BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234F16
Chromosome18 (Build37)
Map Location 83,965,741 - 84,092,760
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfp516, LOC100041001, 4921531P14Rik, LOC665284
Downstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik, Cyb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234F16.bB6Ng01-234F16.g
ACCGA046145GA046146
length1,168146
definitionB6Ng01-234F16.b B6Ng01-234F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,965,741 - 83,966,904)(84,092,615 - 84,092,760)
sequence
gaattcatccctgcgtgggaagatgcaggaggaaatgcctatggatcttg
aattctggagtgcttgtgactcattgggtgccctgctaaatgtcaattct
gattctgccacagtgagatggcccgccatctccacttctgacaagcttct
agtgatactagatgaatcttcagcgcttccagggctcctctgcagctgga
acctcgatgaaatgactcagatgtggaagagaaaattgctatgcctgtca
agatgtgatatccggagctagggagatggctcagtgtgtgatgtgcttgc
cgtgaatagtgggcaagcatgaggacatgtgttcaacatctagaacacac
acaacagtgttggcatggtggtgtgcttctcccactagaaatggagacag
gctagagtggccatggtggtgtagcccacccactagatattgagacaggc
tagcatagttggtgagctgtaggccagtgaaaaagcctgtctgaaaggaa
gaggttgggaacactggcttatgatgaataaggtctgtcctccagggaac
aggacacacaggtgcacacatacatatgcaaaagaatgggatatctgcac
acagataattaattcaaacacaggtggtctagataaagcatataagcttg
atttgtaatctcacagcttgatgactgtttatgtgacgcaggacctagca
tctatgttgcttatcagtctctccatctcctctgagaagtggctctcctc
gtcttgatgggaaaaaaccctaaccagtgaaatagatacacaacatatgt
acagacaatggcacatcataggtcccctttagccaaggtgcacttcctac
agtttcagtgatctatcaccaactaaaatcccagaacactagatggaaaa
ttcccgaaacaagctgtgaatacatttttcaattacctgcatatgatgaa
gtcattactatctcccttcattcctctaggatacgaaccatctttactca
gagtattttaaagtgtgtatacctcctccctttatcgctaccaccatctg
ggttatgagataacaatacagatgctggaacctgcttggattcagacagc
cactgggaaatttctgatgtttctctgtgatgaaggacagttctactgtg
tagtctggttaacacatt

cctggctacagccactgttcagacacaggactcagaggggctgggatatc
agagatgattaactctgtcatttctgaccaagcttaagatggtgcaacaa
cgttataggggtgtaacctgtacctggtgatgggggggggggctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_83965741_83966904
seq2: B6Ng01-234F16.b_48_1215

seq1  GAATTCATCCCTGCGTGGGAAGATGCAGGAGGAAATGCCTATGGATCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCCTGCGTGGGAAGATGCAGGAGGAAATGCCTATGGATCTTG  50

seq1  AATTCTGGAGTGCTTGTGACTCATTGGGTGCCCTGCTAAATGTCAATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGGAGTGCTTGTGACTCATTGGGTGCCCTGCTAAATGTCAATTCT  100

seq1  GATTCTGCCACAGTGAGATGGCCCGCCATCTCCACTTCTGACAAGCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGCCACAGTGAGATGGCCCGCCATCTCCACTTCTGACAAGCTTCT  150

seq1  AGTGATACTAGATGAATCTTCAGCGCTTCCAGGGCTCCTCTGCAGCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATACTAGATGAATCTTCAGCGCTTCCAGGGCTCCTCTGCAGCTGGA  200

seq1  ACCTCGATGAAATGACTCAGATGTGGAAGAGAAAATTGCTATGCCTGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCGATGAAATGACTCAGATGTGGAAGAGAAAATTGCTATGCCTGTCA  250

seq1  AGATGTGATATCCGGAGCTAGGGAGATGGCTCAGTGTGTGATGTGCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGATATCCGGAGCTAGGGAGATGGCTCAGTGTGTGATGTGCTTGC  300

seq1  CGTGAATAGTGGGCAAGCATGAGGACATGTGTTCAACATCTAGAACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAATAGTGGGCAAGCATGAGGACATGTGTTCAACATCTAGAACACAC  350

seq1  ACAACAGTGTTGGCATGGTGGTGTGCTTCTCCCACTAGAAATGGAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTGTTGGCATGGTGGTGTGCTTCTCCCACTAGAAATGGAGACAG  400

seq1  GCTAGAGTGGCCATGGTGGTGTAGCCCACCCACTAGATATTGAGACAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGTGGCCATGGTGGTGTAGCCCACCCACTAGATATTGAGACAGGC  450

seq1  TAGCATAGTTGGTGAGCTGTAGGCCAGTGAAAAAGCCTGTCTGAAAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATAGTTGGTGAGCTGTAGGCCAGTGAAAAAGCCTGTCTGAAAGGAA  500

seq1  GAGGTTGGGAACACTGGCTTATGATGAATAAGGTCTGTCCTCCAGGGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGGGAACACTGGCTTATGATGAATAAGGTCTGTCCTCCAGGGAAC  550

seq1  AGGACACACAGGTGCACACATACATATGCAAAAGAATGGGATATCTGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACACAGGTGCACACATACATATGCAAAAGAATGGGATATCTGCAC  600

seq1  ACAGATAATTAATTCAAACACAGGTGGTCTAGATAAAGCATATAAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAATTAATTCAAACACAGGTGGTCTAGATAAAGCATATAAGCTTG  650

seq1  ATTTGTAATCTCACAGCTTGATGACTGTTTATGTGACGCAGGACCTAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAATCTCACAGCTTGATGACTGTTTATGTGACGCAGGACCTAGCA  700

seq1  TCTATGTTGCTTATCAGTCTCTCCATCTCCTCTGAGAAGTGGCTCTCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTTGCTTATCAGTCTCTCCATCTCCTCTGAGAAGTGGCTCTCCTC  750

seq1  GTCTTGATGGGAAAAAACCCTAACCAGTGAAATAGATACACAACATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGATGGGAAAAAACCCTAACCAGTGAAATAGATACACAACATATGT  800

seq1  ACAGACAATGGCACATCATAGGTCCCCTTTAGCCAAGGTGCACTTCCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAATGGCACATCATAGGTCCCCTTTAGCCAAGGTGCACTTCCTAC  850

seq1  AGTTTCAGTGATCTATCACCAACTAAAATCCCAGAACACTAGATGGAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGTGATCTATCACCAACTAAAATCCCAGAACACTAGATGGAAAA  900

seq1  TTCCCGAAACAAGCTGTGAATACATTTTTCAATTACCTGCATATGATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGAAACAAGCTGTGAATACATTTTTCAATTACCTGCATATGATGAA  950

seq1  GTCATTACTATCTCCCTTCATTCCTCTAGGATACGAACCATCTTTACTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTACTATCTCCCTTCATTCCTCTAGGATACGAACCATCTTTACTCA  1000

seq1  GAGTA-TTTAAAGTGTGTATACCTCCTCCCTTTATCGCTACCACCATCTT  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGTATTTTAAAGTGTGTATACCTCCTCCCTTTATCGCTACCACCATCTG  1050

seq1  GGTTATGAGAATAAC-ATACAGATGCTGGAACCTGCTTTGGTTTCAGACA  1098
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  GGTTATGAG-ATAACAATACAGATGCTGGAACCTGC-TTGGATTCAGACA  1098

seq1  AGCACTGGG-AATTTCTGAGTGTTTCTCTGTGGATG-AGGACA--TCTAC  1144
        ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||  |||||
seq2  GCCACTGGGAAATTTCTGA-TGTTTCTCTGT-GATGAAGGACAGTTCTAC  1146

seq1  TGTGTAGTCTG--TTACACATT  1164
      |||||||||||  | |||||||
seq2  TGTGTAGTCTGGTTAACACATT  1168


seq1: chr18_84092615_84092760
seq2: B6Ng01-234F16.g_72_217 (reverse)

seq1  CCAGCCCCCCCCCCCATCACCAGGTACAGGTTACACCCCTATAACGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCCCCCCCCATCACCAGGTACAGGTTACACCCCTATAACGTTGT  50

seq1  TGCACCATCTTAAGCTTGGTCAGAAATGACAGAGTTAATCATCTCTGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCATCTTAAGCTTGGTCAGAAATGACAGAGTTAATCATCTCTGATA  100

seq1  TCCCAGCCCCTCTGAGTCCTGTGTCTGAACAGTGGCTGTAGCCAGG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCCCTCTGAGTCCTGTGTCTGAACAGTGGCTGTAGCCAGG  146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |