BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241G02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 4,384,900 - 4,532,409
singlet/doubletdoublet
Overlap genePapd1, EG664931, LOC100039354
Upstream geneCul2, EG621501, Bambi, LOC100039273, LOC435549, EG664867, LOC621666, Lyzl1, LOC383374, LOC664909, Map3k8
Downstream geneLOC433157, 9430020K01Rik, LOC268988, Svil, Zfp438
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241G02.bB6Ng01-241G02.g
ACCGA051309GA051310
length8711,098
definitionB6Ng01-241G02.b B6Ng01-241G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,384,900 - 4,385,763)(4,531,330 - 4,532,409)
sequence
ggaattcagcattctgattggctaaacaagctgtccagtagcactggttg
tctgcagacacgtaccaatggagctgcttcctagccctattttgtcaaag
ttttgtttatttactgggcaagcatcagtgtattcatctgcgtcttccat
agtaacattgtgttattttggtgcagggtttatgattagcctacatgttc
tcttgctttttatatcattcattctaagctcaagtatgctttggtggcag
tcggtttcccagatctcagtgccccttacatatgactatctcttgctgag
gctgaatccagagcagcctaatgtcagctctctggtcatccctttctttc
cagcagccaggctgactcatttgtctctgcctgtgtccttcctaccaatg
aaaatgctgacaagaccatcgagagctgaagtatggccctttatggcttg
ttctgatcctaagaatgatctaggaagccggcttacatacaaagcatacc
cacatgggtgcagcaccatacacacatgcacagagcacttcactcactgt
ccttgacctggccatccctcccagctccagtcctccgccttgaagcccat
tgctcagaacctcagaactggattgttttggttttggtttggttttggtt
ttggttttttgtgtggcatcatctgtaccttttccatgtattttgtatcc
tttgcttatgagagaacaagtctcactcactcaactcctctactgtctgc
tcttcagttagtggctttttaaaaaccatcttgggatgagttaattttca
aaatatatttattactattttgtcttaaaatgggatgatcctttttcttt
gtcacttttcctagttgacct

gaattcattgatctccagttggcagacagagaacacgaggaggaacccag
cttctgacctattctcaggcacagaacgttagtaggttagaagagggtgc
agcttttctactcactaaaatataatctctgtcgagtcctttcaggtagc
taaggccctcttgaggaagaagagaagcagggacctggagggaacttgag
tgtggaagacattgagcacgtgatggaggaggaagcccgcgcagcacacc
tgcagagtcaggactgagactcttcacacagaacccaggcaaacagtggg
acttaggaagcagtgcttagaccctggtgctgtgctttagcagtgaggaa
ttcctttgtatcctgagatgcaatgctgacagtttgtgatgagcaatgag
gagggagctaaagtctcggttgtgttttgagtacccaggttgggagctca
ctgaagaagttgggacagacactggatgataagttcttcccttaacagat
tgaggcataaaaaaaaagacaaatttggacattgactagacaatgtaaag
tttatattacttatttattaaagatgtatgaatgcctatgtgcatgtatg
tgtgtgtttgtttatctatgcatatatctatagaggccagaggatattgg
attccttggagctggggttatagccagttgtgagctaccccttgcatgta
catgctggaaatgcaatgttgttctgcaagaacaaccaagatcctttaaa
aaaaaatacagtctttctgtgtaaccctgagtggcctgaaacttactatg
aagaccaggctggcctctaagtcatagagatctatatgccctctgtctcc
caagtgctgaacaaaggcatgcaccaccatgccttggtctagagcaacaa
atgttggttaacccactgaactacatctccagccctcatgaaagtttttg
tttgtttttaaaacaaccatgttccataatggtactgccacagaaaagtg
gactttctttattttatattactgcaatgggttcagcccatattattctt
tccttctttgatattcagaggtgatagctattcttaagctgtgtcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_4384900_4385763
seq2: B6Ng01-241G02.b_49_918

seq1  GAATTCAGCATTCTGATTGGCTAAACAAGCTGTCCAGTAGCACTGGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATTCTGATTGGCTAAACAAGCTGTCCAGTAGCACTGGTTGT  50

seq1  CTGCAGACACGTACCAATGGAGCTGCTTCCTAGCCCTATTTTGTCAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGACACGTACCAATGGAGCTGCTTCCTAGCCCTATTTTGTCAAAGT  100

seq1  TTTGTTTATTTACTGGGCAAGCATCAGTGTATTCATCTGCGTCTTCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTATTTACTGGGCAAGCATCAGTGTATTCATCTGCGTCTTCCATA  150

seq1  GTAACATTGTGTTATTTTGGTGCAGGGTTTATGATTAGCCTACATGTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATTGTGTTATTTTGGTGCAGGGTTTATGATTAGCCTACATGTTCT  200

seq1  CTTGCTTTTTATATCATTCATTCTAAGCTCAAGTATGCTTTGGTGGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTTATATCATTCATTCTAAGCTCAAGTATGCTTTGGTGGCAGT  250

seq1  CGGTTTCCCAGATCTCAGTGCCCCTTACATATGACTATCTCTTGCTGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTCCCAGATCTCAGTGCCCCTTACATATGACTATCTCTTGCTGAGG  300

seq1  CTGAATCCAGAGCAGCCTAATGTCAGCTCTCTGGTCATCCCTTTCTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCCAGAGCAGCCTAATGTCAGCTCTCTGGTCATCCCTTTCTTTCC  350

seq1  AGCAGCCAGGCTGACTCATTTGTCTCTGCCTGTGTCCTTCCTACCAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCAGGCTGACTCATTTGTCTCTGCCTGTGTCCTTCCTACCAATGA  400

seq1  AAATGCTGACAAGACCATCGAGAGCTGAAGTATGGCCCTTTATGGCTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGACAAGACCATCGAGAGCTGAAGTATGGCCCTTTATGGCTTGT  450

seq1  TCTGATCCTAAGAATGATCTAGGAAGCCGGCTTACATACAAAGCATACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCCTAAGAATGATCTAGGAAGCCGGCTTACATACAAAGCATACCC  500

seq1  ACATGGGTGCAGCACCATACACACATGCACAGAGCACTTCACTCACTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTGCAGCACCATACACACATGCACAGAGCACTTCACTCACTGTC  550

seq1  CTTGACCTGGCCATCCCTCCCAGCTCCAGTCCTCCGCCTTGAAGCCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCTGGCCATCCCTCCCAGCTCCAGTCCTCCGCCTTGAAGCCCATT  600

seq1  GCTCAGAACCTCAGAACTGGATTGTTTTGGTTTTGGTTTGGTTTTGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAACCTCAGAACTGGATTGTTTTGGTTTTGGTTTGGTTTTGGTTT  650

seq1  TGGTTTTTTGTGTGGCATCATCTGTACCTTTTCCATGTATTTTGTATCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTTGTGTGGCATCATCTGTACCTTTTCCATGTATTTTGTATCCT  700

seq1  TTGCTTATGAGAGAACAAGTCTCACTCACTC-ACTCCTCTACTGTCTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATGAGAGAACAAGTCTCACTCACTCAACTCCTCTACTGTCTGCT  750

seq1  CTTCAGGTTAGTGGCTTTTTTAAAAACCATCTTGGGATGAGTTAATTT--  797
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  CTTCA-GTTAGTGGC-TTTTTAAAAACCATCTTGGGATGAGTTAATTTTC  798

seq1  CAAATATATTTATTACTA-TTTGTCTTAAA--TGGATGAT-CTTTTTCTT  843
       ||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||
seq2  AAAATATATTTATTACTATTTTGTCTTAAAATGGGATGATCCTTTTTCTT  848

seq1  TGTTCACTTTTC--TGTTGACCT  864
      || |||||||||   ||||||||
seq2  TG-TCACTTTTCCTAGTTGACCT  870


seq1: chr18_4531330_4532409
seq2: B6Ng01-241G02.g_68_1165 (reverse)

seq1  TGTGACACAGGCTTAAAGAATAGCTATCA-CTCTG-ATATCAAAG-AGGA  47
      ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||
seq2  TGTGACACA-GCTT-AAGAATAGCTATCACCTCTGAATATCAAAGAAGGA  48

seq1  AGATATAAT---GGCTGAACC--ATGCAGTAATAT-AAATAAAGAAAGT-  90
      |   |||||   |||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  AAGAATAATATGGGCTGAACCCATTGCAGTAATATAAAATAAAGAAAGTC  98

seq1  CAC-TTTCTGT-GCAGTACCCATATGG-ACATGGTTGTTTT-AAAACAAA  136
      ||| ||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  CACTTTTCTGTGGCAGTACCATTATGGAACATGGTTGTTTTAAAAACAAA  148

seq1  CAAAAAC-TTCATGA-GGCTGGAGATGTAGTTCAGT-GGTTAA-CAACAT  182
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  CAAAAACTTTCATGAGGGCTGGAGATGTAGTTCAGTGGGTTAACCAACAT  198

seq1  TTGTTGCTCTAGACC-AGGCATGGTGGTGCATGCCTTTGTTCAGCACTTG  231
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCTCTAGACCAAGGCATGGTGGTGCATGCCTTTGTTCAGCACTTG  248

seq1  GGAGACAGA-GGCATATAGATCTCTATGACTTAGAGGCCAGCCTGGTCTT  280
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGAGGGCATATAGATCTCTATGACTTAGAGGCCAGCCTGGTCTT  298

seq1  CATAGTAAGTTTCAGGCCACTCAGGGTTACACAGAAAGACTGTATTTTTT  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTAAGTTTCAGGCCACTCAGGGTTACACAGAAAGACTGTATTTTTT  348

seq1  TTTAAAGGATCTTGGTTGTTCTTGCAGAACAACATTGCATTTCCAGCATG  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGATCTTGGTTGTTCTTGCAGAACAACATTGCATTTCCAGCATG  398

seq1  TACATGCAAGGGGTAGCTCACAACTGGCTATAACCCCAGCTCCAAGGAAT  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCAAGGGGTAGCTCACAACTGGCTATAACCCCAGCTCCAAGGAAT  448

seq1  CCAATATCCTCTGGCCTCTATAGATATATGCATAGATAAACAAACACACA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATCCTCTGGCCTCTATAGATATATGCATAGATAAACAAACACACA  498

seq1  CATACATGCACATAGGCATTCATACATCTTTAATAAATAAGTAATATAAA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGCACATAGGCATTCATACATCTTTAATAAATAAGTAATATAAA  548

seq1  CTTTACATTGTCTAGTCAATGTCCAAATTTGTCTTTTTTTTTATGCCTCA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACATTGTCTAGTCAATGTCCAAATTTGTCTTTTTTTTTATGCCTCA  598

seq1  ATCTGTTAAGGGAAGAACTTATCATCCAGTGTCTGTCCCAACTTCTTCAG  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTAAGGGAAGAACTTATCATCCAGTGTCTGTCCCAACTTCTTCAG  648

seq1  TGAGCTCCCAACCTGGGTACTCAAAACACAACCGAGACTTTAGCTCCCTC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCCAACCTGGGTACTCAAAACACAACCGAGACTTTAGCTCCCTC  698

seq1  CTCATTGCTCATCACAAACTGTCAGCATTGCATCTCAGGATACAAAGGAA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGCTCATCACAAACTGTCAGCATTGCATCTCAGGATACAAAGGAA  748

seq1  TTCCTCACTGCTAAAGCACAGCACCAGGGTCTAAGCACTGCTTCCTAAGT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCACTGCTAAAGCACAGCACCAGGGTCTAAGCACTGCTTCCTAAGT  798

seq1  CCCACTGTTTGCCTGGGTTCTGTGTGAAGAGTCTCAGTCCTGACTCTGCA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTTTGCCTGGGTTCTGTGTGAAGAGTCTCAGTCCTGACTCTGCA  848

seq1  GGTGTGCTGCGCGGGCTTCCTCCTCCATCACGTGCTCAATGTCTTCCACA  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCTGCGCGGGCTTCCTCCTCCATCACGTGCTCAATGTCTTCCACA  898

seq1  CTCAAGTTCCCTCCAGGTCCCTGCTTCTCTTCTTCCTCAAGAGGGCCTTA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTCCCTCCAGGTCCCTGCTTCTCTTCTTCCTCAAGAGGGCCTTA  948

seq1  GCTACCTGAAAGGACTCGACAGAGATTATATTTTAGTGAGTAGAAAAGCT  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTGAAAGGACTCGACAGAGATTATATTTTAGTGAGTAGAAAAGCT  998

seq1  GCACCCTCTTCTAACCTACTAACGTTCTGTGCCTGAGAATAGGTCAGAAG  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTCTTCTAACCTACTAACGTTCTGTGCCTGAGAATAGGTCAGAAG  1048

seq1  CTGGGTTCCTCCTCGTGTTCTCTGTCTGCCAACTGGAGATCAATGAATTC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTCCTCCTCGTGTTCTCTGTCTGCCAACTGGAGATCAATGAATTC  1098


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |