BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203J20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 11,822,661 - 11,823,652
singlet/doubletsinglet
Overlap geneRbbp8
Upstream geneLOC665296, 1010001N08Rik, Gata6, LOC665310, LOC100040148
Downstream geneLOC621998, Cables1, 6030446N20Rik, Riok3, 3110002H16Rik, Npc1, Ankrd29, Lama3, 2810439F02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203J20.bB6Ng01-203J20.g
ACCGA023781GA023782
length1,038120
definitionB6Ng01-203J20.b B6Ng01-203J20.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctttatttagctctgtaccccattttttaaaatagggttatttga
ttctctagagtctgatttcttgagttctctgtatatattggatattagcc
ctctattggatgtagaactggtaaagatcttttcccaatcttttgattgc
cgttttgtcctattgacagtgtcctttgccttactgaagctttgcaattt
tatgaggtcccatttgtcaattctagatcttacaacacaagccattgctg
ttctattcaggaattttccccctgtgcccatatctttgaggcccttcccc
actttctcttctattagtttcagtatatctggttttatatggtgttcctt
gatccacttggacttgagctttgtacaaggagataagaatggatcaattt
gcattcttctacatgctgacctcctgttgagccagcaccatttgttgaaa
atgctgtcttttttccactggatggttttagctcccttgtcaaagatcaa
gtgaccataggtgtgtgggtgcatttctgggttctccaaagaattacaga
cagttggatgtatttccaagtgggaagtgatatgttaggtaagatgtggt
gctgggaaagcagataggttcaggtgagcagtatgtacatgctaagaaga
ttctcgccagtggggttcaaaacagggtttctctgtgtagccctggctgt
tctggaactcttttttgtagaccagattagccttgaactcagagaatctc
ctacctctgcctcctaagtgctgagattaaaggcatggggccaacatccc
tatagctaggattagctcctgattgccaatcctgttgattgtggggtgga
tttcatatagagccatactgaaaaagaggcatgagatagaactgtcaagt
ctattaaattagagcactacaagttgctaaaaaagctatccttctttatc
tgatttgaataaaggatgataactgacagttgtttagcttgtactgtttc
agatgcctcatgatatgaagatagctcctctgatgcgt

ctgggaggggtagtgacctttatcttgattggttggctcaatctctaggg
atatggggtctttgggattggttagggctctgggaacattccagaaccac
tgctgggggtgggggtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_11822661_11823652
seq2: B6Ng01-203J20.b_87_1081

seq1  TATTTGATTCTCTAGAGTCTGATTTCTTGAGTTCTCTGTATATATTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATTCTCTAGAGTCTGATTTCTTGAGTTCTCTGTATATATTGGAT  50

seq1  ATTAGCCCTCTATTGGATGTAGAACTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCCTCTATTGGATGTAGAACTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTTT  100

seq1  TGATTGCCGTTTTGTCCTATTGACAGTGTCCTTTGCCTTACTGAAGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCCGTTTTGTCCTATTGACAGTGTCCTTTGCCTTACTGAAGCTTT  150

seq1  GCAATTTTATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTAGATCTTACAACACAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTTATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTAGATCTTACAACACAAGCC  200

seq1  ATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTTGAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTCCCCCTGTGCCCATATCTTTGAGGCC  250

seq1  CTTCCCCACTTTCTCTTCTATTAGTTTCAGTATATCTGGTTTTATATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCACTTTCTCTTCTATTAGTTTCAGTATATCTGGTTTTATATGGT  300

seq1  GTTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGA  350

seq1  TCAATTTGCATTCTTCTACATGCTGACCTCCTGTTGAGCCAGCACCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTGCATTCTTCTACATGCTGACCTCCTGTTGAGCCAGCACCATTT  400

seq1  GTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTTGTCAA  450

seq1  AGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTGCATTTCTGGGTTCTCCAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTGCATTTCTGGGTTCTCCAAAGAA  500

seq1  TTACAGACAGTTGGATGTATTTCCAAGTGGGAAGTGATATGTTAGGTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACAGTTGGATGTATTTCCAAGTGGGAAGTGATATGTTAGGTAAG  550

seq1  ATGTGGTGCTGGGAAAGCAGATAGGTTCAGGTGAGCAGTATGTACATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTGCTGGGAAAGCAGATAGGTTCAGGTGAGCAGTATGTACATGCT  600

seq1  AAGAAGATTCTCGCCAGTGGGGTTCAAAACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATTCTCGCCAGTGGGGTTCAAAACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC  650

seq1  TGGCTGTTCTGGAACTC-TTTTTGTAGACCAGATTAGCCTTGAACTCAGA  699
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTTCTGGAACTCTTTTTTGTAGACCAGATTAGCCTTGAACTCAGA  700

seq1  GAATCTCCTACCTCTGCCTCCTAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGGGGCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCCTACCTCTGCCTCCTAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGGGGCCA  750

seq1  ACATCCCTATAGCTAGGATTAGCTCCTGATTGCCAATCCTGTTGATTGT-  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATCCCTATAGCTAGGATTAGCTCCTGATTGCCAATCCTGTTGATTGTG  800

seq1  GGGTGGA-TTCATATAGAGCCATACTGAAAAAGAGGCATGAGATAGAACT  847
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGATTTCATATAGAGCCATACTGAAAAAGAGGCATGAGATAGAACT  850

seq1  GTCAAGTCTA-TAAATTAGAGCACTACAAG-TGCT-AAAAAGCTATCC-T  893
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |
seq2  GTCAAGTCTATTAAATTAGAGCACTACAAGTTGCTAAAAAAGCTATCCTT  900

seq1  CTTTATCTGATTTGAATAAA-GATGATAACTGTACAAGTTGTTTAGCTTT  942
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||
seq2  CTTTATCTGATTTGAATAAAGGATGATAACTG-AC-AGTTGTTTAGC-TT  947

seq1  GTACTGTTTCAGATGCCTCATGATATGAAGATAGCTACCTCTGATTGCGT  992
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GTACTGTTTCAGATGCCTCATGATATGAAGATAGCT-CCTCTGA-TGCGT  995


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |