BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216J23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 77,539,516 - 77,664,653
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLoxhd1
Upstream geneEG639576, EG664805, LOC620139, Ier3ip1, Hdhd2, Katnal2, Pias2, EG639653, St8sia5
Downstream geneRnf165, 8030462N17Rik, 4930465K10Rik, Ccdc5, Atp5a1, Pstpip2, 5430411K18Rik, Cd33l3, Slc14a1, Slc14a2, EG620155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216J23.bB6Ng01-216J23.g
ACCGA033266GA033267
length9111,067
definitionB6Ng01-216J23.b B6Ng01-216J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,539,516 - 77,540,396)(77,663,605 - 77,664,653)
sequence
gaattctctgtctagctctgcaccccatttttaaattgggttatttgggg
tgttggtgtttaacttcttaagtcctttataattttggatttttgataaa
gaagacaaaggcatacaacagaaaaaagaagacatcttccacaaatggtg
ctggtctaactgaatgtctacatgtctacatgacatgtctgaatgtctga
atgtctacatgaaaatcaatcaatatttatcaccctgcataaaattcatg
tccaagtggatcaaggaactcaacataaaactggatacactaaatctcat
agaagagaaagtgggaaatacccttgagcacattggtgtaggagacaatt
tcctgaacagaacacgaatggcctaggcactaagatcaacaattgataaa
tgggacctcatggaactgtaaagcttctgtaaggcaagggacagtgtcaa
taggacaaaatggcagcctacagaatgggaaaagatcttcactaacccta
catctgacagagggaaggcaggagcttaagcaggtcctgggagattcctc
taagggagatctcatttcaagctttgagacaagcacaggaaaacttgccc
tgtgggtggcagtagagggcagcagtgggcacaggacaagatgtcagatg
gccttttactccaaagctcctctgtcaatgcgcttcctgggcaagtgtcc
aacatgttcctaactttttagagagattagtctttgccttagtttaggtt
actattgctgttgaagagacaccatagccacagcataccctcataaagaa
aaacatttaattgggggcttggcttataattcagaggtttagtccattat
ccagcctttggtggtacataggcagacataatgctggagaaagagcctgg
ggagtttctac
gaattcactgttagtgggtttactgaggaatctcatctgcagccacacag
aggcatccatctttcccagtccattccctacctccttaagccagccctcc
ctcaactagacgagtcagccccttgtcatgcgggctcggtccacaccgtc
ctgctacgtactggtctcttccagctcatcacggatctcgttgttggcac
atgcgaagtctcggagtgtttgtctgtcaccttcgctcttggacagccag
cagtcacactggaatcggaaggtctcgtcacgggagttgtccttcacatc
aacgtagctcaggtgccatccaggaaatatccctgtggaagagagcgatt
agagtggaaagtgcaccccctccctgttgagacctctctccttccatcca
cagctgtgtgaccctggacaagtttattgtcctctctgtggtctggtatc
cttgttgatgaagcaaccagttgggtaggtggttttaaggactcctccaa
tttgaggaacacaggggtctttgcaaaatgcttagagttctcatgcatga
tatttcagttgtgagctccaagatactgtactgctttccccttgcaaact
ttcccactggggaatcatccaacagggaccaaaagccttattgcttccac
tggattcacgatgaggctttttctagaccttaagccccttagctgaagga
tggcttcctgacctgtgtccaccaaagctcttgtcaatgatcgtttggca
tcatttcgggtatcagctccaccaggaagcccttccctggtgttccccca
ccactctagacgcttattcagcgaatgaattcctgattttccaattttca
gaacttcagattgacaattgctattatttaacacgtgtgaataatacacc
aagtttgtttccctagggctcagccgtagacctggcagaccaatgaattg
ctccaatgaatgctggaacaaataatatgggtttgtgttggggtttctgg
gctgacctgtttagcagtcttgagaagggcctagaagctgccgctccttg
agggggtgggtcctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_77539516_77540396
seq2: B6Ng01-216J23.b_66_958

seq1  TGCACCCCATTTTTAAATTGGGTTATTTGGGGTGTTGGTGTTTAACTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCCATTTTTAAATTGGGTTATTTGGGGTGTTGGTGTTTAACTTCT  50

seq1  TAAGTCCTTTATAATTTTGGATTTTTGATAAAGAAGACAAAGGCATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTTTATAATTTTGGATTTTTGATAAAGAAGACAAAGGCATACAA  100

seq1  CAGAAAAAAGAAGACATCTTCCACAAATGGTGCTGGTCTAACTGAATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAAGAAGACATCTTCCACAAATGGTGCTGGTCTAACTGAATGTC  150

seq1  TACATGTCTACATGACATGTCTGAATGTCTGAATGTCTACATGAAAATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTCTACATGACATGTCTGAATGTCTGAATGTCTACATGAAAATCA  200

seq1  ATCAATATTTATCACCCTGCATAAAATTCATGTCCAAGTGGATCAAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATATTTATCACCCTGCATAAAATTCATGTCCAAGTGGATCAAGGAA  250

seq1  CTCAACATAAAACTGGATACACTAAATCTCATAGAAGAGAAAGTGGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACATAAAACTGGATACACTAAATCTCATAGAAGAGAAAGTGGGAAA  300

seq1  TACCCTTGAGCACATTGGTGTAGGAGACAATTTCCTGAACAGAACACGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTGAGCACATTGGTGTAGGAGACAATTTCCTGAACAGAACACGAA  350

seq1  TGGCCTAGGCACTAAGATCAACAATTGATAAATGGGACCTCATGGAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAGGCACTAAGATCAACAATTGATAAATGGGACCTCATGGAACTG  400

seq1  TAAAGCTTCTGTAAGGCAAGGGACAGTGTCAATAGGACAAAATGGCAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTTCTGTAAGGCAAGGGACAGTGTCAATAGGACAAAATGGCAGCC  450

seq1  TACAGAATGGGAAAAGATCTTCACTAACCCTACATCTGACAGAGGGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATGGGAAAAGATCTTCACTAACCCTACATCTGACAGAGGGAAGG  500

seq1  CAGGAGCTTAAGCAGGTCCTGGGAGATTCCTCTAAGGGAGATCTCATTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTTAAGCAGGTCCTGGGAGATTCCTCTAAGGGAGATCTCATTTC  550

seq1  AAGCTTTGAGACAAGCACAGGAAAACTTGCCCTGTGGGTGGCAGTAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTGAGACAAGCACAGGAAAACTTGCCCTGTGGGTGGCAGTAGAGG  600

seq1  GCAGCAGTGGGCACAGGACAAGATGTCAGATGGCCTTTTACTCCAAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGTGGGCACAGGACAAGATGTCAGATGGCCTTTTACTCCAAAGCT  650

seq1  CCTCTGTCAATGCGCTTCCTGGGCAAGTGTCCAACATGTTCCTAAC-TTT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCTCTGTCAATGCGCTTCCTGGGCAAGTGTCCAACATGTTCCTAACTTTT  700

seq1  TAGAGAGA-TAGTCTTTGCCTTAGTTAAGGTTACTATTGCTG-TGAAGAG  747
      |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  TAGAGAGATTAGTCTTTGCCTTAGTTTAGGTTACTATTGCTGTTGAAGAG  750

seq1  ACACCATAGCCACAGCA-ACCCTCATAAAGAAAAACATTTAATTGGGG--  794
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ACACCATAGCCACAGCATACCCTCATAAAGAAAAACATTTAATTGGGGGC  800

seq1  CTGGCTTATAATTCAGAGGTTTAGTCCATTAT-CAGCC-TTGGTGGTACA  842
       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  TTGGCTTATAATTCAGAGGTTTAGTCCATTATCCAGCCTTTGGTGGTACA  850

seq1  TAGGCAGACATAGTGCTGGAG-AAGAGC--TGGGAG-TTCTAC  881
      |||||||||||| |||||||| ||||||   ||||| ||||||
seq2  TAGGCAGACATAATGCTGGAGAAAGAGCCTGGGGAGTTTCTAC  893

seq1: chr18_77663605_77664653
seq2: B6Ng01-216J23.g_70_1136 (reverse)

seq1  TTCAGGA-ACACACCC-CAAGAAGCGGCAGCTTCTAGGCCCT--TCAAGA  46
      |||||||  ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTCAGGACCCACCCCCTCAAGGAGCGGCAGCTTCTAGGCCCTTCTCAAGA  50

seq1  CTGCTAAACAGTTCAGCCAAG-AACCCCAACACAAA-CCATATTTATTTG  94
      ||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  CTGCTAAACAGGTCAGCCCAGAAACCCCAACACAAACCCATA-TTATTTG  99

seq1  TT-CAGCATTCATT-GAGCAA-TCA-TGGTCTGCCAGGTCTACGGCTGAG  140
      || ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCATTCATTGGAGCAATTCATTGGTCTGCCAGGTCTACGGCTGAG  149

seq1  CCCTAGGGAAACAAACTTGGTGTATTATTCACACGTG-TAAATAATAGCA  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCTAGGGAAACAAACTTGGTGTATTATTCACACGTGTTAAATAATAGCA  199

seq1  A-TGTCAATCTGAAGTTCTG-AAATTGGAAATTCAGGAATTCATTC-CTG  236
      | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  ATTGTCAATCTGAAGTTCTGAAAATTGGAAAATCAGGAATTCATTCGCTG  249

seq1  AATAAGCGTCTAGAGTGGT-GGGGAACACCAGGGAA-GGCTTCCTGGTGG  284
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATAAGCGTCTAGAGTGGTGGGGGAACACCAGGGAAGGGCTTCCTGGTGG  299

seq1  AGCTGATACCCGAAATGATGCCAAACGATCATTGACAAGAGC-TTGGTGG  333
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCTGATACCCGAAATGATGCCAAACGATCATTGACAAGAGCTTTGGTGG  349

seq1  ACACAGGTCAGGAAGCCATCCTTCAGCTAAGGGGCTT-AGGTCTAG-AAA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  ACACAGGTCAGGAAGCCATCCTTCAGCTAAGGGGCTTAAGGTCTAGAAAA  399

seq1  AGCCTCATCGTGAATCCAGTGGAAGCAATAAGGCTTTTGGTCCCTGTTGG  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATCGTGAATCCAGTGGAAGCAATAAGGCTTTTGGTCCCTGTTGG  449

seq1  ATGATTCCCCAGTGGGAAAGTTTGCAAGGGGAAAGCAGTACAGTATCTTG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCCCCAGTGGGAAAGTTTGCAAGGGGAAAGCAGTACAGTATCTTG  499

seq1  GAGCTCACAACTGAAATATCATGCATGAGAACTCTAAGCATTTTGCAAAG  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCACAACTGAAATATCATGCATGAGAACTCTAAGCATTTTGCAAAG  549

seq1  ACCCCTGTGTTCCTCAAATTGGAGGAGTCCTTAAAACCACCTACCCAACT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGTGTTCCTCAAATTGGAGGAGTCCTTAAAACCACCTACCCAACT  599

seq1  GGTTGCTTCATCAACAAGGATACCAGACCACAGAGAGGACAATAAACTTG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTCATCAACAAGGATACCAGACCACAGAGAGGACAATAAACTTG  649

seq1  TCCAGGGTCACACAGCTGTGGATGGAAGGAGAGAGGTCTCAACAGGGAGG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGTCACACAGCTGTGGATGGAAGGAGAGAGGTCTCAACAGGGAGG  699

seq1  GGGTGCACTTTCCACTCTAATCGCTCTCTTCCACAGGGATATTTCCTGGA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCACTTTCCACTCTAATCGCTCTCTTCCACAGGGATATTTCCTGGA  749

seq1  TGGCACCTGAGCTACGTTGATGTGAAGGACAACTCCCGTGACGAGACCTT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCTGAGCTACGTTGATGTGAAGGACAACTCCCGTGACGAGACCTT  799

seq1  CCGATTCCAGTGTGACTGCTGGCTGTCCAAGAGCGAAGGTGACAGACAAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATTCCAGTGTGACTGCTGGCTGTCCAAGAGCGAAGGTGACAGACAAA  849

seq1  CACTCCGAGACTTCGCATGTGCCAACAACGAGATCCGTGATGAGCTGGAA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCGAGACTTCGCATGTGCCAACAACGAGATCCGTGATGAGCTGGAA  899

seq1  GAGACCAGTACGTAGCAGGACGGTGTGGACCGAGCCCGCATGACAAGGGG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAGTACGTAGCAGGACGGTGTGGACCGAGCCCGCATGACAAGGGG  949

seq1  CTGACTCGTCTAGTTGAGGGAGGGCTGGCTTAAGGAGGTAGGGAATGGAC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCGTCTAGTTGAGGGAGGGCTGGCTTAAGGAGGTAGGGAATGGAC  999

seq1  TGGGAAAGATGGATGCCTCTGTGTGGCTGCAGATGAGATTCCTCAGTAAA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGATGGATGCCTCTGTGTGGCTGCAGATGAGATTCCTCAGTAAA  1049

seq1  CCCACTAACAGTGAATTC  1049
      ||||||||||||||||||
seq2  CCCACTAACAGTGAATTC  1067