BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098P05
Chromosome18 (Build37)
Map Location 87,112,151 - 87,270,014
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546719
Upstream geneLOC545270, LOC665402, Neto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580
Downstream geneLOC383318, Ppia-ps18_1039.1, LOC329008, LOC100039961
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098P05.bB6Ng01-098P05.g
ACCDH908883DH908884
length1,1191,088
definitionDH908883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098P05, 5' end.DH908884|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,112,151 - 87,113,280)(87,268,926 - 87,270,014)
sequence
gaattcattattatttcaggtgtccatttaaattcacattcatttatatt
taattgtggaactagaatttaatgtaattaattctgaagaagtaaatttc
tcttgattaagccatcgaatgtgtagtgttatgttgtgatgaacctatac
actacaacatcagattactgtctgtataccatgatatctgatagaagata
ttgttgcatattttgttatatttcctaattatctaaatgtacaatgcaga
tattaatcttagcctagctgtaagagttatcaataatgcacaaagcaaga
accatatagatttttttaatgttcaataaggaggaatttttcctcagttt
cttgtttgacattaaaacaaaaagtcaaggcaattgtcaagaagttggtg
ggaggggctagaactcagaggtgaatggacaacatttttgttcccactat
agtttccaaaaagccatacattcctctcaacaagtctgtcttaattcaac
tagaacagtgctggatatctgaccaaaatatatttaaaataataattgtg
ttgttttgattcactaggattttcactaaatagttgtgtgagttgtggaa
aactaatgtatctctgtagtctattgctgttgggtcttgaaagaggtggg
tgtaagaacaaatgtttatagattactgctagggattatattggtttagt
aaattactggttgtagattccccttcaataacttttttatgtaactataa
cttttctaacactgagtaggtagctaggttccagcatcaggcatgggatc
cctctggttgaatagatcttaagtcctgttagagagctgttggtaaccac
taagatatgtgtgccacaactgtatccttagggttattgtgctatactga
tcattaatgtctgtctaggagccatagttccacaggatgttggttgctct
ttccttggaaacatgcatggtgtcttctcttaccaaaagctggtcatcag
agagggacattcaaggtcagggccttatgggcattgttttacaaatgcca
gttaatacagacactatctcacagtaaatccctttccttaggtcttaaca
tcttcttgttctatatatg
gaattctacagaagtgtgggatgaaggattgacggagccagagagatcaa
gaacatcataagaaaacctccagaatcaacaaacctgaacgcataggggt
gtctacagagactgaaccattaatcagaaagcatatgtgggacagaccta
ggcttttggtgcctatgtaaaagtcatgcaactccctcttcatgtaagac
tcttaacagaagtagaggttgtatctgactctattgcctccctttggatt
tattttcccttacgggactgccttgccaagccaccacaataggggaatat
gtatgtgcctagtctactgagagttgatatgccaaggcagattgatgatc
catgggagccctcctattttgtgaacttttcttaagagataaagagaata
tcagggaggtgggaaagaggaaagaactgggaaaaaaaggaggggaagct
ctgattggcatgtagcataaattaattaatttttaaaaagaaacaaaaat
aaatggacctggggaatgaaatcctctgagaggaggggacaattagttac
ataaatgcaaacactataaacatagagacattagagaactaggaaaaggt
tcaggtagcaaagcagacactgtcacagaaaacaaagaagattaaagact
gtgttcttgactacgtatttctgttagtatttgaaaagacaattattatg
tgtgaagagcgaactacaatggaaaactccagggtgaagagaagtctggc
tgctgggtaaggagtaagtctggctgtcctagtttattctggtggtgtga
tctaatatccttacacaaaagaaacttatgaaagctcattttagctcaca
attttaggtcatagtctactatagctgcaaggaatttaaagcagcttacc
atgtcacattctaaagagcagaggaagtattgcatacatactcacagtta
actttccacttatcccacttacagacccaatatcaggccacagttcaacc
cacagtgacataaaaaaattagacattattccacagacatatgctcagac
cgactcatctagacaatccctcaatagaatgtcatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_87112151_87113280
seq2: B6Ng01-098P05.b_48_1166

seq1  GAATTCATTATTATTTCAGGTGTCCATTTAAATTCACATTCATTTATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATTATTTCAGGTGTCCATTTAAATTCACATTCATTTATATT  50

seq1  TAATTGTGGAACTAGAATTTAATGTAATTAATTCTGAAGAAGTAAATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGGAACTAGAATTTAATGTAATTAATTCTGAAGAAGTAAATTTC  100

seq1  TCTTGATTAAGCCATCGAATGTGTAGTGTTATGTTGTGATGAACCTATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTAAGCCATCGAATGTGTAGTGTTATGTTGTGATGAACCTATAC  150

seq1  ACTACAACATCAGATTACTGTCTGTATACCATGATATCTGATAGAAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAACATCAGATTACTGTCTGTATACCATGATATCTGATAGAAGATA  200

seq1  TTGTTGCATATTTTGTTATATTTCCTAATTATCTAAATGTACAATGCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCATATTTTGTTATATTTCCTAATTATCTAAATGTACAATGCAGA  250

seq1  TATTAATCTTAGCCTAGCTGTAAGAGTTATCAATAATGCACAAAGCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATCTTAGCCTAGCTGTAAGAGTTATCAATAATGCACAAAGCAAGA  300

seq1  ACCATATAGATTTTTTTAATGTTCAATAAGGAGGAATTTTTCCTCAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATAGATTTTTTTAATGTTCAATAAGGAGGAATTTTTCCTCAGTTT  350

seq1  CTTGTTTGACATTAAAACAAAAAGTCAAGGCAATTGTCAAGAAGTTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTGACATTAAAACAAAAAGTCAAGGCAATTGTCAAGAAGTTGGTG  400

seq1  GGAGGGGCTAGAACTCAGAGGTGAATGGACAACATTTTTGTTCCCACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGCTAGAACTCAGAGGTGAATGGACAACATTTTTGTTCCCACTAT  450

seq1  AGTTTCCAAAAAGCCATACATTCCTCTCAACAAGTCTGTCTTAATTCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAAAAAGCCATACATTCCTCTCAACAAGTCTGTCTTAATTCAAC  500

seq1  TAGAACAGTGCTGGATATCTGACCAAAATATATTTAAAATAATAATTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAGTGCTGGATATCTGACCAAAATATATTTAAAATAATAATTGTG  550

seq1  TTGTTTTGATTCACTAGGATTTTCACTAAATAGTTGTGTGAGTTGTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGATTCACTAGGATTTTCACTAAATAGTTGTGTGAGTTGTGGAA  600

seq1  AACTAATGTATCTCTGTAGTCTATTGCTGTTGGGTCTTGAAAGAGGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATGTATCTCTGTAGTCTATTGCTGTTGGGTCTTGAAAGAGGTGGG  650

seq1  TGTAAGAACAAATGTTTATAGATTACTGCTAGGGATTATATTGGTTTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAACAAATGTTTATAGATTACTGCTAGGGATTATATTGGTTTAGT  700

seq1  AAATTACTGGTTGTAGATTCCCCTTCAATAACTTTTTTATGTAACTATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTGGTTGTAGATTCCCCTTCAATAACTTTTTTATGTAACTATAA  750

seq1  CTTTTCTAACACTGAGTAGGTAGCTAGGTTCCAGCATCAGGCATGGGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTAACACTGAGTAGGTAGCTAGGTTCCAGCATCAGGCATGGGATC  800

seq1  CCTCTGGTTGAATAGATCTTAAGTCCTGTTAGAGAGCTGTTGGTAACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGTTGAATAGATCTTAAGTCCTGTTAGAGAGCTGTTGGTAACCAC  850

seq1  TAAGATATGTGTGCCACAACTGTATCCTTAGGGTTATTGTGCTATACTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATGTGTGCCACAACTGTATCCTTAGGGTTATTGTGCTATACTGA  900

seq1  TCATTAATGTCTGTTCTAGGAGCCATAGTTCCACAGGATTGTTGGTTGCA  950
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TCATTAATGTCTG-TCTAGGAGCCATAGTTCCACAGGA-TGTTGGTTGC-  947

seq1  TCTTTCCTTTGGAAACATGCATGGTGTCTTCTCTTACCAAAAAAGCTGGT  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TCTTTCC-TTGGAAACATGCATGGTGTCTTCTCTTACC--AAAAGCTGGT  994

seq1  CATCAGAGAGGGGACATTC-AGGTCAGGGCCTTAATGGGCATTGTTTTAC  1049
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CATCAGAGA-GGGACATTCAAGGTCAGGGCCTT-ATGGGCATTGTTTTAC  1042

seq1  AAATGCCAGTAATAACAGACACTATCTCACAGGAAATTCCCTTATCCTTG  1099
      |||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| 
seq2  AAATGCCAGTTAATACAGACACTATCTCACAGTAAA-TCCCTT-TCCTTA  1090

seq1  GGCTCTTAACAATCTTCCTG-TCTATAATATG  1130
      || ||||||| |||||| || ||||| |||||
seq2  GG-TCTTAAC-ATCTTCTTGTTCTAT-ATATG  1119

seq1: chr18_87268926_87270014
seq2: B6Ng01-098P05.g_70_1157 (reverse)

seq1  CACATGACATTCTA-TGAGAGATTGTCTAGATGAAGTCGGTCTGTGCATA  49
      | |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  CCCATGACATTCTATTGAGGGATTGTCTAGATG-AGTCGGTCTGAGCATA  49

seq1  TGTCTGTAGGATAATGTCTTAATTTTTTTAATGTCACTGTGGGTTGAACT  99
      ||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTGGAATAATGTC-TAATTTTTTT-ATGTCACTGTGGGTTGAACT  97

seq1  GTGCCCTGGATTTGGGTCCTGT-AGTGTGTATAAGTGGAAAGTTAACTGT  148
      ||| ||||   |||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTGATATTGGGT-CTGTAAGTG-GGATAAGTGGAAAGTTAACTGT  145

seq1  GTAGTATGTATGC-ATACTTCCTCTGCTCTTTAGAATGTGACATGGTTAG  197
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  G-AGTATGTATGCAATACTTCCTCTGCTCTTTAGAATGTGACATGGTAAG  194

seq1  CTGCTTTAAATTCCTTGCAGCTATAGTAGACTATGACCTAAAATTGTGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTAAATTCCTTGCAGCTATAGTAGACTATGACCTAAAATTGTGAG  244

seq1  CTAAAATGAGCTTTCATAAGTTTC-TTTGTGTAAGGATATTAGATCACAC  296
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATGAGCTTTCATAAGTTTCTTTTGTGTAAGGATATTAGATCACAC  294

seq1  CACCAGAATAAACTAGGACAGCCAGACTTACTCCTTACCCAGCAGCCAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAATAAACTAGGACAGCCAGACTTACTCCTTACCCAGCAGCCAGA  344

seq1  CTTCTCTTCACCCTGGAG-TTTCCATTGTAGTTCGCTCTTCACACATAAT  395
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTCACCCTGGAGTTTTCCATTGTAGTTCGCTCTTCACACATAAT  394

seq1  AATTGTCTTTTCAAATACTAACAGAAATACGTAGTCAAGAACACAGTCTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCTTTTCAAATACTAACAGAAATACGTAGTCAAGAACACAGTCTT  444

seq1  TAATCTTCTTTGTTTTCTGTGACAGTGTCTGCTTTGCTACCTGAACCTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTCTTTGTTTTCTGTGACAGTGTCTGCTTTGCTACCTGAACCTTT  494

seq1  TCCTAGTTCTCTAATGTCTCTATGTTTATAGTGTTTGCATTTATGTAACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTTCTCTAATGTCTCTATGTTTATAGTGTTTGCATTTATGTAACT  544

seq1  AATTGTCCCCTCCTCTCAGAGGATTTCATTCCCCAGGTCCATTTATTTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCCCCTCCTCTCAGAGGATTTCATTCCCCAGGTCCATTTATTTTT  594

seq1  GTTTCTTTTTAAAAATTAATTAATTTATGCTACATGCCAATCAGAGCTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTTTAAAAATTAATTAATTTATGCTACATGCCAATCAGAGCTTC  644

seq1  CCCTCCTTTTTTTCCCAGTTCTTTCCTCTTTCCCACCTCCCTGATATTCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTTTTTTCCCAGTTCTTTCCTCTTTCCCACCTCCCTGATATTCT  694

seq1  CTTTATCTCTTAAGAAAAGTTCACAAAATAGGAGGGCTCCCATGGATCAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCTCTTAAGAAAAGTTCACAAAATAGGAGGGCTCCCATGGATCAT  744

seq1  CAATCTGCCTTGGCATATCAACTCTCAGTAGACTAGGCACATACATATTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGCCTTGGCATATCAACTCTCAGTAGACTAGGCACATACATATTC  794

seq1  CCCTATTGTGGTGGCTTGGCAAGGCAGTCCCGTAAGGGAAAATAAATCCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTGTGGTGGCTTGGCAAGGCAGTCCCGTAAGGGAAAATAAATCCA  844

seq1  AAGGGAGGCAATAGAGTCAGATACAACCTCTACTTCTGTTAAGAGTCTTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGGCAATAGAGTCAGATACAACCTCTACTTCTGTTAAGAGTCTTA  894

seq1  CATGAAGAGGGAGTTGCATGACTTTTACATAGGCACCAAAAGCCTAGGTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGAGGGAGTTGCATGACTTTTACATAGGCACCAAAAGCCTAGGTC  944

seq1  TGTCCCACATATGCTTTCTGATTAATGGTTCAGTCTCTGTAGACACCCCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCACATATGCTTTCTGATTAATGGTTCAGTCTCTGTAGACACCCCT  994

seq1  ATGCGTTCAGGTTTGTTGATTCTGGAGGTTTTCTTATGATGTTCTTGATC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTTCAGGTTTGTTGATTCTGGAGGTTTTCTTATGATGTTCTTGATC  1044

seq1  TCTCTGGCTCCGTCAATCCTTCATCCCACACTTCTGTAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTCCGTCAATCCTTCATCCCACACTTCTGTAGAATTC  1088