BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190K24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 84,900,147 - 84,959,311
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230399E16Rik
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725
Downstream geneCyb5, Fbxo15, 1700034H14Rik, LOC100039765, LOC665382
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190K24.bB6Ng01-190K24.g
ACCGA014382GA014383
length1,0431,162
definitionB6Ng01-190K24.b B6Ng01-190K24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,900,147 - 84,901,182)(84,958,148 - 84,959,311)
sequence
gaattcttggcctctggaaggaagcccatgcaactttgggcagccttgtg
gttcctggtgattcccgttccagaccacttccttgccaggttgacaaaag
ggtttaagaaaatgcatctccaacctcaagaggagaggtccagtccagtg
aagaagcccacaggaggcagagacaggcagggggcggaggagacatctca
cttccttgagggcagctatgaggtctagttagtgctgctacaggatctgt
ggtcttctgaggacagtcttcctgggctgcagatggtgtgctgttcttcc
aggccaggcattctgtgtccacagaaccagtgtgcagagaacagtcattg
ccagccgacattactcttctggagagattctagtcagtttcgtgtctgca
cataagacattatgactcctgacgacatagtcacttgagatgggggttat
aatcactcgagtcttagggatgtggcagcgtggaatgctgtcctctgggc
atgacgtagccattgtccccttgagctctcagcagctgtgattgcctgca
tgagggacatcagggctatctgtgatccacagtggagggacagaggagct
catgagacagacactatctccaggagttggctcctccccgagggtgtact
agtgacctccttaacattacagagcttgctagcaatgcaaattctaattt
ttgttacgtttacttatttattctgggtgtgtggggggcataaatatcac
agcatatgcagggaggttggatgtcaatttgtgggagttggttctgtcct
taataccatgtagtttggatacaggtcttcaggtttggtgacaagtgccc
tttacctggtcatccatcttaccagcccagcaatgtacatttccatactg
cacctcagaccaactgactctgtgtctcacaaggaacaaggcaccaactg
tgagccaacccaaatactcagaaagactaagcaaggaggggtggtgagtt
caagaccaacctgagtacatgattaagaattctggtctcaaac

gaattcatggagaaacatcatctgtgtatagccagtgttgaaatgagaag
aaataggtgcagttcactcagtaccttataggcacaaccagaagcttcta
aatgcctcccaaagagccatgtttgggtcatctatctcacacccaaacca
cttccaaatctcaaccccacagaaaccatatgagataaatctttttcaca
tgtgttttcagccacagtattggaggttgaaggataagaaatactgcaac
acattgtatgtggtggttaagcttgacttgataggcttgagaaatatcta
ggagattaaggaacatgtctaggagtgtgactgttaatgtgattccatag
tcccttgagggatctgacctaaacaattatttaatccattaatgggatca
aaatctgaatagacacttaggaggtggaagagctatggaaggtcgggata
tcctgttctgtgaattgttctgttctgccatcccaccatgctgtgatgaa
ctgaaactgagctagacaaaactttcctcattttaagttgtttatgctaa
gcattctgtcacagcccaagaaaactaacatggtgtagggggaaaagcca
tgcagtaagcactggaaaatattaatataaaacacagaaaagtgtgtatg
ccagtttgactgagcccccttcttcccacccctccgaagcagagcacagt
atgtgaacctttccctgcagagacatctgcttccccaagacacagagcat
caataacagacataagtagcgattccatcatggtctacttggtgagccaa
tgagttattgggctttgaagagctcacttacaagatcatagcagccacac
caccagaaaattttatcccgacatggaagatgacatccttatagctggat
ggagtccctcttcatctagctttccatacattgaatactcaactacctct
taagaccatgagactgcatgcgattattgttcagattgtatgtggggagg
attcaagaggggcaattgaagggtcattaagtgagatacaatgaactttt
caccccctctgatgatgaagatgtctgcttgcctggataataggcctcta
acaccgagagaaacaagcctcttggaacctagtgaattctgttcctgggt
ggagtatccatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_84900147_84901182
seq2: B6Ng01-190K24.b_43_1085

seq1  GAATTCTTGGCCTCTGGAAGGAAGCCCATGCAACTTTGGGCAGCCTTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGCCTCTGGAAGGAAGCCCATGCAACTTTGGGCAGCCTTGTG  50

seq1  GTTCCTGGTGATTCCCGTTCCAGACCACTTCCTTGCCAGGTTGACAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGTGATTCCCGTTCCAGACCACTTCCTTGCCAGGTTGACAAAAG  100

seq1  GGTTTAAGAAAATGCATCTCCAACCTCAAGAGGAGAGGTCCAGTCCAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAGAAAATGCATCTCCAACCTCAAGAGGAGAGGTCCAGTCCAGTG  150

seq1  AAGAAGCCCACAGGAGGCAGAGACAGGCAGGGGGCGGAGGAGACATCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCCACAGGAGGCAGAGACAGGCAGGGGGCGGAGGAGACATCTCA  200

seq1  CTTCCTTGAGGGCAGCTATGAGGTCTAGTTAGTGCTGCTACAGGATCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGAGGGCAGCTATGAGGTCTAGTTAGTGCTGCTACAGGATCTGT  250

seq1  GGTCTTCTGAGGACAGTCTTCCTGGGCTGCAGATGGTGTGCTGTTCTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCTGAGGACAGTCTTCCTGGGCTGCAGATGGTGTGCTGTTCTTCC  300

seq1  AGGCCAGGCATTCTGTGTCCACAGAACCAGTGTGCAGAGAACAGTCATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGGCATTCTGTGTCCACAGAACCAGTGTGCAGAGAACAGTCATTG  350

seq1  CCAGCCGACATTACTCTTCTGGAGAGATTCTAGTCAGTTTCGTGTCTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCGACATTACTCTTCTGGAGAGATTCTAGTCAGTTTCGTGTCTGCA  400

seq1  CATAAGACATTATGACTCCTGACGACATAGTCACTTGAGATGGGGGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACATTATGACTCCTGACGACATAGTCACTTGAGATGGGGGTTAT  450

seq1  AATCACTCGAGTCTTAGGGATGTGGCAGCGTGGAATGCTGTCCTCTGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTCGAGTCTTAGGGATGTGGCAGCGTGGAATGCTGTCCTCTGGGC  500

seq1  ATGACGTAGCCATTGTCCCCTTGAGCTCTCAGCAGCTGTGATTGCCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGTAGCCATTGTCCCCTTGAGCTCTCAGCAGCTGTGATTGCCTGCA  550

seq1  TGAGGGACATCAGGGCTATCTGTGATCCACAGTGGAGGGACAGAGGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGACATCAGGGCTATCTGTGATCCACAGTGGAGGGACAGAGGAGCT  600

seq1  CATGAGACAGACACTATCTCCAGGAGTTGGCTCCTCCCCGAGGGTGTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGACAGACACTATCTCCAGGAGTTGGCTCCTCCCCGAGGGTGTACT  650

seq1  AGTGACCTCCTTAACATTACAGAGCTTGCTAGCAATGCAAATTCTAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCTCCTTAACATTACAGAGCTTGCTAGCAATGCAAATTCTAATTT  700

seq1  TTGTTACGTTTACTTATTTATTCTGGGTGTGTGGGGGGCATAAATATCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACGTTTACTTATTTATTCTGGGTGTGTGGGGGGCATAAATATCAC  750

seq1  AGCATATGCAGGGAGGTTGGATGTCAATTTGTGGGAGTTGGTTCTGTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGCAGGGAGGTTGGATGTCAATTTGTGGGAGTTGGTTCTGTCCT  800

seq1  TAATACCATGTAGTTTGGATACAGGTCTTCAGGTTTGGTGACAAGTGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCATGTAGTTTGGATACAGGTCTTCAGGTTTGGTGACAAGTGCCC  850

seq1  -TTACCTGGTCATCCATCTTACCAGCCCAGCAATGTACATTTCCATACTG  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTGGTCATCCATCTTACCAGCCCAGCAATGTACATTTCCATACTG  900

seq1  CACCTCAGACCAACTGACTCTGTGTCTCACAAGG-ACAAGGCACCAACTG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACCTCAGACCAACTGACTCTGTGTCTCACAAGGAACAAGGCACCAACTG  950

seq1  TGAGCCAACCC-AATACTCAGAAAGACTAAGC-AGGA-GGGTGGTGAGTT  995
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  TGAGCCAACCCAAATACTCAGAAAGACTAAGCAAGGAGGGGTGGTGAGTT  1000

seq1  CAAGACCAGCCTGGAGTACATGA-TAAG-ATTCT-GTCTCAAAC  1036
      |||||||| ||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||
seq2  CAAGACCAACCT-GAGTACATGATTAAGAATTCTGGTCTCAAAC  1043


seq1: chr18_84958148_84959311
seq2: B6Ng01-190K24.g_65_1226 (reverse)

seq1  GATGGATACTCCACACAGTGTACAG-ATCTACTTGGGGTTTCCAGAGCTT  49
      |||||||||||||| ||| | |||| ||  |||   |||| | ||||  |
seq2  GATGGATACTCCACCCAG-GAACAGAATTCACT--AGGTTCCAAGAGGCT  47

seq1  TGTTCTCCTCTGTTGTAGAGCCCTATAATCCAAGCAAAGCAGACATCTTC  99
      ||||   ||| ||  ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCTCGGTGTTAGAGGCCTATTATCCAGGC-AAGCAGACATCTTC  96

seq1  ATCATCAGAGGGGGTGAAAAGGTTCATTGTATCCTCACTTAATGACCCTT  149
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCATCAGAGGGGGTGAAAA-GTTCATTGTAT-CTCACTTAATGACCCTT  144

seq1  CAATTGCCCCTTCCTGAATC--TCCCACATACAATTCTGA--CATAATCG  195
      |||||||||| || ||||||   ||||||||||| |||||   |||||||
seq2  CAATTGCCCC-TCTTGAATCCTCCCCACATACAA-TCTGAACAATAATCG  192

seq1  CATGCAGTCTCATGGTCTTAAGAGGTAGTTGAGTATTCAATGTATGGAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGTCTCATGGTCTTAAGAGGTAGTTGAGTATTCAATGTATGGAAA  242

seq1  GCTAGATGAAGAGGGACTCCATCCAGCTATAAGGATGTCATCTTCCATGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATGAAGAGGGACTCCATCCAGCTATAAGGATGTCATCTTCCATGT  292

seq1  CGGGATAAAATTTTCTGGTGGTGTGGCTGCTATGATCTTGTAAGTGAGCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATAAAATTTTCTGGTGGTGTGGCTGCTATGATCTTGTAAGTGAGCT  342

seq1  CTTCAAAGCCCAATAACTCATTGGCTCACCAAGTAGACCATGATGGAAT-  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTCAAAGCCCAATAACTCATTGGCTCACCAAGTAGACCATGATGGAATC  392

seq1  TCTACTTATGTCTGTTATTGATGCTCTGTGTCTTGGGGAAGCAGATGTCT  444
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTATGTCTGTTATTGATGCTCTGTGTCTTGGGGAAGCAGATGTCT  442

seq1  CTGCAGGGAAAGGTTCACATACTGTGCTCTGCTTCGGAGGGGTGGGAAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGGAAAGGTTCACATACTGTGCTCTGCTTCGGAGGGGTGGGAAGA  492

seq1  AGGGGGCTCAGTCAAACTGGCATACACACTTTTCTGTGTTTTATATTAAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCTCAGTCAAACTGGCATACACACTTTTCTGTGTTTTATATTAAT  542

seq1  ATTTTCCAGTGCTTACTGCATGGCTTTTCCCCCTACACCATGTTAGTTTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCAGTGCTTACTGCATGGCTTTTCCCCCTACACCATGTTAGTTTT  592

seq1  CTTGGGCTGTGACAGAATGCTTAGCATAAACAACTTAAAATGAGGAAAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCTGTGACAGAATGCTTAGCATAAACAACTTAAAATGAGGAAAGT  642

seq1  TTTGTCTAGCTCAGTTTCAGTTCATCACAGCATGGTGGGATGGCAGAACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTAGCTCAGTTTCAGTTCATCACAGCATGGTGGGATGGCAGAACA  692

seq1  GAACAATTCACAGAACAGGATATCCCGACCTTCCATAGCTCTTCCACCTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATTCACAGAACAGGATATCCCGACCTTCCATAGCTCTTCCACCTC  742

seq1  CTAAGTGTCTATTCAGATTTTGATCCCATTAATGGATTAAATAATTGTTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGTCTATTCAGATTTTGATCCCATTAATGGATTAAATAATTGTTT  792

seq1  AGGTCAGATCCCTCAAGGGACTATGGAATCACATTAACAGTCACACTCCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGATCCCTCAAGGGACTATGGAATCACATTAACAGTCACACTCCT  842

seq1  AGACATGTTCCTTAATCTCCTAGATATTTCTCAAGCCTATCAAGTCAAGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGTTCCTTAATCTCCTAGATATTTCTCAAGCCTATCAAGTCAAGC  892

seq1  TTAACCACCACATACAATGTGTTGCAGTATTTCTTATCCTTCAACCTCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCACCACATACAATGTGTTGCAGTATTTCTTATCCTTCAACCTCCA  942

seq1  ATACTGTGGCTGAAAACACATGTGAAAAAGATTTATCTCATATGGTTTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTGGCTGAAAACACATGTGAAAAAGATTTATCTCATATGGTTTCT  992

seq1  GTGGGGTTGAGATTTGGAAGTGGTTTGGGTGTGAGATAGATGACCCAAAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTTGAGATTTGGAAGTGGTTTGGGTGTGAGATAGATGACCCAAAC  1042

seq1  ATGGCTCTTTGGGAGGCATTTAGAAGCTTCTGGTTGTGCCTATAAGGTAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTTTGGGAGGCATTTAGAAGCTTCTGGTTGTGCCTATAAGGTAC  1092

seq1  TGAGTGAACTGCACCTATTTCTTCTCATTTCAACACTGGCTATACACAGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAACTGCACCTATTTCTTCTCATTTCAACACTGGCTATACACAGA  1142

seq1  TGATGTTTCTCCATGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTCTCCATGAATTC  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |