BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136P21
Chromosome18 (Build37)
Map Location 85,574,182 - 85,754,962
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik, Cyb5, Fbxo15, 1700034H14Rik, LOC100039765
Downstream geneLOC665382, LOC545269, LOC545270, LOC665402, Neto1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136P21.bB6Ng01-136P21.g
ACCDH936623DH936624
length1,2001,086
definitionDH936623|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136P21, 5' end.DH936624|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136P21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,574,182 - 85,575,386)(85,753,870 - 85,754,962)
sequence
gaattctttagtgatgccctgggttggagtctcccacactcttgtaacac
agcacccatgatcttgtaagtagccaccagaaattcacaggttcaccaaa
atagccttaagcagaatcatttctttggtctgaggtcaattctctttctg
gggtgaatagagtgttgtttatgtctttccaggaaaagtcacaataacat
atgtgataaacatgtgtaaaatggaagctggtatctatctctttggaagg
tgtgatgggtatataatatgactactgcaagttagcctatggtctgactt
cagagaaaccatccagatctaggccatgggttccaatgctgcagcgagat
gctcaggtcctgcaatggaagtggatgaggtagagggtcctcatgtcaac
tagagcaattgcaaccatagtaaaacactctctagttcaacttaactgtt
ttggaaaaagtttccccccaaaatgacactcaaagacaggatttctctac
taaaaagccaatgctttagaaaggctgtactttctagacctacaaaaaag
aatttaaaaaagtattttgtctgtgatgaggttacctctaccccctaatg
cctaagaagaaagaaaatgattagctacaaccctatcctgaaacttctag
tgaaagttttataactataggttcagaacagttgttccaactttccctgg
ttattacaatctcataaagtaccatccaactatggttggtcctcaaaaac
attttagattcttagtagaagcacatcaatttcttagcaccttgtgctgg
cttacctacccaatggatcactgactatttaaatcaatgtgtatgtctct
cagcagatgtgtgaaactggggttaattgtttaaacacaaggcatgttgc
tgcttataattggctctggttcttagctacacagaacaagtcagacagag
tctggagcagcagaatacagagacacttgataaaggtactcagttcacag
accgcaaacctatttctgctggtgtgctaatgtaatgtgtcctagcaggc
agccttgtggggtggagaatgccatgcatagtaggttctgatgcctgatg
tctttctcattaggatgttcctaagcctcgtgagctaaggaaccatgctt
tgagtctgtctcacggatcctacatggtcatgcatgatgtgccaggagcc

gaattctgtgggagaataggcttagatgggaaggacagccaatgaaagga
gggagaagagaaagaatcacccaacttaaattagtttttgtcaggaattt
gagcactgagaggcaactgtaatgcagtagacggtcctacccacccatgc
acatacaggcagcattaactgtgctcagtggtattgactaggggacaggg
gcatgaagttggaagcaaaagtgatggagagaataatagaggaatcagaa
ggaaaggagtgtgagatgaatttgcttaaacacattatatacatgaatga
atgatgaataagacactttgaaagttaaaaaaatcaatactatattgttt
taaaatcacaagaaagaaaatgtagaaaaatccagtatagaaatctgttg
ctttacgacataatattaaaaataaaatattttaaaattatatatactca
taaatatatcatacaggtaaaacctttcaaacataatcacatagtgagtc
tgagccatgggctgctctaaacaacaggcatggcactagctacaaaattg
gagttgtggatccagaccttacttgccaattgcagtgttctcccatgatg
catgctgctcattatcacactatgggttacagaaagcccaatggtaagtt
tgctgctttttcttgataatgtggaattgaatgttgagttcttgtacaga
agtggagactaaaaatgctgatcgattggtcagtgatgtagagtcataat
gtgaggtctagagtcaaactatcttgcagtgtctgtagccctcttaacag
ccgtgaatttccttctctatatgtggcctatcatcactgtgatgcttaga
caaatccactcaatgtaaaacagatctccagtttccaccacccaaaattt
tgaccaacaattctgccaggtaccatcagaggcctacagtacttctccag
atctccatgacctggctagttgattttttttaccagtgtatgggaagttg
tattaatttacatgtttctttgaaatgtttctacaaacttcatggaacta
tctcccactattgacatggtacccaagtaattgggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_85574182_85575386
seq2: B6Ng01-136P21.b_48_1247

seq1  GAATTCTTTAGTGATGCCCTGGGTTGGAGTCTCCCACACTCTTGTAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGTGATGCCCTGGGTTGGAGTCTCCCACACTCTTGTAACAC  50

seq1  AGCACCCATGATCTTGTAAGTAGCCACCAGAAATTCACAGGTTCACCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCATGATCTTGTAAGTAGCCACCAGAAATTCACAGGTTCACCAAA  100

seq1  ATAGCCTTAAGCAGAATCATTTCTTTGGTCTGAGGTCAATTCTCTTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTTAAGCAGAATCATTTCTTTGGTCTGAGGTCAATTCTCTTTCTG  150

seq1  GGGTGAATAGAGTGTTGTTTATGTCTTTCCAGGAAAAGTCACAATAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAATAGAGTGTTGTTTATGTCTTTCCAGGAAAAGTCACAATAACAT  200

seq1  ATGTGATAAACATGTGTAAAATGGAAGCTGGTATCTATCTCTTTGGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATAAACATGTGTAAAATGGAAGCTGGTATCTATCTCTTTGGAAGG  250

seq1  TGTGATGGGTATATAATATGACTACTGCAAGTTAGCCTATGGTCTGACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGGTATATAATATGACTACTGCAAGTTAGCCTATGGTCTGACTT  300

seq1  CAGAGAAACCATCCAGATCTAGGCCATGGGTTCCAATGCTGCAGCGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAACCATCCAGATCTAGGCCATGGGTTCCAATGCTGCAGCGAGAT  350

seq1  GCTCAGGTCCTGCAATGGAAGTGGATGAGGTAGAGGGTCCTCATGTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGTCCTGCAATGGAAGTGGATGAGGTAGAGGGTCCTCATGTCAAC  400

seq1  TAGAGCAATTGCAACCATAGTAAAACACTCTCTAGTTCAACTTAACTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAATTGCAACCATAGTAAAACACTCTCTAGTTCAACTTAACTGTT  450

seq1  TTGGAAAAAGTTTCCCCCCAAAATGACACTCAAAGACAGGATTTCTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAAAGTTTCCCCCCAAAATGACACTCAAAGACAGGATTTCTCTAC  500

seq1  TAAAAAGCCAATGCTTTAGAAAGGCTGTACTTTCTAGACCTACAAAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGCCAATGCTTTAGAAAGGCTGTACTTTCTAGACCTACAAAAAAG  550

seq1  AATTTAAAAAAGTATTTTGTCTGTGATGAGGTTACCTCTACCCCCTAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAAAAGTATTTTGTCTGTGATGAGGTTACCTCTACCCCCTAATG  600

seq1  CCTAAGAAGAAAGAAAATGATTAGCTACAACCCTATCCTGAAACTTCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAAGAAAGAAAATGATTAGCTACAACCCTATCCTGAAACTTCTAG  650

seq1  TGAAAGTTTTATAACTATAGGTTCAGAACAGTTGTTCCAACTTTCCCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTTTATAACTATAGGTTCAGAACAGTTGTTCCAACTTTCCCTGG  700

seq1  TTATTACAATCTCATAAAGTACCATCCAACTATGGTTGGTCCTCAAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACAATCTCATAAAGTACCATCCAACTATGGTTGGTCCTCAAAAAC  750

seq1  ATTTTAGATTCTTAGTAGAAGCACATCAATTTCTTAGCACCTTGTGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGATTCTTAGTAGAAGCACATCAATTTCTTAGCACCTTGTGCTGG  800

seq1  CTTACCTACCCAATGGATCACTGACTATTTAAATCAATGTGTATGTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTACCCAATGGATCACTGACTATTTAAATCAATGTGTATGTCTCT  850

seq1  CAGCAGATGTGTGAAACTGGGGTTAATTGTTTAAACACAAGGCATGTTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGATGTGTGAAACTGGGGTTAATTGTTTAAACACAAGGCATGTTGC  900

seq1  TGCTTATAATTGGCTCTGGTTCTTAGCTACACAGAACAAGTCAGACAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATAATTGGCTCTGGTTCTTAGCTACACAGAACAAGTCAGACAGAG  950

seq1  TCTGGAGCAGCAGAATACAGAGACACTTGATAAAGGTACTCAGTTCACAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGCAGCAGAATACAGAGACACTTGATAAAGGTACTCAGTTCACAG  1000

seq1  ACCGCAAAACCTA-TTCTGCT-GTGTGCTAATGTAATGTGTCCTAGCAGG  1048
      ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGC-AAACCTATTTCTGCTGGTGTGCTAATGTAATGTGTCCTAGCAGG  1049

seq1  CAGCC---TGTGGTGGAGATTGCCATGCATAGTAGGTTCTGATGCCTGAT  1095
      |||||   || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGTGGGGTGGAGAATGCCATGCATAGTAGGTTCTGATGCCTGAT  1099

seq1  GTCTTTCTCATTAGGATG-TCCTAAGCCTCGTGAGCTTAGAGAACCATGC  1144
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  GTCTTTCTCATTAGGATGTTCCTAAGCCTCGTGAGCTAAG-GAACCATGC  1148

seq1  TTTGATGTCTGGCTCACTGTAAATCCTTATCAATGGTCATGCATGATGTG  1194
      ||||| ||||| ||||| |   ||||   |  ||||||||||||||||||
seq2  TTTGA-GTCTGTCTCACGG---ATCC---TACATGGTCATGCATGATGTG  1191

seq1  GCCCAGGAGCC  1205
        |||||||||
seq2  --CCAGGAGCC  1200

seq1: chr18_85753870_85754962
seq2: B6Ng01-136P21.g_66_1151 (reverse)

seq1  ACCCAATTACTGTGGGTTACCATGTTCATAAGTGGAGATAGTTCCATGAA  50
      ||||||||||| |||| ||||||||  |||   |||||||||||||||||
seq2  ACCCAATTACT-TGGG-TACCATGTCAATAGTGGGAGATAGTTCCATGAA  48

seq1  GTTTTGTAGAAACATTTCAAAGAACATTGTAAATTAATACAACTTCCCAT  100
      | ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTTGTAGAAACATTTCAAAGAAACATGTAAATTAATACAACTTCCCAT  97

seq1  ACACTGGTAAAAAAAAATCAACTAGCCAGGTCATGGGAGATCTGGGAGAA  150
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  ACACTGGT-AAAAAAAATCAACTAGCCAGGTCAT-GGAGATCT-GGAGAA  144

seq1  GTACTGTAGGCCTCTGATGGTACCTGGCAGAATTGTTGGTCAAAATTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTAGGCCTCTGATGGTACCTGGCAGAATTGTTGGTCAAAATTTTG  194

seq1  GGTGGTGGAAACTGGAGATCTGTTTTTACATTGAGTGGATTTGTCTAAGC  250
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGAAACTGGAGATCTG-TTTTACATTGAGTGGATTTGTCTAAGC  243

seq1  ATCACAGTGATGATAGGCCACATATAGAGAAGGAAATTCACGGCTGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTGATGATAGGCCACATATAGAGAAGGAAATTCACGGCTGTTAA  293

seq1  GAGGGCTACAGACACTGCAAGATAGTTTGACTCTAGACCTCACATTATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTACAGACACTGCAAGATAGTTTGACTCTAGACCTCACATTATGA  343

seq1  CTCTACATCACTGACCAATCGATCAGCATTTTTAGTCTCCACTTCTGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATCACTGACCAATCGATCAGCATTTTTAGTCTCCACTTCTGTAC  393

seq1  AAGAACTCAACATTCAATTCCACATTATCAAGAAAAAGCAGCAAACTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTCAACATTCAATTCCACATTATCAAGAAAAAGCAGCAAACTTAC  443

seq1  CATTGGGCTTTCTGTAACCCATAGTGTGATAATGAGCAGCATGCATCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGCTTTCTGTAACCCATAGTGTGATAATGAGCAGCATGCATCATG  493

seq1  GGAGAACACTGCAATTGGCAAGTAAGGTCTGGATCCACAACTCCAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACACTGCAATTGGCAAGTAAGGTCTGGATCCACAACTCCAATTTT  543

seq1  GTAGCTAGTGCCATGCCTGTTGTTTAGAGCAGCCCATGGCTCAGACTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTAGTGCCATGCCTGTTGTTTAGAGCAGCCCATGGCTCAGACTCAC  593

seq1  TATGTGATTATGTTTGAAAGGTTTTACCTGTATGATATATTTATGAGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATTATGTTTGAAAGGTTTTACCTGTATGATATATTTATGAGTAT  643

seq1  ATATAATTTTAAAATATTTTATTTTTAATATTATGTCGTAAAGCAACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTTTAAAATATTTTATTTTTAATATTATGTCGTAAAGCAACAGA  693

seq1  TTTCTATACTGGATTTTTCTACATTTTCTTTCTTGTGATTTTAAAACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATACTGGATTTTTCTACATTTTCTTTCTTGTGATTTTAAAACAAT  743

seq1  ATAGTATTGATTTTTTTAACTTTCAAAGTGTCTTATTCATCATTCATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATTGATTTTTTTAACTTTCAAAGTGTCTTATTCATCATTCATTCA  793

seq1  TGTATATAATGTGTTTAAGCAAATTCATCTCACACTCCTTTCCTTCTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAATGTGTTTAAGCAAATTCATCTCACACTCCTTTCCTTCTGAT  843

seq1  TCCTCTATTATTCTCTCCATCACTTTTGCTTCCAACTTCATGCCCCTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATTATTCTCTCCATCACTTTTGCTTCCAACTTCATGCCCCTGTC  893

seq1  CCCTAGTCAATACCACTGAGCACAGTTAATGCTGCCTGTATGTGCATGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTCAATACCACTGAGCACAGTTAATGCTGCCTGTATGTGCATGGG  943

seq1  TGGGTAGGACCGTCTACTGCATTACAGTTGCCTCTCAGTGCTCAAATTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGGACCGTCTACTGCATTACAGTTGCCTCTCAGTGCTCAAATTCC  993

seq1  TGACAAAAACTAATTTAAGTTGGGTGATTCTTTCTCTTCTCCCTCCTTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAAACTAATTTAAGTTGGGTGATTCTTTCTCTTCTCCCTCCTTTC  1043

seq1  ATTGGCTGTCCTTCCCATCTAAGCCTATTCTCCCACAGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTGTCCTTCCCATCTAAGCCTATTCTCCCACAGAATTC  1086