BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084L14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 10,402,822 - 10,501,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAK220484, LOC621832
Upstream geneCcny, LOC665176, LOC665184, EG639618, LOC100039755, Cetn1, LOC225155, Colec12, LOC665111, LOC100039787, EG433161, Thoc1, Usp14, Rock1, LOC100039978, LOC635344, LOC435554
Downstream geneEsco1, Snrpd1, LOC100039880, Abhd3, Mib1, LOC665296, 1010001N08Rik, Gata6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084L14.bB6Ng01-084L14.g
ACCDH898594DH898595
length1,1391,103
definitionDH898594|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084L14, 5' end.DH898595|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084L14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,499,950 - 10,501,107)(10,402,822 - 10,403,931)
sequence
gaattctagacatggaattcctccaccatacctatcaggatcactggtct
aactcctgagttactcagcaggttttcaggaacaatcacagtttcccctg
caaggacaggccgaggctggagaattccagttaatggggtctggggaact
ggggtagataaaaggggctctggaaagaaaaagattgtttgacaagaaaa
attaggcatggggctaatttaagaacttcagaaatcactgtagttttaat
actttaaagagatggttttgaagtccaatagtttttgttttttaatttaa
catatatattacagaaaattagaagaaaacagaaaaaaaaaaaaaaagaa
acaaacaaatcaaccataatcacatcactgtagatgactactgagcattt
tggtagatttaactttgtatttcatatttaccaactccaagtaaccaaag
atatggatttccatacataaagctggaagcataaacatgatagagacact
catcattacctgtaagcaactgtaatacattccatagttctttgcacatg
agatttctatggagtcttcaaaacgacttaagcaagttagaaattgtaaa
aacccttacctagttcttagggttggagcacttgtcactgtctacttggt
ggacaactgtgtgcacacctagctgaggacaattttggacaccgtctgga
gactatgaaggagagccaagtagctctttgtagtatagctatagactaaa
ctatgaagccagagtcatcaagaagaacaaatcacagcatgtcagctcaa
ctctagcaccactctgacaaagcgagtccacatgtgccctgcgtagtagt
agcatcacgccctgtgcaacatgtggctcatcaattacacggttaaacta
aggtcagtttgtaacagtacatgaacttatagggaaggagtttgttatgg
agacacaatattactactaccagaccctgacacactactgctatgacatg
attgattcaggtgcttacttcagagatacgagcaggagcagaactactgc
tgctattaagagaaatgtttaatacatcatcagttaaatctcacagttct
tgaagaagacgactgtgggctgcccactagagcggactg
gaattcatagtagccacatcaggcagctgagtgagctgtaactatagctc
caggggatataacatctctggactccatgtacatcaacacacgcgcacac
acgtgcacacacacacacaccatcaaaaataattttgttttacaaagaag
caaagggagaaggatggggcaggatgggggagtggcaaggcaatgatctc
tccatattaaagtatccattcatcactaagcttctcccaccctcagcatt
gttggagcccagagcaagaggacaaaggcaatcccttgtaaatgtatgtc
cagatattttaaacatatgaccagcagaccattgggaacagacagaccgg
tgttgggataagggtttggcttcctgctttgataagtacgccttcttcct
gattcttgcatcctctggaagaccatgctggaagcttgggaagagatggt
tccttattcttcccagtgagaagattatttctcccagttttgttttaatt
cagtaccaagagaagtcttacagatactggtggaggcgctcaatcttcta
ccccctttttgtcccccctggacctgggatgctgtatgtttgccatcagg
gagtagtcagaggcaagacattttggtcatagtttctcagaataccaagt
atcttgagaatagtctagaagagcacagcctatgtagctgtactctcttt
tctctgtgtacccttcatcttccagagtaatgtagtcaaagtacaagaca
aggttcttgtagaacacaggaacctaggctaaaaagtagtaatgctcatt
acaagggctagtaaacggtttggtaatataaaatgcctttttctttaatt
ctttttcaaaattctatttattattctcccctctccctctcccccccata
tgtatatatctgtgtgatacttgagcacaacacatacatgaaatattata
gatgtagttggctagagataacttacagggaccagtactttcctcaacca
tgggaatatggacatctttacaaaatgattttaaaatgagctttagaagt
aagtatgaagctgaacattcatgcacatgctgtagtcctaggatcttgat
gct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_10499950_10501107
seq2: B6Ng01-084L14.b_43_1181 (reverse)

seq1  CAGTCGGCTCTAGTTGTGCCAGCTCCCACAGTTCGTCCTCTTTCAAGAAC  50
      ||||| ||||||||   | |||  ||||||| ||||| || |||||||||
seq2  CAGTCCGCTCTAGT--GGGCAG--CCCACAG-TCGTCTTC-TTCAAGAAC  44

seq1  TGGTGAGATTTTAACTGATGATGTATTTAAACATTTCTCTTTAATTAGCA  100
      | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||
seq2  T-GTGAGA-TTTAACTGATGATGTA-TTAAACATTTCTCTT--AATAGCA  89

seq1  GCAGTAAGTTCTGCTCCTGCTCGTATCCTCTGAAGGTAAGCACCCTGAAT  150
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||
seq2  GCAGT-AGTTCTGCTCCTGCTCGTAT-CTCTGAA-GTAAGCA-CCTGAAT  135

seq1  CAATCATTGTCATTAGCAGTAGTGTGTCAGGGTCTTGGTAGTAGTTAATA  200
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  CAATCA-TGTCA-TAGCAGTAGTGTGTCAGGGTC-TGGTAGTAG-TAATA  181

seq1  TTGTGTCTCCATAACATACTCCTTCCCTATAAGTTCATGTACTGTTAC-A  249
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGTGTCTCCATAACAAACTCCTTCCCTATAAGTTCATGTACTGTTACAA  231

seq1  ACTGACCTTAGTTTTAACCGTGTAATTGATGAGCCACATGTTGCACAGGG  299
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCTTAG-TTTAACCGTGTAATTGATGAGCCACATGTTGCACAGGG  280

seq1  CCTGATGCTACTACTACGCAGGGCACATGTGGACTCGCTTTGTCAGAGTG  349
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATGCTACTACTACGCAGGGCACATGTGGACTCGCTTTGTCAGAGTG  330

seq1  GTGCTAGAGTTGAGCTGACATGCTGTGATTTGTTCTTCTTGATGACTCTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGAGTTGAGCTGACATGCTGTGATTTGTTCTTCTTGATGACTCTG  380

seq1  GCTTCATAGTTTAGTCTATAGCTATACTACAAAGAGCTACTTGGCTCTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATAGTTTAGTCTATAGCTATACTACAAAGAGCTACTTGGCTCTCC  430

seq1  TTCATAGTCTCCAGACGGTGTCCAAAATTGTCCTCAGCTAGGTGTGCACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGTCTCCAGACGGTGTCCAAAATTGTCCTCAGCTAGGTGTGCACA  480

seq1  CAGTTGTCCACCAAGTAGACAGTGACAAGTGCTCCAACCCTAAGAACTAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTCCACCAAGTAGACAGTGACAAGTGCTCCAACCCTAAGAACTAG  530

seq1  GTAAGGGTTTTTACAATTTCTAACTTGCTTAAGTCGTTTTGAAGACTCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGGTTTTTACAATTTCTAACTTGCTTAAGTCGTTTTGAAGACTCCA  580

seq1  TAGAAATCTCATGTGCAAAGAACTATGGAATGTATTACAGTTGCTTACAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCTCATGTGCAAAGAACTATGGAATGTATTACAGTTGCTTACAG  630

seq1  GTAATGATGAGTGTCTCTATCATGTTTATGCTTCCAGCTTTATGTATGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGATGAGTGTCTCTATCATGTTTATGCTTCCAGCTTTATGTATGGA  680

seq1  AATCCATATCTTTGGTTACTTGGAGTTGGTAAATATGAAATACAAAGTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATATCTTTGGTTACTTGGAGTTGGTAAATATGAAATACAAAGTTA  730

seq1  AATCTACCAAAATGCTCAGTAGTCATCTACAGTGATGTGATTATGGTTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTACCAAAATGCTCAGTAGTCATCTACAGTGATGTGATTATGGTTGA  780

seq1  TTTGTTTGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCTGTTTTCTTCTAATTTTCTGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCTGTTTTCTTCTAATTTTCTGTA  830

seq1  ATATATATGTTAAATTAAAAAACAAAAACTATTGGACTTCAAAACCATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGTTAAATTAAAAAACAAAAACTATTGGACTTCAAAACCATCT  880

seq1  CTTTAAAGTATTAAAACTACAGTGATTTCTGAAGTTCTTAAATTAGCCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAGTATTAAAACTACAGTGATTTCTGAAGTTCTTAAATTAGCCCC  930

seq1  ATGCCTAATTTTTCTTGTCAAACAATCTTTTTCTTTCCAGAGCCCCTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAATTTTTCTTGTCAAACAATCTTTTTCTTTCCAGAGCCCCTTTT  980

seq1  ATCTACCCCAGTTCCCCAGACCCCATTAACTGGAATTCTCCAGCCTCGGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACCCCAGTTCCCCAGACCCCATTAACTGGAATTCTCCAGCCTCGGC  1030

seq1  CTGTCCTTGCAGGGGAAACTGTGATTGTTCCTGAAAACCTGCTGAGTAAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTGCAGGGGAAACTGTGATTGTTCCTGAAAACCTGCTGAGTAAC  1080

seq1  TCAGGAGTTAGACCAGTGATCCTGATAGGTATGGTGGAGGAATTCCATGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGTTAGACCAGTGATCCTGATAGGTATGGTGGAGGAATTCCATGT  1130

seq1  CTAGAATTC  1158
      |||||||||
seq2  CTAGAATTC  1139

seq1: chr18_10402822_10403931
seq2: B6Ng01-084L14.g_70_1172

seq1  GAATTCATAGCAGCCACATCAGGCAGCTGAGTGAGCTGTAACTATAGCTC  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTAGCCACATCAGGCAGCTGAGTGAGCTGTAACTATAGCTC  50

seq1  CAGGGGATATAACATCTCTGGACTCCATGTACATCAACACACGCGCACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGATATAACATCTCTGGACTCCATGTACATCAACACACGCGCACAC  100

seq1  ACGTGCACACACACACACACCATCAAAAATAATTTTGTTTTACAAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGCACACACACACACACCATCAAAAATAATTTTGTTTTACAAAGAAG  150

seq1  CAAAGGGAGAAGGATGGGGCAGGATGGGGGAGTGGCAAGGCAATGATCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGAGAAGGATGGGGCAGGATGGGGGAGTGGCAAGGCAATGATCTC  200

seq1  TCCATATTAAAGTATCCATTCATCACTAAGCTTCTCCCACCCTCAGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATTAAAGTATCCATTCATCACTAAGCTTCTCCCACCCTCAGCATT  250

seq1  GTTGGAGCCCAGAGCAAGAGGACAAAGGCAATCCCTTGTAAATGTATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGCCCAGAGCAAGAGGACAAAGGCAATCCCTTGTAAATGTATGTC  300

seq1  CAGATATTTTAAACATATGACCAGCAGACCATTGGGAACAGACAGACCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTTTAAACATATGACCAGCAGACCATTGGGAACAGACAGACCGG  350

seq1  TGTTGGGATAAGGGTTTGGCTTCCTGCTTTGATAAGTACGCCTTCTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGATAAGGGTTTGGCTTCCTGCTTTGATAAGTACGCCTTCTTCCT  400

seq1  GATTCTTGCATCCTCTGGAAGACCATGCTGGAAGCTTGGGAAGAGATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTGCATCCTCTGGAAGACCATGCTGGAAGCTTGGGAAGAGATGGT  450

seq1  TCCTTATTCTTCCCAGTGAGAAGATTATTTCTCCCAGTTTTGTTTTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTCTTCCCAGTGAGAAGATTATTTCTCCCAGTTTTGTTTTAATT  500

seq1  CAGTACCAAGAGAAGTCTTACAGATACTGGTGGAGGCGCTCAATCTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCAAGAGAAGTCTTACAGATACTGGTGGAGGCGCTCAATCTTCTA  550

seq1  CCCCCTTTTTGTCCCCCCTGGACCTGGGATGCTGTATGTTTGCCATCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTTTTGTCCCCCCTGGACCTGGGATGCTGTATGTTTGCCATCAGG  600

seq1  GAGTAGTCAGAGGCAAGACATTTTGGTCATAGTTTCTCAGAATACCAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTCAGAGGCAAGACATTTTGGTCATAGTTTCTCAGAATACCAAGT  650

seq1  ATCTTGAGAATAGTCTAGAAGAGCACAGCCTATGTAGCTGTACTCTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAGAATAGTCTAGAAGAGCACAGCCTATGTAGCTGTACTCTCTTT  700

seq1  TCTCTGTGTACCCTTCATCTTCCAGAGTAATGTAGTCAAAGTACAAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTACCCTTCATCTTCCAGAGTAATGTAGTCAAAGTACAAGACA  750

seq1  AGGTTCTTGTAGAACACAGGAACCTAGGCTAAAAAGTAGTAATGCTCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTTGTAGAACACAGGAACCTAGGCTAAAAAGTAGTAATGCTCATT  800

seq1  ACAAGGGCTAGTAAACGGTTTGGTAATATAAAATGCCTTTTTCCTTTAAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAAGGGCTAGTAAACGGTTTGGTAATATAAAATGCCTTTTT-CTTTAAT  849

seq1  TCTTTTTCAAAATTCTATTTATTATTCTCCCCTCTCCCTCTCCCCCCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTTTTCAAAATTCTATTTATTATTCTCCCCTCTCCCTCT-CCCCCCCA  898

seq1  TATGTATATATCTGTGTGATACTTGAGCACAAGCACATACATGACATATT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TATGTATATATCTGTGTGATACTTGAGCACAA-CACATACATGAAATATT  947

seq1  ATAGATGTAGTTGGCTAGAGATAACTTACAGGGACCAGTACTTTCCTCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATAGATGTAGTTGGCTAGAGATAACTTACAGGGACCAGTACTTTCCT-CA  996

seq1  ACCATGGGAATATGGACATCTTTACAAAATGATTTTTAAAATGAGCTTTA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCATGGGAATATGGACATCTTTACAAAATGA-TTTTAAAATGAGCTTTA  1045

seq1  GAAGTAAGTATGAAGCTGGACA-TCATGGCACATGCTTGTAGTCCTAGGA  1099
      |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GAAGTAAGTATGAAGCTGAACATTCAT-GCACATGC-TGTAGTCCTAGGA  1093

seq1  TCTTAGATGCT  1110
      |||| ||||||
seq2  TCTT-GATGCT  1103