BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123E24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 83,205,906 - 83,334,986
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneB020010K11Rik, Galr1, Mbp, EG637748, Zfp236, LOC100039563, Zfp516, LOC100041001
Downstream gene4921531P14Rik, LOC665284, Tshz1, Zadh2, LOC669856
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123E24.bB6Ng01-123E24.g
ACCDH926511DH926512
length1,1211,137
definitionDH926511|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123E24, 5' end.DH926512|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123E24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,205,906 - 83,207,017)(83,333,841 - 83,334,986)
sequence
gaattctttccggagttcgacgtcacacttgccatccacacatgcaggtc
catgggaggaagacggtgtgacgagaggagataaccacaacgcatccgtc
ttttcagcttgggtattagactcaggaggattatcagcccagtttctgag
agtccagtgcaccactccatctcagcgaggtgggcattgcagcaagaaca
cagtggtccatttctcaacattcctcaactagggcttgtgaacatctttc
cctggctacattcgccttctagaaatccctccgtggcaccgagttgatag
attgttgacctaccccttgttgatgaagtgtggctgtctccagcaatcta
ctcacagccaagtcagcaagccagcagacaactcgaagtaggagccccag
ccagcacaaccatataatttagccaattaagaaaacaaagcatgtattga
tcatgggatgcaaacagaagatgtggtcttgttgttgagttcagaaagtc
catgattggtgatctcttcctataaggtgatggcgcaatgattcaatgac
attcttaaaacttccagtaaatttccatcatttcaaatcctacagaggcc
attaaatcaagcctgatttggatgtgaaaattttttttctcctgtacaga
agcccacaaatgggatcagatggtcaaggtagctcgagtaagtagcaact
attaattttattgaaaagactgcccccaatggatgggtctcatttgaaag
ggttaaccagcatcccgctaatggaaacgctatcacaagacaaagagata
gagtttaatgcgccctgccttgaattcagagttcatgtatagtctagagt
aaaggctaaatgtatttacagtgctctgccatggaagaccaggttctgct
gaagggtgtgtaaattgggggctaattagaggttctgggatcttgcgtgc
cttggagggttataacccaagccctcctgactatgggagtgaggaggtag
cccggccaccttctgaatgacagtgagtgcaaggcgtttgcatgcaaagt
aaccttctcataaatgacccctgcctctttttttcttcaccatctgacaa
gaatgagagggtgggaggggg
gaattcttcttccagctctcctgtcctccacgctcagggtagctccttca
cactccaaaccctgacctgcatgtcagggagcatgttagggagcgagtgg
cccagtcagtgcctccccttggaccacatgattgagatcagtgtagcctt
tacatctaccagttttgtacactttggggacattgagcagtagcaagtac
caacgacacatgcttttagcagaaaggttccctgctttaggggcgtttac
accagactcagagagtccaagatggcttccatgatgaagaaagatgcttg
tctagagccccaaaatgtgaggaaggattagcaaggttgaaagggcagga
aggcggtgcgataagagggtgcctggagtatggacagcagtgaaaataaa
ttttagctaatggtggaagcaatcttggcccagcttggccagaatacatc
cccacaggagagggtataaccttgccccgagcctctttgggtgtgtgtaa
tgtcactcagggttcaaaggcattatttaaacggatcctcaaagcattgg
tgtcgagggacagaattgccatagacactatgcatgcacaattagaccaa
ggacacctttcttaattagacctgaagctcttcgtttattttattttatt
tgagtaaaagtcaatgtttagcctcaagtgcaatggcacttctcgtgcat
tttttcaagtgctattcaaatgcttggacagggatgctgacagtttccta
tcttgatgacatgactgggaacttgacccaaggagtgtacatcaaccact
tgaggactgtacaagttatccaggtggcactgagtgcaagaactggtagc
ccacaggacaagttccaactgtggttgcttcctgcatgccactccttgcc
ttctacagaaccttgggtcctacaactgtcactcagtgggcaaaatctca
gtagctaaaaatatgaataacttgatgagttcttcttgtcctacgcgcac
tgatgattggatattggtgtgcccttttggaaccccactactcagtcctc
tttcaagttcacacccctcattttgtcattgtaagatcctgtaacactgg
aatatttacactagaaatagatcgtccatattaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_83205906_83207017
seq2: B6Ng01-123E24.b_40_1160

seq1  GAATTCTTTCCGGAGTTCGACGTCACACTTGCCATCCACACATGCAGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCGGAGTTCGACGTCACACTTGCCATCCACACATGCAGGTC  50

seq1  CATGGGAGGAAGACGGTGTGACGAGAGGAGATAACCACAACGCATCCGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAGGAAGACGGTGTGACGAGAGGAGATAACCACAACGCATCCGTC  100

seq1  TTTTCAGCTTGGGTATTAGACTCAGGAGGATTATCAGCCCAGTTTCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGCTTGGGTATTAGACTCAGGAGGATTATCAGCCCAGTTTCTGAG  150

seq1  AGTCCAGTGCACCACTCCATCTCAGCGAGGTGGGCATTGCAGCAAGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGTGCACCACTCCATCTCAGCGAGGTGGGCATTGCAGCAAGAACA  200

seq1  CAGTGGTCCATTTCTCAACATTCCTCAACTAGGGCTTGTGAACATCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTCCATTTCTCAACATTCCTCAACTAGGGCTTGTGAACATCTTTC  250

seq1  CCTGGCTACATTCGCCTTCTAGAAATCCCTCCGTGGCACCGAGTTGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTACATTCGCCTTCTAGAAATCCCTCCGTGGCACCGAGTTGATAG  300

seq1  ATTGTTGACCTACCCCTTGTTGATGAAGTGTGGCTGTCTCCAGCAATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGACCTACCCCTTGTTGATGAAGTGTGGCTGTCTCCAGCAATCTA  350

seq1  CTCACAGCCAAGTCAGCAAGCCAGCAGACAACTCGAAGTAGGAGCCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGCCAAGTCAGCAAGCCAGCAGACAACTCGAAGTAGGAGCCCCAG  400

seq1  CCAGCACAACCATATAATTTAGCCAATTAAGAAAACAAAGCATGTATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACAACCATATAATTTAGCCAATTAAGAAAACAAAGCATGTATTGA  450

seq1  TCATGGGATGCAAACAGAAGATGTGGTCTTGTTGTTGAGTTCAGAAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGATGCAAACAGAAGATGTGGTCTTGTTGTTGAGTTCAGAAAGTC  500

seq1  CATGATTGGTGATCTCTTCCTATAAGGTGATGGCGCAATGATTCAATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTGGTGATCTCTTCCTATAAGGTGATGGCGCAATGATTCAATGAC  550

seq1  ATTCTTAAAACTTCCAGTAAATTTCCATCATTTCAAATCCTACAGAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAAAACTTCCAGTAAATTTCCATCATTTCAAATCCTACAGAGGCC  600

seq1  ATTAAATCAAGCCTGATTTGGATGTGAAAATTTTTTTTCTCCTGTACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATCAAGCCTGATTTGGATGTGAAAATTTTTTTTCTCCTGTACAGA  650

seq1  AGCCCACAAATGGGATCAGATGGTCAAGGTAGCTCGAGTAAGTAGCAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAAATGGGATCAGATGGTCAAGGTAGCTCGAGTAAGTAGCAACT  700

seq1  ATTAATTTTATTGAAAAGACTGCCCCCAATGGATGGGTCTCATTTGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTTATTGAAAAGACTGCCCCCAATGGATGGGTCTCATTTGAAAG  750

seq1  GGTTAACCAGCATCCCGCTAATGGAAACGCTATCACAAGACAAAGAGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAACCAGCATCCCGCTAATGGAAACGCTATCACAAGACAAAGAGATA  800

seq1  GAGTTTAATGCGCCCTGCCTTGAATTCAGAGTTCATGTATAGTCTAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTAATGCGCCCTGCCTTGAATTCAGAGTTCATGTATAGTCTAGAGT  850

seq1  AAAGGCTAAATGTATTTACAGTGCTCTGCCATGGAAGACCAGGTTCTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTAAATGTATTTACAGTGCTCTGCCATGGAAGACCAGGTTCTGCT  900

seq1  GAAGGGTGTGTAAATTGGGGGCTAATTAGAGGTTCTGGGATCTTGCGTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTGTGTAAATTGGGGGCTAATTAGAGGTTCTGGGATCTTGCGTGC  950

seq1  CTTGGAGGGTTATAACCCAAGCCCTCCTGACTATGGGAGTGAGGAGGTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGGGTTATAACCCAAGCCCTCCTGACTATGGGAGTGAGGAGGTAG  1000

seq1  -CCGGCCACCTTCTGAATGACAGTGAGTGC-AGGCGTTTTGCATGCAAAG  1048
       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CCCGGCCACCTTCTGAATGACAGTGAGTGCAAGGCG-TTTGCATGCAAAG  1049

seq1  TAACC-TCTCATAAATGA-CCCTG-CTC-TTTTCTCTTCA-CATCTGACA  1093
      ||||| |||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| |||||||||
seq2  TAACCTTCTCATAAATGACCCCTGCCTCTTTTTTTCTTCACCATCTGACA  1099

seq1  GTAAT--GAGGGT-GGAGGGGG  1112
        |||  |||||| ||||||||
seq2  AGAATGAGAGGGTGGGAGGGGG  1121

seq1: chr18_83333841_83334986
seq2: B6Ng01-123E24.g_64_1200 (reverse)

seq1  AACTTAATATTGGCAAATCTATTTTCTGATGTATATATTCTCAGGTGTTT  50
      ||||||||| |||   ||||| |||||  |||| |||||| || ||| ||
seq2  AACTTAATA-TGGACGATCTA-TTTCTAGTGTAAATATTC-CA-GTG-TT  45

seq1  ACAGAATC-TACAAATTGACAAAATTGAGGGTGTTGAACTTGAAAGAGGA  99
      |||| ||| |||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||
seq2  ACAGGATCTTACAA--TGACAAAA-TGAGGGGTGTGAACTTGAAAGAGGA  92

seq1  CTGA-TTGTGGGGTCCAAAAAGGGCCACA-CAATATTCAATCACCAGTGC  147
      |||| | ||||||| | ||||||| |||| |||||| |||||| ||||||
seq2  CTGAGTAGTGGGGTTCCAAAAGGG-CACACCAATATCCAATCATCAGTGC  141

seq1  GCGTAGGACAAGAAAGACTCATCCAAAGTTATTCATATTTTTAGCTACTG  197
      ||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCGTAGGACAAGAAGAACTCATC--AAGTTATTCATATTTTTAGCTACT-  188

seq1  GAGATTTTGCCCAACTGAGTGACAGTTGGTAGGACCCAAGGTTCTGTAGA  247
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTTGCCC-ACTGAGTGACAGTT-GTAGGACCCAAGGTTCTGTAGA  236

seq1  AGGCA--GAGTGGCATGCAGGAAGCAACCACAGTTGGAAACTGTCCTGTG  295
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  AGGCAAGGAGTGGCATGCAGGAAGCAACCACAGTTGGAACTTGTCCTGTG  286

seq1  GGCTA-CAGGTCCTGCACTCAGTGCCACCTGGAT-ACTTGTACAGTCCCT  343
      ||||| ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  GGCTACCAGTTCTTGCACTCAGTGCCACCTGGATAACTTGTACAGTCC--  334

seq1  TCAAGTGGTTGATGTACACTCCTTGGGTCAAGGTCCCAGTCATGTCATCA  393
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGGTTGATGTACACTCCTTGGGTCAAGTTCCCAGTCATGTCATCA  384

seq1  AGATAGGAAACTGTCAGCATCCCTGTCCAAGCATTTGAATAGCACTTGAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAAACTGTCAGCATCCCTGTCCAAGCATTTGAATAGCACTTGAA  434

seq1  AAAATGCACGAGAAGTGCCATTGCACTTGAGGCTAAACATTGACTTTTAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCACGAGAAGTGCCATTGCACTTGAGGCTAAACATTGACTTTTAC  484

seq1  TCAAATAAAATAAAATAAACGAAGAGCTTCAGGTCTAATTAAGAAAGGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATAAAATAAAATAAACGAAGAGCTTCAGGTCTAATTAAGAAAGGTG  534

seq1  TCCTTGGTCTAATTGTGCATGCATAGTGTCTATGGCAATTCTGTCCCTCG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGTCTAATTGTGCATGCATAGTGTCTATGGCAATTCTGTCCCTCG  584

seq1  ACACCAATGCTTTGAGGATCCGTTTAAATAATGCCTTTGAACCCTGAGTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAATGCTTTGAGGATCCGTTTAAATAATGCCTTTGAACCCTGAGTG  634

seq1  ACATTACACACACCCAAAGAGGCTCGGGGCAAGGTTATACCCTCTCCTGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTACACACACCCAAAGAGGCTCGGGGCAAGGTTATACCCTCTCCTGT  684

seq1  GGGGATGTATTCTGGCCAAGCTGGGCCAAGATTGCTTCCACCATTAGCTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGTATTCTGGCCAAGCTGGGCCAAGATTGCTTCCACCATTAGCTA  734

seq1  AAATTTATTTTCACTGCTGTCCATACTCCAGGCACCCTCTTATCGCACCG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATTTTCACTGCTGTCCATACTCCAGGCACCCTCTTATCGCACCG  784

seq1  CCTTCCTGCCCTTTCAACCTTGCTAATCCTTCCTCACATTTTGGGGCTCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGCCCTTTCAACCTTGCTAATCCTTCCTCACATTTTGGGGCTCT  834

seq1  AGACAAGCATCTTTCTTCATCATGGAAGCCATCTTGGACTCTCTGAGTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGCATCTTTCTTCATCATGGAAGCCATCTTGGACTCTCTGAGTCT  884

seq1  GGTGTAAACGCCCCTAAAGCAGGGAACCTTTCTGCTAAAAGCATGTGTCG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAAACGCCCCTAAAGCAGGGAACCTTTCTGCTAAAAGCATGTGTCG  934

seq1  TTGGTACTTGCTACTGCTCAATGTCCCCAAAGTGTACAAAACTGGTAGAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACTTGCTACTGCTCAATGTCCCCAAAGTGTACAAAACTGGTAGAT  984

seq1  GTAAAGGCTACACTGATCTCAATCATGTGGTCCAAGGGGAGGCACTGACT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGCTACACTGATCTCAATCATGTGGTCCAAGGGGAGGCACTGACT  1034

seq1  GGGCCACTCGCTCCCTAACATGCTCCCTGACATGCAGGTCAGGGTTTGGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACTCGCTCCCTAACATGCTCCCTGACATGCAGGTCAGGGTTTGGA  1084

seq1  GTGTGAAGGAGCTACCCTGAGCGTGGAGGACAGGAGAGCTGGAAGAAGAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGGAGCTACCCTGAGCGTGGAGGACAGGAGAGCTGGAAGAAGAA  1134

seq1  TTC  1146
      |||
seq2  TTC  1137