BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133N10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 68,525,186 - 68,740,384
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMc2r
Upstream geneCidea, Tubb6, Afg3l2, Slmo1, Spire1, Cep76, Tnfsf5ip1, Ptpn2, Seh1l, LOC667939, D18Ertd653e, 4933403F05Rik, Rnmt, Mc5r
Downstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133N10.bB6Ng01-133N10.g
ACCDH934286DH934287
length5641,128
definitionDH934286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133N10, 5' end.DH934287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,525,186 - 68,525,755)(68,739,236 - 68,740,384)
sequence
tctcagtttgtgttttacttattgcttctgtttctattttcagttcttga
acagttttattcattttcttcacctgtttgattgtattttcctgtattta
tttaggagatttactcatttcctctttaaagccctctatcatcattataa
gattagatttaatgtcatcttctgctttggctgtgttaggatattcaggg
attgctgtagcaggatagctggggtctggtggttctctattgttggctct
tgttgactgtgttcctacattgttctttagccatctgttttttttttttt
ttctttctggtgttggctggatattcctgatgccaggaggactcttcagg
gaggaaggcagagtcatgagcctgacagtggatctcagggaacagcatgc
tgctcacttctgctggctgtgcccaggtggactcagcaggtagggaattg
gtgggggagaggtctatcctgggtgttcctggggccccactggcctcctt
gggaaagcagagagagccatgggccagatgacaccctgttgaagttttaa
tcttgggtggtgtg
gaattcacagaagggaataaccctaaaccctgaccatgtctccatccttg
ccttctacacaaaggtgtgtgcggcaagcacacacatgcacatacacaca
tatacatacacacagacacacacacacagagacacagagctacacgatct
cacacacattttgtttgttcttttagttttgttctgtttggcttttagac
acagggtttatctgtgtagccctggctgtcctggaactcactatgtagac
caggatggcctcaaactcacagagatccacctgcctctgcctccaggttg
ctggaattaaaggcgtgcgccaccataagctcacactcattcatatacat
acactctttcacacagactccttcacatacctacacacccttacatactt
caaagcatagccactaaaacacttactgacaccctcacacggtcacatca
gtctcccacacactcacacaccctaccacaccccacacttgttcacactc
tccctcactgactttcacactccttcacacattacgatatgttcccacac
ccctataccaacactcattcatatgtgttcatatatctttagatccactt
gaaggcccctagttcatgacttccctaatcattttaggagataagaaagg
gaaattttcttagagagtattgcagaccccatccttggggacccaaacgg
aggcaaataagaaataacaggaaagaagagtcacgataaggtggggccag
cattaattctcgctcgggggcccttcctatactacccaatgtctgagctt
gcaactaccaccagcactagaatttctcaatttctaagagtacagttacc
actggctctaaggtaagatgttttataaatacaagggaaagaatgctggg
gtcacacattaggtagcatggcaatacatactatatccccataaaaccat
ccaggctaccacacatatgcaccaggggcttctctggttattaaatagca
tcactcatacataagtataaacaaacaacaacagcttgtgtcactgaatt
tgtgaccaccctgaatcaatgtcagtgaccccagcatcaagagaatcact
gttctatcttagaaagattttattcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_68525186_68525755
seq2: B6Ng01-133N10.b_47_616

seq1  GAATTCTCTCAGTTTGTGTTTTACTTATTGCTTCTGTTTCTATTTTCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCAGTTTGTGTTTTACTTATTGCTTCTGTTTCTATTTTCAGT  50

seq1  TCTTGAACAGTTTTATTCATTTTCTTCACCTGTTTGATTGTATTTTCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAACAGTTTTATTCATTTTCTTCACCTGTTTGATTGTATTTTCCTG  100

seq1  TATTTATTTAGGAGATTTACTCATTTCCTCTTTAAAGCCCTCTATCATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTAGGAGATTTACTCATTTCCTCTTTAAAGCCCTCTATCATCA  150

seq1  TTATAAGATTAGATTTAATGTCATCTTCTGCTTTGGCTGTGTTAGGATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGATTAGATTTAATGTCATCTTCTGCTTTGGCTGTGTTAGGATAT  200

seq1  TCAGGGATTGCTGTAGCAGGATAGCTGGGGTCTGGTGGTTCTCTATTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATTGCTGTAGCAGGATAGCTGGGGTCTGGTGGTTCTCTATTGTT  250

seq1  GGCTCTTGTTGACTGTGTTCCTACATTGTTCTTTAGCCATCTGTTTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTGTTGACTGTGTTCCTACATTGTTCTTTAGCCATCTGTTTTTTT  300

seq1  TTTTTTTTCTTTCTGGTGTTGGCTGGATATTCCTGATGCCAGGAGGACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCTTTCTGGTGTTGGCTGGATATTCCTGATGCCAGGAGGACTC  350

seq1  TTCAGGGAGGAAGGCAGAGTCATGAGCCTGACAGTGGATCTCAGGGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGAGGAAGGCAGAGTCATGAGCCTGACAGTGGATCTCAGGGAACA  400

seq1  GCATGCTGCTCACTTCTGCTGGCTGTGCCCAGGTGGACTCAGCAGGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTGCTCACTTCTGCTGGCTGTGCCCAGGTGGACTCAGCAGGTAGG  450

seq1  GAATTGGTGGGGGAGAGGTCTATCCTGGGTGTTCCTGGGGCCCCACTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGTGGGGGAGAGGTCTATCCTGGGTGTTCCTGGGGCCCCACTGGC  500

seq1  CTCCTTGGGAAAGCAGAGAGAGCCATGGGCCAGATGACACCCTGTTGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGGGAAAGCAGAGAGAGCCATGGGCCAGATGACACCCTGTTGAAG  550

seq1  TTTTAATCTTGGGTGGTGTG  570
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATCTTGGGTGGTGTG  570

seq1: chr18_68739236_68740384
seq2: B6Ng01-133N10.g_68_1195 (reverse)

seq1  ACTGAAATAAAATCCTTTCTAAGGATAGGACAGTGATTTCTCTTTGAATG  50
      |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||   |||
seq2  ACTG-AATAAAAT-CTTTCTAA-GATAGAACAGTGA-TTCTCTT--GATG  44

seq1  CTGGTGTCACTGACATTGTATTCAGGGTGGTCACATATTTCAAGTGACAC  100
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||   ||||||||
seq2  CTGGGGTCACTGACATTG-ATTCAGGGTGGTCACAAATT--CAGTGACAC  91

seq1  AAAGCTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATACTTTATGTATTGAGTTGATGCTA  150
       ||||||||   ||||||||||  |||| ||||||| |||| ||||||||
seq2  -AAGCTGTT--GTTGTTTGTTT--ATAC-TTATGTA-TGAG-TGATGCTA  133

seq1  TTTAAATAACCAGAGAAGCCCCTGGTGCATATGTGTGGTAGCCTGGATGG  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-AATAACCAGAGAAGCCCCTGGTGCATATGTGTGGTAGCCTGGATGG  182

seq1  TTTTTATGGGGGATATAGTATGTATTTGCCATGCTACCTAATGTGTGACC  250
       |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTAT-GGGGATATAGTATGTA-TTGCCATGCTACCTAATGTGTGACC  229

seq1  CCAGCATTCTTTCCCTTGTATTTATAAAACATCTTACCTTAGAGCCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATTCTTTCCCTTGTATTTATAAAACATCTTACCTTAGAGCCAGTG  279

seq1  GTAACTGTACTCTTAGAAATTGAGAAATTCTAGTGCTGGTGGTAGTTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGTACTCTTAGAAATTGAGAAATTCTAGTGCTGGTGGTAGTTGCA  329

seq1  AGCTCAGACATTGGGTAGTATAGGAAGGGCCCCCGAGCGAGAATTAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGACATTGGGTAGTATAGGAAGGGCCCCCGAGCGAGAATTAATGC  379

seq1  TGGCCCCACCTTATCGTGACTCTTCTTTCCTGTTATTTCTTATTTGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCACCTTATCGTGACTCTTCTTTCCTGTTATTTCTTATTTGCCTC  429

seq1  CGTTTGGGTCCCCAAGGATGGGGTCTGCAATACTCTCTAAGAAAATTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGGGTCCCCAAGGATGGGGTCTGCAATACTCTCTAAGAAAATTTCC  479

seq1  CTTTCTTATCTCCTAAAATGATTAGGGAAGTCATGAACTAGGGGCCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTATCTCCTAAAATGATTAGGGAAGTCATGAACTAGGGGCCTTCA  529

seq1  AGTGGATCTAAAGATATATGAACACATATGAATGAGTGTTGGTATAGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATCTAAAGATATATGAACACATATGAATGAGTGTTGGTATAGGGG  579

seq1  TGTGGGAACATATCGTAATGTGTGAAGGAGTGTGAAAGTCAGTGAGGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAACATATCGTAATGTGTGAAGGAGTGTGAAAGTCAGTGAGGGAG  629

seq1  AGTGTGAACAAGTGTGGGGTGTGGTAGGGTGTGTGAGTGTGTGGGAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAACAAGTGTGGGGTGTGGTAGGGTGTGTGAGTGTGTGGGAGACT  679

seq1  GATGTGACCGTGTGAGGGTGTCAGTAAGTGTTTTAGTGGCTATGCTTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGACCGTGTGAGGGTGTCAGTAAGTGTTTTAGTGGCTATGCTTTGA  729

seq1  AGTATGTAAGGGTGTGTAGGTATGTGAAGGAGTCTGTGTGAAAGAGTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTAAGGGTGTGTAGGTATGTGAAGGAGTCTGTGTGAAAGAGTGTA  779

seq1  TGTATATGAATGAGTGTGAGCTTATGGTGGCGCACGCCTTTAATTCCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGAATGAGTGTGAGCTTATGGTGGCGCACGCCTTTAATTCCAGC  829

seq1  AACCTGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCATCCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCATCCTGG  879

seq1  TCTACATAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGATAAACCCTGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGATAAACCCTGTG  929

seq1  TCTAAAAGCCAAACAGAACAAAACTAAAAGAACAAACAAAATGTGTGTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGCCAAACAGAACAAAACTAAAAGAACAAACAAAATGTGTGTGA  979

seq1  GATCGTGTAGCTCTGTGTCTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGTGTAGCTCTGTGTCTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATAT  1029

seq1  GTGTGTATGTGCATGTGTGTGCTTGCCGCACACACCTTTGTGTAGAAGGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTGCATGTGTGTGCTTGCCGCACACACCTTTGTGTAGAAGGC  1079

seq1  AAGGATGGAGACATGGTCAGGGTTTAGGGTTATTCCCTTCTGTGAATTC  1149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGGAGACATGGTCAGGGTTTAGGGTTATTCCCTTCTGTGAATTC  1128