BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061N12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 86,440,754 - 86,586,696
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNeto1
Upstream geneLOC665382, LOC545269, LOC545270, LOC665402
Downstream geneCbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580, LOC546719, LOC383318
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061N12.bB6Ng01-061N12.g
ACCDH882414DH882415
length1,0981,092
definitionDH882414|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061N12, 5' end.DH882415|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061N12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,440,754 - 86,441,854)(86,585,583 - 86,586,696)
sequence
gaattcactcgaatgtgggccaccaacaacaaaccttgtagagtcgggaa
ataacagagcaaccccaagagaaatggaagaacaggtgttggtcaaaaga
cacaaaagtacagttagaggagtgcttcaaccttaatctcacagccacta
ttgttcataccaatgcttgagttcttggagagtgcagagatctaagtgtt
ttcatcactgcacaactatacaagttaatagttccgttagtgcttggaac
ttaagccttccccagtgtatatgcttctcaagtaaatagcatgtagcaca
cacataagtgttgtttctgttactttatttttcaaagaaaaaggtgaaaa
atttaagacatgttatctttaccctgtaactggaaaatatgaaaacagta
aaaactaaaaatcaactatttgaagaatattgtcaaacaataattcttaa
gttcaaataacttatttaatttacaatttgccacacattcaagcactttt
aagtgcttaactcatcttggtcaaggtacaacaagtgcttacaaatccat
cagctgtgtaaactctgttttgctttacttcccatgtgttcaacctacca
ggatctgatatagatcagcctgtggcagcgaacagtacttattagagtga
tttattaattcagataatgtctttaagtgtgaagaaagttagtttgtgtg
aaaattaaacaggatcttaacatataccaactgctcagagaagagacaag
aagatcaggctaatgcttttcttaaaatgagtattaagaagatagctttt
atccaagggggcagagctcaaagcctgagttccaggttacaaaggagaga
atggattgacattgtgggtggtgtgcatcagagtccagtgatctgagata
caagctctgcacatttatctgtgccacatgcactggagaggcactcagct
tcagtttagaggcttctattaatattggcttcttcctagtgcagagaagc
ttcagtactcaagtcaattttccttttctctatataagctatggctaaag
cctcttcagctgtgaaaatgtcaggaaacagccacgaagagtgaaatt
gaattcagactcggaagtcctctactgcatgtatattggaggcctcagct
ggtgtatgctgtctgtttggtggtccagtgtttgagagatctttttaagg
gaaaatctttaacaccaaacctttctagtcaggtgtgattaattatagcc
atgacaaacatgtagcattttgtgtgtgaaaggaactagaatttacccat
atacattatctcttggttataaaagatttcaaaattaggtaatgagacca
tattaataacattttgccttaacagaaatttggactttgcagtacacata
cttggtgatatcaaacagaatacttaagttggtgtgagaaaaaattaaaa
acttttccaatctgcgatgaacattgaaatgtccagtgagcagaaatgcc
agtgctaatagtctgcataacaaactaacacttggtctatttgtggaatt
tgaattgaggaattgtttacagttcatatgcaaatggacatatatgattt
tctagaaatgagggagcaggtcacaagcataaaatggagctggcagcata
aagaaatgtgatttctattcagagcttaaggaaggagaaggcagaggacc
atgagagggaaatgcaaggcttggagttgtaaaggaacaaagtgtgcagc
cctgaagaaattcctgcaagcggcatcagaatccaggaggagaaggcttg
ccgtggaaatcatactgacgtgataaaactgctgtcaacagcaaatcacc
atgataactgtttttaagtaatctcattattttgtttcagaataagaggc
aaatgttacttgaaaattgttatggagacggagcaatgtgctcctatgca
cataaaactgggctatcatttttccaagagttaactagttattgacagca
gaggactctgaagagccaatgcatttatgctgcagagctcttttttttta
tgtttttaattgcttgtctttgtcatggcaactctcatctgtggtttcta
cttatcagtctgccaaagccactctaggttctactttgttccatctggtc
aaggaaatcattcctttcaatgaagtccatctgattcttact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_86440754_86441854
seq2: B6Ng01-061N12.b_47_1136

seq1  GAATTCACTCGAATGTGGGCCACCAACAACAAACCTTGTAGAGTCGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCGAATGTGGGCCACCAACAACAAACCTTGTAGAGTCGGGAA  50

seq1  ATAACAGAGCAACCCCAAGAGAAATGGAAGAACAGGTGTTGGTCAAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGAGCAACCCCAAGAGAAATGGAAGAACAGGTGTTGGTCAAAAGA  100

seq1  CACAAAAGTACAGTTAGAGGAGTGCTTCAACCTTAATCTCACAGCCACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGTACAGTTAGAGGAGTGCTTCAACCTTAATCTCACAGCCACTA  150

seq1  TTGTTCATACCAATGCTTGAGTTCTTGGAGAGTGCAGAGATCTAAGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCATACCAATGCTTGAGTTCTTGGAGAGTGCAGAGATCTAAGTGTT  200

seq1  TTCATCACTGCACAACTATACAAGTTAATAGTTCCGTTAGTGCTTGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCACTGCACAACTATACAAGTTAATAGTTCCGTTAGTGCTTGGAAC  250

seq1  TTAAGCCTTCCCCAGTGTATATGCTTCTCAAGTAAATAGCATGTAGCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCCTTCCCCAGTGTATATGCTTCTCAAGTAAATAGCATGTAGCACA  300

seq1  CACATAAGTGTTGTTTCTGTTACTTTATTTTTCAAAGAAAAAGGTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAGTGTTGTTTCTGTTACTTTATTTTTCAAAGAAAAAGGTGAAAA  350

seq1  ATTTAAGACATGTTATCTTTACCCTGTAACTGGAAAATATGAAAACAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGACATGTTATCTTTACCCTGTAACTGGAAAATATGAAAACAGTA  400

seq1  AAAACTAAAAATCAACTATTTGAAGAATATTGTCAAACAATAATTCTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAAAAATCAACTATTTGAAGAATATTGTCAAACAATAATTCTTAA  450

seq1  GTTCAAATAACTTATTTAATTTACAATTTGCCACACATTCAAGCACTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATAACTTATTTAATTTACAATTTGCCACACATTCAAGCACTTTT  500

seq1  AAGTGCTTAACTCATCTTGGTCAAGGTACAACAAGTGCTTACAAATCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTAACTCATCTTGGTCAAGGTACAACAAGTGCTTACAAATCCAT  550

seq1  CAGCTGTGTAAACTCTGTTTTGCTTTACTTCCCATGTGTTCAACCTACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGTAAACTCTGTTTTGCTTTACTTCCCATGTGTTCAACCTACCA  600

seq1  GGATCTGATATAGATCAGCCTGTGGCAGCGAACAGTACTTATTAGAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGATATAGATCAGCCTGTGGCAGCGAACAGTACTTATTAGAGTGA  650

seq1  TTTATTAATTCAGATAATGTCTTTAAGTGTGAAGAAAGTTAGTTTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATTCAGATAATGTCTTTAAGTGTGAAGAAAGTTAGTTTGTGTG  700

seq1  AAAATTAAACAGGATCTTAACATATACCAACTGCTCAGAGAAGAGACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAACAGGATCTTAACATATACCAACTGCTCAGAGAAGAGACAAG  750

seq1  AAGATCAGGCTAATGCTTTTCTTAAAATGAGTATTAAGAAGATAGCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGGCTAATGCTTTTCTTAAAATGAGTATTAAGAAGATAGCTTTT  800

seq1  ATCCAAGGGGGCAGAGCTCAAAGCCTGAGTTCCAGGTTACAAAGGAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGGGGGCAGAGCTCAAAGCCTGAGTTCCAGGTTACAAAGGAGAGA  850

seq1  ATGGATTGACATTGTGGGTGGTGTGCATCAGAGTCCAGTGATCTGAGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTGACATTGTGGGTGGTGTGCATCAGAGTCCAGTGATCTGAGATA  900

seq1  CAAGCTCTGCACATTTATCTGTGCCACATGCACTGGAGAGGCACTCAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTGCACATTTATCTGTGCCACATGCACTGGAGAGGCACTCAGCT  950

seq1  TCAGTTCAGAGGCTTCCTACTTAAATATTGGCTTCTTCCTAGTGCAAGAG  1000
      |||||| |||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAGTTTAGAGGCTT-CTA--TTAATATTGGCTTCTTCCTAGTGC-AGAG  996

seq1  AAGCTTCAAGTACTCAAGTCAAATTTCCCTTTTCTCTATTAATAAGCTAT  1050
      ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||
seq2  AAGCTTC-AGTACTCAAGTC-AATTTTCCTTTTCTCTAT--ATAAGCTAT  1042

seq1  GGCTAAAAGCCTCCTTCAGCTGTGAAAAATGTCAGGAAACAGCCACGAAG  1100
      |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCT-AAAGCCT-CTTCAGCTGTG-AAAATGTCAGGAAACAGCCACGAAG  1089

seq1  A  1101
      |
seq2  A  1090

seq1: chr18_86585583_86586696
seq2: B6Ng01-061N12.g_68_1159 (reverse)

seq1  AGTAAGAAATCAGTAGAACTTTCATTGGAAAGGAATGTGATTTCCCTTGG  50
      |||||| ||||||  | || |||||| ||||||||  |||||||| |   
seq2  AGTAAG-AATCAGATGGAC-TTCATT-GAAAGGAA--TGATTTCCTTGAC  45

seq1  CAGATGTGAACAAAGTAGAACCCTTAGAGTGGCTTTTGGCAGGACTGATA  100
      |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||| 
seq2  CAGATG-GAACAAAGTAGAACC--TAGAGTGGC-TTTGGCA-GACTGAT-  89

seq1  AAGTAGGAAAACACAGATGAGAGTTGCCATGACAAAGACAAGCAATACAA  150
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
seq2  AAGTA-GAAACCACAGATGAGAGTTGCCATGACAAAGACAAGCAAT----  134

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCTCTGGCAGCATAAAATGCATTGGC  200
           ||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  ----TAAAAACATAAAAAAAAAGAGCTCT-GCAGCAT-AAATGCATTGGC  178

seq1  TCTTCAGAGGTCCTCTGCTGTCAATAACTAGTTAACTCTTGGGAAAATGA  250
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTTCAGA-GTCCTCTGCTGTCAATAACTAGTTAACTCTTGGAAAAATGA  227

seq1  TAG-CCAGTTTTATGTGCATAGGAGCACATTGCTCCGTCTCCATAACAAT  299
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCAGTTTTATGTGCATAGGAGCACATTGCTCCGTCTCCATAACAAT  277

seq1  TTTCAAGTAACATTTGCCTCTTATTCTGAAACAAAATAATGAGGTTACTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCAAGTAACATTTGCCTCTTATTCTGAAACAAAATAATGAGATTACTT  327

seq1  AAAAACAGTTATCATGGTGATTTGCTGTTGACAGCAGTTTTATCACGTCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGTTATCATGGTGATTTGCTGTTGACAGCAGTTTTATCACGTCA  377

seq1  GTATGATTTCCACGGCAAGCCTTCTCCTCCTGGATTCTGATGCCGCTTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTTCCACGGCAAGCCTTCTCCTCCTGGATTCTGATGCCGCTTGC  427

seq1  AGGAATTTCTTCAGGGCTGCACACTTTGTTCCTTTACAACTCCAAGCCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTCTTCAGGGCTGCACACTTTGTTCCTTTACAACTCCAAGCCTT  477

seq1  GCATTTCCCTCTCATGGTCCTCTGCCTTCTCCTTCCTTAAGCTCTGAATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCCCTCTCATGGTCCTCTGCCTTCTCCTTCCTTAAGCTCTGAATA  527

seq1  GAAATCACATTTCTTTATGCTGCCAGCTCCATTTTATGCTTGTGACCTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCACATTTCTTTATGCTGCCAGCTCCATTTTATGCTTGTGACCTGC  577

seq1  TCCCTCATTTCTAGAAAATCATATATGTCCATTTGCATATGAACTGTAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATTTCTAGAAAATCATATATGTCCATTTGCATATGAACTGTAAA  627

seq1  CAATTCCTCAATTCAAATTCCACAAATAGACCAAGTGTTAGTTTGTTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCTCAATTCAAATTCCACAAATAGACCAAGTGTTAGTTTGTTATG  677

seq1  CAGACTATTAGCACTGGCATTTCTGCTCACTGGACATTTCAATGTTCATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTATTAGCACTGGCATTTCTGCTCACTGGACATTTCAATGTTCATC  727

seq1  GCAGATTGGAAAAGTTTTTAATTTTTTCTCACACCAACTTAAGTATTCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTGGAAAAGTTTTTAATTTTTTCTCACACCAACTTAAGTATTCTG  777

seq1  TTTGATATCACCAAGTATGTGTACTGCAAAGTCCAAATTTCTGTTAAGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATATCACCAAGTATGTGTACTGCAAAGTCCAAATTTCTGTTAAGGC  827

seq1  AAAATGTTATTAATATGGTCTCATTACCTAATTTTGAAATCTTTTATAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTATTAATATGGTCTCATTACCTAATTTTGAAATCTTTTATAAC  877

seq1  CAAGAGATAATGTATATGGGTAAATTCTAGTTCCTTTCACACACAAAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGATAATGTATATGGGTAAATTCTAGTTCCTTTCACACACAAAATG  927

seq1  CTACATGTTTGTCATGGCTATAATTAATCACACCTGACTAGAAAGGTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGTTTGTCATGGCTATAATTAATCACACCTGACTAGAAAGGTTTG  977

seq1  GTGTTAAAGATTTTCCCTTAAAAAGATCTCTCAAACACTGGACCACCAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAAGATTTTCCCTTAAAAAGATCTCTCAAACACTGGACCACCAAA  1027

seq1  CAGACAGCATACACCAGCTGAGGCCTCCAATATACATGCAGTAGAGGACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGCATACACCAGCTGAGGCCTCCAATATACATGCAGTAGAGGACT  1077

seq1  TCCGAGTCTGAATTC  1114
      |||||||||||||||
seq2  TCCGAGTCTGAATTC  1092