BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-074A21
Chromosome18 (Build37)
Map Location 42,933,736 - 43,021,658
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp2r2b
Upstream geneLOC100041997, Prelid2, Gm851, Sh3rf2, EG435561, Plac8l1, LOC433177, Lars, EG625929, LOC100042757, Rbm27, Pou4f3, LOC100042767, LOC100042027, Tcerg1, Gpr151, LOC100042037
Downstream geneLOC100042046, LOC100042051, EG666594, Stk32a, Dpysl3, LOC100042074, LOC100042807, Jakmip2, Spink3, Scgb3a2, Gm94
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-074A21.bB6Ng01-074A21.g
ACCDH891009DH891010
length1,1291,144
definitionDH891009|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074A21, 5' end.DH891010|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-074A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,933,736 - 42,934,852)(43,020,521 - 43,021,658)
sequence
gaattccagggaggaagacatcatctcttggttataaagccttgagggtt
ggagagatggctcagtgggtgaaatgcttggtgtgtgaggatgcaggact
cagtgaaatcacaagtacccttgtaaaagtcaaacacatggtatgtagct
gtgaatctagcactaaagagacaggggcaggagaatccacaggatactgg
ccaggccaactagttcggctgaagcaacagtctccacaaacaaggtggag
agtgctaagtaagcacccaatgtctgctccaggatttacatgtgtattct
gaggcaaatccaaccccccctccccccggctatggaggtagctcagttga
tattgaacttgaatagcatgcacaaagcacttgaatagcactgcataaat
tgagtatggtggtacatacatgcaatctcagctcttggaaggtaaaggca
ggaggatcaaaagttcaaggtcatccttagctacatagtgagctcagtcc
agcctgacacacatgagacgctgtctaaagaaaaaatatccttggtgttc
tcgtagaattcattttcttttcattatctttcatatcttgccaaattagt
aactaaatgagatttttatatgtacactcatagatgaagtgtacactcat
agattttatatgtatgttttatcttagccaaaagactgggaagggatgat
agctatttacatttgtggtaattctgcctcaatgctggactcttgaggtt
ctgatgtatgtctgattcctaccaccccccccatagccacacccaccaca
ttcaatgaacccgtctctttctttgtttttatagatacgggttttgatat
cattcatatcactgtgacagaatgcctgataaaaataaggaggaaggatt
cgctttggttcatggctcaggcatatggtttaccattgtgtcacggtggg
gaaaggatatggcggctgctggctctatgtggaagaagagtgtggcaacg
attatgcttgcgtcggtagtcagaaagcgaggcagtctctgagcaggata
agctatgaactgccactcctttcctcttctttacaacttgtctaccttca
agcaagaatcccactggccaacgggctcc
gaattccaggggtgggagggtcctcttctgagagtttggcttgcaataaa
acaggatcatcatgtcttcagtgttttatgttttgttttaaagtaaaaga
gaaaaaaagtagatgatcctctttgtccatctactcactctctggtgtta
tctccatctggctgtctcaaagctttgagcctcccagctctgagtaaatg
tacaccagcagctattaatagctgaactctacaaccgtctgctgccacag
atggaattggagcttttggagaggaaaatccataaaaactcatcacagaa
agcagctcagccctttgttacctaatatgattaagctgtctataaataag
ggatgctccgagaagcctggcactatcccttgtgtggggcttgtgaacct
cacctgccaaactgttcattgatagacaagtctcttcagggtggtgttga
atggttctgaatatttatctaaggactaaataaaaaattgaaagagaatg
cacttcggaggtggaaggaaagttaacttgaaggtaaagcagcattccac
catagcaaagaaaaaggaggaaataaaatctttgagttaaagaatgtata
tcataggtcgtaaaaacccatggagatattatagagggccgattcaagaa
ggtgcttccttgaacgaccccatttgggggaagtatctttgatggattgt
gacaagctcttcaagtaggccagggagacttccaattctttttcccctga
gccaggcagagactgcccgtcttgaagaattgtcttattgtttctattta
aggggtataggaagacgctggaaaagggattagagtgtatttctgggctc
tctttctcagtgatccctttgctcctcagtatttaccaagagaattaaag
gctttatcaaatcagattaactgcttgtgtcatctgtttattcttgggta
atatcagagatgtgatgagctaggggactggaagcacatactgtgcgtga
agttgatcttttaacagtgaagtgcaatataaggcatagaaattccgtta
ccttttccatcttgattccatgaaggtaggatcttccctccactggtttg
tttgattatatctaccccaggatgtaccatatttaatattgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_42933736_42934852
seq2: B6Ng01-074A21.b_43_1171

seq1  GAATTCCAGGGAGGAAGACATCATCTCTTGGTTATAAAGCCTTGAGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGAGGAAGACATCATCTCTTGGTTATAAAGCCTTGAGGGTT  50

seq1  GGAGAGATGGCTCAGTGGGTGAAATGCTTGGTGTGTGAGGATGCAGGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGGCTCAGTGGGTGAAATGCTTGGTGTGTGAGGATGCAGGACT  100

seq1  CAGTGAAATCACAAGTACCCTTGTAAAAGTCAAACACATGGTATGTAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAATCACAAGTACCCTTGTAAAAGTCAAACACATGGTATGTAGCT  150

seq1  GTGAATCTAGCACTAAAGAGACAGGGGCAGGAGAATCCACAGGATACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCTAGCACTAAAGAGACAGGGGCAGGAGAATCCACAGGATACTGG  200

seq1  CCAGGCCAACTAGTTCGGCTGAAGCAACAGTCTCCACAAACAAGGTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCAACTAGTTCGGCTGAAGCAACAGTCTCCACAAACAAGGTGGAG  250

seq1  AGTGCTAAGTAAGCACCCAATGTCTGCTCCAGGATTTACATGTGTATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTAAGTAAGCACCCAATGTCTGCTCCAGGATTTACATGTGTATTCT  300

seq1  GAGGCAAATCCAACCCCCCCTCCCCCCGGCTATGGAGGTAGCTCAGTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAATCCAACCCCCCCTCCCCCCGGCTATGGAGGTAGCTCAGTTGA  350

seq1  TATTGAACTTGAATAGCATGCACAAAGCACTTGAATAGCACTGCATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAACTTGAATAGCATGCACAAAGCACTTGAATAGCACTGCATAAAT  400

seq1  TGAGTATGGTGGTACATACATGCAATCTCAGCTCTTGGAAGGTAAAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATGGTGGTACATACATGCAATCTCAGCTCTTGGAAGGTAAAGGCA  450

seq1  GGAGGATCAAAAGTTCAAGGTCATCCTTAGCTACATAGTGAGCTCAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATCAAAAGTTCAAGGTCATCCTTAGCTACATAGTGAGCTCAGTCC  500

seq1  AGCCTGACACACATGAGACGCTGTCTAAAGAAAAAATATCCTTGGTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGACACACATGAGACGCTGTCTAAAGAAAAAATATCCTTGGTGTTC  550

seq1  TCGTAGAATTCATTTTCTTTTCATTATCTTTCATATCTTGCCAAATTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGAATTCATTTTCTTTTCATTATCTTTCATATCTTGCCAAATTAGT  600

seq1  AACTAAATGAGATTTTTATATGTACACTCATAGATGAAGTGTACACTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAATGAGATTTTTATATGTACACTCATAGATGAAGTGTACACTCAT  650

seq1  AGATTTTATATGTATGTTTTATCTTAGCCAAAAGACTGGGAAGGGATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTATATGTATGTTTTATCTTAGCCAAAAGACTGGGAAGGGATGAT  700

seq1  AGCTATTTACATTTGTGGTAATTCTGCCTCAATGCTGGACTCTTGAGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTACATTTGTGGTAATTCTGCCTCAATGCTGGACTCTTGAGGTT  750

seq1  CTGATGTATGTCTGATTCCTACCA-CCCCCCCATAGCCACACCCACCACA  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTATGTCTGATTCCTACCACCCCCCCCATAGCCACACCCACCACA  800

seq1  TTCAATGAACCCGTCTCTTTCTTTGTTTTTATAGATACGGGTTTTGATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGAACCCGTCTCTTTCTTTGTTTTTATAGATACGGGTTTTGATAT  850

seq1  CATTCATATCACTGTGACAGAATGCCTGATAAAAATAAGGAGGAAGGATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATATCACTGTGACAGAATGCCTGATAAAAATAAGGAGGAAGGATT  900

seq1  CGCTTTGGTTCATGGCTCAGGGCATATGGTTTACCATTGTGTCACGGTGG  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTTGGTTCATGGCTCA-GGCATATGGTTTACCATTGTGTCACGGTGG  949

seq1  GG-AAGGATATGGCGGCTGCTGGCTCTATGTGGAGAAAGAGTGTGGCAAC  998
      || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  GGAAAGGATATGGCGGCTGCTGGCTCTATGTGGAAGAAGAGTGTGGCAAC  999

seq1  GATTATGC-TGCGTCGGTAGTCAGAAGCAGAGGCAGTCTCTGAGCAGGAT  1047
      |||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GATTATGCTTGCGTCGGTAGTCAGAAAGCGAGGCAGTCTCTGAGCAGGAT  1049

seq1  AAGCTATGAACTG-CACTCCTT--CTCTCC--TACAACTTG-CTACCCTC  1091
      ||||||||||||| ||||||||  |||| |  ||||||||| ||||| ||
seq2  AAGCTATGAACTGCCACTCCTTTCCTCTTCTTTACAACTTGTCTACCTTC  1099

seq1  -AGCAAG-ATCCCACT-GCCAAC-GGCTCC  1117
       |||||| |||||||| |||||| ||||||
seq2  AAGCAAGAATCCCACTGGCCAACGGGCTCC  1129

seq1: chr18_43020521_43021658
seq2: B6Ng01-074A21.g_68_1211 (reverse)

seq1  CAGCAATATTTAATATGGCACATCCTGGGGTTAGATA-AATCAACAAAAC  49
      |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| | || 
seq2  CAGCAATATTAAATATGGTACATCCTGGGG-TAGATATAATCAA-ACAAA  48

seq1  CCAGT-GAGG--AGATCCTACCCTCATGG-ATCAAGATGG-AAAGTAAAG  94
      ||||| ||||  |||||||||| |||||| |||||||||| ||||  || 
seq2  CCAGTGGAGGGAAGATCCTACCTTCATGGAATCAAGATGGAAAAGGTAAC  98

seq1  GGAATTTCTATGCC-TATATTGCAC-TCACTGTTAAAAGATCAACTTCAC  142
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTCTATGCCTTATATTGCACTTCACTGTTAAAAGATCAACTTCAC  148

seq1  GCACAGTATGTGCTTCCAGTCCCCTAGCTTCATCACATCTCTGATATTA-  191
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GCACAGTATGTGCTTCCAGTCCCCTAGC-TCATCACATCTCTGATATTAC  197

seq1  CCAAGAATAAAACAGATGACACAAGCAGTTAATCTGATTTGATAAAGCCT  241
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAT-AAACAGATGACACAAGCAGTTAATCTGATTTGATAAAGCCT  246

seq1  TTAATTCTCTTGGTAAATACTGAGGAGCAAAGGGATCACTGAGAAAGAGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTCTTGGTAAATACTGAGGAGCAAAGGGATCACTGAGAAAGAGA  296

seq1  GCCCAGAAATACACTCTAATCCCTTTTCCAGCGTCTTCCTATA-CCCTTA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCCCAGAAATACACTCTAATCCCTTTTCCAGCGTCTTCCTATACCCCTTA  346

seq1  AATAGAAACAATAAGACAATTCTTCAAGACGGGCAGTCTCTGCCTGGCTC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAACAATAAGACAATTCTTCAAGACGGGCAGTCTCTGCCTGGCTC  396

seq1  AGGGGAAAAAGAATTGGAAGTCTCCCTGGCCTACTTGAAGAGCTTGTCAC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAAAGAATTGGAAGTCTCCCTGGCCTACTTGAAGAGCTTGTCAC  446

seq1  AATCCATCAAAGATACTTCCCCCAAATGGGGTCGTTCAAGGAAGCACCTT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATCAAAGATACTTCCCCCAAATGGGGTCGTTCAAGGAAGCACCTT  496

seq1  CTTGAATCGGCCCTCTATAATATCTCCATGGGTTTTTACGACCTATGATA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCGGCCCTCTATAATATCTCCATGGGTTTTTACGACCTATGATA  546

seq1  TACATTCTTTAACTCAAAGATTTTATTTCCTCCTTTTTCTTTGCTATGGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCTTTAACTCAAAGATTTTATTTCCTCCTTTTTCTTTGCTATGGT  596

seq1  GGAATGCTGCTTTACCTTCAAGTTAACTTTCCTTCCACCTCCGAAGTGCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCTGCTTTACCTTCAAGTTAACTTTCCTTCCACCTCCGAAGTGCA  646

seq1  TTCTCTTTCAATTTTTTATTTAGTCCTTAGATAAATATTCAGAACCATTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTCAATTTTTTATTTAGTCCTTAGATAAATATTCAGAACCATTC  696

seq1  AACACCACCCTGAAGAGACTTGTCTATCAATGAACAGTTTGGCAGGTGAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCACCCTGAAGAGACTTGTCTATCAATGAACAGTTTGGCAGGTGAG  746

seq1  GTTCACAAGCCCCACACAAGGGATAGTGCCAGGCTTCTCGGAGCATCCCT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAAGCCCCACACAAGGGATAGTGCCAGGCTTCTCGGAGCATCCCT  796

seq1  TATTTATAGACAGCTTAATCATATTAGGTAACAAAGGGCTGAGCTGCTTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATAGACAGCTTAATCATATTAGGTAACAAAGGGCTGAGCTGCTTT  846

seq1  CTGTGATGAGTTTTTATGGATTTTCCTCTCCAAAAGCTCCAATTCCATCT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATGAGTTTTTATGGATTTTCCTCTCCAAAAGCTCCAATTCCATCT  896

seq1  GTGGCAGCAGACGGTTGTAGAGTTCAGCTATTAATAGCTGCTGGTGTACA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGCAGACGGTTGTAGAGTTCAGCTATTAATAGCTGCTGGTGTACA  946

seq1  TTTACTCAGAGCTGGGAGGCTCAAAGCTTTGAGACAGCCAGATGGAGATA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCAGAGCTGGGAGGCTCAAAGCTTTGAGACAGCCAGATGGAGATA  996

seq1  ACACCAGAGAGTGAGTAGATGGACAAAGAGGATCATCTACTTTTTTTCTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGAGAGTGAGTAGATGGACAAAGAGGATCATCTACTTTTTTTCTC  1046

seq1  TTTTACTTTAAAACAAAACATAAAACACTGAAGACATGATGATCCTGTTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTTTAAAACAAAACATAAAACACTGAAGACATGATGATCCTGTTT  1096

seq1  TATTGCAAGCCAAACTCTCAGAAGAGGACCCTCCCACCCCTGGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCAAGCCAAACTCTCAGAAGAGGACCCTCCCACCCCTGGAATTC  1144