BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192O12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 55,651,443 - 55,804,475
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
Downstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104, LOC676543, LOC667432, Gramd3, LOC667458, Aldh7a1, Rnuxa, 1700065I17Rik, LOC675171
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192O12.bB6Ng01-192O12.g
ACCGA016022GA016023
length1,061677
definitionB6Ng01-192O12.b B6Ng01-192O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,651,443 - 55,652,490)(55,803,799 - 55,804,475)
sequence
gaattcctgtataactaaggctggccttggactcctgatccctttgtgga
caagaatatctctgatgttgcacaaacatgtgtaagcaaagcaaaagtaa
ctctctctataaggtaatttttccatttgttaaagggtactcacaaccca
aacgggatgtgcaagcacactggccgggaaattccccgagcttctatgct
attgcagggagttgaccttgccttagcacactggtggtagcttgatcgca
caatctgaaatggttggcaaggaggaaggggtgtgtggagtcaaccagga
atgtctggcatccagaacttgagcaaacaggccagaatttcattagctgt
aggagctttagctacagtaaatagtgttggctgattagttatcttccata
gggaaaaaatgtttctcacagttcctcctttttcttaatatattttcatg
ttcaccaccctcacccccttcaaattcagccagtatgcactgactttctg
aagtgtggactaagagttaattattgtcatgataagtgatggtgactgct
tggtaagagaggtctccagagcctctggacaagggtcccctacgccccaa
cacaagtaataaaccacctcacctatctctagaatgacttcaggtaaatc
tgcattcctagggattgttcctttgtagagtaattgacccgttccaaccg
gaatgccagctagctctctacccaggccagagactcttttcccttgagct
agagttttctcttaatgggcctttactgcaacgttaatgtaccctctgcc
acaaagtacaggcattacaggtttgcaggaccatgctctgctcaggaagt
tcactctaaagcactatagtgtttagaaagtgaaagccatcttgcccact
aaggtatctaagcaaacaatttagggccttttaacgttgagaatgaaaca
tggcgccatcttctttcttttgggctccattcttgattgtagtttctttg
agactgaaaatagcccaagaagacaaagaaagaggcaaagccaggatgaa
ggcagaagaat

gaattcttagcccagacctatgtgtatttctatttttagtttttaaaatc
ctatagttaagatggaagaaagcaacaaactactcaagtttcctaatagc
tgacccttaaaaattagatttactatatttctaaacatcctttttttttt
cacatgactttttccttataggataaaaaatggtagttatctctgcttct
gtcttaatctcatagcaagtgctttactctcactaagtgagcttcacagc
catgtctattgtaccaggtcccaaggttgctattttcaaataataactgc
cacaacctggtttcaagtgacgtacattttctaacagttagggccatatt
cagaagagcagacagatctcatgtgggtatgcggtaggggaacaggcttt
gagattaaaagagatgaatgcaaaaactaatgtgtttgatgaaaaggtga
tctgattggtcagtttgggaaatagctaccttccccccaccccaacctca
atcagcagtttaattagatgttctctgcaattacttaatcaatttctcag
ctgtcaactgtacagtagctacaacctattggccattttgttacattgac
aggcattattcacatcatatttcatgagcttgtttcccagcctggaattt
gaggaatgggtgtgtgtgtgggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_55651443_55652490
seq2: B6Ng01-192O12.b_45_1105

seq1  GAATTCCTGTATAACTAAGGCTGGCCTTGGACTCCTGATCCCTTTGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTATAACTAAGGCTGGCCTTGGACTCCTGATCCCTTTGTGGA  50

seq1  CAAGAATATCTCTGATGTTGCACAAACATGTGTAAGCAAAGCAAAAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATATCTCTGATGTTGCACAAACATGTGTAAGCAAAGCAAAAGTAA  100

seq1  CTCTCTCTATAAGGTAATTTTTCCATTTGTTAAAGGGTACTCACAACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTATAAGGTAATTTTTCCATTTGTTAAAGGGTACTCACAACCCA  150

seq1  AACGGGATGTGCAAGCACACTGGCCGGGAAATTCCCCGAGCTTCTATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGGATGTGCAAGCACACTGGCCGGGAAATTCCCCGAGCTTCTATGCT  200

seq1  ATTGCAGGGAGTTGACCTTGCCTTAGCACACTGGTGGTAGCTTGATCGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGGGAGTTGACCTTGCCTTAGCACACTGGTGGTAGCTTGATCGCA  250

seq1  CAATCTGAAATGGTTGGCAAGGAGGAAGGGGTGTGTGGAGTCAACCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGAAATGGTTGGCAAGGAGGAAGGGGTGTGTGGAGTCAACCAGGA  300

seq1  ATGTCTGGCATCCAGAACTTGAGCAAACAGGCCAGAATTTCATTAGCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGGCATCCAGAACTTGAGCAAACAGGCCAGAATTTCATTAGCTGT  350

seq1  AGGAGCTTTAGCTACAGTAAATAGTGTTGGCTGATTAGTTATCTTCCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTTTAGCTACAGTAAATAGTGTTGGCTGATTAGTTATCTTCCATA  400

seq1  GGGAAAAAATGTTTCTCACAGTTCCTCCTTTTTCTTAATATATTTTCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAATGTTTCTCACAGTTCCTCCTTTTTCTTAATATATTTTCATG  450

seq1  TTCACCACCCTCACCCCCTTCAAATTCAGCCAGTATGCACTGACTTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCACCCTCACCCCCTTCAAATTCAGCCAGTATGCACTGACTTTCTG  500

seq1  AAGTGTGGACTAAGAGTTAATTATTGTCATGATAAGTGATGGTGACTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGACTAAGAGTTAATTATTGTCATGATAAGTGATGGTGACTGCT  550

seq1  TGGTAAGAGAGGTCTCCAGAGCCTCTGGACAAGGGTCCCCTACGCCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGAGAGGTCTCCAGAGCCTCTGGACAAGGGTCCCCTACGCCCCAA  600

seq1  CACAAGTAATAAACCACCTCACCTATCTCTAGAATGACTTCAGGTAAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTAATAAACCACCTCACCTATCTCTAGAATGACTTCAGGTAAATC  650

seq1  TGCATTCCTAGGGATTGTTCCTTTGTAGAGTAATTGACCCGTTCCAACCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCCTAGGGATTGTTCCTTTGTAGAGTAATTGACCCGTTCCAACCG  700

seq1  GAATGCCAGCTAGCTCTCTACCCAGGCCAGAGACTCTTTTCCCTTGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCAGCTAGCTCTCTACCCAGGCCAGAGACTCTTTTCCCTTGAGCT  750

seq1  AGAGTTTTCTCTTAATGGGCCTTTACTGCAACGTTAATGTACCCTCTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTCTCTTAATGGGCCTTTACTGCAACGTTAATGTACCCTCTGCC  800

seq1  ACAAAGTACAGGCATTACAGGTTTGCAGGACCATGCTCTGCTCAGGAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTACAGGCATTACAGGTTTGCAGGACCATGCTCTGCTCAGGAAGT  850

seq1  TCACTCTAAAGCACTATAGTGTTTAGAAAGTGAAAGCCATCTTG-CCACT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCACTCTAAAGCACTATAGTGTTTAGAAAGTGAAAGCCATCTTGCCCACT  900

seq1  -AGGTATCTAAGCAAACAATTTAGGG-CTTTTAACGTTGAGAATG-AACA  946
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGGTATCTAAGCAAACAATTTAGGGCCTTTTAACGTTGAGAATGAAACA  950

seq1  TGGCGCCATC-TCTT--CTTTGGGCTCCATTCTTGATGTTAGTT--CTTG  991
      |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||  |||||   |||
seq2  TGGCGCCATCTTCTTTCTTTTGGGCTCCATTCTTGATTGTAGTTTCTTTG  1000

seq1  AGACTGAAAATAG-CCAAG-AGACAAAG-AAGAGGCAAAGCCAGGATG-A  1037
      ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  AGACTGAAAATAGCCCAAGAAGACAAAGAAAGAGGCAAAGCCAGGATGAA  1050

seq1  GGCAGAAGAAT  1048
      |||||||||||
seq2  GGCAGAAGAAT  1061


seq1: chr18_55803799_55804475
seq2: B6Ng01-192O12.g_67_743 (reverse)

seq1  CCCCCCCCACACACACACCCATTCCTCAAATTCCAGGCTGGGAAACAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCACACACACACCCATTCCTCAAATTCCAGGCTGGGAAACAAGC  50

seq1  TCATGAAATATGATGTGAATAATGCCTGTCAATGTAACAAAATGGCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAATATGATGTGAATAATGCCTGTCAATGTAACAAAATGGCCAAT  100

seq1  AGGTTGTAGCTACTGTACAGTTGACAGCTGAGAAATTGATTAAGTAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTAGCTACTGTACAGTTGACAGCTGAGAAATTGATTAAGTAATTG  150

seq1  CAGAGAACATCTAATTAAACTGCTGATTGAGGTTGGGGTGGGGGGAAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACATCTAATTAAACTGCTGATTGAGGTTGGGGTGGGGGGAAGGT  200

seq1  AGCTATTTCCCAAACTGACCAATCAGATCACCTTTTCATCAAACACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTCCCAAACTGACCAATCAGATCACCTTTTCATCAAACACATTA  250

seq1  GTTTTTGCATTCATCTCTTTTAATCTCAAAGCCTGTTCCCCTACCGCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGCATTCATCTCTTTTAATCTCAAAGCCTGTTCCCCTACCGCATA  300

seq1  CCCACATGAGATCTGTCTGCTCTTCTGAATATGGCCCTAACTGTTAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATGAGATCTGTCTGCTCTTCTGAATATGGCCCTAACTGTTAGAAA  350

seq1  ATGTACGTCACTTGAAACCAGGTTGTGGCAGTTATTATTTGAAAATAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACGTCACTTGAAACCAGGTTGTGGCAGTTATTATTTGAAAATAGCA  400

seq1  ACCTTGGGACCTGGTACAATAGACATGGCTGTGAAGCTCACTTAGTGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGGGACCTGGTACAATAGACATGGCTGTGAAGCTCACTTAGTGAGA  450

seq1  GTAAAGCACTTGCTATGAGATTAAGACAGAAGCAGAGATAACTACCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGCACTTGCTATGAGATTAAGACAGAAGCAGAGATAACTACCATTT  500

seq1  TTTATCCTATAAGGAAAAAGTCATGTGAAAAAAAAAAGGATGTTTAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCTATAAGGAAAAAGTCATGTGAAAAAAAAAAGGATGTTTAGAAA  550

seq1  TATAGTAAATCTAATTTTTAAGGGTCAGCTATTAGGAAACTTGAGTAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAAATCTAATTTTTAAGGGTCAGCTATTAGGAAACTTGAGTAGTT  600

seq1  TGTTGCTTTCTTCCATCTTAACTATAGGATTTTAAAAACTAAAAATAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTTCTTCCATCTTAACTATAGGATTTTAAAAACTAAAAATAGAA  650

seq1  ATACACATAGGTCTGGGCTAAGAATTC  677
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATAGGTCTGGGCTAAGAATTC  677


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |