BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201K12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 86,919,861 - 87,033,395
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665437
Upstream geneLOC545269, LOC545270, LOC665402, Neto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881
Downstream geneLOC435580, LOC546719, LOC383318, Ppia-ps18_1039.1, LOC329008
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201K12.bB6Ng01-201K12.g
ACCGA022369GA022370
length1,2051,093
definitionB6Ng01-201K12.b B6Ng01-201K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,919,861 - 86,921,075)(87,032,289 - 87,033,395)
sequence
gaattcttcatttactggcatatatatatgccagtaaattgtatatatat
tgtttttttacgagagttgcaaacgtttataggacagaatttaaaggtag
ctataatcacagctaagaacaaaacaaactgcatgtaagctttcttagag
aaaaccctacatgtttaatgcacaggttctctcataaaaacagaaagaga
acttctcatttgatagtgtaaaggtttgacaaaagtaagtgggaatctat
tgtcaccctatcttccggtaagtctttactaaaatctaattagtatttct
aggttgcaagtgaatgtgtatgtataataaaaactatgttacttgtcctt
tattttatgttcccataacaaacacaccaatgtccagttttaatttatta
tagattaatttatcccagcatacagtgcccacccatgatgataatcttag
acaccacaccatgttctggaagtcagatgatagcttttctcttgcagctg
tgactgataaagtcgaacagaagcaatagctttgttttcatattttacaa
cttaatgtgtagtagataaaactatttgatcatcttataactgttgtgtc
tgaatatttaactaagacgtaaattaaatctattaatgttcagaagtgca
tagtatttaaataatatgtaaatggcttgaattaatgtttagaagtctat
ggcatgtacagtatttaactaagatataaattgtacgcattcatggttaa
aatgtatagcatgtacgggctttaagtaagatataaattacatgcattaa
tgcttagaagtgtacagcatatacagtgtttaaatatgatataaatttga
tgctccagtcttgtatatatatgtattgcatatgtgtatagaatgaaaaa
caatttgtgtaatacacacatgtacatgaatctatatatacacatagatt
tctttatatacagatatctatatatagccaccttataggactcacatagc
atcaatttttatgaaaatctactctagtacttatataatataactttcct
agttcatatcattcattctctttttataggctctaccatgatgtactcac
tagaagaagacctctaatgtcttttgttaaagtatctttttaaaaatatt
tttattacgaattttcctaattacattccaaatacatatccaaatcccca
atacc

gaattcttaaaacattttagaaatagaaattttccactcagatagaatct
catggcttcataatatctgcatgtccttggggaaagtgttgtagaaaaac
taataagtgtactaaaaatagatcgaattatctaaagggtaaaaataaga
gacaatcagcactatactttggtgtgcttgcacaagtgatgtgtatttgt
cttcaacaagattgacaggaccacaacctaaatgtaatttttaaatccac
aagggaaatatctagtaataatatttatgagactacagccattagaattg
ttaacaatgaataaaacagtattatttgctactacttattatatttggtt
attctatctagtggaatgctattattgattaaaatagcttcaatttatat
attatttaatttcatatattttcatgagtatttttgatatctgaaaagca
aaacaaaaaagtaattgtgacatttcaattatgccattatgttaatctga
ttgcaaaccatgtatttaagtgtccatgagaaaagacaaattaaataaat
cattaattttaataaacaatgatatagaaaaaataacaaagtttaatttt
aaaccataggatccattttaagccagacaggtgaagggaagagagcacat
gcatagatcctgtggccacagagctcttcttactagctcctctgcttaat
gctgtcaaagcatgagttctggggatttggagatctgtcagtgtaaggca
cagatcaggcaggatcacaaggagcactgaaggtaacactggctctgaac
cttcacatcgtccagattctttgaactcagctctgtggctatcttcatca
tgagttcccagaattgcatctccaactattgacatggcaggcattcactg
tatttgttccaagttcccctgacatactgggcatctttaaagatacattt
tatcctttgtatgaagccagggtcagaattataaagtcagtgtgagccga
gctacttctttcactatgttaaacatctgtccaggttctcttctagtttc
attggtgacagtgttggctttctctgactgtaaaccactactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_86919861_86921075
seq2: B6Ng01-201K12.b_46_1250

seq1  GAATTCTTCATTTACTGGCATATATATATGCCAGTAAATTGTATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATTTACTGGCATATATATATGCCAGTAAATTGTATATATAT  50

seq1  TGTTTTTTTACGAGAGTTGCAAACGTTTATAGGACAGAATTTAAAGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTACGAGAGTTGCAAACGTTTATAGGACAGAATTTAAAGGTAG  100

seq1  CTATAATCACAGCTAAGAACAAAACAAACTGCATGTAAGCTTTCTTAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATCACAGCTAAGAACAAAACAAACTGCATGTAAGCTTTCTTAGAG  150

seq1  AAAACCCTACATGTTTAATGCACAGGTTCTCTCATAAAAACAGAAAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCTACATGTTTAATGCACAGGTTCTCTCATAAAAACAGAAAGAGA  200

seq1  ACTTCTCATTTGATAGTGTAAAGGTTTGACAAAAGTAAGTGGGAATCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCATTTGATAGTGTAAAGGTTTGACAAAAGTAAGTGGGAATCTAT  250

seq1  TGTCACCCTATCTTCCGGTAAGTCTTTACTAAAATCTAATTAGTATTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCCTATCTTCCGGTAAGTCTTTACTAAAATCTAATTAGTATTTCT  300

seq1  AGGTTGCAAGTGAATGTGTATGTATAATAAAAACTATGTTACTTGTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGCAAGTGAATGTGTATGTATAATAAAAACTATGTTACTTGTCCTT  350

seq1  TATTTTATGTTCCCATAACAAACACACCAATGTCCAGTTTTAATTTATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGTTCCCATAACAAACACACCAATGTCCAGTTTTAATTTATTA  400

seq1  TAGATTAATTTATCCCAGCATACAGTGCCCACCCATGATGATAATCTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAATTTATCCCAGCATACAGTGCCCACCCATGATGATAATCTTAG  450

seq1  ACACCACACCATGTTCTGGAAGTCAGATGATAGCTTTTCTCTTGCAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACACCATGTTCTGGAAGTCAGATGATAGCTTTTCTCTTGCAGCTG  500

seq1  TGACTGATAAAGTCGAACAGAAGCAATAGCTTTGTTTTCATATTTTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGATAAAGTCGAACAGAAGCAATAGCTTTGTTTTCATATTTTACAA  550

seq1  CTTAATGTGTAGTAGATAAAACTATTTGATCATCTTATAACTGTTGTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGTGTAGTAGATAAAACTATTTGATCATCTTATAACTGTTGTGTC  600

seq1  TGAATATTTAACTAAGACGTAAATTAAATCTATTAATGTTCAGAAGTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTTAACTAAGACGTAAATTAAATCTATTAATGTTCAGAAGTGCA  650

seq1  TAGTATTTAAATAATATGTAAATGGCTTGAATTAATGTTTAGAAGTCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTTAAATAATATGTAAATGGCTTGAATTAATGTTTAGAAGTCTAT  700

seq1  GGCATGTACAGTATTTAACTAAGATATAAATTGTACGCATTCATGGTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTACAGTATTTAACTAAGATATAAATTGTACGCATTCATGGTTAA  750

seq1  AATGTATAGCATGTACGGGCTTTAAGTAAGATATAAATTACATGCATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATAGCATGTACGGGCTTTAAGTAAGATATAAATTACATGCATTAA  800

seq1  TGCTTAGAAGTGTACAGCATATACAGTGTTTAAATATGATATAAATTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAAGTGTACAGCATATACAGTGTTTAAATATGATATAAATTTGA  850

seq1  TGCTCCAGTCTTGTATATATATGTATTGCATATGTGTATAGAATGAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAGTCTTGTATATATATGTATTGCATATGTGTATAGAATGAAAAA  900

seq1  CAATTTGTGTAATACACACATGTACATGAATCTATATATACACATAGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGTGTAATACACACATGTACATGAATCTATATATACACATAGATT  950

seq1  TCTTTATATACAGATATCTATATATAGCCACCTTATAAGGACTCACATAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTTATATACAGATATCTATATATAGCCACCTTAT-AGGACTCACATAG  999

seq1  CATCAATTTTTATGAAAATCTACTCTAGTACTTATTAATTAATTATTACT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  | ||| |||
seq2  CATCAATTTTTATGAAAATCTACTCTAGTACTTAT--AT--AATATAACT  1045

seq1  TTCCTTAGTTCATATTCATTCATTCTC-TTTTATAGGCTCTACCATGATG  1099
      |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCC-TAGTTCATA-TCATTCATTCTCTTTTTATAGGCTCTACCATGATG  1093

seq1  TTACTCACTAGAAG-AGAACTCTTAAATGTC-TTTGTAAAAGTATCTTTT  1147
       ||||||||||||| ||| ||||  |||||| ||||| |||||||| |||
seq2  -TACTCACTAGAAGAAGACCTCT--AATGTCTTTTGTTAAAGTATC-TTT  1139

seq1  TTAAAAATATTTTTATTACGTATTTTCCTCAATTACATTTCCAATAC-TA  1196
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| ||
seq2  TTAAAAATATTTTTATTACGAATTTTCCT-AATTACATTCCAAATACATA  1188

seq1  TCCCAAAATCCCCCATACC  1215
      |||  |||||||| |||||
seq2  TCC--AAATCCCCAATACC  1205


seq1: chr18_87032289_87033395
seq2: B6Ng01-201K12.g_64_1156 (reverse)

seq1  GAGTAGTGGTTTTACAGTCCAGAGAAAGCCACAACTGTCAACCAAATTGA  50
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||| |||||  |||
seq2  GAGTAGTGG-TTTACAGT-CAGAGAAAGCCAACACTGTC-ACCAA--TGA  45

seq1  AACTAGAAGAGAACCTGGGAACAGAATTGTTTAACATAGTTGGAAAGAAG  100
      ||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||  ||||||||
seq2  AACTAGAAGAGAACCTGG--ACAGA--TGTTTAACATAGT--GAAAGAAG  89

seq1  TAGCTCGGCTCACACTGACTTTATAATTCTGAACCCTGGCTTCATACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCGGCTCACACTGACTTTATAATTCTG-ACCCTGGCTTCATACAAA  138

seq1  GGATAAAATGTATTCTTTTAAAGATGCCCAGTATGTCAGGGGAACTTGGA  200
      |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAATGTAT--CTTTAAAGATGCCCAGTATGTCAGGGGAACTTGGA  186

seq1  ACAAATACAGTGAATGCCTGCCATGTCAATAGTTGGAGATGCAATTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACAGTGAATGCCTGCCATGTCAATAGTTGGAGATGCAATTCTGG  236

seq1  GAACTCATGATGAAGATAGCCACAGAGCTGAGTTCAAAGAATCTGGACGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCATGATGAAGATAGCCACAGAGCTGAGTTCAAAGAATCTGGACGA  286

seq1  TGTGAAGGTTCAGAGCCAGTGTTACCTTCAGTGCTCCTTGTGATCCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGGTTCAGAGCCAGTGTTACCTTCAGTGCTCCTTGTGATCCTGCC  336

seq1  TGATCTGTGCCTTACACTGACAGATCTCCAAATCCCCAGAACTCATGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGTGCCTTACACTGACAGATCTCCAAATCCCCAGAACTCATGCTT  386

seq1  TGACAGCATTAAGCAGAGGAGCTAGTAAGAAGAGCTCTGTGGCCACAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCATTAAGCAGAGGAGCTAGTAAGAAGAGCTCTGTGGCCACAGGA  436

seq1  TCTATGCATGTGCTCTCTTCCCTTCACCTGTCTGGCTTAAAATGGATCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCATGTGCTCTCTTCCCTTCACCTGTCTGGCTTAAAATGGATCCT  486

seq1  ATGGTTTAAAATTAAACTTTGTTATTTTTTCTATATCATTGTTTATTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTAAAATTAAACTTTGTTATTTTTTCTATATCATTGTTTATTAAA  536

seq1  ATTAATGATTTATTTAATTTGTCTTTTCTCATGGACACTTAAATACATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGATTTATTTAATTTGTCTTTTCTCATGGACACTTAAATACATGG  586

seq1  TTTGCAATCAGATTAACATAATGGCATAATTGAAATGTCACAATTACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAATCAGATTAACATAATGGCATAATTGAAATGTCACAATTACTTT  636

seq1  TTTGTTTTGCTTTTCAGATATCAAAAATACTCATGAAAATATATGAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGCTTTTCAGATATCAAAAATACTCATGAAAATATATGAAATT  686

seq1  AAATAATATATAAATTGAAGCTATTTTAATCAATAATAGCATTCCACTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATATAAATTGAAGCTATTTTAATCAATAATAGCATTCCACTAG  736

seq1  ATAGAATAACCAAATATAATAAGTAGTAGCAAATAATACTGTTTTATTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATAACCAAATATAATAAGTAGTAGCAAATAATACTGTTTTATTCA  786

seq1  TTGTTAACAATTCTAATGGCTGTAGTCTCATAAATATTATTACTAGATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAACAATTCTAATGGCTGTAGTCTCATAAATATTATTACTAGATAT  836

seq1  TTCCCTTGTGGATTTAAAAATTACATTTAGGTTGTGGTCCTGTCAATCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGTGGATTTAAAAATTACATTTAGGTTGTGGTCCTGTCAATCTT  886

seq1  GTTGAAGACAAATACACATCACTTGTGCAAGCACACCAAAGTATAGTGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGACAAATACACATCACTTGTGCAAGCACACCAAAGTATAGTGCT  936

seq1  GATTGTCTCTTATTTTTACCCTTTAGATAATTCGATCTATTTTTAGTACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCTCTTATTTTTACCCTTTAGATAATTCGATCTATTTTTAGTACA  986

seq1  CTTATTAGTTTTTCTACAACACTTTCCCCAAGGACATGCAGATATTATGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAGTTTTTCTACAACACTTTCCCCAAGGACATGCAGATATTATGA  1036

seq1  AGCCATGAGATTCTATCTGAGTGGAAAATTTCTATTTCTAAAATGTTTTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGAGATTCTATCTGAGTGGAAAATTTCTATTTCTAAAATGTTTTA  1086

seq1  AGAATTC  1107
      |||||||
seq2  AGAATTC  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |