BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178O02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 48,420,372 - 48,553,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042323
Upstream geneSema6a, LOC628477, 9130209A04Rik, A730092B10, LOC383325, LOC100042982, LOC100042284, LOC100042301, EG433182, LOC383326
Downstream geneLOC545470
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178O02.bB6Ng01-178O02.g
ACCGA005747GA005748
length6301,148
definitionB6Ng01-178O02.b B6Ng01-178O02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,420,372 - 48,421,001)(48,552,219 - 48,553,375)
sequence
gaattcactaagggtgttggatggtgtgtgtgagtgtgtgtgtatgagtg
tgtgtgcatgcgtgtgcatgctctacatcagaacactctggtaatgcaga
aacttattccatttccccaaaactgttaaaccttgtttaatcagcagaac
aaacttgtagccatattagttgtcttcagcagaaagattttcttgttttt
cagcaataaatccatgaagcagcttactgtttgtgatggctatacaaaac
catttatagatgtataaaatatatggtatattttaatagcattttatgtg
ccttttatttagcatgtaaacttcgtgagaagagggatatccttttctgt
tttgtattctgttcagtgcctggatggatatcgacacatagcagaccgtc
agtaaaagttgctgtggtactcagtgccataaaaatcataacaaaaataa
ataactcagtgctataacaatggtgtttggacgtacaatggttactggta
gtattgtaagtctctatgttagaactgcacttcattgacattgcttgctg
aaatcaactatcttactgttctgtgtttgctttatcttgtaaacacaaca
cccatagcttcatttcaatggtgaaataat
gaattctttcttattctgttgtaatgacgtaggagatgtcattttagttt
ataatctttggtagattacagctatgaaggcacctggtcttagattgttc
tttgaatgtaggtttgttgttgttgttgattgaattttattctggtgatt
aatcttttcagacattttctttcataattcaatcttactaatgtctgtgt
ccagaatttattcatttttttctaggctatcaaatttgttaacatataat
tgctttaaataatttctaatggtcatattgtatttctgagatgaaaatca
taatttttcatttttatctctaatttaactacttaagtctttttgaccat
ttccttgtcatcattaaggatttgctgcttttcatatgtcttcaattttt
ttccttttcaaggatattattagcattgactcaaacataaaaatggaagt
caatcttattaaggaaattataaaaatgtatgcatctcataacctagcta
tctttgttttatagtaagagtaggtactgtaaatacgctcaccacattgt
actatgctcaaagtaagtagacttgttctttccagactgctgactacttt
gctcacaaaagttggacatttttaagagaacttgagttaaagttgaagaa
agaaatataaaataaaaagaataaaacaatgctttagcatatggtttagg
atcttagcactgctcagagaaaattcagttggaaaaattgacaacctgca
ataatttctccatgacacaaatactactaattctacctttacttattgtt
cactaaggctttctcaatcaagttggtcatacatttctcagactggaact
atcctcctccatcaaacagagattttaatatttattaaagacacaaaaga
aaaatgtgtataaaatcaatcactgtattttagacttactcatttgctca
ataatatttgagtccttgattttacatatattttcaatcatataattaga
cagaaattatgagattgcataatatgtagtattaactgttgctactacta
atagaaagcagcagctaacatagtcctcatgtcaggttagcagtcacttt
ccattctagaacataacctgcaagcagcactatcagtctcagctgatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_48420372_48421001
seq2: B6Ng01-178O02.b_44_673

seq1  GAATTCACTAAGGGTGTTGGATGGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTATGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAGGGTGTTGGATGGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTATGAGTG  50

seq1  TGTGTGCATGCGTGTGCATGCTCTACATCAGAACACTCTGGTAATGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCATGCGTGTGCATGCTCTACATCAGAACACTCTGGTAATGCAGA  100

seq1  AACTTATTCCATTTCCCCAAAACTGTTAAACCTTGTTTAATCAGCAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATTCCATTTCCCCAAAACTGTTAAACCTTGTTTAATCAGCAGAAC  150

seq1  AAACTTGTAGCCATATTAGTTGTCTTCAGCAGAAAGATTTTCTTGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTAGCCATATTAGTTGTCTTCAGCAGAAAGATTTTCTTGTTTTT  200

seq1  CAGCAATAAATCCATGAAGCAGCTTACTGTTTGTGATGGCTATACAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATAAATCCATGAAGCAGCTTACTGTTTGTGATGGCTATACAAAAC  250

seq1  CATTTATAGATGTATAAAATATATGGTATATTTTAATAGCATTTTATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATAGATGTATAAAATATATGGTATATTTTAATAGCATTTTATGTG  300

seq1  CCTTTTATTTAGCATGTAAACTTCGTGAGAAGAGGGATATCCTTTTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATTTAGCATGTAAACTTCGTGAGAAGAGGGATATCCTTTTCTGT  350

seq1  TTTGTATTCTGTTCAGTGCCTGGATGGATATCGACACATAGCAGACCGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTCTGTTCAGTGCCTGGATGGATATCGACACATAGCAGACCGTC  400

seq1  AGTAAAAGTTGCTGTGGTACTCAGTGCCATAAAAATCATAACAAAAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAGTTGCTGTGGTACTCAGTGCCATAAAAATCATAACAAAAATAA  450

seq1  ATAACTCAGTGCTATAACAATGGTGTTTGGACGTACAATGGTTACTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCAGTGCTATAACAATGGTGTTTGGACGTACAATGGTTACTGGTA  500

seq1  GTATTGTAAGTCTCTATGTTAGAACAGCACTTCATTGACATTGCTTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTAAGTCTCTATGTTAGAACTGCACTTCATTGACATTGCTTGCTG  550

seq1  AAATCAACTATCTTACTGTTCTGTGTTTGCTTTATCTTGTAAACACAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACTATCTTACTGTTCTGTGTTTGCTTTATCTTGTAAACACAACA  600

seq1  CCCATAGCTTCATTTCAATGGGGAAATAAT  630
      ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCATAGCTTCATTTCAATGGTGAAATAAT  630

seq1: chr18_48552219_48553375
seq2: B6Ng01-178O02.g_61_1208 (reverse)

seq1  GATCAGCTGAAGGACTTTGATAGTTTGCTGCTGGCA-GTTATGGTTCTAG  49
      ||||||||||  |||  ||||||  ||||||| ||| ||||| |||||||
seq2  GATCAGCTGA--GAC--TGATAG--TGCTGCTTGCAGGTTAT-GTTCTAG  43

seq1  ATGGAAAAGTGACTGCTAACTTGACATGA-GACTATG-TAGCTGCTGCTT  97
      |  | ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AATGGAAAGTGACTGCTAACCTGACATGAGGACTATGTTAGCTGCTGCTT  93

seq1  TCTATTTAGTAGTAGCAACAG-TAATACTAACATAATTATGCAATCTCAT  146
      |||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  TCTA-TTAGTAGTAGCAACAGTTAATACT-ACAT-ATTATGCAATCTCAT  140

seq1  AATTTCTGTCTAATTATATGATTTGAAAATATATTGTAAAATCAAGGACT  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATTTCTGTCTAATTATATGA-TTGAAAATATA-TGTAAAATCAAGGACT  188

seq1  CAAATATTATTGAGCAAATGAGTAAGTCTAAAAATACAGTGATTGATTTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTATTGAGCAAATGAGTAAGTCT-AAAATACAGTGATTGATTTT  237

seq1  ATACACATTTTTCTTTTGTGTCTTTAATAAATATTAAAATCTCTGTTTGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATTTTTCTTTTGTGTCTTTAATAAATATTAAAATCTCTGTTTGA  287

seq1  TGGAGGAGGATAGTTCCAGTCTGAGAAATGTATGACCAACTTGATTGAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGGATAGTTCCAGTCTGAGAAATGTATGACCAACTTGATTGAGA  337

seq1  AAGCCTTAGTGAACAATAAGTAAAGGTAGAATTAGTAGTATTTGTGTCAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTAGTGAACAATAAGTAAAGGTAGAATTAGTAGTATTTGTGTCAT  387

seq1  GGAGAAATTATTGCAGGTTGTCAATTTTTCCAACTGAATTTTCTCTGAGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAATTATTGCAGGTTGTCAATTTTTCCAACTGAATTTTCTCTGAGC  437

seq1  AGTGCTAAGATCCTAAACCATATGCTAAAGCATTGTTTTATTCTTTTTAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTAAGATCCTAAACCATATGCTAAAGCATTGTTTTATTCTTTTTAT  487

seq1  TTTATATTTCTTTCTTCAACTTTAACTCAAGTTCTCTTAAAAATGTCCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTCTTTCTTCAACTTTAACTCAAGTTCTCTTAAAAATGTCCAA  537

seq1  CTTTTGTGAGCAAAGTAGTCAGCAGTCTGGAAAGAACAAGTCTACTTACT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGAGCAAAGTAGTCAGCAGTCTGGAAAGAACAAGTCTACTTACT  587

seq1  TTGAGCATAGTACAATGTGGTGAGCGTATTTACAGTACCTACTCTTACTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCATAGTACAATGTGGTGAGCGTATTTACAGTACCTACTCTTACTA  637

seq1  TAAAACAAAGATAGCTAGGTTATGAGATGCATACATTTTTATAATTTCCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAAGATAGCTAGGTTATGAGATGCATACATTTTTATAATTTCCT  687

seq1  TAATAAGATTGACTTCCATTTTTATGTTTGAGTCAATGCTAATAATATCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGATTGACTTCCATTTTTATGTTTGAGTCAATGCTAATAATATCC  737

seq1  TTGAAAAGGAAAAAAATTGAAGACATATGAAAAGCAGCAAATCCTTAATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGGAAAAAAATTGAAGACATATGAAAAGCAGCAAATCCTTAATG  787

seq1  ATGACAAGGAAATGGTCAAAAAGACTTAAGTAGTTAAATTAGAGATAAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGGAAATGGTCAAAAAGACTTAAGTAGTTAAATTAGAGATAAAA  837

seq1  ATGAAAAATTATGATTTTCATCTCAGAAATACAATATGACCATTAGAAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAATTATGATTTTCATCTCAGAAATACAATATGACCATTAGAAAT  887

seq1  TATTTAAAGCAATTATATGTTAACAAATTTGATAGCCTAGAAAAAAATGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAGCAATTATATGTTAACAAATTTGATAGCCTAGAAAAAAATGA  937

seq1  ATAAATTCTGGACACAGACATTAGTAAGATTGAATTATGAAAGAAAATGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCTGGACACAGACATTAGTAAGATTGAATTATGAAAGAAAATGT  987

seq1  CTGAAAAGATTAATCACCAGAATAAAATTCAATCAACAACAACAACAAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGATTAATCACCAGAATAAAATTCAATCAACAACAACAACAAAC  1037

seq1  CTACATTCAAAGAACAATCTAAGACCAGGTGCCTTCATAGCTGTAATCTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTCAAAGAACAATCTAAGACCAGGTGCCTTCATAGCTGTAATCTA  1087

seq1  CCAAAGATTATAAACTAAAATGACATCTCCTACGTCATTACAACAGAATA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGATTATAAACTAAAATGACATCTCCTACGTCATTACAACAGAATA  1137

seq1  AGAAAGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  AGAAAGAATTC  1148