BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230D24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 22,017,667 - 22,173,762
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4921528I01Rik
Upstream geneD030074E01Rik, Rnf125, Rnf138, Mep1b, EG622978, Gm944, LOC665722, LOC225264, Klhl14
Downstream geneLOC546708, LOC100040547, Asxl3, Nol4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230D24.bB6Ng01-230D24.g
ACCGA043165GA043166
length9651,095
definitionB6Ng01-230D24.b B6Ng01-230D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,017,667 - 22,018,531)(22,172,658 - 22,173,762)
sequence
gaattcactagggatgttaaaaggcacttttacttttaaatggataaatt
cttcacactgatgggtttgaagtacattagggaaattcccaagggcagag
cctggggtatctgtgtgaggcctgaacaagtaggagcattgctaagaagg
tagtgggtggtctcaacctttggctcttacactctactccaaacacagct
cggatatccatgctcttgcttcccctccggactccagaaaaaaatcagta
tctattttctctggagaaaagcacattaactgaggataggagagacaatg
aacacaggtagcagaaacatggagatccagagaaaccaacaaaaagactg
tgcatatcctggaaggaagaacaacagtgcatatcctggaagggcttcaa
ctgtaaagaccacaaaacagagtaacctgtgtgagtgtatgaggaaagaa
gcaactgaagtgggggaatgacgtcttcatgtgtgcacacatacgtagca
atttttatttggtgccaagaaaagagctgttacagaaagcaagttatact
ataaagccacagcactaaaaacatcacagtactggcatacagagtgatca
ggtgaatagagttgaggacccagatatattacgcccaagaaactacagat
acttgattttttgacaaagacgataaaagcataaaccagagaaacaaaca
tctgacattgaaaactgtcttcaacaagtggcactgtgggtattggatat
aggcatgcagaagaatgaaagtagaacttcatccctctctttgcacaaat
ctcagctccaaatgaatcaaagatttcaccataagacaaatataacttcc
acccctatgttgtaatatctttgatgtacctactttgtaggtttccaaaa
gtgaaatttgtacactaatccagcacaaagcctttggatctaaaagctgc
acctgcctgagaaat

gaattctttggaataccccattattaatgctcagcaagaacttgaatata
aaaaattgattcctaactgccttagatatatctatcctgatagtttgcca
catgtgacccaaagcatagtgttcatatgtgtgatgagaaaattcagggt
tcactgatgaccaaatcttctcattggggacattttttatgtggggtcca
ctttaaggttttagtggtaaacagtgtggtagcacactctgcttcctccc
agcaagcatgatgtcattcctttttagaaactgagtaagttcacaaatac
ctatgtaaggcaatccaagaagagatatgttatatgaaaggtatacttgg
tgttactgatccagacattctccttgggcagaagaattgatcacaattat
agatcatctttagatctataattgtttagggagaaaaccctataatatct
actgtagtgttgaccaagcaaataaaagaattagatgtacaagcaactag
taagagagtcagacactctactccactctgcattcttgacagcccagtct
ttccccatgccaaagcttctctcctgtgtttttaacatttatttatttat
tgttgttgtttgtttgttgtttttggcagccatgctcagctctctgtaat
ttgtgttatgatggaagagcaatagactaccctaggagaacaattaccac
attgggtccatacacagactctctcgcaatgtcttccaaagcttatttta
ctccttaacattgctacctatctccctatgtaaggagatacaacttctcc
tggttagaggattgaaacattgggccaagtcattattttcttcacctttt
tcacatggagaatgcttggcttcttacaaaatggaaaacccacctttatt
catcagacaggcacctaaatagggaaaaattagactctttacctcagctt
taatttcaaagcatattatgacatgcgaggtagttctatagttgcctaca
attgttcttatttccacacttgatagtgctcacggactcatgctgagtat
ggaatctatgaatccaacctgcacatcagaagacgatatatgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_22017667_22018531
seq2: B6Ng01-230D24.b_46_910

seq1  GAATTCACTAGGGATGTTAAAAGGCACTTTTACTTTTAAATGGATAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGGGATGTTAAAAGGCACTTTTACTTTTAAATGGATAAATT  50

seq1  CTTCACACTGATGGGTTTGAAGTACATTAGGGAAATTCCCAAGGGCAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACTGATGGGTTTGAAGTACATTAGGGAAATTCCCAAGGGCAGAG  100

seq1  CCTGGGGTATCTGTGTGAGGCCTGAACAAGTAGGAGCATTGCTAAGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGTATCTGTGTGAGGCCTGAACAAGTAGGAGCATTGCTAAGAAGG  150

seq1  TAGTGGGTGGTCTCAACCTTTGGCTCTTACACTCTACTCCAAACACAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTGGTCTCAACCTTTGGCTCTTACACTCTACTCCAAACACAGCT  200

seq1  CGGATATCCATGCTCTTGCTTCCCCTCCGGACTCCAGAAAAAAATCAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATATCCATGCTCTTGCTTCCCCTCCGGACTCCAGAAAAAAATCAGTA  250

seq1  TCTATTTTCTCTGGAGAAAAGCACATTAACTGAGGATAGGAGAGACAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTCTCTGGAGAAAAGCACATTAACTGAGGATAGGAGAGACAATG  300

seq1  AACACAGGTAGCAGAAACATGGAGATCCAGAGAAACCAACAAAAAGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGGTAGCAGAAACATGGAGATCCAGAGAAACCAACAAAAAGACTG  350

seq1  TGCATATCCTGGAAGGAAGAACAACAGTGCATATCCTGGAAGGGCTTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCCTGGAAGGAAGAACAACAGTGCATATCCTGGAAGGGCTTCAA  400

seq1  CTGTAAAGACCACAAAACAGAGTAACCTGTGTGAGTGTATGAGGAAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGACCACAAAACAGAGTAACCTGTGTGAGTGTATGAGGAAAGAA  450

seq1  GCAACTGAAGTGGGGGAATGACGTCTTCATGTGTGCACACATACGTAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGAAGTGGGGGAATGACGTCTTCATGTGTGCACACATACGTAGCA  500

seq1  ATTTTTATTTGGTGCCAAGAAAAGAGCTGTTACAGAAAGCAAGTTATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTTGGTGCCAAGAAAAGAGCTGTTACAGAAAGCAAGTTATACT  550

seq1  ATAAAGCCACAGCACTAAAAACATCACAGTACTGGCATACAGAGTGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCCACAGCACTAAAAACATCACAGTACTGGCATACAGAGTGATCA  600

seq1  GGTGAATAGAGTTGAGGACCCAGATATATTACGCCCAAGAAACTACAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATAGAGTTGAGGACCCAGATATATTACGCCCAAGAAACTACAGAT  650

seq1  ACTTGATTTTTTGACAAAGACGATAAAAGCATAAACCAGAGAAACAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATTTTTTGACAAAGACGATAAAAGCATAAACCAGAGAAACAAACA  700

seq1  TCTGACATTGAAAACTGTCTTCAACAAGTGGCACTGTGGGTATTGGATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACATTGAAAACTGTCTTCAACAAGTGGCACTGTGGGTATTGGATAT  750

seq1  AGGCATGCAGAAGAATGAAAGTAGAACTTCATCCCTCTCTTTGCACAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCAGAAGAATGAAAGTAGAACTTCATCCCTCTCTTTGCACAAAT  800

seq1  CTCAGCTCCAAATGAATCAAAGATTTCACCATAAGACAAATATAACTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCCAAATGAATCAAAGATTTCACCATAAGACAAATATAACTTCC  850

seq1  ACCCCTATGTTGTAA  865
      |||||||||||||||
seq2  ACCCCTATGTTGTAA  865


seq1: chr18_22172658_22173762
seq2: B6Ng01-230D24.g_71_1165 (reverse)

seq1  CCACATA-ATCATCTTTCTGATGGTGCAGGTTTGAATTCATAGGATTCCA  49
      ||||||| ||| || ||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||
seq2  CCACATATATCGTC-TTCTGAT-GTGCAGG-TTGGATTCATA-GATTCCA  46

seq1  TTACTCAGCATGGAGTGCCGTGAGCACTTATCAAGTGGTTGGGAAATGAA  99
       |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||    |||||| ||
seq2  -TACTCAGCAT-GAGT-CCGTGAGCAC-TATCAAGTG---TGGAAAT-AA  88

seq1  GAAACAATTTGTAGGCAACTATAGAACTAACTCGCATGTCATAATATGCT  149
      | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  G-AACAA-TTGTAGGCAACTATAGAACTACCTCGCATGTCATAATATGCT  136

seq1  TTGAAATTAAAGCTGAGGTTAAAAGAGTCTAATTTTT-CCTATTTAGGTG  198
      |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGAAATTAAAGCTGAGGT--AAAGAGTCTAATTTTTCCCTATTTAGGTG  184

seq1  CCTGTCTGATGAAT-AAGGTGGGTTTTCCATTTTGTTAGAAGCCAAGCAT  247
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTGTCTGATGAATAAAGGTGGGTTTTCCATTTTGTAAGAAGCCAAGCAT  234

seq1  TCTCCATGTG-AAAAGGTGAAG-AAATAATGACTTGG-CCAATGTTTCAA  294
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTCCATGTGAAAAAGGTGAAGAAAATAATGACTTGGCCCAATGTTTCAA  284

seq1  TCCTCTAACCAGGAGAAGTTGTATCTCCTTACATAGGGAGATAGGTAGCA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAACCAGGAGAAGTTGTATCTCCTTACATAGGGAGATAGGTAGCA  334

seq1  ATGTTAAGGAGTAAAATAAGCTTTGGAAGACATTGCGAGAGAGTCTGTGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAGGAGTAAAATAAGCTTTGGAAGACATTGCGAGAGAGTCTGTGT  384

seq1  ATGGACCCAATGTGGTAATTGTTCTCCTAGGGTAGTCTATTGCTCTTCCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCCAATGTGGTAATTGTTCTCCTAGGGTAGTCTATTGCTCTTCCA  434

seq1  TCATAACACAAATTACAGAGAGCTGAGCATGGCTGCCAAAAACAACAAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACACAAATTACAGAGAGCTGAGCATGGCTGCCAAAAACAACAAAC  484

seq1  AAACAACAACAATAAATAAATAAATGTTAAAAACACAGGAGAGAAGCTTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAACAATAAATAAATAAATGTTAAAAACACAGGAGAGAAGCTTT  534

seq1  GGCATGGGGAAAGACTGGGCTGTCAAGAATGCAGAGTGGAGTAGAGTGTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGGAAAGACTGGGCTGTCAAGAATGCAGAGTGGAGTAGAGTGTC  584

seq1  TGACTCTCTTACTAGTTGCTTGTACATCTAATTCTTTTATTTGCTTGGTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTCTTACTAGTTGCTTGTACATCTAATTCTTTTATTTGCTTGGTC  634

seq1  AACACTACAGTAGATATTATAGGGTTTTCTCCCTAAACAATTATAGATCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTACAGTAGATATTATAGGGTTTTCTCCCTAAACAATTATAGATCT  684

seq1  AAAGATGATCTATAATTGTGATCAATTCTTCTGCCCAAGGAGAATGTCTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGATCTATAATTGTGATCAATTCTTCTGCCCAAGGAGAATGTCTG  734

seq1  GATCAGTAACACCAAGTATACCTTTCATATAACATATCTCTTCTTGGATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTAACACCAAGTATACCTTTCATATAACATATCTCTTCTTGGATT  784

seq1  GCCTTACATAGGTATTTGTGAACTTACTCAGTTTCTAAAAAGGAATGACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACATAGGTATTTGTGAACTTACTCAGTTTCTAAAAAGGAATGACA  834

seq1  TCATGCTTGCTGGGAGGAAGCAGAGTGTGCTACCACACTGTTTACCACTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTGCTGGGAGGAAGCAGAGTGTGCTACCACACTGTTTACCACTA  884

seq1  AAACCTTAAAGTGGACCCCACATAAAAAATGTCCCCAATGAGAAGATTTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTAAAGTGGACCCCACATAAAAAATGTCCCCAATGAGAAGATTTG  934

seq1  GTCATCAGTGAACCCTGAATTTTCTCATCACACATATGAACACTATGCTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCAGTGAACCCTGAATTTTCTCATCACACATATGAACACTATGCTT  984

seq1  TGGGTCACATGTGGCAAACTATCAGGATAGATATATCTAAGGCAGTTAGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACATGTGGCAAACTATCAGGATAGATATATCTAAGGCAGTTAGG  1034

seq1  AATCAATTTTTTATATTCAAGTTCTTGCTGAGCATTAATAATGGGGTATT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATTTTTTATATTCAAGTTCTTGCTGAGCATTAATAATGGGGTATT  1084

seq1  CCAAAGAATTC  1105
      |||||||||||
seq2  CCAAAGAATTC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |