BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114G15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 61,919,781 - 62,085,483
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAfap1l1, LOC100042738, Ablim3
Upstream geneRps14, LOC667619, Cd74, Tcof1, LOC100042699, Arsi, Camk2a, Slc6a7, Cdx1, Pdgfrb, Csf1r, A630042L21Rik, Slc26a2, Pde6a, EG667279, Ppargc1b, LOC667675, 4933429F08Rik, Csnk1a1, Il17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2
Downstream geneSh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198, 2700046A07Rik, Apcdd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114G15.bB6Ng01-114G15.g
ACCDH919939DH919940
length1,060799
definitionDH919939|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114G15, 5' end.DH919940|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,084,423 - 62,085,483)(61,919,781 - 61,920,579)
sequence
gaattcattgtgatctcttttatttctactggcaacggttatgacaaaaa
ttacccccaccattggctgctcagagctgcctgtttgtggagcttcagtc
atggttcatgacgtccttcaccaggccttcgaagcaggcaaatccacctt
agcgaggcaatctgtggtctgagagatgtctgctatcttctctaaggctt
tatggctcgtaaatggcagaggcggacttcacaaagactctgggagaggg
ttggatgaaataggacccacacgtagttgcctcatcgtgtaaaacttaga
agagagaggactgagagctagccccagttggtaaatcatgtaatcacctt
agaagtataagaacctgactttgtttctcagaacccacagaagataaaag
caggcacaaaggccatgcatttgcaacccctaacatgggggttatatctg
gagctcactgaccagccagcctcgactactgggatagttcaggccagtga
gagaacttgtctcaatcaatcaatcaatcaatcaatcaataaggcaaaat
gaaaacacaaggctcacctttaggactttggctcactgagaaagcacaac
tagatgcttttagcctgcacagagccacattcccatggagaccctaggca
aacacgtgacacagaggcatccccacacagttcagtcaacatgtgtgaga
gctagtgagagggaaccagttcagaaccacagacggcagcctctctggtc
ttaaaggacgtttgtataatattgacgactatgtctcaagcctgaaagtg
gaagcaaagcacctagagtcttatcaaaatgcagactgcatctgcggggg
cgagacagggtcttctgcacttcctaactggctcctctgtgataatctag
gagtagggccacaacctacacccccactccagcgtctgttattcctcctg
tgtggaggacccagtcagcatggtgaacagaggagctgtaggcctcaagg
ttctacccacctctccccactaagggtagctctaacgcttaagacatatt
acctctttca
gaattcaccccacttatgttggatgctcaaaaggcttcctaagtgagggc
gaaaccaggtgcctcactttctaagtatctaggctgcagccggctcacca
gagagcttcatgctgaactttgtttcaaacagacatcgtttgtacactgt
cactgttggggacaggtagcagtgtcatctctctgtggcattaagcatta
acccaacgttggagcaaatgagccaaggttgacaatccagatagggtcac
tgtttcaggaatgttccagtcactgggcactgtggtagccactttccgag
tactttctaattcatccccaccaggctgctgtgagtggtctggcagggag
agccattttccaggatgtccagaggccggtagagctgagggacctgtaca
gcttcaaaggagtgggtgtaacccactgcttcccagctgtggtctccaag
cctgcagaggacgagagagctacaaactcagggcctgagtccccagtgcc
acaggagatgagggtctgggtgagtagcaggctcgcctcgttagagcagg
aacactttaagtttccctagagccaaacttccactgcctggaaggcaatc
tcttccgaaggaatcagagaccttgctggacctgacggacacacgggttt
cagttaagatgatctcaaaacattgctggacatcgtgtgtcaagcgggtt
gctctggggattagcaaaaatagaagagggattatcccagtagaatttat
ttatattctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_62084423_62085483
seq2: B6Ng01-114G15.b_47_1106 (reverse)

seq1  TGAAAGA-GTAATATGTCCTTAAGCGTTAGAGCTACCCTTAGTGGGGAGA  49
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAGGTAATATGT-CTTAAGCGTTAGAGCTACCCTTAGTGGGGAGA  49

seq1  GGTGGGTAGAACCTTGAGGCCTACAGCTCCTCTGTTCACCATGCTGACTG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGTGGGTAGAACCTTGAGGCCTACAGCTCCTCTGTTCACCATGCTGACT-  98

seq1  GGGTCCTCCACACAGGAGGAATAACAGACGCTGGAGTGGGGGTGTAGGTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTCCACACAGGAGGAATAACAGACGCTGGAGTGGGGGTGTAGGTT  148

seq1  GTGGCCCTACTCCTAGATTATCACAGAGGAGCCAGTTAGGAAGTGCAGAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCTACTCCTAGATTATCACAGAGGAGCCAGTTAGGAAGTGCAGAA  198

seq1  GACCCTGTCTCGCCCCCGCAGATGCAGTCTGCATTTTGATAAGACTCTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTCTCGCCCCCGCAGATGCAGTCTGCATTTTGATAAGACTCTAG  248

seq1  GTGCTTTGCTTCCACTTTCAGGCTTGAGACATAGTCGTCAATATTATACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTGCTTCCACTTTCAGGCTTGAGACATAGTCGTCAATATTATACA  298

seq1  AACGTCCTTTAAGACCAGAGAGGCTGCCGTCTGTGGTTCTGAACTGGTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCCTTTAAGACCAGAGAGGCTGCCGTCTGTGGTTCTGAACTGGTTC  348

seq1  CCTCTCACTAGCTCTCACACATGTTGACTGAACTGTGTGGGGATGCCTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCACTAGCTCTCACACATGTTGACTGAACTGTGTGGGGATGCCTCT  398

seq1  GTGTCACGTGTTTGCCTAGGGTCTCCATGGGAATGTGGCTCTGTGCAGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACGTGTTTGCCTAGGGTCTCCATGGGAATGTGGCTCTGTGCAGGC  448

seq1  TAAAAGCATCTAGTTGTGCTTTCTCAGTGAGCCAAAGTCCTAAAGGTGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCATCTAGTTGTGCTTTCTCAGTGAGCCAAAGTCCTAAAGGTGAG  498

seq1  CCTTGTGTTTTCATTTTGCCTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTTTTCATTTTGCCTTATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTG  548

seq1  AGACAAGTTCTCTCACTGGCCTGAACTATCCCAGTAGTCGAGGCTGGCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGTTCTCTCACTGGCCTGAACTATCCCAGTAGTCGAGGCTGGCTG  598

seq1  GTCAGTGAGCTCCAGATATAACCCCCATGTTAGGGGTTGCAAATGCATGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGAGCTCCAGATATAACCCCCATGTTAGGGGTTGCAAATGCATGG  648

seq1  CCTTTGTGCCTGCTTTTATCTTCTGTGGGTTCTGAGAAACAAAGTCAGGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTGCCTGCTTTTATCTTCTGTGGGTTCTGAGAAACAAAGTCAGGT  698

seq1  TCTTATACTTCTAAGGTGATTACATGATTTACCAACTGGGGCTAGCTCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATACTTCTAAGGTGATTACATGATTTACCAACTGGGGCTAGCTCTC  748

seq1  AGTCCTCTCTCTTCTAAGTTTTACACGATGAGGCAACTACGTGTGGGTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCTCTCTTCTAAGTTTTACACGATGAGGCAACTACGTGTGGGTCC  798

seq1  TATTTCATCCAACCCTCTCCCAGAGTCTTTGTGAAGTCCGCCTCTGCCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATCCAACCCTCTCCCAGAGTCTTTGTGAAGTCCGCCTCTGCCAT  848

seq1  TTACGAGCCATAAAGCCTTAGAGAAGATAGCAGACATCTCTCAGACCACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGAGCCATAAAGCCTTAGAGAAGATAGCAGACATCTCTCAGACCACA  898

seq1  GATTGCCTCGCTAAGGTGGATTTGCCTGCTTCGAAGGCCTGGTGAAGGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCCTCGCTAAGGTGGATTTGCCTGCTTCGAAGGCCTGGTGAAGGAC  948

seq1  GTCATGAACCATGACTGAAGCTCCACAAACAGGCAGCTCTGAGCAGCCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGAACCATGACTGAAGCTCCACAAACAGGCAGCTCTGAGCAGCCAA  998

seq1  TGGTGGGGGTAATTTTTGTCATAACCGTTGCCAGTAGAAATAAAAGAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGGGTAATTTTTGTCATAACCGTTGCCAGTAGAAATAAAAGAGAT  1048

seq1  CACAATGAATTC  1061
      ||||||||||||
seq2  CACAATGAATTC  1060

seq1: chr18_61919781_61920579
seq2: B6Ng01-114G15.g_68_866

seq1  GAATTCACCCCACTTATGTTGGATGCTCAAAAGGCTTCCTAAGTGAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCCACTTATGTTGGATGCTCAAAAGGCTTCCTAAGTGAGGGC  50

seq1  GAAACCAGGTGCCTCACTTTCTAAGTATCTAGGCTGCAGCCGGCTCACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAGGTGCCTCACTTTCTAAGTATCTAGGCTGCAGCCGGCTCACCA  100

seq1  GAGAGCTTCATGCTGAACTTTGTTTCAAACAGACATCGTTTGTACACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTCATGCTGAACTTTGTTTCAAACAGACATCGTTTGTACACTGT  150

seq1  CACTGTTGGGGACAGGTAGCAGTGTCATCTCTCTGTGGCATTAAGCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTGGGGACAGGTAGCAGTGTCATCTCTCTGTGGCATTAAGCATTA  200

seq1  ACCCAACGTTGGAGCAAATGAGCCAAGGTTGACAATCCAGATAGGGTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACGTTGGAGCAAATGAGCCAAGGTTGACAATCCAGATAGGGTCAC  250

seq1  TGTTTCAGGAATGTTCCAGTCACTGGGCACTGTGGTAGCCACTTTCCGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGGAATGTTCCAGTCACTGGGCACTGTGGTAGCCACTTTCCGAG  300

seq1  TACTTTCTAATTCATCCCCACCAGGCTGCTGTGAGTGGTCTGGCAGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCTAATTCATCCCCACCAGGCTGCTGTGAGTGGTCTGGCAGGGAG  350

seq1  AGCCATTTTCCAGGATGTCCAGAGGCCGGTAGAGCTGAGGGACCTGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTTCCAGGATGTCCAGAGGCCGGTAGAGCTGAGGGACCTGTACA  400

seq1  GCTTCAAAGGAGTGGGTGTAACCCACTGCTTCCCAGCTGTGGTCTCCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAAGGAGTGGGTGTAACCCACTGCTTCCCAGCTGTGGTCTCCAAG  450

seq1  CCTGCAGAGGACGAGAGAGCTACAAACTCAGGGCCTGAGTCCCCAGTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGAGGACGAGAGAGCTACAAACTCAGGGCCTGAGTCCCCAGTGCC  500

seq1  ACAGGAGATGAGGGTCTGGGTGAGTAGCAGGCTCGCCTCGTTAGAGCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGATGAGGGTCTGGGTGAGTAGCAGGCTCGCCTCGTTAGAGCAGG  550

seq1  AACACTTTAAGTTTCCCTAGAGCCAAACTTCCACTGCCTGGAAGGCAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTAAGTTTCCCTAGAGCCAAACTTCCACTGCCTGGAAGGCAATC  600

seq1  TCTTCCGAAGGAATCAGAGACCTTGCTGGACCTGACGGACACACGGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCGAAGGAATCAGAGACCTTGCTGGACCTGACGGACACACGGGTTT  650

seq1  CAGTTAAGATGATCTCAAAACATTGCTGGACATCGTGTGTCAAGCGGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAGATGATCTCAAAACATTGCTGGACATCGTGTGTCAAGCGGGTT  700

seq1  GCTCTGGGGATTAGCAAAAATAGAAGAGGGATTATCCCAGTAGAATTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGGATTAGCAAAAATAGAAGAGGGATTATCCCAGTAGAATTTAT  750

seq1  TTATATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  799