,096736
definitionDH877878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055G20, 5' end.DH877879|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,387,828 - 78,388,931)(78,485,854 - 78,486,589)
sequence
gaattcagattttcagatatgcatggcaaatacttttacctgttaagcca
cctccctccctagttcagtactttttcttaagccctctcttcctttttac
ccccttcctcctgtcctttctttctttcttcctctgtttttagacatgtg
tcccctgctggcctcaaagttagtaatgaggattacctggtcatattgtt
cccatctttgtgtgtcagattaacagtcatatgcctctacacttggtgtc
tgtggtgtagtgatgtaggacttcatctagtctagacatgcactcgacca
actgagtcatagcctcaccactggtcatgcttgacaataaaacatatttc
cagacaccaacttaagtttccatggagtaaaactgccccctgcttgagaa
ctaatgatgagagagagtatgtgagaaaaagaaatctatcccatcttctc
tagataatacccaattcaacactactttaaagtatcgatcagtctcttac
tgacttatcaaatggtccatctcatctactctttctattcaacggcagct
accctgaattgctgactccacactcattggtctctgctctcatgcagaat
gcgggtttcatgattggcttctttcaggtatattgttggtatctgaaagt
ttcatgaatatgatagctatctagtagagatttgttgactatatggatgt
ggcttcaagcctttctagtctgtgtggaggccatcatttgacctctttcc
ttccccctctttcttttgcactgagacaggttcttattatgtagccctgg
cgatccctatgtagaccaggctggccttgagcttatagagttccacctgc
atatacctcctatgaatgccatcattaaacacgtacactgcgatgaccag
cctcatctgatgtctgttgaagacagaatgtatagatggtaagttaaagg
gtccatagttgatccagggttctgtactcatggtcattgggtacttacca
aaggcattcattctctgtcagtgaatattgggagctgcaaacgcagcttg
atgagcgtggtggggaagaaacgttgtaatggcccgtatctgccag
gaattcaaggtgcactacagggctgttttttttcatactgtgagaacaga
tagcaccaaaatagatgcacaagttcaaggacaataagcaaaaatacagg
ggagggggatttaaatgctaattgttctacaaaagtatcattgcactaaa
aagggaagtggaaggtatttgtgaagcgcttctccctatggggaacaggt
tcagaaagggagcatccattgaaacggtaaagacttgagttatgcaaggg
aggattcttaggattgtatagcgctgcctgtacaactattctcttcccaa
cagtgacccctcatggcttacagtcattcttgtccagctgaaaggaataa
aaatagcttctttgccagagtaatcctagagaattctctgtatgtgacat
agtcacacgtcattgtcaagatgccttcactctgaaaaatatgaatcatt
aattcccatacctaactgaggggtgagctcctctgcgaaagctaaccaat
cagctggctgtcaggaatcgcagggagtccgtaaagcctgactgtgcccg
acacttggggacacagaacaaagactcatcgactagccgagtcaagtagc
ttatcacttactcgggaagataaagaaattaaccagacaagccaacaaat
agaaagcagtaggaccgtgctcatgttcagatgaaaaatgacattggcct
gaacttgagaggtcagtggggggcgggaggggggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_78387828_78388931
seq2: B6Ng01-055G20.b_46_1141

seq1  GAATTCAGATTTTCAGATATGCATGGCAAATACTTTTACCTGTTAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTTTCAGATATGCATGGCAAATACTTTTACCTGTTAAGCCA  50

seq1  CCTCCCTCCCTAGTTCAGTACTTTTTCTTAAGCCCTCTCTTCCTTTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCCTAGTTCAGTACTTTTTCTTAAGCCCTCTCTTCCTTTTTAC  100

seq1  CCCCTTCCTCCTGTCCTTTCTTTCTTTCTTCCTCTGTTTTTAGACATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCCTCCTGTCCTTTCTTTCTTTCTTCCTCTGTTTTTAGACATGTG  150

seq1  TCCCCTGCTGGCCTCAAAGTTAGTAATGAGGATTACCTGGTCATATTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGCTGGCCTCAAAGTTAGTAATGAGGATTACCTGGTCATATTGTT  200

seq1  CCCATCTTTGTGTGTCAGATTAACAGTCATATGCCTCTACACTTGGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTTTGTGTGTCAGATTAACAGTCATATGCCTCTACACTTGGTGTC  250

seq1  TGTGGTGTAGTGATGTAGGACTTCATCTAGTCTAGACATGCACTCGACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTAGTGATGTAGGACTTCATCTAGTCTAGACATGCACTCGACCA  300

seq1  ACTGAGTCATAGCCTCACCACTGGTCATGCTTGACAATAAAACATATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCATAGCCTCACCACTGGTCATGCTTGACAATAAAACATATTTC  350

seq1  CAGACACCAACTTAAGTTTCCATGGAGTAAAACTGCCCCCTGCTTGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACCAACTTAAGTTTCCATGGAGTAAAACTGCCCCCTGCTTGAGAA  400

seq1  CTAATGATGAGAGAGAGTATGTGAGAAAAAGAAATCTATCCCATCTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATGAGAGAGAGTATGTGAGAAAAAGAAATCTATCCCATCTTCTC  450

seq1  TAGATAATACCCAATTCAACACTACTTTAAAGTATCGATCAGTCTCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAATACCCAATTCAACACTACTTTAAAGTATCGATCAGTCTCTTAC  500

seq1  TGACTTATCAAATGGTCCATCTCATCTACTCTTTCTATTCAACGGCAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTATCAAATGGTCCATCTCATCTACTCTTTCTATTCAACGGCAGCT  550

seq1  ACCCTGAATTGCTGACTCCACACTCATTGGTCTCTGCTCTCATGCAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGAATTGCTGACTCCACACTCATTGGTCTCTGCTCTCATGCAGAAT  600

seq1  GCGGGTTTCATGATTGGCTTCTTTCAGGTATATTGTTGGTATCTGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGTTTCATGATTGGCTTCTTTCAGGTATATTGTTGGTATCTGAAAGT  650

seq1  TTCATGAATATGATAGCTATCTAGTAGAGATTTGTTGACTATATGGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGAATATGATAGCTATCTAGTAGAGATTTGTTGACTATATGGATGT  700

seq1  GGCTTCAAGCCTTTCTAGTCTGTGTGGAGGCCATCATTTGACCTCTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAAGCCTTTCTAGTCTGTGTGGAGGCCATCATTTGACCTCTTTCC  750

seq1  TTCCCCCTCTTTCTTTTGCACTGAGACAGGTTCTTATTATGTAGCCCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTCTTTCTTTTGCACTGAGACAGGTTCTTATTATGTAGCCCTGG  800

seq1  CGATCCCTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAGCTTATAGAGTTCCACCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCCTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAGCTTATAGAGTTCCACCTGC  850

seq1  ATATACCTCCTATGAATGCCATCATTAAACACGTACACTGCGATGACCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCTCCTATGAATGCCATCATTAAACACGTACACTGCGATGACCAG  900

seq1  CCTCATCTGATGTCTGTTGAAGGACAGAATGTATAAGATGGTAAGTTAAA  950
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTCATCTGATGTCTGTTGAA-GACAGAATGTAT-AGATGGTAAGTTAAA  948

seq1  GGGTCCATAGTTGAATCCAGGGTTCTGTACTCATTGTCATTGGGTAACTT  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  GGGTCCATAGTTG-ATCCAGGGTTCTGTACTCATGGTCATTGGGT-ACTT  996

seq1  ACCAAAGGCATTTCAATCTCTGTCCAGGTGATATTGGGAGCTGCAGACGC  1050
      |||||||||| |||| ||||||| |||   ||||||||||||||| ||||
seq2  ACCAAAGGCA-TTCATTCTCTGT-CAGTGAATATTGGGAGCTGCAAACGC  1044

seq1  AGGCTTGATGAGCGTGGTGGGGAAGAAAAGGTTGTAGTGGCCCGTAGCTG  1100
      | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||
seq2  A-GCTTGATGAGCGTGGTGGGGAAG-AAACGTTGTAATGGCCCGTATCTG  1092

seq1  CCAG  1104
      ||||
seq2  CCAG  1096

seq1: chr18_78485854_78486589
seq2: B6Ng01-055G20.g_67_802 (reverse)

seq1  CACCCCCCTCCCGCCCCCCACTGACCTCTCAAGTTCAGGCCAATGTCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCTCCCGCCCCCCACTGACCTCTCAAGTTCAGGCCAATGTCATT  50

seq1  TTTCATCTGAACATGAGCACGGTCCTACTGCTTTCTATTTGTTGGCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTGAACATGAGCACGGTCCTACTGCTTTCTATTTGTTGGCTTGT  100

seq1  CTGGTTAATTTCTTTATCTTCCCGAGTAAGTGATAAGCTACTTGACTCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAATTTCTTTATCTTCCCGAGTAAGTGATAAGCTACTTGACTCGG  150

seq1  CTAGTCGATGAGTCTTTGTTCTGTGTCCCCAAGTGTCGGGCACAGTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCGATGAGTCTTTGTTCTGTGTCCCCAAGTGTCGGGCACAGTCAGG  200

seq1  CTTTACGGACTCCCTGCGATTCCTGACAGCCAGCTGATTGGTTAGCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACGGACTCCCTGCGATTCCTGACAGCCAGCTGATTGGTTAGCTTTC  250

seq1  GCAGAGGAGCTCACCCCTCAGTTAGGTATGGGAATTAATGATTCATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGAGCTCACCCCTCAGTTAGGTATGGGAATTAATGATTCATATTT  300

seq1  TTCAGAGTGAAGGCATCTTGACAATGACGTGTGACTATGTCACATACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGTGAAGGCATCTTGACAATGACGTGTGACTATGTCACATACAGA  350

seq1  GAATTCTCTAGGATTACTCTGGCAAAGAAGCTATTTTTATTCCTTTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGGATTACTCTGGCAAAGAAGCTATTTTTATTCCTTTCAGC  400

seq1  TGGACAAGAATGACTGTAAGCCATGAGGGGTCACTGTTGGGAAGAGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAGAATGACTGTAAGCCATGAGGGGTCACTGTTGGGAAGAGAATA  450

seq1  GTTGTACAGGCAGCGCTATACAATCCTAAGAATCCTCCCTTGCATAACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACAGGCAGCGCTATACAATCCTAAGAATCCTCCCTTGCATAACTC  500

seq1  AAGTCTTTACCGTTTCAATGGATGCTCCCTTTCTGAACCTGTTCCCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTTACCGTTTCAATGGATGCTCCCTTTCTGAACCTGTTCCCCATA  550

seq1  GGGAGAAGCGCTTCACAAATACCTTCCACTTCCCTTTTTAGTGCAATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGCGCTTCACAAATACCTTCCACTTCCCTTTTTAGTGCAATGAT  600

seq1  ACTTTTGTAGAACAATTAGCATTTAAATCCCCCTCCCCTGTATTTTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTAGAACAATTAGCATTTAAATCCCCCTCCCCTGTATTTTTGCT  650

seq1  TATTGTCCTTGAACTTGTGCATCTATTTTGGTGCTATCTGTTCTCACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCCTTGAACTTGTGCATCTATTTTGGTGCTATCTGTTCTCACAGT  700

seq1  ATGAAAAAAAACAGCCCTGTAGTGCACCTTGAATTC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAAAACAGCCCTGTAGTGCACCTTGAATTC  736