BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193I22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 88,709,203 - 88,811,453
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC329008, LOC100039961, LOC100039972, LOC623177
Downstream geneLOC665497, LOC100040003, LOC623208, Socs6, Rttn, Cd226, Dok6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193I22.bB6Ng01-193I22.g
ACCGA016496GA016497
length1,151335
definitionB6Ng01-193I22.b B6Ng01-193I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,810,306 - 88,811,453)(88,709,203 - 88,709,537)
sequence
gaattcactgattgaattatgggacaagtgagttttattacattgattct
gatgtggaattttgactttacatttttttccgagatagtagtacacactg
gctagatttttgtcaccttcatagaaactggaatgttttgggaaaaggaa
agctcaatggagaaaatgccctgacagactgacctataggtaagtctgtt
tgggcatgttcttgaataagataaatgattgatctgagagggctcagctc
attgtgtgacactcctgaaaggtaaccttgggatgtatagaagaacagac
tgatcaagtcctcgagagccggtcagtaagtagtgttcctctgtggttct
cttcagttcctgcctccaggatactgcccttagctcctgccctgacttcc
ctcaaggatggattgtgattggagtaaatcctttccttcccacattgatt
ttggtcagaatgttttattaaaatatgagaaagcaaactaggataaagta
attcaaatatctacataaaccattaggcattttagcagcttaatgtgaat
tttaccactttactattgcttattcataatattatatcttctcacctgca
agcagtagtgacagacattcttctttcctcttttaattgtgctttaagtt
ctttgctttgtcctttccctttaaaaatatatttcatttaagatgaagtt
atatcatttccttcttccctatccttgctcatgcccctcccagattcctc
tcaaattgatagactctttttctttgattatgcatacatgcatacataca
tatatacatacataatacatacatacatgcatgcatcatacactaccttg
gattcatagcattattcttcagcttctagtcttgtacagttcttccagtg
tgtctgatttccacagtaatcacacaccccctaggacggcatctttgttc
caacatcatgctcctacctcaatattttgtggtctctttctatgatattc
accaccctccttgccctgatgacagtcttccttgactccagctctgccca
cgtcagagcatactttaatcctcttctttgaatgatccacactccaatgg
tctaatatttttggcttatgctcccacccctctcacctttgctttaaatg
c

acacagaatagagataaatggagactctgtgtaacacaagtctacacagc
ccccccccccccagcccccggttgggttgtttgcccctgaaacacatgga
gtttgactgagcttatcccatagggcctggtgctaggctgtagggaagca
ctaaaacaccgcttgagggggaggggtagtgagaggaggaagtgcagtct
tatgtgtggaaaagctggagctggtttgagttcggggattctcagaccct
tggatatccaggctccactgggagtcatggaagagaaggttggtgatatc
atatagcctggggtgggggaagaggagggagggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_88810306_88811453
seq2: B6Ng01-193I22.b_45_1195 (reverse)

seq1  GCATTTAAGCAAAAGGTGAAGAGGGTGGGAGCATAAGCC-AAAATA-TAG  48
      ||||||||   ||||||||   ||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  GCATTTAAAGCAAAGGTGAGAGGGGTGGGAGCATAAGCCAAAAATATTAG  50

seq1  ACCA-TGGAGTGT-GATCATTCAAAGAAGAGGATTAAAGTATGCTCTGAC  96
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGGAGTGTGGATCATTCAAAGAAGAGGATTAAAGTATGCTCTGAC  100

seq1  GTGGGCAGAGCCTGGAGTCAAGGAAGACCTGTCATCAGGGCAAGGAGGGT  146
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCAGAG-CTGGAGTCAAGGAAGA-CTGTCATCAGGGCAAGGAGGGT  148

seq1  -GTGAATATCATAGAAAGAGACCACAAAATATTGAGGTAGGAGCATGATG  195
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATATCATAGAAAGAGACCACAAAATATTGAGGTAGGAGCATGATG  198

seq1  TTGGAACAAAGATGCCGTCCTAGGGGGTGTGTGATTACTGTGGAAATCAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACAAAGATGCCGTCCTAGGGGGTGTGTGATTACTGTGGAAATCAG  248

seq1  ACACACTGGAAGAACTGTACAAGACTAGAAGCTGAAGAATAATGCTATGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGGAAGAACTGTACAAGACTAGAAGCTGAAGAATAATGCTATGA  298

seq1  ATCCAAGGTAGTGTATGATGCATGCATGTATGTATGTATTATGTATGTAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGGTAGTGTATGATGCATGCATGTATGTATGTATTATGTATGTAT  348

seq1  ATATGTATGTATGCATGTATGCATAATCAAAGAAAAAGAGTCTATCAATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTATGCATGTATGCATAATCAAAGAAAAAGAGTCTATCAATT  398

seq1  TGAGAGGAATCTGGGAGGGGCATGAGCAAGGATAGGGAAGAAGGAAATGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAATCTGGGAGGGGCATGAGCAAGGATAGGGAAGAAGGAAATGA  448

seq1  TATAACTTCATCTTAAATGAAATATATTTTTAAAGGGAAAGGACAAAGCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTTCATCTTAAATGAAATATATTTTTAAAGGGAAAGGACAAAGCA  498

seq1  AAGAACTTAAAGCACAATTAAAAGAGGAAAGAAGAATGTCTGTCACTACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTAAAGCACAATTAAAAGAGGAAAGAAGAATGTCTGTCACTACT  548

seq1  GCTTGCAGGTGAGAAGATATAATATTATGAATAAGCAATAGTAAAGTGGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGGTGAGAAGATATAATATTATGAATAAGCAATAGTAAAGTGGT  598

seq1  AAAATTCACATTAAGCTGCTAAAATGCCTAATGGTTTATGTAGATATTTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCACATTAAGCTGCTAAAATGCCTAATGGTTTATGTAGATATTTG  648

seq1  AATTACTTTATCCTAGTTTGCTTTCTCATATTTTAATAAAACATTCTGAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTTATCCTAGTTTGCTTTCTCATATTTTAATAAAACATTCTGAC  698

seq1  CAAAATCAATGTGGGAAGGAAAGGATTTACTCCAATCACAATCCATCCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCAATGTGGGAAGGAAAGGATTTACTCCAATCACAATCCATCCTT  748

seq1  GAGGGAAGTCAGGGCAGGAGCTAAGGGCAGTATCCTGGAGGCAGGAACTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAGTCAGGGCAGGAGCTAAGGGCAGTATCCTGGAGGCAGGAACTG  798

seq1  AAGAGAACCACAGAGGAACACTACTTACTGACCGGCTCTCGAGGACTTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACCACAGAGGAACACTACTTACTGACCGGCTCTCGAGGACTTGA  848

seq1  TCAGTCTGTTCTTCTATACATCCCAAGGTTACCTTTCAGGAGTGTCACAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTGTTCTTCTATACATCCCAAGGTTACCTTTCAGGAGTGTCACAC  898

seq1  AATGAGCTGAGCCCTCTCAGATCAATCATTTATCTTATTCAAGAACATGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTGAGCCCTCTCAGATCAATCATTTATCTTATTCAAGAACATGC  948

seq1  CCAAACAGACTTACCTATAGGTCAGTCTGTCAGGGCATTTTCTCCATTGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGACTTACCTATAGGTCAGTCTGTCAGGGCATTTTCTCCATTGA  998

seq1  GCTTTCCTTTTCCCAAAACATTCCAGTTTCTATGAAGGTGACAAAAATCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCTTTTCCCAAAACATTCCAGTTTCTATGAAGGTGACAAAAATCT  1048

seq1  AGCCAGTGTGTACTACTATCTCGGAAAAAAATGTAAAGTCAAAATTCCAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGTGTACTACTATCTCGGAAAAAAATGTAAAGTCAAAATTCCAC  1098

seq1  ATCAGAATCAATGTAATAAAACTCACTTGTCCCATAATTCAATCAGTGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATCAATGTAATAAAACTCACTTGTCCCATAATTCAATCAGTGAA  1148

seq1  TTC  1148
      |||
seq2  TTC  1151


seq1: chr18_88709203_88709537
seq2: B6Ng01-193I22.g_71_405

seq1  ACACAGAATAGAGATAAATGGAGACTCTGTGTAACACAAGTCTACACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAATAGAGATAAATGGAGACTCTGTGTAACACAAGTCTACACAGC  50

seq1  CCCCCCCCCCCCAGCCCCCGGTTGGGTTGTTTGCCCCTGAAACACATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCAGCCCCCGGTTGGGTTGTTTGCCCCTGAAACACATGGA  100

seq1  GTTTGACTGAGCTTATCCCATAGGGCCTGGTGCTAGGCTGTAGGGAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACTGAGCTTATCCCATAGGGCCTGGTGCTAGGCTGTAGGGAAGCA  150

seq1  CTAAAACACCGCTTGAGGGGGAGGGGTAGTGAGAGGAGGAAGTGCAGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACACCGCTTGAGGGGGAGGGGTAGTGAGAGGAGGAAGTGCAGTCT  200

seq1  TATGTGTGGAAAAGCTGGAGCTGGTTTGAGTTCGGGGATTCTCAGACCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGGAAAAGCTGGAGCTGGTTTGAGTTCGGGGATTCTCAGACCCT  250

seq1  TGGATATCCAGGCTCCACTGGGAGTCATGGAAGAGAAGGTTGGTGATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATCCAGGCTCCACTGGGAGTCATGGAAGAGAAGGTTGGTGATATC  300

seq1  ATATAGCCTGGGGTGGGGGAAGAGGAGGGAGGGAT  335
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCTGGGGTGGGGGAAGAGGAGGGAGGGAT  335


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |