BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238D01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 86,758,650 - 86,789,518
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665382, LOC545269, LOC545270, LOC665402, Neto1
Downstream geneCbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580, LOC546719, LOC383318, Ppia-ps18_1039.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238D01.bB6Ng01-238D01.g
ACCGA048950GA048951
length1,1511,111
definitionB6Ng01-238D01.b B6Ng01-238D01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,788,375 - 86,789,518)(86,758,650 - 86,759,756)
sequence
gaattcactaagaatacacagacttgcaaaaaacgaggcttcatgctgtg
cagtaagcaggcagtttgagtcagcagcctgcaaacagttacatgtgtat
taaaagggagcgatatcatctctattttccactatttgaaaatactcctt
cctgaattaaatttacactcaaggaaatttctctcttttcttctatctct
tcatcctatcacttcagtatgtgtgtagacttttgcaaataatacatata
aacaatcaagagtagtgttttcagacaaaatttaaatgagaaaattatga
tgacatcaacataatttagtgtttattgtttgttagacacttttcaatat
ttgtatacagaggtatatgtacttaatcagtcattgacactctaacaggg
cagggattcaaaattagccatttgttctcctgaaaagaaaggacttgtct
caactactttccatatatctttggatctagaacactggatgaagatagtt
tttaatttgcagaataaaagtgggtaaagaaagattttatttcaaacagg
aaattagttaaaattctacaaccacccaggctgatataggcttacaactt
tgaattagcatgtgattgtgtgtttacttttggcctgtagacggatctct
gtcgtacttctttccaacatatagatgcttgtcacattcttcccatcttc
ttagaacccatccaatcagattaaaacttctgctaagtattttgttcccc
cttctaagaaggatcgaagcatgcacactttggtcttccatttatttatt
tatttatttatttatttatttatttatttatttatttagctttcttatag
cctgtatgttgtatcatgggtattccaaccttctttttgggttaatatcc
acttatcagtgaatgcataccatgtattttcttttgtggctgttttacct
aactcatgacgatattttctagttccatccattttcctgcgaattttatg
aagtcattgtttttatagtggaggtagtgctcactgtgtaaatgtaccac
agtttctgtatccatcacctctgttgatggaccagctggggttcttttcc
agtctggctaagtataatcaaggcatgctatgaatatagatggccacatg
t

gaattcagatccatgacaaatcaagaaaggatacaaaattattttcaaat
tcatatcttaatacaccagagttttatttatctttctatcgtcactttag
tatatgaaagactagagagagccagtagagcccatggaaatgtcataata
atgggctctaactaagcaagatcctgtcacactggatagatgaatttgag
agcaagcagatgctgaagtacagtgcatagggtattgcaagttctgagga
actgaaaagcgatgaatgtcatgagcttcagtacatgtctaaaatagata
caaacaaaaactcaattatactgttaaatgataattcaagtaaaatggtg
atattccagagtactgtaaaagtattgtttaaatatataaaacaggagat
aaaggggattgccaaatatctgggagaaaaaaatatggatggagatggga
cagtgaagagcttgaatatgtatatctaatttacaacaatatggtagagc
tgagccataaactgttatcagctctggagctccaaaggaagggaagaact
agagattagtctgtagagtgcttttgaccatacctggcagcattggagct
gaaattaggatatataatgtgatgactggttttaaaattcaagttaccat
accttagaatcatccaagaggggaccatacactgtgggttgtccacatca
gattagtatgtgaaatattactttgattcctttaattagtgtgagatgat
cggctgtaaatgttggcagcaccttctgacatttggctcagataaaacaa
gtcatggaagaaggaaaactagttatctgctctgctggctttccctctgc
tgctgagtacacctagctcaatgctgttgatgttttcaatgatattagaa
tctgcttttttgggttctttgttttgcatagatatggaaccagtggctct
ccacaatccctcaaggctttctgtgtcaccttagaaacactgacctatag
cttcatgatctagcaactactgacttctcagcttctcacatgtgggcagt
cattgttggctcctgcaactgtttgagaacaccagaagcttcactgatgg
aaacaactgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_86788375_86789518
seq2: B6Ng01-238D01.b_44_1194 (reverse)

seq1  ACATGT-GCCA-CTATATTCATAGCA-GCCTTATTTATA-ATAGCCAGAA  46
      |||||| |||| |||||||||||||| |||||  |||||  |||||||| 
seq2  ACATGTGGCCATCTATATTCATAGCATGCCTTGATTATACTTAGCCAGA-  49

seq1  CCTGG-AAAGAA-CCCAGCT-GTCCATCAACAGA-GTGATGGATACAGAA  92
       |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  -CTGGAAAAGAACCCCAGCTGGTCCATCAACAGAGGTGATGGATACAGAA  98

seq1  ACTGTGGTACATTTACACAGTGGAGCACTA-CTCCACTATTAAAAACAAT  141
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  ACTGTGGTACATTTACACAGT-GAGCACTACCTCCACTA-TAAAAACAAT  146

seq1  GACTTCATAAAATTCGCAGGAAAATGGATGGAACTAGAAAATATCGTCAT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATAAAATTCGCAGGAAAATGGATGGAACTAGAAAATATCGTCAT  196

seq1  GAGTTAGGTAAAACAGCCACAAAAGAAAATACATGGTATGCATTCACTGA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGGTAAAACAGCCACAAAAGAAAATACATGGTATGCATTCACTGA  246

seq1  TAAGTGGATATTAA-CCAAAAAGAAGGTTGGAATACCCATGATACAACAT  290
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGATATTAACCCAAAAAGAAGGTTGGAATACCCATGATACAACAT  296

seq1  ACAGGCTATAAG-AAGCTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  339
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTATAAGAAAGCTAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT  346

seq1  AAATAAATAAATAAATGGAAGACCAAAGTGTGCATGCTTCGATCCTTCTT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATAAATGGAAGACCAAAGTGTGCATGCTTCGATCCTTCTT  396

seq1  AGAAGGGGGAACAAAATACTTAGCAGAAGTTTTAATCTGATTGGATGGGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGGGAACAAAATACTTAGCAGAAGTTTTAATCTGATTGGATGGGT  446

seq1  TCTAAGAAGATGGGAAGAATGTGACAAGCATCTATATGTTGGAAAGAAGT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAAGATGGGAAGAATGTGACAAGCATCTATATGTTGGAAAGAAGT  496

seq1  ACGACAGAGATCCGTCTACAGGCCAAAAGTAAACACACAATCACATGCTA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACAGAGATCCGTCTACAGGCCAAAAGTAAACACACAATCACATGCTA  546

seq1  ATTCAAAGTTGTAAGCCTATATCAGCCTGGGTGGTTGTAGAATTTTAACT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGTTGTAAGCCTATATCAGCCTGGGTGGTTGTAGAATTTTAACT  596

seq1  AATTTCCTGTTTGAAATAAAATCTTTCTTTACCCACTTTTATTCTGCAAA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTGTTTGAAATAAAATCTTTCTTTACCCACTTTTATTCTGCAAA  646

seq1  TTAAAAACTATCTTCATCCAGTGTTCTAGATCCAAAGATATATGGAAAGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACTATCTTCATCCAGTGTTCTAGATCCAAAGATATATGGAAAGT  696

seq1  AGTTGAGACAAGTCCTTTCTTTTCAGGAGAACAAATGGCTAATTTTGAAT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGACAAGTCCTTTCTTTTCAGGAGAACAAATGGCTAATTTTGAAT  746

seq1  CCCTGCCCTGTTAGAGTGTCAATGACTGATTAAGTACATATACCTCTGTA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCCTGTTAGAGTGTCAATGACTGATTAAGTACATATACCTCTGTA  796

seq1  TACAAATATTGAAAAGTGTCTAACAAACAATAAACACTAAATTATGTTGA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAATATTGAAAAGTGTCTAACAAACAATAAACACTAAATTATGTTGA  846

seq1  TGTCATCATAATTTTCTCATTTAAATTTTGTCTGAAAACACTACTCTTGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCATAATTTTCTCATTTAAATTTTGTCTGAAAACACTACTCTTGA  896

seq1  TTGTTTATATGTATTATTTGCAAAAGTCTACACACATACTGAAGTGATAG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATATGTATTATTTGCAAAAGTCTACACACATACTGAAGTGATAG  946

seq1  GATGAAGAGATAGAAGAAAAGAGAGAAATTTCCTTGAGTGTAAATTTAAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGAGATAGAAGAAAAGAGAGAAATTTCCTTGAGTGTAAATTTAAT  996

seq1  TCAGGAAGGAGTATTTTCAAATAGTGGAAAATAGAGATGATATCGCTCCC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGGAGTATTTTCAAATAGTGGAAAATAGAGATGATATCGCTCCC  1046

seq1  TTTTAATACACATGTAACTGTTTGCAGGCTGCTGACTCAAACTGCCTGCT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATACACATGTAACTGTTTGCAGGCTGCTGACTCAAACTGCCTGCT  1096

seq1  TACTGCACAGCATGAAGCCTCGTTTTTTGCAAGTCTGTGTATTCTTAGTG  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCACAGCATGAAGCCTCGTTTTTTGCAAGTCTGTGTATTCTTAGTG  1146

seq1  AATTC  1144
      |||||
seq2  AATTC  1151


seq1: chr18_86758650_86759756
seq2: B6Ng01-238D01.g_62_1172

seq1  GAATTCAGATCCATGACAAATCAAGAAAGGATACAAAATTATTTTCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCCATGACAAATCAAGAAAGGATACAAAATTATTTTCAAAT  50

seq1  TCATATCTTAATACACCAGAGTTTTATTTATCTTTCTATCGTCACTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCTTAATACACCAGAGTTTTATTTATCTTTCTATCGTCACTTTAG  100

seq1  TATATGAAAGACTAGAGAGAGCCAGTAGAGCCCATGGAAATGTCATAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAAAGACTAGAGAGAGCCAGTAGAGCCCATGGAAATGTCATAATA  150

seq1  ATGGGCTCTAACTAAGCAAGATCCTGTCACACTGGATAGATGAATTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTCTAACTAAGCAAGATCCTGTCACACTGGATAGATGAATTTGAG  200

seq1  AGCAAGCAGATGCTGAAGTACAGTGCATAGGGTATTGCAAGTTCTGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAGATGCTGAAGTACAGTGCATAGGGTATTGCAAGTTCTGAGGA  250

seq1  ACTGAAAAGCGATGAATGTCATGAGCTTCAGTACATGTCTAAAATAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGCGATGAATGTCATGAGCTTCAGTACATGTCTAAAATAGATA  300

seq1  CAAACAAAAACTCAATTATACTGTTAAATGATAATTCAAGTAAAATGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAAACTCAATTATACTGTTAAATGATAATTCAAGTAAAATGGTG  350

seq1  ATATTCCAGAGTACTGTAAAAGTATTGTTTAAATATATAAAACAGGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCAGAGTACTGTAAAAGTATTGTTTAAATATATAAAACAGGAGAT  400

seq1  AAAGGGGATTGCCAAATATCTGGGAGAAAAAAATATGGATGGAGATGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGATTGCCAAATATCTGGGAGAAAAAAATATGGATGGAGATGGGA  450

seq1  CAGTGAAGAGCTTGAATATGTATATCTAATTTACAACAATATGGTAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAGAGCTTGAATATGTATATCTAATTTACAACAATATGGTAGAGC  500

seq1  TGAGCCATAAACTGTTATCAGCTCTGGAGCTCCAAAGGAAGGGAAGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATAAACTGTTATCAGCTCTGGAGCTCCAAAGGAAGGGAAGAACT  550

seq1  AGAGATTAGTCTGTAGAGTGCTTTTGACCATACCTGGCAGCATTGGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTAGTCTGTAGAGTGCTTTTGACCATACCTGGCAGCATTGGAGCT  600

seq1  GAAATTAGGATATATAATGTGATGACTGGTTTTAAAATTCAAGTTACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAGGATATATAATGTGATGACTGGTTTTAAAATTCAAGTTACCAT  650

seq1  ACCTTAGAATCATCCAAGAGGGGACCATACACTGTGGGTTGTCCACATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGAATCATCCAAGAGGGGACCATACACTGTGGGTTGTCCACATCA  700

seq1  GATTAGTATGTGAAATATTACTTTGATTCCTTTAATTAGTGTGAGATGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTATGTGAAATATTACTTTGATTCCTTTAATTAGTGTGAGATGAT  750

seq1  CGGCTGTAAATGTTGGCAGCACCTTCTGACATTTGGCTCAGATAAAACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGTAAATGTTGGCAGCACCTTCTGACATTTGGCTCAGATAAAACAA  800

seq1  GTCATGGAAGAAGGAAAACTAGTTATCTGCTCTGCTGGCTTTCCCTCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGAAGAAGGAAAACTAGTTATCTGCTCTGCTGGCTTTCCCTCTGC  850

seq1  TGCTGAGTACACCTAGCTCAATGCTGTTGATGTTTTCAATGATATTAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGTACACCTAGCTCAATGCTGTTGATGTTTTCAATGATATTAGAA  900

seq1  TCTGCTTTTTT-GGTTCTTTGTTTTGCATAGATATGGAACCAGTGGCTCT  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTTTTGGGTTCTTTGTTTTGCATAGATATGGAACCAGTGGCTCT  950

seq1  CCAACAAT-CCTCAAGGCTTTCTGTGTCACCTTAGAAACACTGACCTATT  998
      || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CC-ACAATCCCTCAAGGCTTTCTGTGTCACCTTAGAAACACTGACCTA-T  998

seq1  AGCTTCATGATCTAGCAACTACTGACTTCTCAGCTTCTCACATGTGGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATGATCTAGCAACTACTGACTTCTCAGCTTCTCACATGTGGGCA  1048

seq1  GTCATTGTTGGCTCCTGCAACTGTTTTGAG-ACA-CAG-AGCTTCACGGT  1095
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| | 
seq2  GTCATTGTTGGCTCCTGCAACTG-TTTGAGAACACCAGAAGCTTCACTGA  1097

seq1  TG--AACAACTGTT  1107
      ||  ||||||||||
seq2  TGGAAACAACTGTT  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |