BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177C15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 49,255,747 - 49,449,545
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383326, LOC100042323, LOC545470
Downstream geneDtwd2, Dmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177C15.bB6Ng01-177C15.g
ACCGA004512GA004513
length629969
definitionB6Ng01-177C15.b B6Ng01-177C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,255,747 - 49,256,375)(49,448,586 - 49,449,545)
sequence
gaattccaactactgccaccttggatagagacctctcaattatatctcag
cttattaatttttaaaacatacatacaaacaaaattatgttgatttgatt
ccacaggaaaaccaggtcagccttcagagatagtgctttctagttttaga
accaaggtggatttttatattcgcctttgtctgaaaagcacttagcatgg
ttgacttggttttaagatgtacaagcataatctgctgtttcccttagcaa
ctcagaaaaaaaaaagcagaacacttaaattgctatgaaaagtaagctta
caacctcaacagagaataaaacaagcataaattaaaatatacatatgggg
aatggagaggtggctcagcagttaagagcacttgtggctcttgaatagga
tcaaggttctatttccaggacccacatggaggctcacagtcatttgtatc
atcagtttcaggggatacgacaccacaccatgggtccaagttacttatgt
gatacccataaactcatgcagacaaagcactcatacacataaaataaata
aatttaaacataaaactatttaaatgatttatatttaataactgaacatg
gttagaaagtaaaatttgctgtgtgtgtg

gaattcatagtggggcaattttaatgatgtcaactgacctttgacttttc
ctgttcatgagacataacagaccttcactctgggtcctggtgctaggtcc
cctttttccccctgtcatgatcttttgggacttgtttaagattccttgta
gagatactgtgatccaagccagatatttgtgttacattctcaagaaccaa
aggctaacattattcaaaaaaggtctactcataactggattaaaagttat
tctctgtggttaagatggtcttacgtgtttatctactgaccggttcttct
agtgagtgtccattcctttcttgttgctgtttgagatacaaacagcagaa
acattttttcatttttgcgggaagggggtacagagaggatggtgagtagt
tatatgtgtttgcttctgctcagggaggttcagggagcaagtatcattcg
tgaaatgttttccttcaggagcagtttagagtttgttttggtgtaaattg
agccagaagtttgaaaataagaagagacttcataaacacttgctctctgt
ataaccaccttgttaaataaatgcagcatgtggaccgattccgtttttct
aatttcgttgtacactttgggaaagcagaaggtgttttgcgttatgcaga
atctggtgtttggttctttggaaaagagggctgctgtccttactgggtca
cagtgaatgactgcagatgctgctgagctgagcgtaggtgacagtgtcag
cagtgaaaccattgccacccggattggtgagacattattgggaggcagga
aataatttattttgctaaccctctattttcccacgttgcaatttgtaacc
tgttgaagcttgaaagtgcatgccttgttggagcctgtctttgctttccc
tccacaacactctgtctcttttatttgacagaactgtgcaatgcctgaag
gctaaggtcaggtgaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_49255747_49256375
seq2: B6Ng01-177C15.b_51_679

seq1  GAATTCCAACTACTGCCACCTTGGATAGAGACCTCTCAATTATATCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTACTGCCACCTTGGATAGAGACCTCTCAATTATATCTCAG  50

seq1  CTTATTAATTTTTAAAACATACATACAAACAAAATTATGTTGATTTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAATTTTTAAAACATACATACAAACAAAATTATGTTGATTTGATT  100

seq1  CCACAGGAAAACCAGGTCAGCCTTCAGAGATAGTGCTTTCTAGTTTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGAAAACCAGGTCAGCCTTCAGAGATAGTGCTTTCTAGTTTTAGA  150

seq1  ACCAAGGTGGATTTTTATATTCGCCTTTGTCTGAAAAGCACTTAGCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGTGGATTTTTATATTCGCCTTTGTCTGAAAAGCACTTAGCATGG  200

seq1  TTGACTTGGTTTTAAGATGTACAAGCATAATCTGCTGTTTCCCTTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGGTTTTAAGATGTACAAGCATAATCTGCTGTTTCCCTTAGCAA  250

seq1  CTCAGAAAAAAAAAAGCAGAACACTTAAATTGCTATGAAAAGTAAGCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAAAAAAAAAGCAGAACACTTAAATTGCTATGAAAAGTAAGCTTA  300

seq1  CAACCTCAACAGAGAATAAAACAAGCATAAATTAAAATATACATATGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTCAACAGAGAATAAAACAAGCATAAATTAAAATATACATATGGGG  350

seq1  AATGGAGAGGTGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTTGTGGCTCTTGAATAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGAGGTGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTTGTGGCTCTTGAATAGGA  400

seq1  TCAAGGTTCTATTTCCAGGACCCACATGGAGGCTCACAGTCATTTGTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTTCTATTTCCAGGACCCACATGGAGGCTCACAGTCATTTGTATC  450

seq1  ATCAGTTTCAGGGGATACGACACCACACCATGGGTCCAAGTTACTTATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTTCAGGGGATACGACACCACACCATGGGTCCAAGTTACTTATGT  500

seq1  GATACCCATAAACTCATGCAGACAAAGCACTCATACACATAAAATAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCCATAAACTCATGCAGACAAAGCACTCATACACATAAAATAAATA  550

seq1  AATTTAAACATAAAACTATTTAAATGATTTATATTTAATAACTGAACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAACATAAAACTATTTAAATGATTTATATTTAATAACTGAACATG  600

seq1  GTTAGAAAGTAAAATTTGCTGTGTGTGTG  629
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAAGTAAAATTTGCTGTGTGTGTG  629


seq1: chr18_49448586_49449545
seq2: B6Ng01-177C15.g_65_1033 (reverse)

seq1  ATGTTCACCTGAACTTAAGGCTTCAAGCATTGCAC--GTCTGTCAAATAA  48
      |||||||||||| ||| || ||||| |||||||||   ||||||||||||
seq2  ATGTTCACCTGACCTT-AGCCTTCAGGCATTGCACAGTTCTGTCAAATAA  49

seq1  AAGAGACAGAGTG-TGTGGAGGGGAAGCAAGGACAGGCTCAAACAAGGCA  97
      ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  AAGAGACAGAGTGTTGTGGAGGGAAAGCAAAGACAGGCTCCAACAAGGCA  99

seq1  TGCACTTTC-AGCTTCAACAGG-TACAAATTGC-ACGTGGG-AAATAGAG  143
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGCACTTTCAAGCTTCAACAGGTTACAAATTGCAACGTGGGAAAATAGAG  149

seq1  GGTTAGCAAAATAAATTATTTCCTGCCTCCC-ATAATGTCTCA-CAATCC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  GGTTAGCAAAATAAATTATTTCCTGCCTCCCAATAATGTCTCACCAATCC  199

seq1  GGGTGGCAATGGTTTCACTGCTGACACTGTCACCTACGCTCAGCTCAGCA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCAATGGTTTCACTGCTGACACTGTCACCTACGCTCAGCTCAGCA  249

seq1  GCATCTGCAGTCATTCACTGTGACCCAGTAAGGACAGCAGCCCTCTTTTC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGCAGTCATTCACTGTGACCCAGTAAGGACAGCAGCCCTCTTTTC  299

seq1  CAAAGAACCAAACACCAGATTCTGCATAACGCAAAACACCTTCTGCTTTC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACCAAACACCAGATTCTGCATAACGCAAAACACCTTCTGCTTTC  349

seq1  CC-AAGTGTACAACGAAATTAGAAAAACGGAATCGGTCCACATGCTGCAT  390
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTGTACAACGAAATTAGAAAAACGGAATCGGTCCACATGCTGCAT  399

seq1  TTATTTAACAAGGTGGTTATACAGAGAGCAAGTGTTTATGAAGTCTCTTC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAACAAGGTGGTTATACAGAGAGCAAGTGTTTATGAAGTCTCTTC  449

seq1  TTATTTTCAAACTTCTGGCTCAATTTACACCAAAACAAACTCTAAACTGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCAAACTTCTGGCTCAATTTACACCAAAACAAACTCTAAACTGC  499

seq1  TCCTGAAGGAAAACATTTCACGAATGATACTTGCTCCCTGAACCTCCCTG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGGAAAACATTTCACGAATGATACTTGCTCCCTGAACCTCCCTG  549

seq1  AGCAGAAGCAAACACATATAACTACTCACCATCCTCTCTGTACCCCCTTC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGCAAACACATATAACTACTCACCATCCTCTCTGTACCCCCTTC  599

seq1  CCGCAAAAATGAAAAAATGTTTCTGCTGTTTGTATCTCAAACAGCAACAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAAAAATGAAAAAATGTTTCTGCTGTTTGTATCTCAAACAGCAACAA  649

seq1  GAAAGGAATGGACACTCACTAGAAGAACCGGTCAGTAGATAAACACGTAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAATGGACACTCACTAGAAGAACCGGTCAGTAGATAAACACGTAA  699

seq1  GACCATCTTAACCACAGAGAATAACTTTTAATCCAGTTATGAGTAGACCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCTTAACCACAGAGAATAACTTTTAATCCAGTTATGAGTAGACCT  749

seq1  TTTTTGAATAATGTTAGCCTTTGGTTCTTGAGAATGTAACACAAATATCT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAATAATGTTAGCCTTTGGTTCTTGAGAATGTAACACAAATATCT  799

seq1  GGCTTGGATCACAGTATCTCTACAAGGAATCTTAAACAAGTCCCAAAAGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGATCACAGTATCTCTACAAGGAATCTTAAACAAGTCCCAAAAGA  849

seq1  TCATGACAGGGGGAAAAAGGGGACCTAGCACCAGGACCCAGAGTGAAGGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACAGGGGGAAAAAGGGGACCTAGCACCAGGACCCAGAGTGAAGGT  899

seq1  CTGTTATGTCTCATGAACAGGAAAAGTCAAAGGTCAGTTGACATCATTAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGTCTCATGAACAGGAAAAGTCAAAGGTCAGTTGACATCATTAA  949

seq1  AATTGCCCCACTATGAATTC  960
      ||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCCCACTATGAATTC  969


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |