BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235G05
Chromosome18 (Build37)
Map Location 89,424,312 - 89,533,674
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd226, Dok6
Upstream geneLOC100039972, LOC623177, LOC665497, LOC100040003, LOC623208, Socs6, Rttn
Downstream geneLOC383320, LOC620693, Eif3s6-ps2, LOC665526
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235G05.bB6Ng01-235G05.g
ACCGA046876GA046877
length1,2241,169
definitionB6Ng01-235G05.b B6Ng01-235G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,424,312 - 89,425,529)(89,532,513 - 89,533,674)
sequence
gaattcagataggtaaaattcaaacatgagtacttagctttgccccttaa
aacccatgcattgtcccaatgatggaaacaaacaaacaaacaaaaacaac
aacaaaaacctccttgactctaaattaaccattttaactgttttgtccct
atatacaaatttcatcctaaaaggccccaggaattattagcagcacatgg
tatatattaataagtaaagcttttctgaaggcagataaccaattatcatt
tttagaaatgagtataagattagcagtatttgattcttaacagaaattcc
agttttgagtattccaatttaattactcaaatgaatatttatgtgaagta
tttaaaacatactgatttgcattttgacaaatattcaaaggcagtataat
ggctttttagaggactatttatctaaaagatcagcacatgaagaacaagc
atgaatctatcactcccaaagatacatcttcaaagcccaatttgcacctt
aaagctataatttacattgaagcaatccaagaatccttaataggtattga
cccaatagagatatatattttttctttttcaacatctgtaaagtataaaa
taaatatttagcagtttactgacctcttttttatttatttccagaatgca
tttgttggtactcaaaagtagccatggtgctataatgtttcagaatggca
ctggcattttattttattagctaatagaaactgattttctcatgcacaag
tataaagtgaaatataaatgcttttatttgagctcacatagcttaaaatg
gctttagtcatattgaaagtgagcaaaatgaagaaaaagctaattataat
tctatgcatgaatgcaagaaagaataggtgctaagagaagaggacattag
caaaggctggggtacttcctgtggctacacattaaagatgctcaagagtc
acgatatgcaaaagttcctcaatactgggcagtataaaaagacaggttta
acagttatggaaaatacagttcacaaagtataattgtttgaatattaatg
tcatcaatttcatgtcttatttgataattaaccactattcttcattctta
tcttgtgtgatgcttagaaataaatataatgtatgattatttttgtggaa
gaaagaggcaagcattaatttgaacctcctatatgcacagtttaataaat
tgccctatgggtgtaggcgagttt

gaattcccagagaccgtggccatcaccccaaaccataaacagtacccctg
taatatgaagcaagtagaagctcagttctattttcactgtgtagagtatg
agagagttagaaaagaaattaccatgataggtagaaaataaacattaagg
ggtagatgaagatcacaatatcaagttaatgtttagcatatgatccattt
aaacttggcacttaaccaacaacaagtaaagctattgaaggggcataact
gattgtttggaacagtggcaaaagagtttggcacaagacagtgtgcatta
gtgtactcagaatgcgtaaattgtcatcataatgcctcttaaacacaccc
tggtctatagtagaatcaccaggtaatgaagccagacaacttgatgagaa
atggctgtttcatttacttccttaatatgtcccaatctataaattaacaa
tataaaaactgctttatctgccctacccctttaacaggagggtatcatgg
aagaatggtaatgatttcctatgcatgagggatagaaatgcactacagta
cagtacataacatcacttcaatatcttaacaaacttgccacttaagatta
acattatttcaaatgtaaaatattagcagtagtgttgtttaagttgaaat
cattataaggtctttttatgcataaattttgtattagtatttattcattg
tgcataatgatgggacagaaaagcaagcaagttcattactgcacaagaat
tctgaacttttattatttggatgtgaaacatcccacaagaactctaaact
ttgagcattattcatacactgtgatggggggatttgacagttataggtgc
tgttttggggaaactgtaaattttggaaagtagggtgtagctagaggtag
tgggtccctgggtctcttgaaattttccagcctggctcagccctcctgtt
ttcctattcagccaaagtctaaggaagcaagaatccacagcagcaaatat
tctcaaatccttttccttgacttaatcctcaaataattcctttccctttt
aatttgacttttctgttgggtgtggtacagtgatgacgaaaaggtagaaa
aaacatgaatcagtattacatttcctggcaatataccttcactggacatt
taaccttgggatcaagtta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_89424312_89425529
seq2: B6Ng01-235G05.b_46_1269

seq1  GAATTCAGATAGGTAAAATTCAAACATGAGTACTTAGCTTTGCCCCTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATAGGTAAAATTCAAACATGAGTACTTAGCTTTGCCCCTTAA  50

seq1  AACCCATGCATTGTCCCAATGATGGAAACAAACAAACAAACAAAAACAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGCATTGTCCCAATGATGGAAACAAACAAACAAACAAAAACAAC  100

seq1  AACAAAAACCTCCTTGACTCTAAATTAACCATTTTAACTGTTTTGTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAACCTCCTTGACTCTAAATTAACCATTTTAACTGTTTTGTCCCT  150

seq1  ATATACAAATTTCATCCTAAAAGGCCCCAGGAATTATTAGCAGCACATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAAATTTCATCCTAAAAGGCCCCAGGAATTATTAGCAGCACATGG  200

seq1  TATATATTAATAAGTAAAGCTTTTCTGAAGGCAGATAACCAATTATCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTAATAAGTAAAGCTTTTCTGAAGGCAGATAACCAATTATCATT  250

seq1  TTTAGAAATGAGTATAAGATTAGCAGTATTTGATTCTTAACAGAAATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAATGAGTATAAGATTAGCAGTATTTGATTCTTAACAGAAATTCC  300

seq1  AGTTTTGAGTATTCCAATTTAATTACTCAAATGAATATTTATGTGAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGAGTATTCCAATTTAATTACTCAAATGAATATTTATGTGAAGTA  350

seq1  TTTAAAACATACTGATTTGCATTTTGACAAATATTCAAAGGCAGTATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACATACTGATTTGCATTTTGACAAATATTCAAAGGCAGTATAAT  400

seq1  GGCTTTTTAGAGGACTATTTATCTAAAAGATCAGCACATGAAGAACAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTTAGAGGACTATTTATCTAAAAGATCAGCACATGAAGAACAAGC  450

seq1  ATGAATCTATCACTCCCAAAGATACATCTTCAAAGCCCAATTTGCACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCTATCACTCCCAAAGATACATCTTCAAAGCCCAATTTGCACCTT  500

seq1  AAAGCTATAATTTACATTGAAGCAATCCAAGAATCCTTAATAGGTATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATAATTTACATTGAAGCAATCCAAGAATCCTTAATAGGTATTGA  550

seq1  CCCAATAGAGATATATATTTTTTCTTTTTCAACATCTGTAAAGTATAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAGAGATATATATTTTTTCTTTTTCAACATCTGTAAAGTATAAAA  600

seq1  TAAATATTTAGCAGTTTACTGACCTCTTTTTTATTTATTTCCAGAATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTAGCAGTTTACTGACCTCTTTTTTATTTATTTCCAGAATGCA  650

seq1  TTTGTTGGTACTCAAAAGTAGCCATGGTGCTATAATGTTTCAGAATGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGTACTCAAAAGTAGCCATGGTGCTATAATGTTTCAGAATGGCA  700

seq1  CTGGCATTTTATTTTATTAGCTAATAGAAACTGATTTTCTCATGCACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTTTATTTTATTAGCTAATAGAAACTGATTTTCTCATGCACAAG  750

seq1  TATAAAGTGAAATATAAATGCTTTTATTTGAGCTCACATAGCTTAAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTGAAATATAAATGCTTTTATTTGAGCTCACATAGCTTAAAATG  800

seq1  GCTTTAGTCATATTGAAAGTGAGCAAAATGAAGAAAAAGCTAATTATAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGTCATATTGAAAGTGAGCAAAATGAAGAAAAAGCTAATTATAAT  850

seq1  TCTATGCATGAATGCAAGAAAGAATAGGTGCTAAGAGAAGAGGACATTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCATGAATGCAAGAAAGAATAGGTGCTAAGAGAAGAGGACATTAG  900

seq1  CAAAGGCTGGGGTACTTCCTGTGGCTACACATTAAAGATGCTCAAGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTGGGGTACTTCCTGTGGCTACACATTAAAGATGCTCAAGAGTC  950

seq1  ACGATATGCAAAAGTTCCTCAATACTGGGCAGTAT-AAAAGACAGGTTT-  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  ACGATATGCAAAAGTTCCTCAATACTGGGCAGTATAAAAAGACAGGTTTA  1000

seq1  ACAGTTATGGAAAAATACAGGTTCACAAAGTATAATTGTTTTGATATTAA  1048
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  ACAGTTATGG-AAAATACA-GTTCACAAAGTATAATTGTTTGAATATTAA  1048

seq1  TGTCATCAATTTTCATGTCTTATTTGATAAATTACCACTAATTCTTCATT  1098
      ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||
seq2  TGTCATCAA-TTTCATGTCTTATTTGATAATTAACCACT-ATTCTTCATT  1096

seq1  CTTATC-TGTGTGAATGCTTAGGAATAAATAT-ATGTATGAATATTTGT-  1145
      |||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | 
seq2  CTTATCTTGTGTG-ATGCTTAGAAATAAATATAATGTATGATTATTTTTG  1145

seq1  --GAAG-AAGAGCAAAGCAATTATT--GACCTCCTATATGGAAAACAG-T  1189
        |||| |||||  ||||| | |||   ||||||||||||    |||| |
seq2  TGGAAGAAAGAGGCAAGCATTAATTTGAACCTCCTATATG---CACAGTT  1192

seq1  TAATAAATATGTCAT---GGTGTAGGC-AGTTT  1218
      |||||||| || | |   ||||||||| |||||
seq2  TAATAAAT-TGCCCTATGGGTGTAGGCGAGTTT  1224


seq1: chr18_89532513_89533674
seq2: B6Ng01-235G05.g_69_1237 (reverse)

seq1  TAACTTTGATCCCAAGTTTAAAATGT-CAGTGAAGTTATAT--GCAAGAA  47
      |||| ||||||||||| || |||||| |||||||| |||||   || |||
seq2  TAAC-TTGATCCCAAGGTT-AAATGTCCAGTGAAGGTATATTGCCAGGAA  48

seq1  ATGTAATACTGATTCATGTTTTTTCTA-CTTTTCGTCATCACTGTTACCC  96
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| 
seq2  ATGTAATACTGATTCATGTTTTTTCTACCTTTTCGTCATCACTG-TACC-  96

seq1  AACACCCAACAG-AAAGTCAAATTTAAAAAGGAAAGG-ATTATTTGAGGA  144
       ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  -ACACCCAACAGAAAAGTCAAA-TTAAAAGGGAAAGGAATTATTTGAGGA  144

seq1  TTAAGTCAAGG-AAAGGATTTGAGAATATTTGCTGCTGT-GATTCTTTGC  192
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  TTAAGTCAAGGAAAAGGATTTGAGAATATTTGCTGCTGTGGATTC-TTGC  193

seq1  TTCCTTAGACTTTGGCTGAATA-GAAAACAGGA-GGCTGAGCCAGGCTGG  240
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAGACTTTGGCTGAATAGGAAAACAGGAGGGCTGAGCCAGGCTGG  243

seq1  -AAATTTCAAGAGA-CCAGGGACCCACTACCTCTAGCTACACCCTACTTT  288
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAAGAGACCCAGGGACCCACTACCTCTAGCTACACCCTACTTT  293

seq1  CCAAAATTTACAGTTT-CCCAAAACAGCACCTATAACTGTCAAAT-CCCC  336
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCAAAATTTACAGTTTCCCCAAAACAGCACCTATAACTGTCAAATCCCCC  343

seq1  CATCACAGTGTATGAATAATGCTCAAAGTTTAGAGTTCTTGTGGGATGTT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAGTGTATGAATAATGCTCAAAGTTTAGAGTTCTTGTGGGATGTT  393

seq1  TCACATCCAAATAATAAAAGTTCAGAATTCTTGTGCAGTAATGAACTTGC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCCAAATAATAAAAGTTCAGAATTCTTGTGCAGTAATGAACTTGC  443

seq1  TTGCTTTTCTGTCCCATCATTATGCACAATGAATAAATACTAATACAAAA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTCTGTCCCATCATTATGCACAATGAATAAATACTAATACAAAA  493

seq1  TTTATGCATAAAAAGACCTTATAATGATTTCAACTTAAACAACACTACTG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCATAAAAAGACCTTATAATGATTTCAACTTAAACAACACTACTG  543

seq1  CTAATATTTTACATTTGAAATAATGTTAATCTTAAGTGGCAAGTTTGTTA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTTTACATTTGAAATAATGTTAATCTTAAGTGGCAAGTTTGTTA  593

seq1  AGATATTGAAGTGATGTTATGTACTGTACTGTAGTGCATTTCTATCCCTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTGAAGTGATGTTATGTACTGTACTGTAGTGCATTTCTATCCCTC  643

seq1  ATGCATAGGAAATCATTACCATTCTTCCATGATACCCTCCTGTTAAAGGG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGGAAATCATTACCATTCTTCCATGATACCCTCCTGTTAAAGGG  693

seq1  GTAGGGCAGATAAAGCAGTTTTTATATTGTTAATTTATAGATTGGGACAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGCAGATAAAGCAGTTTTTATATTGTTAATTTATAGATTGGGACAT  743

seq1  ATTAAGGAAGTAAATGAAACAGCCATTTCTCATCAAGTTGTCTGGCTTCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGAAGTAAATGAAACAGCCATTTCTCATCAAGTTGTCTGGCTTCA  793

seq1  TTACCTGGTGATTCTACTATAGACCAGGGTGTGTTTAAGAGGCATTATGA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGGTGATTCTACTATAGACCAGGGTGTGTTTAAGAGGCATTATGA  843

seq1  TGACAATTTACGCATTCTGAGTACACTAATGCACACTGTCTTGTGCCAAA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATTTACGCATTCTGAGTACACTAATGCACACTGTCTTGTGCCAAA  893

seq1  CTCTTTTGCCACTGTTCCAAACAATCAGTTATGCCCCTTCAATAGCTTTA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTGCCACTGTTCCAAACAATCAGTTATGCCCCTTCAATAGCTTTA  943

seq1  CTTGTTGTTGGTTAAGTGCCAAGTTTAAATGGATCATATGCTAAACATTA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGTTGGTTAAGTGCCAAGTTTAAATGGATCATATGCTAAACATTA  993

seq1  ACTTGATATTGTGATCTTCATCTACCCCTTAATGTTTATTTTCTACCTAT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATATTGTGATCTTCATCTACCCCTTAATGTTTATTTTCTACCTAT  1043

seq1  CATGGTAATTTCTTTTCTAACTCTCTCATACTCTACACAGTGAAAATAGA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAATTTCTTTTCTAACTCTCTCATACTCTACACAGTGAAAATAGA  1093

seq1  ACTGAGCTTCTACTTGCTTCATATTACAGGGGTACTGTTTATGGTTTGGG  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTTCTACTTGCTTCATATTACAGGGGTACTGTTTATGGTTTGGG  1143

seq1  GTGATGGCCACGGTCTCTGGGAATTC  1162
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCCACGGTCTCTGGGAATTC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |