BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172P17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 88,187,883 - 88,237,827
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383318, Ppia-ps18_1039.1, LOC329008
Downstream geneLOC100039961, LOC100039972, LOC623177, LOC665497, LOC100040003, LOC623208, Socs6, Rttn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172P17.bB6Ng01-172P17.g
ACCGA001453GA001454
length1,1131,152
definitionB6Ng01-172P17.b B6Ng01-172P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,187,883 - 88,189,015)(88,236,665 - 88,237,827)
sequence
gaattcttttcttacacatactacagcaagcaaaatatctcactagtttc
tctgagtggtcaaagagaatcataatacaagaggctgaagaaaaaatatg
tttcagatattagaactgtagttgctacattaaataaagttggaaaaatt
gctggaacatggggataatgacatggctcagaaattcagaagacttatta
ctcatgcagatggccaggttcagtttctagtactcacatggtgcctaaca
atcacctgtaacttcagtttcctgggatttcttcttctgaggaactatat
ttttatgatacacataatatatatataggcaaaaacctcattaaacatta
aataattataaaataatacaaaaggtgtggtaaaattaaaatatgatctc
taagtaaataattacatataataatggtatatctaagattgtgacacatt
cttaaattgaaaatagtaataaagggggaacataatgatggaaattattt
actttgaccatgtgatcaaataccagatacaaatcaacctgaggtagaat
gtttattttgacttacagtttagggaatactgcttatcaggattgttgaa
aggcaagacagcaggagcttgaatggctggccacatatcatccacactga
ggaaacatcaagaacagacaggaagtaaggctgttctgtcaaaccccaat
gccaaacccaaatgactcactcacctcctaatggttctagtacctgccaa
agtaatgctacctaccacctggtaagcaaacagtcaaacatatgaacctt
ggaggacattttatacacaaaccacaacaatagagaaagctaaaatcaat
aaatctgtggtgaaataaatataattacagattagtaggtacatgtgcaa
tacattatttggtaaacatttgaaggccgaattcgaagtgcagattaaga
aaaagagacttatgacattgacatatgagcataaatgggaaagtatatgg
aacaaacattacatcagatcatatacagacaataaacagtgcaaaaaata
acacagtgagagaaaaaatattgagcagattttttttcccacaattcaca
atgaaaatgtgtt

gaattcttttcacaagtagagtttccataatgaggaaggcagtttcatca
aacagctgccaaatatgaataacattaaaaattacacagtaaatagacta
aatattttctagatatagaacaagttataggtaggagtatgttagtagtt
tgacaatgtttatcaacttttcattaaaactttgtaggacacaatatgaa
gattacctttttaacaaatggaaactattttgtattggaaatatcttatt
gaaagtttacctcttatttctatcgaataaagtttattcattagtttttt
tcagaagtatttaaatgctaaaagtcacatttatgtgtaaattaagctat
taaaaagttatatttgagtcacttacttcctatctccctgtctagtctca
ttaacaaacaaagacctatggtatatctactcaatacacttatcatagca
acagatatttatccacttaccaaaggaatgacctgtgtgcttgggtaata
tttgttcttagatacttgcatgtactgattcaacttgaaacatttgacag
gtgacacattagtcattttcttaagtaaaatcaagcaggggtagctgccc
ataaattagtgggttcttcttaaacctaagctttatggctcactggcctg
aattgttctataaatatctgtcaattctcaccatacgcttccagactcca
tctttgttgctaaaacttttgagtgagcattcaatttggagatgaatgca
ctgtaggtaacatttcttctagctagagacatgtcatagaatggagacat
ctcttttctatgcgtttcctgcttggattataatcggaaataatgtagtt
taaaatttcctgttttgtagattcgacaatgataatttgcttatcttcac
tgttagcttgaccacagttggaatccaccttgaagacatactttctaggg
atttcttcaaggggtgtttccagaagacttactgagatggtgactgttct
tgaatgtgtgtgatgcttatacatttatgagttcaaactgactgacaaga
ggtaacagaaggaaatcatattccattctctctgcctgatgctatgcaca
cccttgacactttcttacattccctgtcttcaagctagatctgccatttc
ac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_88187883_88189015
seq2: B6Ng01-172P17.b_41_1153

seq1  GAATTCTTTTCTTACACATACTACAGCAAGCAAAATATCTCACTAGTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTTACACATACTACAGCAAGCAAAATATCTCACTAGTTTC  50

seq1  TCTGAGTGGTCAAAGAGAATCATAATACAAGAGGCTGAAGAAAAAATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGGTCAAAGAGAATCATAATACAAGAGGCTGAAGAAAAAATATG  100

seq1  TTTCAGATATTAGAACTGTAGTTGCTACATTAAATAAAGTTGGAAAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATATTAGAACTGTAGTTGCTACATTAAATAAAGTTGGAAAAATT  150

seq1  GCTGGAACATGGGGATAATGACATGGCTCAGAAATTCAGAAGACTTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAACATGGGGATAATGACATGGCTCAGAAATTCAGAAGACTTATTA  200

seq1  CTCATGCAGATGGCCAGGTTCAGTTTCTAGTACTCACATGGTGCCTAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCAGATGGCCAGGTTCAGTTTCTAGTACTCACATGGTGCCTAACA  250

seq1  ATCACCTGTAACTTCAGTTTCCTGGGATTTCTTCTTCTGAGGAACTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTGTAACTTCAGTTTCCTGGGATTTCTTCTTCTGAGGAACTATAT  300

seq1  TTTTATGATACACATAATATATATATAGGCAAAAACCTCATTAAACATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGATACACATAATATATATATAGGCAAAAACCTCATTAAACATTA  350

seq1  AATAATTATAAAATAATACAAAAGGTGTGGTAAAATTAAAATATGATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTATAAAATAATACAAAAGGTGTGGTAAAATTAAAATATGATCTC  400

seq1  TAAGTAAATAATTACATATAATAATGGTATATCTAAGATTGTGACACATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAATAATTACATATAATAATGGTATATCTAAGATTGTGACACATT  450

seq1  CTTAAATTGAAAATAGTAATAAAGGGGGAACATAATGATGGAAATTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTGAAAATAGTAATAAAGGGGGAACATAATGATGGAAATTATTT  500

seq1  ACTTTGACCATGTGATCAAATACCAGATACAAATCAACCTGAGGTAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGACCATGTGATCAAATACCAGATACAAATCAACCTGAGGTAGAAT  550

seq1  GTTTATTTTGACTTACAGTTTAGGGAATACTGCTTATCAGGATTGTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTTGACTTACAGTTTAGGGAATACTGCTTATCAGGATTGTTGAA  600

seq1  AGGCAAGACAGCAGGAGCTTGAATGGCTGGCCACATATCATCCACACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGACAGCAGGAGCTTGAATGGCTGGCCACATATCATCCACACTGA  650

seq1  GGAAACATCAAGAACAGACAGGAAGTAAGGCTGTTCTGTCAAACCCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATCAAGAACAGACAGGAAGTAAGGCTGTTCTGTCAAACCCCAAT  700

seq1  GCCAAACCCAAATGACTCACTCACCTCCTAATGGTTCTAGTACCTGCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACCCAAATGACTCACTCACCTCCTAATGGTTCTAGTACCTGCCAA  750

seq1  AGTAATGCTACCTACCACCTGGTAAGCAAACAGTCAAACATATGAACCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGCTACCTACCACCTGGTAAGCAAACAGTCAAACATATGAACCTT  800

seq1  GGAGGACATTTTATACACAAACCACAACAATAGAGAAAGCTAAAATCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACATTTTATACACAAACCACAACAATAGAGAAAGCTAAAATCAAT  850

seq1  AAATCTGTGGTGAAATAAATATAATTACAGATTAGTAGGTACATGTGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGTGGTGAAATAAATATAATTACAGATTAGTAGGTACATGTGCAA  900

seq1  TACATTATTTGGTAAACATTTGAAGGCCGAATTCGAAGTGCAGATTAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATTTGGTAAACATTTGAAGGCCGAATTCGAAGTGCAGATTAAGA  950

seq1  AAAAGAAGACTTATGACATTGACATATGAGCATAAATGGGAAAGTATATG  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAG-AGACTTATGACATTGACATATGAGCATAAATGGGAAAGTATATG  999

seq1  GAACAAAACAATTACACCAGAATCATTAATACAAGACCAAATTAAAACAG  1050
      |||||||   |||||| ||| |||||  |||| ||||  |||  ||||||
seq2  GAACAAA--CATTACATCAG-ATCAT--ATAC-AGAC--AAT--AAACAG  1039

seq1  TGGAAAAAATAACAACAGTGAGAGAAAAATATTTGAGGGAGATTTTTTTT  1100
      || |||||||||| |||||||||||||||   |||| | |||||||||||
seq2  TGCAAAAAATAAC-ACAGTGAGAGAAAAAATATTGA-GCAGATTTTTTTT  1087

seq1  CCCCACAAAATCCACAAATGAGAAAAATGTGTT  1133
      ||   || ||| ||| ||||   ||||||||||
seq2  CC---CACAATTCAC-AATG---AAAATGTGTT  1113


seq1: chr18_88236665_88237827
seq2: B6Ng01-172P17.g_60_1211 (reverse)

seq1  GTGAATATGGCAGCTCTAGCTTTGAAAGCAGGG-ATGTAAAGAAAGTGGT  49
      ||||| ||||||| |||||| |||||  ||||| |||| |||||||| ||
seq2  GTGAA-ATGGCAGATCTAGC-TTGAAGACAGGGAATGT-AAGAAAGT-GT  46

seq1  CAAAGGGTGTGCATAGCATCAAGCAGAGAGGGATGGATATTGATTTCCTT  99
      | ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||   ||||||||||
seq2  C-AAGGGTGTGCATAGCATCAGGCAGAGA-GAATGGAATATGATTTCCTT  94

seq1  CTGTTTACCTCTTGTCCAGTCAAGTTTTGAACTCCAATAAATGTAT-AGC  148
      ||| ||||||||||| ||||||   |||||||||  |||||||||| |||
seq2  CTG-TTACCTCTTGT-CAGTCA--GTTTGAACTC--ATAAATGTATAAGC  138

seq1  ATCACACACATTCAAGGACAGTCACCATTCCTCAGTTAAGTCTTTCTGGA  198
      |||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||| |||||||
seq2  ATCACACACATTCAAGAACAGTCACCAT--CTCAG-TAAGTC-TTCTGGA  184

seq1  AACACCCCTTG-AGAAATCCCTAG-AAGTATGTCTTCAAGGT-GATTCCA  245
      ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  AACACCCCTTGAAGAAATCCCTAGAAAGTATGTCTTCAAGGTGGATTCCA  234

seq1  ACTGTGGTCAAGCTAACAGTGAAGATAAGCAAATTATCATTGTCGAATCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGTCAAGCTAACAGTGAAGATAAGCAAATTATCATTGTCGAATCT  284

seq1  ACAAAACAGGAAATTTTAAACTACATTATTTCCGATTATAATCCAAGCAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAGGAAATTTTAAACTACATTATTTCCGATTATAATCCAAGCAG  334

seq1  GAAACGCATAGAAAAGAGATGTCTCCATTCTATGACATGTCTCTAGCTAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGCATAGAAAAGAGATGTCTCCATTCTATGACATGTCTCTAGCTAG  384

seq1  AAGAAATGTTACCTACAGTGCATTCATCTCCAAATTGAATGCTCACTCAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGTTACCTACAGTGCATTCATCTCCAAATTGAATGCTCACTCAA  434

seq1  AAGTTTTAGCAACAAAGATGGAGTCTGGAAGCGTATGGTGAGAATTGACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTAGCAACAAAGATGGAGTCTGGAAGCGTATGGTGAGAATTGACA  484

seq1  GATATTTATAGAACAATTCAGGCCAGTGAGCCATAAAGCTTAGGTTTAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTATAGAACAATTCAGGCCAGTGAGCCATAAAGCTTAGGTTTAAG  534

seq1  AAGAACCCACTAATTTATGGGCAGCTACCCCTGCTTGATTTTACTTAAGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCCACTAATTTATGGGCAGCTACCCCTGCTTGATTTTACTTAAGA  584

seq1  AAATGACTAATGTGTCACCTGTCAAATGTTTCAAGTTGAATCAGTACATG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACTAATGTGTCACCTGTCAAATGTTTCAAGTTGAATCAGTACATG  634

seq1  CAAGTATCTAAGAACAAATATTACCCAAGCACACAGGTCATTCCTTTGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATCTAAGAACAAATATTACCCAAGCACACAGGTCATTCCTTTGGT  684

seq1  AAGTGGATAAATATCTGTTGCTATGATAAGTGTATTGAGTAGATATACCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATAAATATCTGTTGCTATGATAAGTGTATTGAGTAGATATACCA  734

seq1  TAGGTCTTTGTTTGTTAATGAGACTAGACAGGGAGATAGGAAGTAAGTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTTTGTTTGTTAATGAGACTAGACAGGGAGATAGGAAGTAAGTGA  784

seq1  CTCAAATATAACTTTTTAATAGCTTAATTTACACATAAATGTGACTTTTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATATAACTTTTTAATAGCTTAATTTACACATAAATGTGACTTTTA  834

seq1  GCATTTAAATACTTCTGAAAAAAACTAATGAATAAACTTTATTCGATAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAAATACTTCTGAAAAAAACTAATGAATAAACTTTATTCGATAGA  884

seq1  AATAAGAGGTAAACTTTCAATAAGATATTTCCAATACAAAATAGTTTCCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAGGTAAACTTTCAATAAGATATTTCCAATACAAAATAGTTTCCA  934

seq1  TTTGTTAAAAAGGTAATCTTCATATTGTGTCCTACAAAGTTTTAATGAAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAAAAAGGTAATCTTCATATTGTGTCCTACAAAGTTTTAATGAAA  984

seq1  AGTTGATAAACATTGTCAAACTACTAACATACTCCTACCTATAACTTGTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATAAACATTGTCAAACTACTAACATACTCCTACCTATAACTTGTT  1034

seq1  CTATATCTAGAAAATATTTAGTCTATTTACTGTGTAATTTTTAATGTTAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCTAGAAAATATTTAGTCTATTTACTGTGTAATTTTTAATGTTAT  1084

seq1  TCATATTTGGCAGCTGTTTGATGAAACTGCCTTCCTCATTATGGAAACTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTGGCAGCTGTTTGATGAAACTGCCTTCCTCATTATGGAAACTC  1134

seq1  TACTTGTGAAAAGAATTC  1163
      ||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGAAAAGAATTC  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |