BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107P20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 16,797,268 - 16,876,753
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh2
Upstream geneChst9, LOC670012, LOC100040551, EG225228, LOC100040202, Ppia-ps18_172.1, EG665509
Downstream geneLOC665519, 1700001G01Rik, 4921533I20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107P20.bB6Ng01-107P20.g
ACCDH915294DH915295
length1,2021,142
definitionDH915294|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107P20, 5' end.DH915295|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,797,268 - 16,798,485)(16,875,606 - 16,876,753)
sequence
gaattccacatctcacaggaactcttgtgtggaacgagaaatattatggt
tgcaacctgcactaaatcttcttgatatagtcaatcttaccccagggaga
gactaccgaaaaaatactgtcatcttatccaaagtatgatactcatactg
agtttatgggtgtgtcagaatagtgtttcacattatatcagacaaggcga
gaagactatgctgaactgtcattttcttttttcctttgtccagtaagtgt
ggtgtatccttgtgtgactatgcagatgtgcatccctgtctagatcagag
gaggatgcctatatagtatactgttgaaacaaggtctctttcacagaacg
tggagctaggctgaacgccagtcagccccagtgactctctggtctctgcc
cccccagagtgctgagtttatagacactttgcaatgaccagctttttatg
tagatttggagattccaaatcaggttctcctgctagcacagtgaacacat
ttatccactgggctgtttctccacccccttgaactttgagcgcattgcaa
aaattaaattcctctttggatgtctgaacatttttcctgactggttctgt
tacttggttatgatggttccagaacaattttgtgtatataactaattaca
atagcaatgctgtctttaattcagttcacatgcacattgttgaagtagag
agaacataaaaccattaacttctcaataccttgtcaataatctatgtcat
ggtgtatataatgttcctacttgacacaatctgaggctctgttacagcaa
aagctggctcagcctggaaattgcaacccacaatttctaggtgttgaccc
tttaaaagaattccctcaaacaatgattatcgatgggccaatggccctaa
gaagctgaaagacaactgccaggacacagaatagaaaaaggatgtcaaag
tttcctgaccagtgcctggagaaagcacagatggctggagaatggaaggt
caatgtctagagaccaggctcgaagccctttcagataggcatgacagcat
tgtgatggtacttcagctctacatatctatctagcacgtacaaatatgca
cattctgtaacactgtaagacagcggtggtggggttatgtcatcaatgtg
gcaatttcatatgaaatggttcggagttgaatccaatatacagctttaaa
tg
gaattcttattatggaattagcagggaatgtgcatacacagcctggaatg
cagcataaggcaacctgggagaagaacatagatattgtctgtgattttga
agctgagaagtcatgctctgtgggaagaaggttatggggaggcaccagtg
cagatgtatgtggacaccacctcagggaaactctggtcctttattgtcct
cctagaccagtggttctcaatctgtgcgtcgtcacccctttgggggatca
acccacacttttacatgggtcacctaagaccatcagaagactcagatatt
tatataacagcagcagaaatacagttatgaagtagcaagggaaataattt
tatggttggaggttgccagaacatgaagaactgtataaaagggtcacagt
attaggagggttgagagccactgactcagagaatactacttggccgtatt
cagcctttgtatatatgtcacggatgacatcctggagatggatggaaggt
tgttttcctttaagaggtcttagaatcaccactcagtgcacagaactgcc
tgcttatcactgcccccatgtgtcttgctgtttatatttttaattaacgt
agttgttattgaggctgatgtaatccacatgcatccaaaagcatattaaa
ttctaagcaattatttctgtttgtactgtcctagtacatagtactaataa
gtacataataaatattaacaaatgtgggggacttttatacttctgtgaat
ttttgttttgtttatacaaaatcagtgcttgaattcagtggaaggtccag
cctgacttgttgatctacaagagcctaacaaaccaggtacttcaacggtg
tgctgagctgtctcactatgccatgacttctcacattgtacctcaagttt
tggttaagaggacagaaacaaagctttaataaaagtccagtttgtgacag
atgctgaaggttatctggagctgtcttggaatctgaacgtgagttgcagc
ttcatcaggaatctggccgcatctcacccagtcctgactgtctctggact
gacttcgtgaattgttaaagggctgaatgcttcatatcatgctcatgtac
cccttgcagaagccatggcagggccattaacatagaatttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_16797268_16798485
seq2: B6Ng01-107P20.b_46_1247

seq1  GAATTCCACATCTCACAGGAACTCTTGTGTGGAACGAGAAATATTATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATCTCACAGGAACTCTTGTGTGGAACGAGAAATATTATGGT  50

seq1  TGCAACCTGCACTAAATCTTCTTGATATAGTCAATCTTACCCCAGGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCTGCACTAAATCTTCTTGATATAGTCAATCTTACCCCAGGGAGA  100

seq1  GACTACCGAAAAAATACTGTCATCTTATCCAAAGTATGATACTCATACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCGAAAAAATACTGTCATCTTATCCAAAGTATGATACTCATACTG  150

seq1  AGTTTATGGGTGTGTCAGAATAGTGTTTCACATTATATCAGACAAGGCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGGGTGTGTCAGAATAGTGTTTCACATTATATCAGACAAGGCGA  200

seq1  GAAGACTATGCTGAACTGTCATTTTCTTTTTTCCTTTGTCCAGTAAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTATGCTGAACTGTCATTTTCTTTTTTCCTTTGTCCAGTAAGTGT  250

seq1  GGTGTATCCTTGTGTGACTATGCAGATGTGCATCCCTGTCTAGATCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATCCTTGTGTGACTATGCAGATGTGCATCCCTGTCTAGATCAGAG  300

seq1  GAGGATGCCTATATAGTATACTGTTGAAACAAGGTCTCTTTCACAGAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGCCTATATAGTATACTGTTGAAACAAGGTCTCTTTCACAGAACG  350

seq1  TGGAGCTAGGCTGAACGCCAGTCAGCCCCAGTGACTCTCTGGTCTCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTAGGCTGAACGCCAGTCAGCCCCAGTGACTCTCTGGTCTCTGCC  400

seq1  CCCCCAGAGTGCTGAGTTTATAGACACTTTGCAATGACCAGCTTTTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGAGTGCTGAGTTTATAGACACTTTGCAATGACCAGCTTTTTATG  450

seq1  TAGATTTGGAGATTCCAAATCAGGTTCTCCTGCTAGCACAGTGAACACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTGGAGATTCCAAATCAGGTTCTCCTGCTAGCACAGTGAACACAT  500

seq1  TTATCCACTGGGCTGTTTCTCCACCCCCTTGAACTTTGAGCGCATTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCACTGGGCTGTTTCTCCACCCCCTTGAACTTTGAGCGCATTGCAA  550

seq1  AAATTAAATTCCTCTTTGGATGTCTGAACATTTTTCCTGACTGGTTCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAATTCCTCTTTGGATGTCTGAACATTTTTCCTGACTGGTTCTGT  600

seq1  TACTTGGTTATGATGGTTCCAGAACAATTTTGTGTATATAACTAATTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTTATGATGGTTCCAGAACAATTTTGTGTATATAACTAATTACA  650

seq1  ATAGCAATGCTGTCTTTAATTCAGTTCACATGCACATTGTTGAAGTAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATGCTGTCTTTAATTCAGTTCACATGCACATTGTTGAAGTAGAG  700

seq1  AGAACATAAAACCATTAACTTCTCAATACCTTGTCAATAATCTATGTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAAACCATTAACTTCTCAATACCTTGTCAATAATCTATGTCAT  750

seq1  GGTGTATATAATGTTCCTACTTGACACAATCTGAGGCTCTGTTACAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATATAATGTTCCTACTTGACACAATCTGAGGCTCTGTTACAGCAA  800

seq1  AAGCTGGCTCAGCCTGGAAATTGCAACCCACAATTTCTAGGTGTTGACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGCTCAGCCTGGAAATTGCAACCCACAATTTCTAGGTGTTGACCC  850

seq1  TTTAAAAGAATTCCCTCAAACAATGATTATCGAT-GGCCAATGGCCCTAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGAATTCCCTCAAACAATGATTATCGATGGGCCAATGGCCCTAA  900

seq1  GAAGCTGAAAGACAACTGCCAGGACACAGAATAGAAAAAGGATGTCAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAAAGACAACTGCCAGGACACAGAATAGAAAAAGGATGTCAAAG  950

seq1  TTTCCTGACCAGTGCCTGGAGAAAGCACAAGATGGCTGGAGAATTGGAAG  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCCTGACCAGTGCCTGGAGAAAGCAC-AGATGGCTGGAGAA-TGGAAG  998

seq1  GTTCAATGTCTAGAGAACCAGGCTCGAAAGCCCTTTCAGATAGGCCATGA  1049
      | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  G-TCAATGTCTAGAG-ACCAGGCTCG-AAGCCCTTTCAGATAGG-CATGA  1044

seq1  CAAGCATTGTGATGGTAC-TCAGCTCTACATATCTATCTAGCACGTTACC  1098
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  C-AGCATTGTGATGGTACTTCAGCTCTACATATCTATCTAGCACG-TAC-  1091

seq1  AAAATATGCACATTCTTGTACACTGTTAGACAGC-GTGGTGGTGTTTAAT  1147
       |||||||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||| |||  ||
seq2  -AAATATGCACATTCTGTAACACTGTAAGACAGCGGTGGTGGGGTT--AT  1138

seq1  GTCATCAATGTTGCAATTTCAATAGAATAGTGTTCCAGAAGTATGAGTCT  1197
      ||||||||||| |||||||| |||  | |  ||||  | ||| ||| || 
seq2  GTCATCAATGTGGCAATTTC-ATATGAAATGGTTC--GGAGT-TGAATC-  1183

seq1  CAATATCACCAGCTTTAAATG  1218
      ||||||   ||||||||||||
seq2  CAATAT--ACAGCTTTAAATG  1202

seq1: chr18_16875606_16876753
seq2: B6Ng01-107P20.g_66_1207 (reverse)

seq1  CTAAATTCATAGTTAATGCCCTTGCCATTGCTTCTGCCAAGGCGTACACT  50
      ||||||||   ||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||| |
seq2  CTAAATTCTATGTTAATGGCCCTGCCATGGCTTCTG-CAAGGGGTACA-T  48

seq1  GAGCATGTATAGTAGGCATTCAGCACCTTTAACAA-TCACAGGAGTCAGT  99
      ||||||| |||  | ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||
seq2  GAGCATG-ATATGAAGCATTCAGC-CCTTTAACAATTCAC-GAAGTCAGT  95

seq1  CCAGAGGCAGTCAGGACTGGGTGAGATGCGGCCAGATTCCTGATGAAGCT  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACAGTCAGGACTGGGTGAGATGCGGCCAGATTCCTGATGAAGCT  145

seq1  GCAACTCTACGTTTCAGA-TCCAAGACAGCTCCAGATAACCTTCAGCATC  198
      ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTC-ACG-TTCAGATTCCAAGACAGCTCCAGATAACCTTCAGCATC  193

seq1  TGTCACAAACTGGACTTTTATTAAAGCTTTGTTTCTGTCCTCTTAACCAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAAACTGGACTTTTATTAAAGCTTTGTTTCTGTCCTCTTAACCAA  243

seq1  ACTTTGAGGTAACAATGTGAGAAGTCATGGCATAGTGAGGACAGCTCAGC  298
      |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACTTGAGGT-ACAATGTGAGAAGTCATGGCATAGTGA-GACAGCTCAGC  291

seq1  ACACCGTTG-AGTACCTGGTTTGTTAGGCTCTTGTAGATCAACAAGTCAG  347
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGTTGAAGTACCTGGTTTGTTAGGCTCTTGTAGATCAACAAGTCAG  341

seq1  GCTGGACCTTCCACTGAATTCAAGCACTGATTTTGTATAAACAAAACAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACCTTCCACTGAATTCAAGCACTGATTTTGTATAAACAAAACAAA  391

seq1  AATTCACAGAAGTATAAAAGTCCCCCACATTTGTTAATATTTATTATGTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACAGAAGTATAAAAGTCCCCCACATTTGTTAATATTTATTATGTA  441

seq1  CTTATTAGTACTATGTACTAGGACAGTACAAACAGAAATAATTGCTTAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAGTACTATGTACTAGGACAGTACAAACAGAAATAATTGCTTAGA  491

seq1  ATTTAATATGCTTTTGGATGCATGTGGATTACATCAGCCTCAATAACAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATATGCTTTTGGATGCATGTGGATTACATCAGCCTCAATAACAAC  541

seq1  TACGTTAATTAAAAATATAAACAGCAAGACACATGGGGGCAGTGATAAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTTAATTAAAAATATAAACAGCAAGACACATGGGGGCAGTGATAAGC  591

seq1  AGGCAGTTCTGTGCACTGAGTGGTGATTCTAAGACCTCTTAAAGGAAAAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTCTGTGCACTGAGTGGTGATTCTAAGACCTCTTAAAGGAAAAC  641

seq1  AACCTTCCATCCATCTCCAGGATGTCATCCGTGACATATATACAAAGGCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTCCATCCATCTCCAGGATGTCATCCGTGACATATATACAAAGGCT  691

seq1  GAATACGGCCAAGTAGTATTCTCTGAGTCAGTGGCTCTCAACCCTCCTAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACGGCCAAGTAGTATTCTCTGAGTCAGTGGCTCTCAACCCTCCTAA  741

seq1  TACTGTGACCCTTTTATACAGTTCTTCATGTTCTGGCAACCTCCAACCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGACCCTTTTATACAGTTCTTCATGTTCTGGCAACCTCCAACCAT  791

seq1  AAAATTATTTCCCTTGCTACTTCATAACTGTATTTCTGCTGCTGTTATAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATTTCCCTTGCTACTTCATAACTGTATTTCTGCTGCTGTTATAT  841

seq1  AAATATCTGAGTCTTCTGATGGTCTTAGGTGACCCATGTAAAAGTGTGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTGAGTCTTCTGATGGTCTTAGGTGACCCATGTAAAAGTGTGGG  891

seq1  TTGATCCCCCAAAGGGGTGACGACGCACAGATTGAGAACCACTGGTCTAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCCCCAAAGGGGTGACGACGCACAGATTGAGAACCACTGGTCTAG  941

seq1  GAGGACAATAAAGGACCAGAGTTTCCCTGAGGTGGTGTCCACATACATCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAATAAAGGACCAGAGTTTCCCTGAGGTGGTGTCCACATACATCT  991

seq1  GCACTGGTGCCTCCCCATAACCTTCTTCCCACAGAGCATGACTTCTCAGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGTGCCTCCCCATAACCTTCTTCCCACAGAGCATGACTTCTCAGC  1041

seq1  TTCAAAATCACAGACAATATCTATGTTCTTCTCCCAGGTTGCCTTATGCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATCACAGACAATATCTATGTTCTTCTCCCAGGTTGCCTTATGCT  1091

seq1  GCATTCCAGGCTGTGTATGCACATTCCCTGCTAATTCCATAATAAGAATT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCAGGCTGTGTATGCACATTCCCTGCTAATTCCATAATAAGAATT  1141

seq1  C  1148
      |
seq2  C  1142