BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168M21
Chromosome18 (Build37)
Map Location 86,389,524 - 86,494,445
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665402
Upstream geneLOC665382, LOC545269, LOC545270
Downstream geneNeto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580, LOC546719, LOC383318
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168M21.bB6Ng01-168M21.g
ACCDH959949DH959950
length1,1501,115
definitionDH959949|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168M21, 5' end.DH959950|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,389,524 - 86,390,688)(86,493,326 - 86,494,445)
sequence
gaattcattgttcttaatagttgagtaatatcccattgtgtaaatgtacc
acagtttctgtatggatatacgttaacttgagcgatttgctcagatttct
cactgacttcattaaccatgtctttggctgtttaagaagattctttatcc
actcagtgggtgtggtgttctaaactagaactattctctacaggcccaga
tacttgaacattttgcctacatgtggttgtacctttgggaaggttatgga
aaatacacattttctggaagaagcaaatgactggtggcagccttagaaag
cccataacctcccttcctgttcactttctgccttgtgattttgatttaag
cttctggtcctgtcaccatgcctgatacttgccaccatgtctcacaacca
cgatgaacttttatccttctgaaaccatagactacaatgaattatttctc
ctataattgtattggtcttggtgttttattatgacaatataaaattaata
cagtgggattttcatttcagactttttttgtcctacataaacttttgtca
cttctgtggtttttggtgctggagttaagagtatatgatgttctatcaag
gccctgagtttggatcccacatcttaattggacatgccccaaatgtctct
cagtatagctccaaagaatctgatgcccaatttctgacttccttggtcat
caacgggaatgttcacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacaaataaacaacaaaatcagtcttaaaaataatgtgtgg
cttctgttttgtcatatcttacctgattcttgattattaacttgttttag
tcactgggatagatttctttgggcagataaacttctatcatttaaagtgt
ttgcattccctgctgctctgagcctgtggttttgcagttatgtgaattac
attcagcctgcagtagtgccttcatgtgggtcttatcataaaaggctggt
gcagtctaaattgacagcataaattacatcagctctgtgaaatgcttcag
aattacagtccgaatagtctgactttctgggtaatttcagaatattattc
ctgaccatgctgtatataaactaaggaacatttaaatctccactaaagaa

gaattccatcctagtgtctttccaggccacagacatcataaagctcttaa
cgatcttggaagacatcctgccagatactttttataagtgacttacaact
gttgaagttaagtggaaatgaaaaggagaataagtctcctgggtcttttt
gtttgtttgtttgtttttttctagactatcatctgctcacatgtctcatc
tgcagtcatgccttattcttgggaagatcaaagttctcaagacatagttt
caagagatgagaaggccaactgtttacaatgtaccctttgtggtataaaa
ccttcattattatcactgtgtgttaatacctcagaccatgcaaccaaata
accagatgagtgattgattgtgctaatgacatcttgagggttgcttctga
catctaactatatgggacaaatctgaagcggacttattttcttccatgtg
ataggaaggtggcagaaaaacaatcatgtaagcttagatggaaagtctgc
actcatgagctattaaaccgattctggaagattccttagggctggagaaa
ctccttttcctcctgtcttctagaaatgtaagttttaattatgctgttgt
ccgtcaaagttcctgtgtttgctcttgtatttcaactggagtcttgggtt
ttataaatatcaaacatatgaactacaagtacttgatttcacacatgata
taaatcacaggtgtcaatgtcatcctatagccattgaagtcattttgaac
ttttaatttcatttgactttctccacagaatgtcttccatattcaaaata
ttgctactttgtaacacgttttactaaccatagcacttttctgaagacat
atatacgaccgaggaagtgatctactgactctaaattattgtaaaggttc
tttttccccaattagaataatcgtccttggtcatactgatgtgagctatg
tcaatttagtatattaattaagatccttgtttcagctcctttatctacaa
acagaactattaataaaaataggtcatgatgttttatgactatacaaatt
taataagaacacacttagataatagcagcatgtgtgatagtgtggaaata
attgagctagtatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_86389524_86390688
seq2: B6Ng01-168M21.b_44_1193

seq1  GAATTCATTGTTCTTAATAGTTGAGTAATATCCCATTGTGTAAATGTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTTCTTAATAGTTGAGTAATATCCCATTGTGTAAATGTACC  50

seq1  ACAGTTTCTGTATGGATATACGTTAACTTGAGCGATTTGCTCAGATTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTCTGTATGGATATACGTTAACTTGAGCGATTTGCTCAGATTTCT  100

seq1  CACTGACTTCATTAACCATGTCTTTGGCTGTTTAAGAAGATTCTTTATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTTCATTAACCATGTCTTTGGCTGTTTAAGAAGATTCTTTATCC  150

seq1  ACTCAGTGGGTGTGGTGTTCTAAACTAGAACTATTCTCTACAGGCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGGGTGTGGTGTTCTAAACTAGAACTATTCTCTACAGGCCCAGA  200

seq1  TACTTGAACATTTTGCCTACATGTGGTTGTACCTTTGGGAAGGTTATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGAACATTTTGCCTACATGTGGTTGTACCTTTGGGAAGGTTATGGA  250

seq1  AAATACACATTTTCTGGAAGAAGCAAATGACTGGTGGCAGCCTTAGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACACATTTTCTGGAAGAAGCAAATGACTGGTGGCAGCCTTAGAAAG  300

seq1  CCCATAACCTCCCTTCCTGTTCACTTTCTGCCTTGTGATTTTGATTTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAACCTCCCTTCCTGTTCACTTTCTGCCTTGTGATTTTGATTTAAG  350

seq1  CTTCTGGTCCTGTCACCATGCCTGATACTTGCCACCATGTCTCACAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGTCCTGTCACCATGCCTGATACTTGCCACCATGTCTCACAACCA  400

seq1  CGATGAACTTTTATCCTTCTGAAACCATAGACTACAATGAATTATTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGAACTTTTATCCTTCTGAAACCATAGACTACAATGAATTATTTCTC  450

seq1  CTATAATTGTATTGGTCTTGGTGTTTTATTATGACAATATAAAATTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATTGTATTGGTCTTGGTGTTTTATTATGACAATATAAAATTAATA  500

seq1  CAGTGGGATTTTCATTTCAGACTTTTTTTGTCCTACATAAACTTTTGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGATTTTCATTTCAGACTTTTTTTGTCCTACATAAACTTTTGTCA  550

seq1  CTTCTGTGGTTTTTGGTGCTGGAGTTAAGAGTATATGATGTTCTATCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTGGTTTTTGGTGCTGGAGTTAAGAGTATATGATGTTCTATCAAG  600

seq1  GCCCTGAGTTTGGATCCCACATCTTAATTGGACATGCCCCAAATGTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGAGTTTGGATCCCACATCTTAATTGGACATGCCCCAAATGTCTCT  650

seq1  CAGTATAGCTCCAAAGAATCTGATGCCCAATTTCTGACTTCCTTGGTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATAGCTCCAAAGAATCTGATGCCCAATTTCTGACTTCCTTGGTCAT  700

seq1  CAACGGGAATGTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGGAATGTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  750

seq1  ACACACACACACAAATAAACAACAAAATCAGTCTTAAAAATAATGTGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAAATAAACAACAAAATCAGTCTTAAAAATAATGTGTGG  800

seq1  CTTCTGTTTTGTCATATCTTACCTGATTCTTGATTATTAACTTGTTTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTTTGTCATATCTTACCTGATTCTTGATTATTAACTTGTTTTAG  850

seq1  TCACTGGGATAGATTTCTTTGGGCAGATAAACTTCTATCATTTAAAGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGATAGATTTCTTTGGGCAGATAAACTTCTATCATTTAAAGTGT  900

seq1  TTGCATTCCCTGCTGCTCTGAGCCTGTGGGTTTTGCAGGTTATGTGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGCATTCCCTGCTGCTCTGAGCCTGT-GGTTTTGCA-GTTATGTGAATT  948

seq1  ACATTCAGCCTGCAGTAGTGCCTTCATGTGGGTCTTATCCATAAAAGGCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATTCAGCCTGCAGTAGTGCCTTCATGTGGGTCTTAT-CATAAAAGGCT  997

seq1  -GTGCAGTCTAGATTGACAGCATATATTTACATCAGCTCTGTGATATTGC  1049
       |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||
seq2  GGTGCAGTCTAAATTGACAGCATA-AATTACATCAGCTCTGTGA-AATGC  1045

seq1  TTCAGTATTACAGTCAGTATAGTTCTGACTTTCATGGTAAATTTCAGTAT  1099
      ||||| ||||||||| | |||| |||||||||| |||  |||||||| ||
seq2  TTCAGAATTACAGTCCGAATAG-TCTGACTTTC-TGGGTAATTTCAGAAT  1093

seq1  ATTATTTCGTGACCATGCTGATATTAAAACTTTAAATAGTACATTTAAAA  1149
      |||| ||| ||||||||||| |||  |||||    |  | |||||| |||
seq2  ATTA-TTCCTGACCATGCTG-TATATAAACT----AAGGAACATTT-AAA  1136

seq1  TCTCACACTTAAAGAA  1165
      |||| ||| |||||||
seq2  TCTC-CAC-TAAAGAA  1150

seq1: chr18_86493326_86494445
seq2: B6Ng01-168M21.g_69_1183 (reverse)

seq1  TAATACTAGCTCAAATTTATTT-CACACTTATCACACATCCCTGCTATTA  49
      ||||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||  |||||||||
seq2  TAATACTAGCTCAA--TTATTTCCACAC-TATCACACAT-GCTGCTATTA  46

seq1  TCTAAGTGTGTTCTTATTAAATTTGTATAGTCATAAACATTCATGACCTA  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  TCTAAGTGTGTTCTTATTAAATTTGTATAGTCATAAAACATCATGACCTA  96

seq1  TTTTTATTAATAGTTCTGTTTGTAGATAAAGGAGCTGAAACAAGGATCTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTAATAGTTCTGTTTGTAGATAAAGGAGCTGAAACAAGGATCTT  146

seq1  AATTAATATACTAAATTGACATAGCTCACATCAGTATGACCAAGGACGAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATATACTAAATTGACATAGCTCACATCAGTATGACCAAGGACGAT  196

seq1  TATTCTAATTGGGGGAAAAAGAAACCTTAACAATAATTTAGAGTCAGTAG  249
      |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAATT-GGGGAAAAAG-AACCTTTACAATAATTTAGAGTCAGTAG  244

seq1  ATCACTTCCTCGGTCGTATATATGTCTTCAGAAAAGTGCTATGGTTAGTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTCCTCGGTCGTATATATGTCTTCAGAAAAGTGCTATGGTTAGTA  294

seq1  AAACGTGTTACAAAGTAGCAATATTTTGAATATGGAAGACATTCTGTGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTGTTACAAAGTAGCAATATTTTGAATATGGAAGACATTCTGTGGA  344

seq1  GAAAGTCAAATGAAATTAAAAGTTCAAAATGACTTCAATGGCTATAGGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCAAATGAAATTAAAAGTTCAAAATGACTTCAATGGCTATAGGAT  394

seq1  GACATTGACACCTGTGATTTATATCATGTGTGAAATCAAGTACTTGTAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGACACCTGTGATTTATATCATGTGTGAAATCAAGTACTTGTAGT  444

seq1  TCATATGTTTGATATTTATAAAACCCAAGACTCCAGTTGAAATACAAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGTTTGATATTTATAAAACCCAAGACTCCAGTTGAAATACAAGAG  494

seq1  CAAACACAGGAACTTTGACGGACAACAGCATAATTAAAACTTACATTTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACAGGAACTTTGACGGACAACAGCATAATTAAAACTTACATTTCT  544

seq1  AGAAGACAGGAGGAAAAGGAGTTTCTCCAGCCCTAAGGAATCTTCCAGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAGGAGGAAAAGGAGTTTCTCCAGCCCTAAGGAATCTTCCAGAA  594

seq1  TCGGTTTAATAGCTCATGAGTGCAGACTTTCCATCTAAGCTTACATGATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTTTAATAGCTCATGAGTGCAGACTTTCCATCTAAGCTTACATGATT  644

seq1  GTTTTTCTGCCACCTTCCTATCACATGGAAGAAAATAAGTCCGCTTCAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTGCCACCTTCCTATCACATGGAAGAAAATAAGTCCGCTTCAGA  694

seq1  TTTGTCCCATATAGTTAGATGTCAGAAGCAACCCTCAAGATGTCATTAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCCATATAGTTAGATGTCAGAAGCAACCCTCAAGATGTCATTAGC  744

seq1  ACAATCAATCACTCATCTGGTTATTTGGTTGCATGGTCTGAGGTATTAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCAATCACTCATCTGGTTATTTGGTTGCATGGTCTGAGGTATTAAC  794

seq1  ACACAGTGATAATAATGAAGGTTTTATACCACAAAGGGTACATTGTAAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGATAATAATGAAGGTTTTATACCACAAAGGGTACATTGTAAAC  844

seq1  AGTTGGCCTTCTCATCTCTTGAAACTATGTCTTGAGAACTTTGATCTTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCCTTCTCATCTCTTGAAACTATGTCTTGAGAACTTTGATCTTCC  894

seq1  CAAGAATAAGGCATGACTGCAGATGAGACATGTGAGCAGATGATAGTCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATAAGGCATGACTGCAGATGAGACATGTGAGCAGATGATAGTCTA  944

seq1  GAAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAGACCCAGGAGACTTATTCTCCTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAACAAACAAACAAACAAAAAGACCCAGGAGACTTATTCTCCTTT  994

seq1  TCATTTCCACTTAACTTCAACAGTTGTAAGTCACTTATAAAAAGTATCTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCCACTTAACTTCAACAGTTGTAAGTCACTTATAAAAAGTATCTG  1044

seq1  GCAGGATGTCTTCCAAGATCGTTAAGAGCTTTATGATGTCTGTGGCCTGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATGTCTTCCAAGATCGTTAAGAGCTTTATGATGTCTGTGGCCTGG  1094

seq1  AAAGACACTAGGATGGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACACTAGGATGGAATTC  1115