BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240C23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 85,062,228 - 85,165,536
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo15, 1700034H14Rik
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik, Cyb5
Downstream geneLOC100039765, LOC665382, LOC545269
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240C23.bB6Ng01-240C23.g
ACCGA050418GA050419
length1,172281
definitionB6Ng01-240C23.b B6Ng01-240C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,164,362 - 85,165,536)(85,062,228 - 85,062,499)
sequence
gaattctcggggtatgtgactcagtcttccacctgtcgctgatgtcatgg
aaagaaacaggtcttatctcgaaggaataaaaacgcagttcttgatggag
gatgtaggagtaggtatggcccaggaacttgcttaaatttagatatccct
aaatacaatgttctaagacttttgaaacctgttttatgaaattttattgt
tcttgcagaacaaagaatgtaataaatgaaggcaaatttaaaatactttg
ttgagaatatcaggaagactattacagaaaacgaggaagcttttctttca
gcctcagacgctatttgatggcatcctcagctttggggctggtaaaagtt
agtggtccactaaggtaatatacttcaaagctccctaccttcttcctttc
ttcctccctctcttcttccctccttccctccttcctccttcctttcttcc
ttcttccttccttcccctcagcctccactttctaccactgacctatccat
gctgtgtgatggggcacttgcattccctgctctgtaaactctatgggtat
tattcttttataaatacctgtcttttcgctactgacgctgcagtctgtac
ttttggagatctgtctttggtttgtcctcagctccttccctcacccctac
aacctctgcttttacatctacaactatctcccactctctccaaactctcg
tatatgcacatatatcatcctgtctgtttgccacagaaatttaagtttct
tcctgctcttattcacataggaccataccagttctctagctactcctgtt
ccacatgccccccacaagatatttgtgatgtataagtataccatgtctaa
catctataccataaatcaaataaaaatatataaatgttactatctgtctt
tgtgtgcatgtacataagacgtctactggtccatatttactgtgatgctt
agttttttgttaacttaatacaacttagtgtcatcttaaagaggggatct
taaattgagaaaaatacctccatcagagggcctatagcaagagtttaatg
gcctgatgtgggggagagcttagctcacttgagtaactggggttgcaata
caggagaatctaagcagcccttgagaaagcaaagcagcagaaccagttct
gtggctcgctcagtctgccttg

tttctttttaggcaccagcaggcccagaaaccaatgcctttccataggga
acccaccaaatgacctcaggctgtggacacttcacctccctccttatgtt
ccctctgccccatgtgtatgttgtgagtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgc
gtatgtggtatgtatgtggtgtgtgattgtatgtggtgtatgtgtgtgtg
tatgtgtgtgtatgtggcgtgtgtgtgtgtgtacgtgtatgtgtttgtga
gagctgtaagcccgtgtatgtggcgtatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_85164362_85165536
seq2: B6Ng01-240C23.b_48_1219 (reverse)

seq1  CAAGGCAGGAACTGAAGCAGAAGCCACAGAAAACTGCTCCTTGCTGCTTT  50
      ||||||||  |||| |||   ||||||||  ||||| | | |||||||||
seq2  CAAGGCAG--ACTG-AGC--GAGCCACAG--AACTGGTTC-TGCTGCTTT  42

seq1  GC-TTCTCAAGGCTTGCTTAGA-TCTCCTTGTTATGCAA-CCCAG-TACT  96
      || |||||||||  |||||||| ||||| |||  ||||| ||||| ||||
seq2  GCTTTCTCAAGGGCTGCTTAGATTCTCC-TGTATTGCAACCCCAGTTACT  91

seq1  TCAGTGGGCTAGGCTCT--CCCACATCA-GCCATTAACCTCTTGCCTATA  143
        |||| |||| |||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||
seq2  CAAGTGAGCTAAGCTCTCCCCCACATCAGGCCATTAAACTCTTG-CTATA  140

seq1  GGCCCCTCTGATGGAGGTA-TTTTCTCAA-TTAAGGTCCCCTCTTTTAAG  191
      || |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||
seq2  GG-CCCTCTGATGGAGGTATTTTTCTCAATTTAAGATCCCCTC-TTTAAG  188

seq1  ATGACACTAAGTTGTATTAAGTTAACAAAAAACTAAGCATCACAGTAAAT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACTAAGTTGTATTAAGTTAACAAAAAACTAAGCATCACAGTAAAT  238

seq1  ATGGACCAGTAGACGTCTTATGTACATGCACACAAAGACAGATAGTAACA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCAGTAGACGTCTTATGTACATGCACACAAAGACAGATAGTAACA  288

seq1  TTTATATATTTTTATTTGATTTATGGTATAGATGTTAGACATGGTATACT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATATTTTTATTTGATTTATGGTATAGATGTTAGACATGGTATACT  338

seq1  TATACATCACAAATATCTTGTGGGGGGCATGTGGAACAGGAGTAGCTAGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATCACAAATATCTTGTGGGGGGCATGTGGAACAGGAGTAGCTAGA  388

seq1  GAACTGGTATGGTCCTATGTGAATAAGAGCAGGAAGAAACTTAAATTTCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTATGGTCCTATGTGAATAAGAGCAGGAAGAAACTTAAATTTCT  438

seq1  GTGGCAAACAGACAGGATGATATATGTGCATATACGAGAGTTTGGAGAGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAACAGACAGGATGATATATGTGCATATACGAGAGTTTGGAGAGA  488

seq1  GTGGGAGATAGTTGTAGATGTAAAAGCAGAGGTTGTAGGGGTGAGGGAAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGATAGTTGTAGATGTAAAAGCAGAGGTTGTAGGGGTGAGGGAAG  538

seq1  GAGCTGAGGACAAACCAAAGACAGATCTCCAAAAGTACAGACTGCAGCGT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAGGACAAACCAAAGACAGATCTCCAAAAGTACAGACTGCAGCGT  588

seq1  CAGTAGCGAAAAGACAGGTATTTATAAAAGAATAATACCCATAGAGTTTA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCGAAAAGACAGGTATTTATAAAAGAATAATACCCATAGAGTTTA  638

seq1  CAGAGCAGGGAATGCAAGTGCCCCATCACACAGCATGGATAGGTCAGTGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGGGAATGCAAGTGCCCCATCACACAGCATGGATAGGTCAGTGG  688

seq1  TAGAAAGTGGAGGCTGAGGGGAAGGAAGGAAGAAGGAAGAAAGGAAGGAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGTGGAGGCTGAGGGGAAGGAAGGAAGAAGGAAGAAAGGAAGGAG  738

seq1  GAAGGAGGGAAGGAGGGAAGAAGAGAGGGAGGAAGAAAGGAAGAAGGTAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGGAAGGAGGGAAGAAGAGAGGGAGGAAGAAAGGAAGAAGGTAG  788

seq1  GGAGCTTTGAAGTATATTACCTTAGTGGACCACTAACTTTTACCAGCCCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTTGAAGTATATTACCTTAGTGGACCACTAACTTTTACCAGCCCC  838

seq1  AAAGCTGAGGATGCCATCAAATAGCGTCTGAGGCTGAAAGAAAAGCTTCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAGGATGCCATCAAATAGCGTCTGAGGCTGAAAGAAAAGCTTCC  888

seq1  TCGTTTTCTGTAATAGTCTTCCTGATATTCTCAACAAAGTATTTTAAATT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTCTGTAATAGTCTTCCTGATATTCTCAACAAAGTATTTTAAATT  938

seq1  TGCCTTCATTTATTACATTCTTTGTTCTGCAAGAACAATAAAATTTCATA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCATTTATTACATTCTTTGTTCTGCAAGAACAATAAAATTTCATA  988

seq1  AAACAGGTTTCAAAAGTCTTAGAACATTGTATTTAGGGATATCTAAATTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGTTTCAAAAGTCTTAGAACATTGTATTTAGGGATATCTAAATTT  1038

seq1  AAGCAAGTTCCTGGGCCATACCTACTCCTACATCCTCCATCAAGAACTGC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTTCCTGGGCCATACCTACTCCTACATCCTCCATCAAGAACTGC  1088

seq1  GTTTTTATTCCTTCGAGATAAGACCTGTTTCTTTCCATGACATCAGCGAC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATTCCTTCGAGATAAGACCTGTTTCTTTCCATGACATCAGCGAC  1138

seq1  AGGTGGAAGACTGAGTCACATACCCCGAGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAAGACTGAGTCACATACCCCGAGAATTC  1172


seq1: chr18_85062228_85062499
seq2: B6Ng01-240C23.g_73_353

seq1  TTTCTTTTTAGGCACCAGCAGGCCCAGAAACCAATGCCTTTCCATAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTAGGCACCAGCAGGCCCAGAAACCAATGCCTTTCCATAGGGA  50

seq1  ACCCACCAAATGACCTCAGGCTGTGGACACTTCACCTCCCTCCTTATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCAAATGACCTCAGGCTGTGGACACTTCACCTCCCTCCTTATGTT  100

seq1  CCCTCTGCCCCATGTGTATGTTGTGAGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGCCCCATGTGTATGTTGTGAGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGC  150

seq1  GTATGTGGTATGTATGTGGTGTGTGATTGTATGTGGTGTATGTGTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGGTATGTATGTGGTGTGTGATTGTATGTGGTGTATGTGTGTGTG  200

seq1  TATGTGTGTGTATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTATGTGT  250
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| 
seq2  TATGTGTGTGTATGTGGCGTGTGTGTGTGTGTACGTGTATGTGTTTGTGA  250

seq1  GAGCTGTA------TGTATGT---GTATGTG  272
      ||||||||      |||||||   |||||||
seq2  GAGCTGTAAGCCCGTGTATGTGGCGTATGTG  281


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |