BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198F15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 56,182,004 - 56,411,574
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043104
Upstream geneLOC100043089, LOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057
Downstream geneLOC676543, LOC667432, Gramd3, LOC667458, Aldh7a1, Rnuxa, 1700065I17Rik, LOC675171, Lmnb1, March3, C330018D20Rik, Megf10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198F15.bB6Ng01-198F15.g
ACCGA019970GA019971
length1,1411,102
definitionB6Ng01-198F15.b B6Ng01-198F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,182,004 - 56,183,145)(56,410,498 - 56,411,574)
sequence
gaattcctttgcattatcatgcagcggtacctatgcccactcacatgtgc
gagattgacaatattttctctaagaacctgggtaaacaaaaaattcatta
acactgtggtcactttaagtaaatctttacttaatgatatgaaatgcccc
ataattcctactgcttgctgcatgagataatccatttaagtaaaagcaca
cgttttgtcagattgtgtgagctggacaattttttgaaccaagctaagcc
tttgagacttaaattccatttgctttagaaaaaaaaaagtagctttctgg
ttcaaaggaaaaatgcttagaagccatatttgaaaggctcatgaggggtc
ttgcacatcaaatagctctcagaaaacaacattgtgatgagttaagtata
aattaattagaaacatacgcattgtttctccctggctatccacatgggtt
tcaaagttggagaaagaatgttcgacaaaacatgtttggagttttcatga
cctaaaagcataataaagagttcaagatgtttgtagaacaaagctatttg
tttcattacagtgatttttttttccaagtgcatgactaatgatcttctgg
taaagaatattggtgcacgtataggttcttcattttgaactcatcaaaga
tatctaaaaagagaatttttcctgaaaagaaactgattaggtaactacaa
attaattctagtcttgtaaaaaaaaaggggggggcatatatatgaaatgg
agattaaaacatggtcagctcaaatctaccctgtaatgagaattagacta
gagacccgaatgcaagccccgaagagctgtcaatccttgctttgtgtcaa
atgtttatgaagctccctggataccactcacttataacaacttggtccat
gtaagcaactgtatacctccacccatctatgtatctaattctaagggtct
taaccagtaagagccatgggaagtaaaaaatgtgcaaagtaaatagcttc
ctacagtgtcacctctagagaaagtcctttaaatgttaccgttaatatag
cacatgcttactataaatcaactggtttacatgttttaaaatataggcca
ttagaaactacctagaggtgtataacttcaacttagatgga
gaattccccaactcagcatcaagcaggcaactgaagatccctgttcgggg
tataagtgctgtgtggtgagaagagactggaggcaacaggggctacacgg
ggccacgcgcagaagaaagactggaatcatagttgcatttactttggaca
gctgtagaccttgcagttaccaacacccatgtcagatggctcacaaccac
ctgtaactctagctccaggggatcctacacccacttctggcctctgcaga
taaagatggaagtcaaatgcatgaacacatacacacacacacacacacac
acacacacacacacataaacctgaaaattctgaagtcttaatttagctgc
tagaaatagtcagagaaaatgcgtttctaaacagacgattaaatagcatt
aactttgctataagttagtaacatattttgcctctaaactggaatagttt
ttggagtgtaatttatggctgttgtttaagctgatgcaggaaaagagaag
gagcagcattgcccctggtttgtgcagcaatgggaaataggcagtttgcc
tctgcctccttctcctgtatttgtatagtgaatggagcgctgtctaggaa
ttcaatctggaatcacggtcaggaagtatttcaaagctctggctggttat
actcccgatgaggttggaaattcagactcaatggctgaactcccgaggac
aaacaggtcaaagcctctattaagttatgaaagtgaaataaatcccttgg
ccaagttcatgttggctcttcgtgggaagaggcttggtagaaaagagctt
tagaacacttcatcacattttcagcatttccctggatgggacagacgtcg
tgaagtgctgggaaataaattagatgtgaaagggctgattggagtgggag
tggaagcgctttgccaagacacagctgtgtgagatctgtgggtgaaatcg
tcagagaagaaagtcagtccaaactacacccggggaactctagaagctta
atttgcatagctataatttcctcttgtattcccaagcccccttaagggat
aggctgttaaaattcagacatatttcttttaggggcgacgtgcttctagg
ga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_56182004_56183145
seq2: B6Ng01-198F15.b_45_1185

seq1  GAATTCCTTTGCATTATCATGCAGCGGTACCTATGCCCACTCACATGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGCATTATCATGCAGCGGTACCTATGCCCACTCACATGTGC  50

seq1  GAGATTGACAATATTTTCTCTAAGAACCTGGGTAAACAAAAAATTCATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTGACAATATTTTCTCTAAGAACCTGGGTAAACAAAAAATTCATTA  100

seq1  ACACTGTGGTCACTTTAAGTAAATCTTTACTTAATGATATGAAATGCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGGTCACTTTAAGTAAATCTTTACTTAATGATATGAAATGCCCC  150

seq1  ATAATTCCTACTGCTTGCTGCATGAGATAATCCATTTAAGTAAAAGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCCTACTGCTTGCTGCATGAGATAATCCATTTAAGTAAAAGCACA  200

seq1  CGTTTTGTCAGATTGTGTGAGCTGGACAATTTTTTGAACCAAGCTAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTGTCAGATTGTGTGAGCTGGACAATTTTTTGAACCAAGCTAAGCC  250

seq1  TTTGAGACTTAAATTCCATTTGCTTTAGAAAAAAAAAAGTAGCTTTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACTTAAATTCCATTTGCTTTAGAAAAAAAAAAGTAGCTTTCTGG  300

seq1  TTCAAAGGAAAAATGCTTAGAAGCCATATTTGAAAGGCTCATGAGGGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGAAAAATGCTTAGAAGCCATATTTGAAAGGCTCATGAGGGGTC  350

seq1  TTGCACATCAAATAGCTCTCAGAAAACAACATTGTGATGAGTTAAGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACATCAAATAGCTCTCAGAAAACAACATTGTGATGAGTTAAGTATA  400

seq1  AATTAATTAGAAACATACGCATTGTTTCTCCCTGGCTATCCACATGGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTAGAAACATACGCATTGTTTCTCCCTGGCTATCCACATGGGTT  450

seq1  TCAAAGTTGGAGAAAGAATGTTCGACAAAACATGTTTGGAGTTTTCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTGGAGAAAGAATGTTCGACAAAACATGTTTGGAGTTTTCATGA  500

seq1  CCTAAAAGCATAATAAAGAGTTCAAGATGTTTGTAGAACAAAGCTATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAAGCATAATAAAGAGTTCAAGATGTTTGTAGAACAAAGCTATTTG  550

seq1  TTTCATTACAGTGATTTTTTTTTCCAAGTGCATGACTAATGATCTTCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTACAGTGATTTTTTTTTCCAAGTGCATGACTAATGATCTTCTGG  600

seq1  TAAAGAATATTGGTGCACGTATAGGTTCTTCATTTTGAACTCATCAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAATATTGGTGCACGTATAGGTTCTTCATTTTGAACTCATCAAAGA  650

seq1  TATCTAAAAAGAGAATTTTTCCTGAAAAGAAACTGATTAGGTAACTACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAAAAAGAGAATTTTTCCTGAAAAGAAACTGATTAGGTAACTACAA  700

seq1  ATTAATTCTAGTCTTGTAAAAAAAAAGGGGGGGGCATATATATGAAATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTCTAGTCTTGTAAAAAAAAAGGGGGGGGCATATATATGAAATGG  750

seq1  AGATTAAAACATGGTCAGCTCAAATCTACCCTGTAATGAGAATTAGACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAACATGGTCAGCTCAAATCTACCCTGTAATGAGAATTAGACTA  800

seq1  GAGACCCGAATGCAAGCCCCGAAGAGCTGTCAATCCTTGCTTTGTGTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCGAATGCAAGCCCCGAAGAGCTGTCAATCCTTGCTTTGTGTCAA  850

seq1  ATGTTTATGAAGCTCCCTGGATACCACTCACTTATAACAACTTGGTCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTATGAAGCTCCCTGGATACCACTCACTTATAACAACTTGGTCCAT  900

seq1  GTAAGCAAACTGTATACCTCCACCCATCTATGTATCTAATTCTAAGGGTC  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGC-AACTGTATACCTCCACCCATCTATGTATCTAATTCTAAGGGTC  949

seq1  TTTAACCAGTAAGAGCCAT-GGAAGTAAAAAATGTGCAAAGTAAATAGCT  999
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTAACCAGTAAGAGCCATGGGAAGTAAAAAATGTGCAAAGTAAATAGCT  998

seq1  TCCTACAGTGTCACCTCTAGAGAAAGTCCTTTAAAATGTTACCGTTAATA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCTACAGTGTCACCTCTAGAGAAAGTCCTTT-AAATGTTACCGTTAATA  1047

seq1  TTAGCACATGCTTACTATAAATCAACTGG-TTACATGTTTTAAAAATATA  1098
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  -TAGCACATGCTTACTATAAATCAACTGGTTTACATGTTTT-AAAATATA  1095

seq1  AGCCATTAG-AACTA-CTAGA-GTGTATAACTTTAAATTTAGATGGA  1142
       |||||||| ||||| ||||| ||||||||| || || |||||||||
seq2  GGCCATTAGAAACTACCTAGAGGTGTATAAC-TTCAACTTAGATGGA  1141

seq1: chr18_56410498_56411574
seq2: B6Ng01-198F15.g_67_1168 (reverse)

seq1  TCCCTAG-AGCA---CTACCCTAAAAG-AATATG-CTGAA-TTTAACAGC  43
      ||||||| ||||   |  ||||||||| |||||| ||||| |||||||||
seq2  TCCCTAGAAGCACGTCGCCCCTAAAAGAAATATGTCTGAATTTTAACAGC  50

seq1  CTATCCCTTA--GGGGC-TGGGAATTACAGA-GAAATTATAGCCTATGCA  89
      ||||||||||  ||||| |||||||   ||| |||||||||| |||||||
seq2  CTATCCCTTAAGGGGGCTTGGGAATACAAGAGGAAATTATAG-CTATGCA  99

seq1  A--TAAGCTTCTAGAGTT-CCCGGGTGTTGTTTGG-CTG-CTTTC-TCTC  133
      |  ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||
seq2  AATTAAGCTTCTAGAGTTCCCCGGGTGTAGTTTGGACTGACTTTCTTCTC  149

seq1  TGACGGTTTCCCCCACAGATCTCACACAGCTGTGTC-TGGCAAAGCGCTT  182
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGACGATTTCACCCACAGATCTCACACAGCTGTGTCTTGGCAAAGCGCTT  199

seq1  CCACTCCCACTCCAATCAGCCC-TTCACATCTTATTTATTT-CCAGCACT  230
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CCACTCCCACTCCAATCAGCCCTTTCACATCTAATTTATTTCCCAGCACT  249

seq1  TCACGACGTCTGTCCCATCCAGGG-AATGCTG-AAATGTGATG-AGTGTT  277
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TCACGACGTCTGTCCCATCCAGGGAAATGCTGAAAATGTGATGAAGTGTT  299

seq1  CT-AAGCTC-TTTCTACCAAGCCTCTT-CCACGAAGAGCCAACATGAACT  324
      || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCTCTTTTCTACCAAGCCTCTTCCCACGAAGAGCCAACATGAACT  349

seq1  TGGCCAAGGGATTTATTTCACTTTCATAACTTAATAGAGGCTTTGACCTG  374
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAGGGATTTATTTCACTTTCATAACTTAATAGAGGCTTTGACCTG  399

seq1  TTTGTCCTCGGGAGTTCAGCCATTGAGTCTGAATTTCCAACCTCATCGGG  424
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCTCGGGAGTTCAGCCATTGAGTCTGAATTTCCAACCTCATCGGG  449

seq1  AGTATAACCAGCCAGAGCTTTGAAATACTTCCTGACCGTGATTCCAGATT  474
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAACCAGCCAGAGCTTTGAAATACTTCCTGACCGTGATTCCAGATT  499

seq1  GAATTCCTAGACAGCGCTCCATTCACTATACAAATACAGGAGAAGGAGGC  524
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGACAGCGCTCCATTCACTATACAAATACAGGAGAAGGAGGC  549

seq1  AGAGGCAAACTGCCTATTTCCCATTGCTGCACAAACCAGGGGCAATGCTG  574
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAAACTGCCTATTTCCCATTGCTGCACAAACCAGGGGCAATGCTG  599

seq1  CTCCTTCTCTTTTCCTGCATCAGCTTAAACAACAGCCATAAATTACACTC  624
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCTCTTTTCCTGCATCAGCTTAAACAACAGCCATAAATTACACTC  649

seq1  CAAAAACTATTCCAGTTTAGAGGCAAAATATGTTACTAACTTATAGCAAA  674
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTATTCCAGTTTAGAGGCAAAATATGTTACTAACTTATAGCAAA  699

seq1  GTTAATGCTATTTAATCGTCTGTTTAGAAACGCATTTTCTCTGACTATTT  724
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGCTATTTAATCGTCTGTTTAGAAACGCATTTTCTCTGACTATTT  749

seq1  CTAGCAGCTAAATTAAGACTTCAGAATTTTCAGGTTTATGTGTGTGTGTG  774
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGCTAAATTAAGACTTCAGAATTTTCAGGTTTATGTGTGTGTGTG  799

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTTCATGCATTTGACTTCCATCT  824
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTTCATGCATTTGACTTCCATCT  849

seq1  TTATCTGCAGAGGCCAGAAGTGGGTGTAGGATCCCCTGGAGCTAGAGTTA  874
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGCAGAGGCCAGAAGTGGGTGTAGGATCCCCTGGAGCTAGAGTTA  899

seq1  CAGGTGGTTGTGAGCCATCTGACATGGGTGTTGGTAACTGCAAGGTCTAC  924
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGTTGTGAGCCATCTGACATGGGTGTTGGTAACTGCAAGGTCTAC  949

seq1  AGCTGTCCAAAGTAAATGCAACTATGATTCCAGTCTTTCTTCTGCGCGTG  974
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCCAAAGTAAATGCAACTATGATTCCAGTCTTTCTTCTGCGCGTG  999

seq1  GCCCCGTGTAGCCCCTGTTGCCTCCAGTCTCTTCTCACCACACAGCACTT  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGTGTAGCCCCTGTTGCCTCCAGTCTCTTCTCACCACACAGCACTT  1049

seq1  ATACCCCGAACAGGGATCTTCAGTTGCCTGCTTGATGCTGAGTTGGGGAA  1074
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCCGAACAGGGATCTTCAGTTGCCTGCTTGATGCTGAGTTGGGGAA  1099

seq1  TTC  1077
      |||
seq2  TTC  1102