BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109P15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 75,479,102 - 75,650,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSmad7, Gm672
Upstream geneCcdc11, LOC668124, LOC668126, Myo5b, Acaa2, LOC672799, Lipg, Rpl17, BC031181, Dym, LOC628356, EG667777
Downstream geneZbtb7c, 4833419G08Rik, LOC668184, Smad2, LOC668188
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109P15.bB6Ng01-109P15.g
ACCDH916733DH916734
length1,099933
definitionDH916733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109P15, 5' end.DH916734|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109P15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,649,289 - 75,650,386)(75,479,102 - 75,480,034)
sequence
gaattccatgtgaggtagtatttcagacttttaagagaaaccctaatttt
tgtgtgtgtaagagttgaatgtttgtaggaaatggaaatccacacccccc
ccaacatgagctcgagccccatcttggaaaggccaagccatctggtgtcc
gtagccctccatcaggtatcatggtacctatggtataagtcatcggtact
gtagattgtcaggaaaacaaccatgacagactagtgtcaaaaaaggcaaa
atatttcatatctaaaatatgattttagatcaacaggagtctgtggaaga
ggaagttggctgagaccattacagcagaaagctaatctgcatgaacagaa
ggcagaggccacctgactatctgatggcacctaatatctatgcccagaca
ctccaatgtgtgtacctcatagccacccaagccatccctggggaaaactc
agagcagacgccaattcacactctcagtttctggaataggcgatagtact
ccctgaaagccccaagattgtggatatataaggggtcttgggagctagtg
gttttatcttagtgagaagtgtggcttagggtcctgcatgacagtttgca
tcagatgtgctcagcctgaggaaagttactgtgtccttatcaaagtgtcc
ccagagccaccactatttcctataatggtttaccctaggggagtcaaaaa
cctctggattcttgcctgcagagcctcctgtctatagagtcctgcttctc
tcacaaaaaggcaagtttcaaatcggctgagatgggccagcatgacttgt
tgtggatatgtgtcctgtagtttgactggtaacttcatggagagacagcc
tttctagcagaggagggctgacagcatgggcctcgggtgctatggcattc
ccaggtgagagatgcccaagagggtctccattgaagcatcacccctttgg
agtgaggcctgcccttgtggatctgaagctgccctctctccctctaggat
aggaagtggatgctagagtcatggtgaggagtggttggggtacatcttat
gaactgctggcagaaggacctcagcaaggccaggtgacctgccagagct
gaattccaagactatcacacacagtttcccccacctccaccccaccccca
ccccggcctggaagccaggcttgttacatcatgtttcagagccctgagtc
acttcggatgtctctggctctggccacagaaaggcaagaagcccacagga
gagaagccgtgagcccagccagtctcccacagacccactcagcagctcca
tgtacaggaccaagctattttaggggataagatcaaatgggggggtacca
gttgccccagctacttttgactctgtgctcggggctatttctgtgagggc
acaggctggtgacaccccacgtcaccaagcactccgggtctgaaattaaa
tgtgtctgcctagaagagtgagtgtgaattcctataggatagatggttgc
ctggcaacacagtgtcaaggccaaaacataagccagggcaggatgggtga
cagaaacactcaggtctgcagtgccaagtcaagcctgtgacagtctcaag
agtctgcagaaattaatgtttgctctgggcagctgtgtctctagcataca
catacatacttgcgcacacatgcgcgcacatgtgcacacacacacacaca
cataacctgctagtccctgacccctacatttttctctttttttgtttttt
ttaagggttggggatgttctttgatgatgatgatgatgacgatgacgacg
atgatgatgatttttgatagtatgtagactaggctagccttgaacaccta
gctatccggttgcctctgtctccagagtgctggaattcaaggtgaacacc
accacactgggcttgctgtttggattttgtttgtttgtttgttttgtttg
tttgtttgatccagggtctcactatgtagccaaggctgatctcactcaaa
attcctatctctgaagactaagattattaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_75649289_75650386
seq2: B6Ng01-109P15.b_49_1147 (reverse)

seq1  AGCTCTGGCAGGTCACCTGGCCTTGCTGAGGTCCCTCTGCCCAGCAGTTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AGCTCTGGCAGGTCACCTGGCCTTGCTGAGGTCCTTCTG-CCAGCAGTTC  49

seq1  ATAAGATGTACCCC-ACCACTTCTCA-CATGAACTCTAAGCATCCAATTC  98
      |||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||| |||||||| |||
seq2  ATAAGATGTACCCCAACCACTCCTCACCATG-ACTCT-AGCATCCACTTC  97

seq1  CTATCCTAGAGGGAGAGAGGGCAGCTTCAGATCCACAAGGGCAGGCCTCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTAGAGGGAGAGAGGGCAGCTTCAGATCCACAAGGGCAGGCCTCA  147

seq1  CTCC-AAGGGGTGATGCTTCAATGGAGACCCTCTTGGGCATCTCTCACCT  197
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGGGGTGATGCTTCAATGGAGACCCTCTTGGGCATCTCTCACCT  197

seq1  GGGAATGCCATAGCACCCGAGG-CCATGCTGTCAGCCCTCCTCTGCTAGA  246
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGCCATAGCACCCGAGGCCCATGCTGTCAGCCCTCCTCTGCTAGA  247

seq1  AAGGCTGTCTCTCCATGAAGTTACCAGTCAAACTACAGGACACATATCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGTCTCTCCATGAAGTTACCAGTCAAACTACAGGACACATATCCA  297

seq1  CAACAAGTCATGCTGGCCCATCTCAGCCGATTTGAAACTTGCCTTTTTGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGTCATGCTGGCCCATCTCAGCCGATTTGAAACTTGCCTTTTTGT  347

seq1  GAGAGAAGCAGGACTCTATAGACAGGAGGCTCTGCAGGCAAGAATCCAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGCAGGACTCTATAGACAGGAGGCTCTGCAGGCAAGAATCCAGA  397

seq1  GGTTTTTGACTCCCCTAGGGTAAACCATTATAGGAAATAGTGGTGGCTCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTGACTCCCCTAGGGTAAACCATTATAGGAAATAGTGGTGGCTCT  447

seq1  GGGGACACTTTGATAAGGACACAGTAACTTTCCTCAGGCTGAGCACATCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACACTTTGATAAGGACACAGTAACTTTCCTCAGGCTGAGCACATCT  497

seq1  GATGCAAACTGTCATGCAGGACCCTAAGCCACACTTCTCACTAAGATAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAAACTGTCATGCAGGACCCTAAGCCACACTTCTCACTAAGATAAA  547

seq1  ACCACTAGCTCCCAAGACCCCTTATATATCCACAATCTTGGGGCTTTCAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAGCTCCCAAGACCCCTTATATATCCACAATCTTGGGGCTTTCAG  597

seq1  GGAGTACTATCGCCTATTCCAGAAACTGAGAGTGTGAATTGGCGTCTGCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTACTATCGCCTATTCCAGAAACTGAGAGTGTGAATTGGCGTCTGCT  647

seq1  CTGAGTTTTCCCCAGGGATGGCTTGGGTGGCTATGAGGTACACACATTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTTCCCCAGGGATGGCTTGGGTGGCTATGAGGTACACACATTGG  697

seq1  AGTGTCTGGGCATAGATATTAGGTGCCATCAGATAGTCAGGTGGCCTCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTGGGCATAGATATTAGGTGCCATCAGATAGTCAGGTGGCCTCTG  747

seq1  CCTTCTGTTCATGCAGATTAGCTTTCTGCTGTAATGGTCTCAGCCAACTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGTTCATGCAGATTAGCTTTCTGCTGTAATGGTCTCAGCCAACTT  797

seq1  CCTCTTCCACAGACTCCTGTTGATCTAAAATCATATTTTAGATATGAAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCCACAGACTCCTGTTGATCTAAAATCATATTTTAGATATGAAAT  847

seq1  ATTTTGCCTTTTTTGACACTAGTCTGTCATGGTTGTTTTCCTGACAATCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCCTTTTTTGACACTAGTCTGTCATGGTTGTTTTCCTGACAATCT  897

seq1  ACAGTACCGATGACTTATACCATAGGTACCATGATACCTGATGGAGGGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACCGATGACTTATACCATAGGTACCATGATACCTGATGGAGGGCT  947

seq1  ACGGACACCAGATGGCTTGGCCTTTCCAAGATGGGGCTCGAGCTCATGTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACACCAGATGGCTTGGCCTTTCCAAGATGGGGCTCGAGCTCATGTT  997

seq1  GGGGGGGGTGTGGATTTCCATTTCCTACAAACATTCAACTCTTACACACA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGTGTGGATTTCCATTTCCTACAAACATTCAACTCTTACACACA  1047

seq1  CAAAAATTAGGGTTTCTCTTAAAAGTCTGAAATACTACCTCACATGGAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATTAGGGTTTCTCTTAAAAGTCTGAAATACTACCTCACATGGAAT  1097

seq1  TC  1098
      ||
seq2  TC  1099

seq1: chr18_75479102_75480034
seq2: B6Ng01-109P15.g_68_1000

seq1  GAATTCCAAGACTATCACACACAGTTTCCCCCACCTCCACCCCACCCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGACTATCACACACAGTTTCCCCCACCTCCACCCCACCCCCA  50

seq1  CCCCGGCCTGGAAGCCAGGCTTGTTACATCATGTTTCAGAGCCCTGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGCCTGGAAGCCAGGCTTGTTACATCATGTTTCAGAGCCCTGAGTC  100

seq1  ACTTCGGATGTCTCTGGCTCTGGCCACAGAAAGGCAAGAAGCCCACAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCGGATGTCTCTGGCTCTGGCCACAGAAAGGCAAGAAGCCCACAGGA  150

seq1  GAGAAGCCGTGAGCCCAGCCAGTCTCCCACAGACCCACTCAGCAGCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCCGTGAGCCCAGCCAGTCTCCCACAGACCCACTCAGCAGCTCCA  200

seq1  TGTACAGGACCAAGCTATTTTAGGGGATAAGATCAAATGGGGGGGTACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGGACCAAGCTATTTTAGGGGATAAGATCAAATGGGGGGGTACCA  250

seq1  GTTGCCCCAGCTACTTTTGACTCTGTGCTCGGGGCTATTTCTGTGAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCCCAGCTACTTTTGACTCTGTGCTCGGGGCTATTTCTGTGAGGGC  300

seq1  ACAGGCTGGTGACACCCCACGTCACCAAGCACTCCGGGTCTGAAATTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTGGTGACACCCCACGTCACCAAGCACTCCGGGTCTGAAATTAAA  350

seq1  TGTGTCTGCCTAGAAGAGTGAGTGTGAATTCCTATAGGATAGATGGTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGCCTAGAAGAGTGAGTGTGAATTCCTATAGGATAGATGGTTGC  400

seq1  CTGGCAACACAGTGTCAAGGCCAAAACATAAGCCAGGGCAGGATGGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAACACAGTGTCAAGGCCAAAACATAAGCCAGGGCAGGATGGGTGA  450

seq1  CAGAAACACTCAGGTCTGCAGTGCCAAGTCAAGCCTGTGACAGTCTCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACACTCAGGTCTGCAGTGCCAAGTCAAGCCTGTGACAGTCTCAAG  500

seq1  AGTCTGCAGAAATTAATGTTTGCTCTGGGCAGCTGTGTCTCTAGCATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCAGAAATTAATGTTTGCTCTGGGCAGCTGTGTCTCTAGCATACA  550

seq1  CATACATACTTGCGCACACATGCGCGCACATGTGCACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACTTGCGCACACATGCGCGCACATGTGCACACACACACACACA  600

seq1  CATAACCTGCTAGTCCCTGACCCCTACATTTTTCTCTTTTTTTGTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACCTGCTAGTCCCTGACCCCTACATTTTTCTCTTTTTTTGTTTTTT  650

seq1  TTAAGGGTTGGGGATGTTCTTTGATGATGATGATGATGACGATGACGACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGGTTGGGGATGTTCTTTGATGATGATGATGATGACGATGACGACG  700

seq1  ATGATGATGATTTTTGATAGTATGTAGACTAGGCTAGCCTTGAACACCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATGATTTTTGATAGTATGTAGACTAGGCTAGCCTTGAACACCTA  750

seq1  GCTATCCGGTTGCCTCTGTCTCCAGAGTGCTGGAATTCAAGGTGAACACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCGGTTGCCTCTGTCTCCAGAGTGCTGGAATTCAAGGTGAACACC  800

seq1  ACCACACTGGGCTTGCTGTTTGGATTTTGTTTGTTTGTTTG-TTTGTTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCACACTGGGCTTGCTGTTTGGATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTG  850

seq1  TTTGTTTGATCCAGGGTCTCACTATGTAGCCCAGGCTGATCTCAACTCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TTTGTTTGATCCAGGGTCTCACTATGTAGCCAAGGCTGATCTC-ACTCAA  899

seq1  AATTCCTATCTCTGAAGTACTAAGATTA-TAAGAG  933
      ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  AATTCCTATCTCTGAAG-ACTAAGATTATTAAGAG  933