BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181J22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 52,781,287 - 52,934,548
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp474, 1700034E13Rik, Gykl1, Sncaip, A730036E13Rik
Upstream geneEG240289, Ftmt, Srfbp1, Lox
Downstream geneLOC667317, LOC100042430, Snx2, Gm1859, Snx24, Ppic, Prdm6, Ccdc100
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181J22.bB6Ng01-181J22.g
ACCGA007733GA007734
length1,1351,102
definitionB6Ng01-181J22.b B6Ng01-181J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,781,287 - 52,782,428)(52,933,437 - 52,934,548)
sequence
gaattcaattatcctaactattggggcatgaatgggtgataagaaattcc
caaataaagttttctacagagtcttctgggagaaacttatggtaaacagc
aagtgctgttttcaattaaagtgacttaagaggatgctatccatcctttg
cctaaataacataggtgttattgtgatacactcaaaattcattacctcta
gttagaccaaattaattttattattaattttggatccagaacttcacagt
taagtaaaaaagaatcaagatttgcagcctaaaattgtgccatctttcac
agggcatttgcagggtaaacctccaaatttgagtcccttctcaaatactg
actccataatggcttgagacattttcccagactctgcaatttcccccata
tgatatgaactttaaagcttccagagtttggggcaagaaagatgcctcag
tggagaaagtacttgccacactagtagaggactagagttcagatccccag
aaaccatgtatgaaagcaaaaacagtaggagacggtggtagccctggcag
tccttgctctccaaaggtaaggacacggcaccctgaggtaagttggctag
cctagactagctgaatcagcaagttccaggctcaggaaataaaatggaga
gtggtcaaggaagacacccaatattatctaacaccccccccatgcatgta
catgtgtgtacccacacacatacaaacccacatacacgtatgcactccaa
ccatacacagaattagaaacaaggaccatagagctgtgaacaaggaaatc
agaagcagtgtacaacctttaaaagaaagctaaagtagacaatgggagag
acagtgattgaatataccttgagtctataaagcccacagagcacacaagg
gcctggtgaactgtgtgcagtctagacatcaagtgtctgcctttattgtt
cacaacccaacctggatcttttaaccattattcttccctttacacccagg
cttcagctgctgggtaaccaccattctactcaaatggctgataaggttag
taaataaataaaaaaaaaaaatgtaacatcactaatcatcagagtgccag
gtcaaagcactcatatgattagatatttttcaaaa
gaattctcctgcagcttggccatctctagagagatgttcacagggaaaca
agacactacaatgctgtcagtctttgtctcctcaagtgaaacaaaagaga
attgaataagcaaagcaatataaggaatctagggagtaccccaagcagag
caccttggatctcacaaatgcagccactagctgtcctcctttgtgatctg
agaaatgattctcccaatccccaagccatatatgtcagcccagaaaattt
ggtttgcttctttatcaagctctatcttgatgtggtcatttgggactaat
taaaagccaatcataaaaaaaaaacttttgataaactatctgaaaagacc
ttcaaaaggaatctcgatttatgttcaatattctgagctacaaatctgag
actccagttaaagaaaacccgaaaaaaaaaacaaacctaagagtaaaaaa
tctccaaagaggaaagattcagagtacacacacagtgtatacagcgttaa
gtgaagctaccatgagaactagatagtgcagtcttaatcttcagccatct
gtctagagcaggagactgtcctgtatcctgaaggctgtatcacaaggtga
agtgtcatgcagggaacagaaaagggagggcagtcatcaatgggctcttg
tgagatcaagaagaatgcaatagtatcccactgaggcagtagctctcatg
acaacatgaagatgagagaaagccatgccaactaggaccttaaaaatgat
acagcccagccaacatgagcacagccttccttcacctctcttgcacgctc
agaagaaggcaaagcccacaccacaagactttaggacctgtggtcgacac
cttggacttgtccctaggacagtgacaaggttgtgaatggttctgaacac
agctccacgatttgactgcatgcaactgctttagaaagaagactgctggc
catggagaggtttgactagaactggagacttgaggcaccttctttggtga
ctgtgagtgaacatggatgatcttcaaagaagagtaagagtcaaatggag
caggagttgtcggtgctgactagaggtggagaagaatatgagaagtcaga
cc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_52781287_52782428
seq2: B6Ng01-181J22.b_47_1181

seq1  GAATTCAATTATCCTAACTATTGGGGCATGAATGGGTGATAAGAAATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTATCCTAACTATTGGGGCATGAATGGGTGATAAGAAATTCC  50

seq1  CAAATAAAGTTTTCTACAGAGTCTTCTGGGAGAAACTTATGGTAAACAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAAGTTTTCTACAGAGTCTTCTGGGAGAAACTTATGGTAAACAGC  100

seq1  AAGTGCTGTTTTCAATTAAAGTGACTTAAGAGGATGCTATCCATCCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTGTTTTCAATTAAAGTGACTTAAGAGGATGCTATCCATCCTTTG  150

seq1  CCTAAATAACATAGGTGTTATTGTGATACACTCAAAATTCATTACCTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATAACATAGGTGTTATTGTGATACACTCAAAATTCATTACCTCTA  200

seq1  GTTAGACCAAATTAATTTTATTATTAATTTTGGATCCAGAACTTCACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACCAAATTAATTTTATTATTAATTTTGGATCCAGAACTTCACAGT  250

seq1  TAAGTAAAAAAGAATCAAGATTTGCAGCCTAAAATTGTGCCATCTTTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAAAAAGAATCAAGATTTGCAGCCTAAAATTGTGCCATCTTTCAC  300

seq1  AGGGCATTTGCAGGGTAAACCTCCAAATTTGAGTCCCTTCTCAAATACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTTGCAGGGTAAACCTCCAAATTTGAGTCCCTTCTCAAATACTG  350

seq1  ACTCCATAATGGCTTGAGACATTTTCCCAGACTCTGCAATTTCCCCCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATAATGGCTTGAGACATTTTCCCAGACTCTGCAATTTCCCCCATA  400

seq1  TGATATGAACTTTAAAGCTTCCAGAGTTTGGGGCAAGAAAGATGCCTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGAACTTTAAAGCTTCCAGAGTTTGGGGCAAGAAAGATGCCTCAG  450

seq1  TGGAGAAAGTACTTGCCACACTAGTAGAGGACTAGAGTTCAGATCCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAAGTACTTGCCACACTAGTAGAGGACTAGAGTTCAGATCCCCAG  500

seq1  AAACCATGTATGAAAGCAAAAACAGTAGGAGACGGTGGTAGCCCTGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATGTATGAAAGCAAAAACAGTAGGAGACGGTGGTAGCCCTGGCAG  550

seq1  TCCTTGCTCTCCAAAGGTAAGGACACGGCACCCTGAGGTAAGTTGGCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCTCTCCAAAGGTAAGGACACGGCACCCTGAGGTAAGTTGGCTAG  600

seq1  CCTAGACTAGCTGAATCAGCAAGTTCCAGGCTCAGGAAATAAAATGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACTAGCTGAATCAGCAAGTTCCAGGCTCAGGAAATAAAATGGAGA  650

seq1  GTGGTCAAGGAAGACACCCAATATTATCTAACACCCCCCCCATGCATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCAAGGAAGACACCCAATATTATCTAACACCCCCCCCATGCATGTA  700

seq1  CATGTGTGTACCCACACACATACAAACCCACATACACGTATGCACTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTACCCACACACATACAAACCCACATACACGTATGCACTCCAA  750

seq1  CCATACACAGAATTAGAAACAAGGACCATAGAGCTGTGAACAAGGAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACACAGAATTAGAAACAAGGACCATAGAGCTGTGAACAAGGAAATC  800

seq1  AGAAGCAGTGTACAACCTTTAAAAGAAAGCTAAAGTAGACAATGGGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGTGTACAACCTTTAAAAGAAAGCTAAAGTAGACAATGGGAGAG  850

seq1  ACAGTGATTGAATATACCTTGAGTCTATAAAGCCCACAGAGCACACAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGATTGAATATACCTTGAGTCTATAAAGCCCACAGAGCACACAAGG  900

seq1  GCCTGGTGAACTGTGTGCAGTCTAGACATCAAGTGTCTGCCTTTATTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGAACTGTGTGCAGTCTAGACATCAAGTGTCTGCCTTTATTGTT  950

seq1  CACAACCCAACCTGGATCTTTTAACCATTA-TCTTCCCTTTACACCCAGG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCAACCTGGATCTTTTAACCATTATTCTTCCCTTTACACCCAGG  1000

seq1  CTCCAGCTGCT-GGTAACCACCATTCTACTCAAATGGCTGATAAGTTTAA  1048
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  CTTCAGCTGCTGGGTAACCACCATTCTACTCAAATGGCTGATAAGGTT-A  1049

seq1  GTAAATAAAT-TAAAAAAAAAATGTTAAACATCACTAATCATCAAGGAAG  1097
      ||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||    ||
seq2  GTAAATAAATAAAAAAAAAAAATGT--AACATCACTAATCATCA---GAG  1094

seq1  TG-CAAGTCAAAGCCACCTCATATGAATTAGAATTATTTTTTAAAA  1142
      || || ||||||||   |||||||| ||||||  ||||||| ||||
seq2  TGCCAGGTCAAAGC--ACTCATATG-ATTAGA--TATTTTTCAAAA  1135

seq1: chr18_52933437_52934548
seq2: B6Ng01-181J22.g_65_1166 (reverse)

seq1  GGTCTGACTTCCTCATTATCTTCTCCACCTCCTAGTCAGCCACAGACACC  50
      |||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||| ||| |||| |
seq2  GGTCTGACTT-CTCATATTCTTCTCCACCT-CTAGTCAG-CACCGACAAC  47

seq1  TCCTGCCTCCATTTTGACTCTTTACCTCTTCTTTG-AGATCATCCATGTT  99
      ||||| ||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||| |
seq2  TCCTG-CTCCA-TTTGACTCTT--ACTCTTCTTTGAAGATCATCCATG-T  92

seq1  TCACTTCACAAGTCACCCAAAGAAGGTGCCTCAAGTCTCCAGTTCTAGTC  149
      |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAC-TCAC-AGTCA-CCAAAGAAGGTGCCTCAAGTCTCCAGTTCTAGTC  139

seq1  AAACCTCTCCATGGCCAGCAGTTCTCTTTCTAAAGCAGTTGCATGCAGTC  199
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCTCCATGGCCAGCAGTCTTCTTTCTAAAGCAGTTGCATGCAGTC  189

seq1  AAATCGTGGAGCTGTGTTCAGAACCATTCACAACCTTGTCACTGTCCTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGTGGAGCTGTGTTCAGAACCATTCACAACCTTGTCACTGTCCTAG  239

seq1  GGACAAGTCCAAGGTGTCGACCACAGGTCCTAAAGTCTTGTGGTGTGGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGTCCAAGGTGTCGACCACAGGTCCTAAAGTCTTGTGGTGTGGGC  289

seq1  TTTGCCTTCTTCTGAGCGTGCAAGAGAGGTGAAGGAAGGCTGTGCTCATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTTCTTCTGAGCGTGCAAGAGAGGTGAAGGAAGGCTGTGCTCATG  339

seq1  TTGGCTGGGCTGTATCATTTTTAAGGTCCTAGTTGGCATGGCTTTCTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGGGCTGTATCATTTTTAAGGTCCTAGTTGGCATGGCTTTCTCTC  389

seq1  ATCTTCATGTTGTCATGAGAGCTACTGCCTCAGTGGGATACTATTGCATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCATGTTGTCATGAGAGCTACTGCCTCAGTGGGATACTATTGCATT  439

seq1  CTTCTTGATCTCACAAGAGCCCATTGATGACTGCCCTCCCTTTTCTGTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGATCTCACAAGAGCCCATTGATGACTGCCCTCCCTTTTCTGTTC  489

seq1  CCTGCATGACACTTCACCTTGTGATACAGCCTTCAGGATACAGGACAGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATGACACTTCACCTTGTGATACAGCCTTCAGGATACAGGACAGTC  539

seq1  TCCTGCTCTAGACAGATGGCTGAAGATTAAGACTGCACTATCTAGTTCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCTAGACAGATGGCTGAAGATTAAGACTGCACTATCTAGTTCTC  589

seq1  ATGGTAGCTTCACTTAACGCTGTATACACTGTGTGTGTACTCTGAATCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGCTTCACTTAACGCTGTATACACTGTGTGTGTACTCTGAATCTT  639

seq1  TCCTCTTTGGAGATTTTTTACTCTTAGGTTTGTTTTTTTTTTCGGGTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTGGAGATTTTTTACTCTTAGGTTTGTTTTTTTTTTCGGGTTTT  689

seq1  CTTTAACTGGAGTCTCAGATTTGTAGCTCAGAATATTGAACATAAATCGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACTGGAGTCTCAGATTTGTAGCTCAGAATATTGAACATAAATCGA  739

seq1  GATTCCTTTTGAAGGTCTTTTCAGATAGTTTATCAAAAGTTTTTTTTTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTTTGAAGGTCTTTTCAGATAGTTTATCAAAAGTTTTTTTTTTA  789

seq1  TGATTGGCTTTTAATTAGTCCCAAATGACCACATCAAGATAGAGCTTGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGCTTTTAATTAGTCCCAAATGACCACATCAAGATAGAGCTTGAT  839

seq1  AAAGAAGCAAACCAAATTTTCTGGGCTGACATATATGGCTTGGGGATTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGCAAACCAAATTTTCTGGGCTGACATATATGGCTTGGGGATTGG  889

seq1  GAGAATCATTTCTCAGATCACAAAGGAGGACAGCTAGTGGCTGCATTTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCATTTCTCAGATCACAAAGGAGGACAGCTAGTGGCTGCATTTGT  939

seq1  GAGATCCAAGGTGCTCTGCTTGGGGTACTCCCTAGATTCCTTATATTGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCAAGGTGCTCTGCTTGGGGTACTCCCTAGATTCCTTATATTGCT  989

seq1  TTGCTTATTCAATTCTCTTTTGTTTCACTTGAGGAGACAAAGACTGACAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATTCAATTCTCTTTTGTTTCACTTGAGGAGACAAAGACTGACAG  1039

seq1  CATTGTAGTGTCTTGTTTCCCTGTGAACATCTCTCTAGAGATGGCCAAGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAGTGTCTTGTTTCCCTGTGAACATCTCTCTAGAGATGGCCAAGC  1089

seq1  TGCAGGAGAATTC  1112
      |||||||||||||
seq2  TGCAGGAGAATTC  1102