BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195A13
Chromosome18 (Build37)
Map Location 49,923,698 - 49,982,597
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDtwd2
Downstream geneDmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93, Hdhd1a, LOC100042373
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195A13.bB6Ng01-195A13.g
ACCGA017566GA017567
length1,018835
definitionB6Ng01-195A13.b B6Ng01-195A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,981,595 - 49,982,597)(49,923,698 - 49,924,533)
sequence
gaattctatcagtacttccaatgcaaacctggctgatagtcaccgtgtca
agagttcagccacaggaggggaagtaggtttcacagggaagagggtaaag
aaagcggatcagggagaaccaagaactaaatgtagtgacactcctgtggt
gtgagttagtgaggagatgtgactacctgattctgttgggttaatgtggg
ggcctgtaggagattgtaagaaacattttgcttgtccattgctaaaagaa
gcaggatggtaccccaggtaatacaaagaattaaaattcaagaggagctc
attggatttaggactttaggaagtccttagtgaagtcactctttttgggt
agagggtatggatgttattagaagataaggacattgtgttcgttactttt
cttattaattgaaggaggaagggtttattttggctcaaggttcagggtga
ctggagctaaaagcttgacagatgagctagcttcctgcatagcagcagga
acaaggggtagcattcctcacgtcacgatggaccaggtcaacttatcaca
aacctaaggttgtctgggaagaggaacttcagttgaggaaaatgccttca
tcagattgcttataggcacgtctgtagagcattttctaaattaacaactg
atgggagagagcccagcccactctgggtagtgccatcccccggtttactg
gtcctggtgctttatggaagcaggctggctaaacccatgggagtaagtca
gtaagcagcattcttccatagcccctatacttcagttcctgtcccaggtt
cctgcctttcccttgagttctttgccttagacctcttctcattgatagac
ttatgataggggatgcattcgcccaaacaaatccctttcttctcaggatg
cttttcgaccatggtgttatcacagcaatgaaaggcaaacttaggacagc
tctgaaggcgtttgccttgctgtgagggaactcagctttcagccaagctt
agagataacctgctcacc

gaattctctgatcaagtgcatgacatttttcattttttgtttcttggtgt
ttatctgggtcattcttaagggcaaacatttctataggaaagatggatct
gtgagtatgtgatgcagagatactgccttcacctctcatactgttttcgt
ttttttacaatgacacctggacatgtgaacctcttttgttagttctgtgt
ctgttatggacagagaaggttggagaagaacacaggatctatgtgccggt
tgagcctaaaggctgggtatggctgaggtggaatgaagtcaagtgggcac
tggaagctgggctagtggacaggattggtgtcctggtccaatcctggagt
ttagggctttagttctgggagttgggaagggtgactggaggtgataatca
gccagacacaccttgttaaaccctggcttaatgtgcaggacctaactggg
cagagaggtcaaatatgatataaaatggatctgtaggtgatggcaaagtg
tgtcctgactggagtctgaaggttgagcctgtaaaaacagggctagctag
actaggctggggtgctagatgtgggacttagtctagatctgcaggattaa
ggaaggtgtatggaaggaaggattcacagggctcatccctagtaaagaat
gggcagagagcttggaatatggctgaggagaagcctcaaagttgggagct
gtactttactcaaaagcatcctactagtacaatagatagaagcctgactc
ttctcatctgcttcctccaaagcaaaaagccctgttaggtcaagaactga
tgtgtttatgaaaagataagggggtgggggaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_49981595_49982597
seq2: B6Ng01-195A13.b_44_1061 (reverse)

seq1  GGTGTGCAGGTTATCTTCTAGGCTTGGCTGAAAGCTGAG-TCCCTCACAG  49
      |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTGAGCAGGTTATC-TCTAAGCTTGGCTGAAAGCTGAGTTCCCTCACAG  49

seq1  C-AGGCAAACGCC-TCAGAGCTGTCCT-AGTTTGCTTTCTATTGCTGTGA  96
      | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||
seq2  CAAGGCAAACGCCTTCAGAGCTGTCCTAAGTTTGCCTTTCATTGCTGTGA  99

seq1  TAAACACCATGGTCG-AAAGCATCCTGAGAGGAAAGGG-TTTGTTT-GGC  143
      | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||
seq2  T-AACACCATGGTCGAAAAGCATCCTGAGAAGAAAGGGATTTGTTTGGGC  148

seq1  GAATGCAT-CCCTATCAT-AGTCTATCATTGAG-AGAGGTCTAAGGC-AA  189
      |||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||
seq2  GAATGCATCCCCTATCATAAGTCTATCAATGAGAAGAGGTCTAAGGCAAA  198

seq1  GAACTCAAGG--AAGGCAGGAACCTGGGACAGGAACTGAAGTATA-GGGC  236
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAACTCAAGGGAAAGGCAGGAACCTGGGACAGGAACTGAAGTATAGGGGC  248

seq1  TATGGAAGAATGCTGCTTACTGACTTACTCCCAT-GGTTTAGCCAGCCTG  285
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATGGAAGAATGCTGCTTACTGACTTACTCCCATGGGTTTAGCCAGCCTG  298

seq1  CTTCCATAAAGCACCAGGACCAGT-AACCGGGGGATGGCACTACCCAGAG  334
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATAAAGCACCAGGACCAGTAAACCGGGGGATGGCACTACCCAGAG  348

seq1  TGGGCTGGGCTCTCTCCCATCAGTTGTTAATTTAG-AAATGCTCTACAGA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGGCTGGGCTCTCTCCCATCAGTTGTTAATTTAGAAAATGCTCTACAGA  398

seq1  CGTGCCTATAAGCAATCTGATGAAGGCATTTTCCTCAACTGAAGTTCCTC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCTATAAGCAATCTGATGAAGGCATTTTCCTCAACTGAAGTTCCTC  448

seq1  TTCCCAGACAACCTTAGGTTTGTGATAAGTTGACCTGGTCCATCGTGACG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGACAACCTTAGGTTTGTGATAAGTTGACCTGGTCCATCGTGACG  498

seq1  TGAGGAATGCTACCCCTTGTTCCTGCTGCTATGCAGGAAGCTAGCTCATC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAATGCTACCCCTTGTTCCTGCTGCTATGCAGGAAGCTAGCTCATC  548

seq1  TGTCAAGCTTTTAGCTCCAGTCACCCTGAACCTTGAGCCAAAATAAACCC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGCTTTTAGCTCCAGTCACCCTGAACCTTGAGCCAAAATAAACCC  598

seq1  TTCCTCCTTCAATTAATAAGAAAAGTAACGAACACAATGTCCTTATCTTC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTTCAATTAATAAGAAAAGTAACGAACACAATGTCCTTATCTTC  648

seq1  TAATAACATCCATACCCTCTACCCAAAAAGAGTGACTTCACTAAGGACTT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACATCCATACCCTCTACCCAAAAAGAGTGACTTCACTAAGGACTT  698

seq1  CCTAAAGTCCTAAATCCAATGAGCTCCTCTTGAATTTTAATTCTTTGTAT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGTCCTAAATCCAATGAGCTCCTCTTGAATTTTAATTCTTTGTAT  748

seq1  TACCTGGGGTACCATCCTGCTTCTTTTAGCAATGGACAAGCAAAATGTTT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGGGTACCATCCTGCTTCTTTTAGCAATGGACAAGCAAAATGTTT  798

seq1  CTTACAATCTCCTACAGGCCCCCACATTAACCCAACAGAATCAGGTAGTC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAATCTCCTACAGGCCCCCACATTAACCCAACAGAATCAGGTAGTC  848

seq1  ACATCTCCTCACTAACTCACACCACAGGAGTGTCACTACATTTAGTTCTT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCTCACTAACTCACACCACAGGAGTGTCACTACATTTAGTTCTT  898

seq1  GGTTCTCCCTGATCCGCTTTCTTTACCCTCTTCCCTGTGAAACCTACTTC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCCCTGATCCGCTTTCTTTACCCTCTTCCCTGTGAAACCTACTTC  948

seq1  CCCTCCTGTGGCTGAACTCTTGACACGGTGACTATCAGCCAGGTTTGCAT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGTGGCTGAACTCTTGACACGGTGACTATCAGCCAGGTTTGCAT  998

seq1  TGGAAGTACTGATAGAATTC  1003
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTACTGATAGAATTC  1018


seq1: chr18_49923698_49924533
seq2: B6Ng01-195A13.g_65_899

seq1  GAATTCTCTGATCAAGTGCATGACATTTTTCATTTTTTGTTTCTTGGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGATCAAGTGCATGACATTTTTCATTTTTTGTTTCTTGGTGT  50

seq1  TTATCTGGGTCATTCTTAAGGGCAAACATTTCTATAGGAAAGATGGATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGGGTCATTCTTAAGGGCAAACATTTCTATAGGAAAGATGGATCT  100

seq1  GTGAGTATGTGATGCAGAGATACTGCCTTCACCTCTCATACTGTTTTCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTATGTGATGCAGAGATACTGCCTTCACCTCTCATACTGTTTTCGT  150

seq1  TTTTTTACAATGACACCTGGACATGTGAACCTCTTTTGTTAGTTCTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTACAATGACACCTGGACATGTGAACCTCTTTTGTTAGTTCTGTGT  200

seq1  CTGTTATGGACAGAGAAGGTTGGAGAAGAACACAGGATCTATGTGCCGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGGACAGAGAAGGTTGGAGAAGAACACAGGATCTATGTGCCGGT  250

seq1  TGAGCCTAAAGGCTGGGTATGGCTGAGGTGGAATGAAGTCAAGTGGGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTAAAGGCTGGGTATGGCTGAGGTGGAATGAAGTCAAGTGGGCAC  300

seq1  TGGAAGCTGGGCTAGTGGACAGGATTGGTGTCCTGGTCCAATCCTGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTGGGCTAGTGGACAGGATTGGTGTCCTGGTCCAATCCTGGAGT  350

seq1  TTAGGGCTTTAGTTCTGGGAGTTGGGAAGGGTGACTGGAGGTGATAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGCTTTAGTTCTGGGAGTTGGGAAGGGTGACTGGAGGTGATAATCA  400

seq1  GCCAGACACACCTTGTTAAACCCTGGCTTAATGTGCAGGACCTAACTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGACACACCTTGTTAAACCCTGGCTTAATGTGCAGGACCTAACTGGG  450

seq1  CAGAGAGGTCAAATATGATATAAAATGGATCTGTAGGTGATGGCAAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGTCAAATATGATATAAAATGGATCTGTAGGTGATGGCAAAGTG  500

seq1  TGTCCTGACTGGAGTCTGAAGGTTGAGCCTGTAAAAACAGGGCTAGCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGACTGGAGTCTGAAGGTTGAGCCTGTAAAAACAGGGCTAGCTAG  550

seq1  ACTAGGCTGGGGTGCTAGATGTGGGACTTAGTCTAGATCTGCAGGATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCTGGGGTGCTAGATGTGGGACTTAGTCTAGATCTGCAGGATTAA  600

seq1  GGAAGGTGTATGGAAGGAAGGATTCACAGGGCTCATCCCTAGTAAAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTGTATGGAAGGAAGGATTCACAGGGCTCATCCCTAGTAAAGAAT  650

seq1  GGGCAGAGAGCTTGGAATATGGCTGAGGAGAAGCCTCAAAGTTGGGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAGAGCTTGGAATATGGCTGAGGAGAAGCCTCAAAGTTGGGAGCT  700

seq1  GTACTTTACTCAAAAGCATCCTACTAGTACAATAGATAGAAGCCTGACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTACTCAAAAGCATCCTACTAGTACAATAGATAGAAGCCTGACTC  750

seq1  TTCTCATCTGCTTCCTCCAAAGCAAAAAGCCCTGTTAGGTCAAGAACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCTGCTTCCTCCAAAGCAAAAAGCCCTGTTAGGTCAAGAACTGA  800

seq1  TGTGTTTATGAAAAGATAAAGGGGGTGGGGGAATAT  836
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTATGAAAAGAT-AAGGGGGTGGGGGAATAT  835


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |